معلومة

التسلسل الجيني و Plasmapper


هل هناك أي شيء مشابه لهذا في Java (خاصةً تسلسل الخريطة الدائري جنبًا إلى جنب مع تأثير التمرير)؟
للحصول على معلومات ، أود أن أنقل أنني أستخدم Plasmapper و BioJava لتحقيق ذلك ، ولكن نظرًا لأن الإخراج في تنسيق صورة ، فلا يمكنني تحقيق المتطلبات المذكورة أعلاه.
شكرا…


تحقق من هذه. أنها توفر الوظائف التي تريدها:


تطور تسلسل الحمض النووي

قدم سانجر وزملاؤه تسلسل الحمض النووي في السبعينيات لأول مرة. اعتمدت بشكل أساسي على إنهاء سلسلة النوكليوتيدات النامية عندما تم إدخال ثلاثي فوسفات ديوكسي ثيميدين (ddTTP) فيه. تم الكشف عن التسلسلات المنتهية بشكل إشعاعي على بولي أكريلاميد جل الكهربائي (PAGE). تشمل التحسينات التي تطورت بمرور الوقت في تسلسل Sanger الأصلي استبدال التصوير الشعاعي بالفلورة ، واستخدام علامات الفلورسنت المنفصلة لكل نيوكليوتيد ، واستخدام الرحلان الكهربي بدلاً من الرحلان الكهربائي للهلام البولي أكريلاميد ثم إدخال مجموعة الرحلان الكهربي. ومع ذلك ، عانت هذه التقنية من قيود متأصلة قليلة مثل الحساسية المنخفضة للأليلات الطافرة منخفضة المستوى ، والتعقيدات في تحليل المناطق متعددة الأشكال للغاية مثل مجمع التوافق النسيجي الرئيسي (MHC) وتركيزات الحمض النووي العالية المطلوبة. تم تقديم العديد من تقنيات تسلسل الجيل التالي (NGS) من قبل شركة روش وإيلومينا وغيرها من الشركات المصنعة التجارية التي تميل إلى التغلب على قيود تسلسل سانجر وتمت مراجعتها. من المتوقع أن يؤدي إدخال NGS في البحث السريري والتشخيص الطبي إلى تغيير نهج التشخيص بالكامل. وتشمل هذه دراسة متغيرات السرطان ، واكتشاف الحد الأدنى من الأمراض المتبقية ، وتسلسل الإكسوم ، والكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) وترابطها المرضي ، والتنظيم اللاجيني للتعبير الجيني وتسلسل جينوم الكائنات الحية الدقيقة.


علم الأحياء: Plasmapper

PlasMapper (مخطط بلازميد) & # 911 & # 93 هو خادم ويب متاح مجانًا يقوم تلقائيًا بإنشاء خرائط بلازميد دائرية عالية الجودة والتعليق عليها. إنها خدمة مفيدة عبر الإنترنت بشكل خاص لعلماء الأحياء الجزيئية الذين يرغبون في إنشاء خرائط بلازميد دون الحاجة إلى شراء أو صيانة برامج تجارية باهظة الثمن. يقبل PlasMapper تسلسل الحمض النووي للبلازميد / المتجه كمدخل (تنسيق FASTA) ويستخدم مطابقة نمط التسلسل ومحاذاة تسلسل BLAST لتحديد وتسمية المروجين المشتركين ، والمحطات النهائية ، ومواقع الاستنساخ ، ومواقع التقييد ، وجينات المراسل ، وعلامات التقارب ، وجينات العلامة المختارة ، وأصول تكرار وفتح إطارات القراءة. ثم يقوم PlasMapper بإعادة تنسيق وتقديم الميزات المحددة في شكل نصي بسيط وكصورة عالية الدقة ومتعددة الألوان.

يمكن تخصيص مظهر ومحتوى المخرجات بعدة طرق باستخدام مجموعة متنوعة من الخيارات عبر الإنترنت. يمكن عرض صور PlasMapper بتنسيقات (رسومات الشبكة المحمولة (PNG) و JPG) وتنسيقات الرسومات المتجهة القابلة للتطوير (SVG) لتلائم مجموعة متنوعة من احتياجات المستخدم أو تفضيلاته. جودة الصور والمخرجات النصية كافية بحيث يمكن استخدامها مباشرة في المنشورات أو العروض التقديمية.


أداة المعلوماتية الحيوية

أندرياس أنترجاسر ، وهارم نيجفين ، وشيانغيو راو ، وتون بيسلينج ، ورينيه جورتس ، وجاك إيه. Leunissen: Primer3Plus ، واجهة ويب محسّنة لـ Primer3 Nucleic Acids Research 2007 35: W71-W74 doi: 10.1093 / nar / gkm306.

Ye J ، Coulouris G ، Zaretskaya I ، Cutcutache I ، Rozen S ، Madden T (2012). Primer-BLAST: أداة لتصميم بادئات محددة الهدف لتفاعل البوليميراز المتسلسل. المعلوماتية الحيوية BMC. 13:13.

مصمم AmiRNA - طريقة جديدة لتصميم miRNA الاصطناعي.

ABySS 2.0: تجميع موفر للموارد للجينومات الكبيرة باستخدام مرشح Bloom. Jackman SD، Vandervalk BP، Mohamadi H، Chu J، Yeo S، Hammond SA، Jahesh G، Khan H، Coombe L، Warren RL، Birol I. Genome Research، 2017 27: 768-777.

دمج معلومات الاتصال بعيدة المدى في الرسوم البيانية لـ Bruijn Turner I و Garimella K و Iqbal Z و McVean G (الوصول المتقدم للمعلوماتية الحيوية 15 مارس 2018).

هول تا (1999). BioEdit: محرر لمحاذاة التسلسل البيولوجي سهل الاستخدام وبرنامج تحليل لنظام التشغيل Windows 95/98 / NT.Nucl. الأحماض. سيمب. سر. 41: 95-98.

Huang، X. and Madan، A. (1999) CAP3: برنامج تجميع تسلسل الحمض النووي. دقة الجينوم ، 9 ، 868-877.

وارن رل ، ساتون جي جي ، جونز إس جي إم ، هولت را. 2007 (epub 2006 ديسمبر 8). تجميع الملايين من سلاسل الحمض النووي القصيرة باستخدام SSAKE. المعلوماتية الحيوية 23: 500.

أل ديلتشر ، ك. Bratke و EC Powers و S.L. سالزبيرج. تحديد الجينات البكتيرية والحمض النووي التعايش الداخلي باستخدام Glimmer ، المعلوماتية الحيوية 23: 6 (2007) ، 673-679.

Xiaoli Dong و Paul Stothard و Ian J. Forsythe و David S. Wishart "PlasMapper: خادم ويب لرسم خرائط البلازميد والتعليق عليها تلقائيًا" Nucleic Acids Res. 2004 يوليو 132 (إصدار خادم الويب): W660-4.

آر دي فين ، جيه كليمنتس ، إس آر إيدي. أبحاث الأحماض النووية ، 39: W29-37 ، 2011.

Artemis: منصة متكاملة لتصور وتحليل البيانات التجريبية عالية الإنتاجية القائمة على التسلسل. كارفر تي ، هاريس إس آر ، بيريمان إم ، باركهيل جي ، ماكويلان جا. المعلوماتية الحيوية (أكسفورد ، إنجلترا) 2012284464-9. PUBMED: 22199388 PMC: 3278759 DOI: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btr703.

ينغ هوانغ ، وبيفانغ نيو ، وينغ غاو ، وليمين فو ، وويتشونغ لي. CD-HIT Suite: خادم ويب لتجميع ومقارنة التسلسلات البيولوجية. المعلوماتية الحيوية (2010). 26:68.

مجموعة أدوات Fastx. FASTQ / A أدوات المعالجة المسبقة قصيرة القراءة (غير منشورة).

T-Coffee: طريقة جديدة لمحاذاة التسلسل المتعدد Notredame، Higgins، Heringa، JMB، 302 (205-217) 2000.

قاعدة بيانات عائلات بروتين Pfam: نحو مستقبل أكثر استدامة: R.D. Finn، P. Coggill، R.Y. إبرهاردت ، S.R. إيدي ، جي ميستري ، إيه إل ميتشل ، إس سي بوتر ، إم بونتا ، إم قريشي ، إيه سانجرادور-فيجاس ، ج. سالازار ، جيه تيت ، إيه بيتمان.

CATH: مورد موسع للتنبؤ بوظيفة البروتين من خلال الهيكل والتسلسل. داوسون إن إل ، لويس تي إي ، داس إس ، ليس جي جي ، لي دي ، آشفورد بي ، أورينغو كاليفورنيا ، سيليتوي آي.الأحماض النووية الدقة. 2017 يناير دوى: 10.1093 / nar / gkw1098
Gene3D: تنبؤ واسع النطاق للمجالات الكروية في البروتينات. لويس تي إي ، سيليتوي الأول ، داوسون إن ، لام إس دي ، كلارك تي ، أورينغو كاليفورنيا ، ليس جي جي. الدقة الأحماض النووية. 2018 يناير دوى: 10.1093 / nar / gkx1069.


تسلسل الدورة

تشكل طريقة التسلسل التي طورها فريد سانجر أساس تفاعلات تسلسل "الدورة" الآلية اليوم. تتم إضافة الأصباغ الفلورية إلى التفاعلات ، ويتم استخدام الليزر داخل آلة تسلسل الحمض النووي الآلي لتحليل أجزاء الحمض النووي المنتجة.

هذه الرسوم المتحركة متاحة أيضًا على شكل فيديو.

تشكل طريقة التسلسل التي طورها فريد سانجر أساس تفاعلات تسلسل "الدورة" الآلية اليوم. تتم إضافة الأصباغ الفلورية إلى التفاعلات ، ويتم استخدام الليزر داخل آلة تسلسل الحمض النووي الآلي لتحليل أجزاء الحمض النووي المنتجة.

فريد سانجر ، شظايا الحمض النووي ، تسلسل الحمض النووي ، تسلسل الدورة ، الأصباغ الفلورية


التسلسل الجيني و Plasmapper - علم الأحياء

تحتوي هذه الصفحة على مجموعة من الأدوات التي يمكن استخدامها لتحليل تسلسل البروتين والحمض النووي. يرتبط العديد منها بـ Biology Workbench وغيرها من برامج المعلومات الحيوية وقواعد البيانات المجانية على الإنترنت. يتم تضمين تعليمات حول استخدام هذه الأدوات وتفسير الناتج من كل برنامج. هناك أيضًا روابط متقاطعة إلى معلومات الخلفية النظرية والتخصيصات المحددة.

كيفية استخدام معالج النصوص كمحرر تسلسل.

ابحث عن التسلسلات (ENTREZ) أو الهياكل (PDB) أو المقالات (MEDLINE) بكلمات رئيسية.

قارن تسلسل الحمض النووي أو البروتين بالتسلسلات في قاعدة البيانات (بلاست).

محاذاة تسلسلات مختلفة من الحمض النووي أو البروتين.

تحليل تسلسل الحمض النووي لمواقع التقييد المعروفة.

ترجمة تسلسل الحمض النووي إلى تسلسل الحمض الأميني المتوقع.

الحصول على التكملة العكسية لشريط من الحمض النووي.

احسب درجة حرارة الانصهار والمعلمات الأخرى لبادئ الحمض النووي.

تحديد مواقع لصق Intron / Exon المحتملة والمروجين ومواقع تعدد الأدينيل في الجين.

افحص المستنسخات الجينومية لتسلسل المواقع الموسومة لتوليد contigs.

ابحث في تسلسل الحمض النووي لمعرفة أشكال البروتين.

توقع البنية الثانوية بناءً على تسلسل الأحماض الأمينية الأولية.

توقع مجالات الغشاء ، الكراهية للماء وببتيدات الإشارة من تسلسل الأحماض الأمينية.

منضدة علم الأحياء (http://workbench.sdsc.edu) هي أداة ثورية على شبكة الإنترنت لعلماء الأحياء. يسمح WorkBench لعلماء الأحياء بالبحث في العديد من قواعد بيانات تسلسل الحمض النووي والبروتينات الشائعة. يتكامل البحث في قاعدة البيانات مع الوصول إلى مجموعة متنوعة من أدوات التحليل والنمذجة ، كل ذلك ضمن واجهة نقطة ونقر مما يلغي مشاكل توافق تنسيق الملف.

أحد العوائق الحالية لمنضدة العمل هذا هو نقص التدريس للطلاب. لعلاج هذه التعليمات يتم توفيرها باستخدام الأزرار أدناه. إذا كنت بحاجة إلى تعليمات ، فإن الطريقة الأكثر ملاءمة هي فتح نافذة Netscape ثانية وتشغيل طاولة العمل في نافذة واحدة وهذا الموقع مع الإرشادات في النافذة الأخرى. أسهل طريقة للقيام بذلك على جهاز الكمبيوتر هي النقر بزر الماوس الأيمن على رابط Biology WorkBench وتحديد Open in New Window.

ستحتاج إلى إنشاء حساب وكلمة مرور باستخدام طاولة العمل (تأكد من كتابتها). هذا مجاني ويمكنك تخزين الملفات على الخادم الخاص بهم. عندما تدخل منضدة العمل ، حدد الزر أدوات الجلسة.

يمكنك الآن إما بدء جلسة جديدة أو استئناف جلسة موجودة. لاستئناف جلسة حالية ، حددها من القائمة أعلاه وحدد الزر استئناف.

يحتوي كل جين على تسلسل محدد من النيوكليوتيدات ، يُطلق عليه عادةً تسلسل الحمض النووي الخاص به. بمجرد استنساخ الجين في بلازميد ، يمكننا تحديد تسلسل الحمض النووي باستخدام طريقة dideoxynucleotide إما يدويًا أو باستخدام أجهزة التسلسل الآلي.

لتكوين الحمض النووي ، يتم أولاً تغيير طبيعة الحمض النووي ، مما ينتج عنه قالب واحد تقطعت به السبل. ثم يتم إضافة مادة أولية محددة ترتبط بالقالب. تتم إضافة النيوكليوتيدات الحرة (dATP و dCTP و dGTP و dTTP) و dATP المسمى بصبغة فلورية أو عنصر مشع ، و DNA بوليميراز ، ويبدأ تصنيع الحمض النووي. بعد بضع دقائق ، يتم تقسيم العينة إلى أربعة أنابيب جديدة ، ويتم إضافة ديديوكسينوكليوتيدات (ddATP و ddCTP و ddGTP و ddTTP). ثم يتم دمج ديديوكسينيوكليوتيدات في الخيط المتنامي لجزيء DNA وإيقاف التفاعل. ثم يجري المرء هذه التفاعلات على هلام أكريلاميد رفيع طويل ويفصل بين نواتج التفاعل المختلفة الطول بناءً على حجمها. ستتحرك المنتجات الصغيرة بشكل أسرع وستكون في قاع الجل.

ثم يُخضع المرء الجل إلى التصوير الإشعاعي الذاتي (تقنية يدوية) أو يبحث عن الأصباغ الفلورية (تقنية آلية) لتحديد موقع كل فرقة. الحيلة لقراءة هلام التسلسل هي البدء في الجزء السفلي من الجل والقراءة باتجاه الأعلى ، وستكون الأجزاء الأصغر أقرب إلى بداية التسلسل الذي يتم قراءته.

تتمثل إحدى الركائز الأساسية للتقدم السريع في البيولوجيا الجزيئية وأبحاث الجينوم في القدرة على التعامل بسرعة مع تسلسلات كبيرة جدًا من الحمض النووي باستخدام برامج معقدة وأجهزة كمبيوتر قوية. سمحت القوة المتزايدة للإنترنت بوصول أكبر إلى هذه البرامج وقواعد البيانات. هناك العديد من أشكال التحليل المختلفة التي يتم إجراؤها بشكل شائع على تسلسل الحمض النووي.


خلفية

يتم استخدام التسلسل عالي الإنتاجية لشظايا الحمض النووي في مجموعة من المقايسات الكمية. السمة المشتركة بين هذه المقايسات هي أنها تسلسل كميات كبيرة من شظايا الحمض النووي التي تعكس ، على سبيل المثال ، ذخيرة النظام البيولوجي لجزيئات الحمض النووي الريبي (RNA-Seq [1 ، 2]) أو مناطق تفاعل الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي لجزيئات ربط النوكليوتيدات ( تسلسل رقاقة [3] ، HITS-CLIP [4]). عادةً ، يتم تعيين هذه القراءات إلى فئة بناءً على تعيينها لمنطقة مشتركة من الجينوم المستهدف ، حيث تمثل كل فئة نسخة مستهدفة ، في حالة RNA-Seq ، أو منطقة ربط ، في حالة ChIP-Seq . إحصائية موجزة مهمة هي عدد القراءات في فصل دراسي لـ RNA-Seq ، هذا قراءة العد وجد أنه (لتقريب جيد) مرتبط خطيًا بوفرة النص الهدف [2]. يكمن الاهتمام في مقارنة أعداد القراءة بين الظروف البيولوجية المختلفة. في أبسط الحالات ، تتم المقارنة بشكل منفصل ، فئة تلو الأخرى. سوف نستخدم المصطلح الجين بشكل مترادف للفئة ، على الرغم من أن الفئة قد تشير أيضًا ، على سبيل المثال ، إلى موقع ربط عامل النسخ ، أو حتى الرمز الشريطي [5].

نود استخدام الاختبار الإحصائي لتقرير ما إذا كان الاختلاف الملحوظ في أعداد القراءة ، بالنسبة لجين معين ، مهمًا ، أي ما إذا كان أكبر مما هو متوقع فقط بسبب الاختلاف العشوائي الطبيعي.

إذا تم أخذ عينات من القراءات بشكل مستقل من مجموعة سكانية ذات كسور معينة وثابتة من الجينات ، فإن أعداد القراءة ستتبع توزيعًا متعدد الحدود ، والذي يمكن تقريبه عن طريق توزيع بواسون.

وبالتالي ، تم استخدام توزيع بواسون لاختبار التعبير التفاضلي [6 ، 7]. يحتوي توزيع Poisson على معلمة واحدة ، والتي يتم تحديدها بشكل فريد من خلال متوسط ​​تباينها وكل الخصائص الأخرى التي تتبعها على وجه الخصوص ، التباين يساوي المتوسط. ومع ذلك ، فقد لوحظ [1 ، 8] أن افتراض توزيع بواسون مقيد للغاية: فهو يتنبأ بتغيرات أصغر مما يظهر في البيانات. لذلك ، فإن الاختبار الإحصائي الناتج لا يتحكم في الخطأ من النوع الأول (احتمال الاكتشافات الخاطئة) كما هو معلن. نعرض أمثلة لهذا لاحقًا ، في المناقشة.

لمعالجة ما يسمى بمشكلة التشتت المفرط ، تم اقتراح نموذج بيانات العد مع التوزيعات السالبة ذات الحدين (NB) [9] ، ويستخدم هذا الأسلوب في حافة حزمة لتحليل SAGE و RNA-Seq [8 ، 10]. يحتوي توزيع NB على معلمات يتم تحديدها بشكل فريد من خلال المتوسط ميكرومتر والتباين σ 2. ومع ذلك ، غالبًا ما يكون عدد التكرارات في مجموعات البيانات ذات الأهمية صغيرًا جدًا لتقدير كل من المعلمات والمتوسط ​​والتباين ، بشكل موثوق لكل جين. ل حافةافترض روبنسون وسميث [11] أن المتوسط ​​والتباين مرتبطان بـ σ 2 = ميكرومتر + αμ 2 ، مع ثابت تناسب واحد α هذا هو نفسه طوال التجربة ويمكن تقديره من البيانات. وبالتالي ، يجب تقدير معلمة واحدة فقط لكل جين ، مما يسمح بالتطبيق على التجارب بأعداد صغيرة من التكرارات.

في هذه الورقة ، قمنا بتوسيع هذا النموذج من خلال السماح بعلاقات تباين ومتوسط ​​أكثر عمومية تعتمد على البيانات ، وتوفير خوارزمية فعالة لتناسب النموذج مع البيانات ، وإظهار أنه يوفر أفضل ملاءمة (القسم نموذج). نتيجة لذلك ، يمكن الحصول على اختيار أكثر توازناً للجينات المعبر عنها تفاضليًا في جميع أنحاء النطاق الديناميكي للبيانات (القسم اختبار التعبير التفاضلي). نوضح الطريقة من خلال تطبيقها على أربع مجموعات بيانات (قسم التطبيقات) وناقش كيفية مقارنتها بالنُهج البديلة (القسم الاستنتاجات).


يكشف تسلسل الجينوم الكامل عن الأسرار الهيكلية الجينية لمرض انفصام الشخصية

سعت معظم الأبحاث حول علم الوراثة لمرض انفصام الشخصية إلى فهم الدور الذي تلعبه الجينات في تطور الفصام وتوريثه. تم إجراء العديد من الاكتشافات ، ولكن كان هناك العديد من القطع المفقودة. الآن ، أجرى علماء كلية الطب بجامعة كارولينا الشمالية أكبر دراسة على الإطلاق لتسلسل الجينوم الكامل لمرض انفصام الشخصية لتقديم صورة أكثر اكتمالاً للدور الذي يلعبه الجينوم البشري في هذا المرض.

نشرت في اتصالات الطبيعة، الدراسة التي قادها المؤلف الكبير Jin Szatkiewicz ، دكتوراه ، أستاذ مشارك في قسم علم الوراثة بجامعة الأمم المتحدة ، تشير إلى أن المتغيرات الجينية الهيكلية النادرة يمكن أن تلعب دورًا في مرض انفصام الشخصية.

قال زاتكيويتز: "تشير نتائجنا إلى أن المتغيرات الهيكلية النادرة للغاية التي تؤثر على حدود بنية جينوم معينة تزيد من خطر الإصابة بالفصام". "قد تؤدي التعديلات في هذه الحدود إلى خلل في التعبير الجيني ، ونعتقد أن الدراسات الميكانيكية المستقبلية يمكن أن تحدد التأثيرات الوظيفية الدقيقة لهذه المتغيرات على علم الأحياء."

اشتملت الدراسات السابقة حول الجينات الوراثية لمرض انفصام الشخصية في المقام الأول على استخدام الاختلافات الجينية الشائعة المعروفة باسم SNPs (التغييرات في التسلسلات الجينية الشائعة وكل منها يؤثر على نوكليوتيد واحد) ، أو الاختلافات النادرة في جزء الحمض النووي الذي يوفر تعليمات لصنع البروتينات ، أو الاختلافات الهيكلية الكبيرة جدًا (التعديلات التي تؤثر على بضع مئات الآلاف من النيوكليوتيدات). تعطي هذه الدراسات لقطات من الجينوم ، تاركة جزءًا كبيرًا من الجينوم لغزا ، لأنه يحتمل أن يكون مرتبطًا بمرض انفصام الشخصية.

في ال اتصالات الطبيعة في الدراسة ، فحص Szatkiewicz وزملاؤه الجينوم بأكمله ، باستخدام طريقة تسمى تسلسل الجينوم الكامل (WGS). السبب الرئيسي لعدم استخدام WGS على نطاق واسع هو أنه مكلف للغاية. بالنسبة لهذه الدراسة ، قام تعاون دولي بتجميع التمويل من منح المعهد الوطني للصحة العقلية وأموال مماثلة من مختبرات SciLife السويدية لإجراء تسلسل الجينوم الكامل العميق على 1165 شخصًا مصابًا بالفصام و 1000 عنصر تحكم - أكبر دراسة معروفة من قبل WGS لمرض انفصام الشخصية على الإطلاق.

نتيجة لذلك ، تم إجراء اكتشافات جديدة. تم العثور على طفرات غير قابلة للكشف سابقًا في الحمض النووي لم يسبق للعلماء رؤيتها من قبل في مرض انفصام الشخصية.

على وجه الخصوص ، سلطت هذه الدراسة الضوء على الدور الذي يمكن أن يلعبه هيكل الجينوم ثلاثي الأبعاد المعروف باسم المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs) في تطور مرض انفصام الشخصية. TADs هي مناطق متميزة من الجينوم لها حدود صارمة بينها والتي تمنع المجالات من التفاعل مع المواد الجينية في TADs المجاورة. يسمح تغيير أو كسر هذه الحدود بالتفاعلات بين الجينات والعناصر التنظيمية التي لا تتفاعل عادة.

عندما تحدث هذه التفاعلات ، قد يتغير التعبير الجيني بطرق غير مرغوب فيها قد تؤدي إلى عيوب خلقية وتشكيل سرطانات واضطرابات في النمو. وجدت هذه الدراسة أن المتغيرات الهيكلية النادرة للغاية التي تؤثر على حدود TAD في الدماغ تحدث بشكل ملحوظ في كثير من الأحيان لدى الأشخاص المصابين بالفصام أكثر من أولئك الذين لا يعانون منه. المتغيرات الهيكلية هي طفرات كبيرة قد تنطوي على متواليات جينية مفقودة أو مكررة ، أو متواليات ليست في الجينوم النموذجي. تشير هذه النتيجة إلى أن حدود TAD في غير محلها أو المفقودة قد تساهم أيضًا في تطور مرض انفصام الشخصية. كانت هذه الدراسة هي الأولى التي تكتشف العلاقة بين الحالات الشاذة في TADs وتطور مرض انفصام الشخصية.

سلط هذا العمل الضوء على المتغيرات الهيكلية التي تؤثر على TADs كمرشحين رئيسيين للدراسات الميكانيكية المستقبلية لبيولوجيا الفصام.

قال Szatkiewicz ، أستاذ مساعد في الطب النفسي بجامعة UNC: "إن التحقيق المستقبلي المحتمل سيكون العمل مع الخلايا المشتقة من المريض مع هذه الطفرات التي تؤثر على TADs ومعرفة ما حدث بالضبط على المستوى الجزيئي". "في المستقبل ، يمكننا استخدام هذه المعلومات حول تأثيرات TAD للمساعدة في تطوير الأدوية أو علاجات الطب الدقيق التي يمكن أن تصلح TADs المعطلة أو التعبيرات الجينية المتأثرة التي قد تحسن نتائج المرضى."

سيتم دمج هذه الدراسة مع دراسات WGS الأخرى من أجل زيادة حجم العينة لتأكيد هذه النتائج بشكل أكبر. سيساعد هذا البحث أيضًا المجتمع العلمي في البناء على الألغاز الجينية التي تتكشف لمرض انفصام الشخصية.

باتريك سوليفان ، دكتوراه في الطب ، أستاذ الطب النفسي وعلم الوراثة المتميز في ييرجن في كلية الطب بجامعة كارولينا الشمالية ومدير مركز علم الجينوم النفسي ، مؤلف مشارك رئيسي. المؤلفون المشاركون الأوائل من جامعة الأمم المتحدة هم ماثيو هالفورسن ، دكتوراه ، روث هوه ، دكتوراه ، جيا وين ، دكتوراه ، من قسم علم الوراثة في جامعة كارولينا الشمالية. مؤلفو UNC الآخرون هم باولا جوستو رودريغيز ، دكتوراه ، نايشيا أنكاليد ، مارتيلياس فاريل ، دكتوراه ، جيمس كرولي ، دكتوراه ، ويون لي ، دكتوراه.

كان هذا البحث عبارة عن تعاون بين الباحثين في UNC-Chapel Hill ، وجامعة Lund ، وجامعة Chalmers للتكنولوجيا ، ومعهد Karolinska ، وجامعة Uppsala.


ضعه بمخيلتك

يساهم التسلسل الجيني بالفعل في تطوير أدوية أفضل وأكثر استهدافًا وأكثر أمانًا. يعد استخدامه لإبلاغ قرارات العلاج وتقليل استخدام العلاجات الأقل فعالية وربما تقليل مخاطر الانتكاس أو توفير علاجات وظيفية ثوريًا.

في المستقبل ، قد نرى المزيد من الضبابية في الخطوط التي تفصل بين مصنعي أنظمة التسلسل الجيني مثل Illumina ، ومطوري الأدوية مثل Novartis ، وشركات الخدمات الجينية مثل Guardant. نحن نشهد بالفعل تعاونًا يشمل هذه القطاعات الفردية في السوق ، مثل Grail ، وهي شركة انبثقت عن Illumina تستخدم التسلسل الجيني لتطوير اختبارات السرطان من الجيل التالي التي يمكن أن تصاب بالمرض في مرحلته الأولى. نظرًا لأن هذه الشركات قد ينتهي بها الأمر إلى التنافس بقوة مع بعضها البعض في المستقبل ، سيرغب المستثمرون في الاحتفاظ بعلامات تبويب قريبة في هذا السوق.


مرحبًا علم الأحياء ، ما هو البرنامج الذي تستخدمه يا رفاق لتصور تسلسل البلازميدات / الحمض النووي وتصميم القلة؟

أستخدم حاليًا إما pDRAW32 أو Gene Designer (من DNA 2.0) ، اعتمادًا على مزاجي. يستخدم الأشخاص الآخرون في مختبري عارض التسلسل CLC ، ولكن يبدو لي أنه محدود جدًا في وظائفه. كنت أتساءل عما إذا كان لدى الآخرين قطعة من البرامج التي يحبونها تمامًا.

أنا أحب القرد. بسيطة وبديهية ومجانية ولديها جميع الوظائف التي أحتاجها لمعظم التطبيقات.

أشخاص آخرون في مختبري مثل VectorNTI ولكنه باهظ الثمن ولم يعد يعمل على OSX ، للأسف.

VectorNTI هو ما كان مختبري موجودًا قبل مجيئي ، لذلك & # x27s ما أستخدمه. لقد نجحت بشكل جيد في كل شيء كنت بحاجة إليه للقيام به.

& # x27ve بدأت للتو في استخدام VectorNTI ويجب تشغيلها بالتوازي مع عدم وجود دعم OSX.

+1 آخر لـ Geneious. اعتدت أن أكون أحد مستخدمي VectorNTI (لعدم وجود بديل أفضل) حتى أظهر لي مختبري الجديد جمال Geneious. Ape رائع ، لكنه لا يمتلك & # x27t دعمًا رائعًا لقاعدة البيانات والذي يصبح مفيدًا عندما تحتاج إلى العودة والبحث في مكتبة التسلسلات القديمة الخاصة بك.

جعلني Geneious أحب تحرير التسلسلات مرة أخرى. إنه عالم إلى حد كبير بعيدًا عن بعضه البعض من حيث سهولة الاستخدام والوظائف والجماليات مقارنة بأي شيء استخدمته. على وجه الخصوص ، بصرف النظر عن أدوات المحاذاة وواجهة المستخدم الرائعة ، تعني القابلية المفتوحة للتوسعة أنه يمكنك كتابة أي نوع من المكونات الإضافية لمعالجة بياناتك كما تريد ، ويعني تكامل الخادم أنه يمكنني أخيرًا الحصول على قاعدة بيانات قوية آمنة لتخزين جميع تسلسلاتي.


شاهد الفيديو: Old Video (كانون الثاني 2022).