معلومة

البحث عن قاعدة بيانات لميزات المصنع


لإجراء بعض تجارب علوم البيانات الخاصة ، أبحث عن معلومات يمكن الوصول إليها حول ميزات النبات المورفولوجي (ستكون المعلومات الجدولية هي الأفضل). أثناء الزحف إلى الويب ، عثرت على العديد من مواقع الويب ذات الوصف العام المحدود والكثير من المعلومات حول بيانات الموقع والسكان.

هل تعرف موقعًا إلكترونيًا أو معهدًا أو شخصًا يمتلك مثل هذه البيانات وترغب في مشاركتها؟ نظرًا لكوني مقيمًا في ألمانيا ، فإن اهتمامي الرئيسي ينصب على النباتات المحلية ، ولكن أي شخص آخر يقوم بهذه المهمة أيضًا.


-- الصفات --

محاولة

TRY هي قاعدة بيانات للسمات النباتية. بشكل رسمي أكثر ، إنها شبكة من علماء الغطاء النباتي برئاسة DIVERSITAS / IGBP ، ومعهد ماكس بلانك للكيمياء الحيوية الحيوية ، مما يوفر أرشيفًا عالميًا لصفات النباتات المنسقة.

بيوتريتس

هذا مورد عبر الإنترنت للبيانات التجريبية حول كيفية استجابة السمات البيولوجية للدوافع البيئية مثل درجة الحرارة والضوء والملوحة.

نيت سوينسون

قام نيت ومعاونوه بتجميع الكثير من السمات للأنواع في جميع أنحاء العالم (على الرغم من التركيز على المناطق الاستوائية).

كويل وآخرون. 2014

يسرد الملحق 2 من ورقة Ecography 2014 مصادر المؤلفات الأولية وقواعد بيانات السمات المتاحة للجمهور التي استخدموها لفحص 3 سمات: نيتروجين الأوراق ، وكتلة البذور ، وكثافة الخشب.

-- الصور --

مورفبنك

قاعدة بيانات دولية على الويب تحتوي على آلاف الصور عالية الدقة وصور أخرى لعينات نباتية وحيوانية.

قواعد بيانات الصور النباتية

يوفر هذا الموقع عشرات الروابط لقواعد البيانات التي تحتوي على صور نباتية. تتوفر أيضًا قواعد بيانات إقليمية (على سبيل المثال ، Pflanzenphotos.de).

علم النبات

يحتوي هذا الموقع على مصادر نصية (على سبيل المثال ، محاضرات ومقالات) بالإضافة إلى روابط لقواعد بيانات صور التشكل (على سبيل المثال ، قاعدة بيانات الصور النباتية بجامعة بازل).


أنظر أيضا كتالوجات منظمة الأغذية والزراعة على الإنترنت لعدد من المصادر المورفولوجية باللغتين الإنجليزية والألمانية.


توجد قاعدة بيانات TRY للصفات النباتية:

https://www.try-db.org/TryWeb/Home


قاعدة بيانات الغطاء النباتي لكوكب الأرض

إنه كنز دفين من البيانات: قاعدة البيانات الجغرافية العالمية لمخططات الغطاء النباتي "sPlotOpen" متاحة الآن مجانًا. يحتوي على بيانات عن الغطاء النباتي من 114 دولة ومن جميع المناطق المناخية على الأرض. تم تجميع قاعدة البيانات من قبل فريق دولي من الباحثين بقيادة مارتن لوثر جامعة هال-فيتنبرغ (MLU) والمركز الألماني لأبحاث التنوع البيولوجي التكاملي (iDiv) والمركز الوطني الفرنسي للبحث العلمي (CNRS). يمتلك الباحثون في جميع أنحاء العالم أخيرًا مجموعة بيانات متوازنة وتمثيلية للغطاء النباتي للأرض تحت تصرفهم ، كما أفاد الفريق في المجلة البيئة العالمية والجغرافيا الحيوية أمبير.

تتطلب القضايا والأسئلة العالمية إجابات عالمية. "إذا أردنا أن نفهم أو نتنبأ بكيفية تأثير تغير المناخ على التنوع البيولوجي في جميع مناطق الأرض ، فعلينا أن نأخذها في الاعتبار بالكامل. نحن بحاجة إلى أكثر من مجرد بيانات من عدد قليل من المناطق المدروسة جيدًا" ، يوضح البروفيسور هيلج برويلهيد ، geobotanist في MLU وعضو iDiv. بدلاً من ذلك ، مطلوب قاعدة بيانات جغرافية عالمية بمعلومات عن الغطاء النباتي من جميع القارات ومناطق المناخ.

الآن ، مع إطلاق "sPlotOpen" ، فإن قاعدة البيانات هذه ليست موجودة فقط ولكن يمكن الوصول إليها من قبل أي شخص مهتم. تم إدخال حوالي 100000 قطعة نباتية من 114 دولة في قاعدة البيانات التي تم إصدارها كوصول مفتوح. تحتوي كل نقطة بيانات على معلومات عن جميع الأنواع النباتية التي تحدث في نفس الموقع ، جنبًا إلى جنب مع البيانات الوصفية الجغرافية والزمنية والمنهجية. يتيح ذلك للباحثين معرفة متى وأين ومن تم جمع نقطة البيانات.

الأهم من ذلك ، أن sPlotOpen يوفر معلومات حول مجتمع المصنع الكامل الذي يمكن العثور عليه في الموقع المعني. هذه إحدى المزايا العظيمة لقاعدة البيانات الجديدة ، كما يوضح الدكتور فرانشيسكو ماريا ساباتيني من MLU و iDiv ، الذي ينسق المشروع مع الدكتور جوناثان لينوار من CNRS. يقول الباحث: "هناك بالفعل العديد من قواعد البيانات التي توضح توزيع الأنواع النباتية الفردية في جميع أنحاء العالم. ولكن في الواقع ، نادرًا ما تحدث الأنواع النباتية بمفردها وفي عزلة". بمساعدة "sPlotOpen" ، يمكن للعلماء معرفة ما إذا كانت البيانات قد تم جمعها من غابة - مع أنواع مختلفة من الأشجار والعشب - أو من المرج. وفقًا لعالم الأحياء ، يعد هذا أمرًا مهمًا عند اختيار الاستطلاعات الفردية لمشاريع بحثية محددة تهدف إلى التحقيق ، على سبيل المثال ، في الغابات أو الأراضي العشبية فقط.

ميزة أخرى هي أن الفريق حاول موازنة البيانات. يقول ساباتيني: "هناك بالفعل ثروة هائلة من البيانات حول الغطاء النباتي في أوروبا وأمريكا الشمالية وأستراليا. ولكن لأسباب عديدة مختلفة ، هناك بيانات أقل بكثير عن المناطق الأخرى". إذا تمت مقارنة البيانات من جميع البلدان دون ترجيحها أولاً ، يمكن استخلاص استنتاجات خاطئة. لذلك ، حاول الفريق إنشاء إمكانية مقارنة معينة بين مجموعات البيانات من مناطق مختلفة. على سبيل المثال ، لم يتم تضمين جميع البيانات من أوروبا الغربية في المشروع - فقط اختيار تمثيلي. قام الفريق بالفعل بموازنة البيانات لصالح المستخدمين في المستقبل. يجب أن يمنع ذلك حدوث اختلال مذهل في البيانات حول المناطق الأقل توثيقًا جيدًا ، على سبيل المثال ، المناخات الدافئة أو الباردة أو الجافة أو الرطبة. يوضح ساباتيني: "تتمتع قاعدة البيانات الخاصة بنا بالقدرة على تغيير قواعد اللعبة في المشاريع البحثية في مجال علم البيئة الماكرو وما بعده". يمكن استخدامه أيضًا في مجال علوم الأرض ، على سبيل المثال ، لتدريب الخوارزميات لتحليل صور الأقمار الصناعية. إذا كنت تعرف مكان وجود مجتمع معين من النباتات ، فيمكنك ربط هذا المجتمع النباتي بنمط معين في صور الأقمار الصناعية ، أي مجتمع طيفي معين ، والبحث في الصور الأخرى عن نفس الأنماط.

من أجل إنشاء هذه المجموعة الفريدة من البيانات ، اعتمد الفريق من ألمانيا وفرنسا على دعم 161 باحثًا من 57 دولة شاركوا في المشروع من خلال توفير البيانات. يقول ساباتيني: "وراء مجموعات البيانات الفردية هذه عدد لا يحصى من الزملاء والطلاب ، الذين ذهبوا إلى الميدان لجمع البيانات في المقام الأول. لا يمكن أن توجد قاعدة بيانات sPlotOpen بدونهم". تأتي البيانات أيضًا من المشاريع الوطنية ، مثل قاعدة البيانات المرجعية للنباتات الألمانية ، والتي تتم إدارتها في MLU بواسطة مجموعة أبحاث Helge Bruelheide.


البذور وخصائصها المورفولوجية (مع رسم بياني)

بذور الجرام (الشكل 8.2) عبارة عن بذرة ثنائية البذور غير سويدية. يتم إنتاج البذور داخل القرون أو الثمار البقولية.

تظهر بذرة الجرام مخروطية الشكل في المخطط.

تتكون من الأجزاء التالية:

يتكون من طبقتين - testa الخارجية و tegmen الداخلية. تيستا سميكة وبنية. tegmen رقيق وغشائي وبياض ويظل منصهرًا مع testa. يحتوي المنقار المدبب الذي يشبه نهاية البذرة على مسام دقيقة تسمى micropyle. إذا تم ضغط البذور المنقوعة برفق ، فإن قطرة ماء تتسرب من الميكروبيلي. ندبة بيضاوية صغيرة تُرى بالقرب من micropyle تسمى نقير والتي من خلالها تم ربط البذرة بالفاكهة. ندبة بيضاوية أخرى موجودة في الوسط تسمى كلازة أو ستروفيول. تمتد سلسلة من التلال المميزة التي تسمى raphe من نقير إلى كلازة.

يقدم معطف داخلي للبذور. يتكون من فلقتين دائريتين مصفرتين متصلتين بمحور الجنين. يسمى جزء محور الجنين فوق نقطة التعلق بالنباتات بالنباتات اللاصقة. يسمى غيض من epicotyle plumule. وبالمثل ، فإن منطقة محور الجنين أسفل نقطة ارتباط النبتات تسمى hypocotyle. يسمى طرف hypocotyle بالجذر. أثناء الإنبات ، يخرج الجذر أولاً من خلال الميكروبيلي وينمو ليشكل جذرًا. يؤدي الريش إلى ظهور نظام إطلاق النار.

2. مورفولوجيا بذور الخروع (الخروع COMMUNIS):

بذور الخروع هي بذرة أحادية النواة. يتم إنتاج بذور الخروع داخل فاكهة شيزوكاربيكية تسمى الريجما والتي تتكسر عند النضج إلى 3 حبات ، تحتوي كل منها على بذرة واحدة. بذور الخروع مستطيلة الشكل تقريبًا ذات أسطح محدبة (ظهرية) ومسطحة (بطنية). تتكون بذور الخروع من الأجزاء التالية (الشكل 8.3)

إنها الطبقة الخارجية من معطف البذرة. إنه سميك وصعب وهش. يبدو السطح الخارجي ناعمًا ولامعًا ولونه بني مرقش.

إنها الطبقة الداخلية من معطف البذرة التي تبدو باهتة وورقية. الآن يطلق عليه perisperm أو نواة ثابتة.

وهو عبارة عن ثمرة إسفنجية بيضاء الشكل موجودة بالقرب من النهاية الضيقة للبذرة. إذا كان يغطي النقير جزئيًا (الندبة الداكنة) ويغطي بالكامل micropyle (المسام الصغيرة). يمتص الكمان الماء الذي يتسرب عبر الميكروبيلي إلى البذور.

وهي عبارة عن سلسلة من التلال الضحلة موجودة على سطح مستوٍ من البذرة. يمثل التشعب المميز للرفاعة كلازة.

إنه نسيج تخزين طعام زيتي أبيض موجود داخل منطقة المحيط. من هذه الطبقة يتم استخراج زيت الخروع من التجارة.

يقع الجنين في وسط السويداء. يتكون من جذر ، وريشة ، ونبتتين جانبيتين ، وكلها موجودة على محور جنيني قصير. الفلقات رقيقة وشبه شفافة وبيضاوية في الخطوط العريضة. لديهم تعرق راحة اليد. الضلع الأوسط أو الضلع أكثر بروزًا ويحمل بعض الأوردة الجانبية.

يقع الجذر خارج النبتات باتجاه نهاية ميكروبيلار. إنها ثمرة تشبه المقبض. يقع Plumule بين الفلقتين وهو غير واضح تمامًا. Epicotyl غير واضح أيضا. بين مكان منشأ الفلقتين والجذر يوجد hypocotyl قصير. بذور زيت الخروع هي ثنائية الفلقة (تحتوي على فلقتين) ، السويداء (مع أنسجة خاصة لتخزين الطعام تسمى السويداء) ومتعرجة (لها نواة أو نواة ثابتة).

3. مورفولوجيا بذرة الذرة (زيا ميس):

الذرة أو بذرة الذرة (الشكل 8.4) هي في الواقع ثمرة بذرة واحدة تسمى caryopsis أو حبة. إنها بذرة سويداء أحادية النواة.

يتكون من الأجزاء التالية:

يندمج مع جدار الفاكهة (القشرة). وهي تحتوي على نواة تشتمل على الجنين والسويداء.

يشكل 2/3 من الحبوب. يتكون السويداء من طبقة الألورون الخارجية والسويداء النشوي الداخلي.

تقع على جانب واحد من السويداء النشوي ويبدو أنها منطقة بيضاوية أفتح في البذرة الكاملة. يتكون الجنين من كيس الصفن ومحور جنيني قصير (تيجلوم). و scutellum عبارة عن فلقة على شكل درع متصلة بعقدة محور الجنين. يسمى سطح كيس الصفن الذي يواجه السويداء بالطبقة الظهارية. إنها ذات طبيعة إفرازية وامتصاصية. تفرز الطبقة الظهارية الهرمونات في السويداء لتخليق الإنزيمات اللازمة لإذابة الطعام. يتم امتصاص الطعام المذاب بواسطته ثم نقله إلى محور الجنين.

يحتوي محور الجنين على ريشة (الطرف العلوي) وجذر (الطرف السفلي). يحتوي الريش على عدد قليل من الأوراق البدائية وغمد واقي مخروطي يسمى Coleoptile. يحتوي نبات القرش على مسام نهاية لظهور الورقة الأولى أثناء الإنبات. الغمد قادر على النمو. يساعد إطلاق النار في المستقبل في المرور عبر التربة أثناء الإنبات.

يحتوي الجذر على غلافين وقائين ، غطاء جذر داخلي و coleorhiza خارجي. تقريبًا في منتصف محور الجنين ينشأ حبلا وعائي. يتشعب في الكيس. يسمى مكان منشأ الخيط الوعائي من محور الجنين العقدة الفلقية.

مقالات ذات صلة:

مرحبا بكم في BiologyDiscussion! مهمتنا هي توفير منصة عبر الإنترنت لمساعدة الطلاب على مشاركة الملاحظات في علم الأحياء. يشتمل هذا الموقع على ملاحظات دراسية وأوراق بحثية ومقالات ومقالات ومعلومات أخرى مقدمة من زوار مثلك.

قبل مشاركة معرفتك على هذا الموقع ، يرجى قراءة الصفحات التالية:

أسئلة

معلومات عنا

اقتراحات

أسئلة وأجوبة جديدة وفئات المنتدى

هذا منتدى للأسئلة والأجوبة للطلاب والمدرسين والزائرين العامين لتبادل المقالات والإجابات والملاحظات. أجب الآن وساعد الآخرين.


قاعدة بيانات نباتات Garden.org

تم العثور على مصنع بداية واحد من هذا تم وضع علامة عليه وصولاً إلى باك في محل البقالة. لقد تأخرت في زراعة الفلفل ، لكنني قررت أنه إذا زرعت فلفلًا واحدًا ، فسيكون ذلك بمثابة مكافأة. سنحاول الإبلاغ لاحقًا. أعتقد أنه قد يتم تسويقه أكثر للمزارعين التجاريين.

بوق أبيض جميل ورائع من الصين له حلق مائل إلى الصفرة والأخضر وكميات متفاوتة من اللون الأخضر والوردي الأرجواني إلى اللون البني على ظهر البتلات. لعبت هذه الأنواع دورًا رئيسيًا في إنتاج الهجينة البوقية الحالية. قوي وطويل الأمد ، سيكون مفيدًا في أي حديقة إذا كان الصرف مثاليًا. التغطية ضد أمطار الشتاء الغزيرة أمر لا بد منه. سوف تنتج المصابيح الكبيرة بمرور الوقت. سهل النمو من البذور.

اعتقدت أن هذه كانت أجمل زهرة رأيتها على الإطلاق عندما رأيت الصورة لأول مرة ، لذلك طلبتها. يالها من خيبة أمل! لم يكن مثل اللون الموجود في الصورة على الإطلاق. بدلاً من اللون الأبيض الكريمي الذي تراه في الصورة ، إنه لون مشمشي فاتح والأرجواني الغامق ليس أرجوانيًا على الإطلاق ، إنه لون أرجواني / كستنائي. اعتقدت أنها ربما ستبدو مثل الصورة في العام الثاني ، لكن لا ، إنها نفس الألوان غير الملحوظة التي وصفتها. لقد رأيت زنابق النهار أجمل بكثير من هذا ولدي العديد منها أفضل. لكنني وجدت أن بائعي زنبق النهار لا يهتمون كثيرًا بتصحيح الألوان عندما ينشرون صورًا لزنابق النهار الخاصة بهم. في هذا اليوم وفي عصر الفوتوشوب والشاشات المتوافقة مع الألوان ، من المخادع نشر ألوان غير صحيحة على إعلاناتهم. ولم يكن لدي أبدًا أي من الأزهار في هذا التنوع الذي يحتوي على أي من المضاعفات الموضحة في هذه الصورة. إنه جميل ، لكن لا يوجد شيء مميز ولم أكن لأنفق هذا النوع من المال لو عرفت الألوان الحقيقية لهذا النبات باهظ الثمن


كاسيات البذور (مع رسم بياني) | المملكة النباتية

كاسيات البذور هي نباتات البذور التي تتشكل فيها البذور داخل الثمار ويتم تنظيم sporophylls في أزهار.

1. النباتات المزهرة أو كاسيات البذور هي أحدث النباتات وأكثرها تطورًا. ظهروا على الأرض منذ حوالي 130 مليون سنة. أول أحفورة كاسيات البذور المسجلة من منتصف العصر الطباشيري هي Archaefructus من الصين و Archaeanthus من كندا.

2. إنها أكثر النباتات وفرة وظهورًا بحوالي 270.000 نوع (220.000 dicot و 50.000 monocots).

3. تتواجد النباتات المزهرة في معظم بيئات الأرض. البحر هو الاستثناء الوحيد. هنا تم العثور على اثنين فقط من كاسيات البذور. هم Zostera و Thalassia. وولفيا هي الأصغر (0.1 سم) بينما الأوكالبتوس ريجنانس هي الأكبر (ارتفاع 114 م). كاسيات البذور هي الأكثر اتساعًا وتنتشر في السهول وكذلك التلال.

تم تسجيلها على ارتفاع 6000 متر في جبال الهيمالايا أو القارة القطبية الجنوبية المتجمدة بشكل دائم. حتى الصحارى تمتلك نباتات مزهرة. بعض هذه النباتات الصحراوية قادرة على النمو بعد فترة وجيزة من الاستحمام الجيد والزهور والبذور المتساقطة في غضون أسابيع قليلة من الرطوبة المتاحة في المنطقة. تم الإبلاغ عن وجود نوع واحد في الينابيع الساخنة عند 60 درجة مئوية.

تعيش زهرة الأوركيد الصغيرة تحت الأرض. لديها رابطة الفطريات التي تساعدها على الحصول على الغذاء من المواد العضوية المتحللة. في المناطق الرطبة ، تنمو بعض النباتات على نباتات أخرى. إنهم يعتمدون على النبات الأكبر للمساحة فقط (لا طعام ولا ماء). تسمى هذه النباتات بالنباتات الهوائية. تُعرف النباتات المشعة شعبياً باسم مضيفي الفضاء ، على سبيل المثال ، فاندا.

4. يتم تجميع Sporophylls لتشكيل الزهور. لذلك ، تسمى كاسيات البذور أيضًا بالنباتات المزهرة.

5. كل من microsporophyIIs و megasporophylls متخصصة. يتكون الميكروسبوروفيل أو السداة من خيوط ومخمور. يتم لف الجسيمات الضخمة أو الكربلة وتعقيمها جزئيًا لإنتاج وصمة العار والأسلوب والمبيض الذي يحتوي على البويضات. داخل البويضات توجد مشيجيات أنثوية منخفضة للغاية تُعرف باسم أكياس الجنين. يسبق تكوين كيس الجنين الانقسام الاختزالي. لذلك فإن جميع خلايا كيس الجنين أحادية العدد.

6. يتم التلقيح من خلال عدة جهات ولكن من أبرزها العاني والشيمال وخاصة الحشرات. تمتلك الأزهار بتلات مبهرجة أو حبوب لقاح صالحة للأكل أو رحيق لهذا الغرض.

7. تصل حبيبات حبوب اللقاح أو المجهرية إلى سطح موصوم يوجد عند طرف الكاربيل أو الميجاسبوروفيل.

8. يتطور الطور المشيجي الأنثوي أو كيس الجنين حتى حالة 8 نواة قبل الإخصاب. يوجد جهاز بيض ذو ثلاث خلايا (خلية بيضة واحدة أو محيط محيط واثنان متآزران) ، وثلاث خلايا مضادة للوجه ونواة قطبية. تندمج النواتان القطبية لتشكيل نواة ثانوية ثنائية الصبغيات.

9. Archegonia غائبة. بدلاً من ذلك ، هناك محيط محيط واحد محاط بخليتين متآزرتين متخصصتين تجذبان أنبوب حبوب اللقاح. هذا الأخير يجلب اثنين من الأمشاج الذكور غير السوطية.

10. يوجد إخصاب مزدوج. يندمج ذكر أحد الأمشاج مع الغلاف الجوي أو خلية البويضة لتشكيل الزيجوت. يطلق عليه الإخصاب التوليدي أو syngamy. يندمج المشيج الذكري الثاني مع نواة ثانوية ثنائية الصبغيات لتشكيل نواة السويداء الأولية ثلاثية الصبغيات (PEN). انها تمثل وتخلي عن التسميد الخضري. يسمى هذا الأخير أيضًا بالاندماج الثلاثي حيث تشارك ثلاث نوى في تكوينه. مجموع 5 نوى تشارك في الإخصاب المزدوج.

11. يتطور الزيجوت إلى جنين. الخلية المركزية التي تحتوي على السويداء الأولية ثلاثية الصيغة الصبغية تشكل السويداء ثلاثي الصيغة الصبغية. يوفر السويداء الغذاء لنمو الجنين. يتدهور التآزر و shygids ومضادات الأرجل بعد الإخصاب.

12. تنضج البويضات الملقحة في البذور. البذور مغطاة بالفواكه. الثمرة تقنيًا هي مبيض ناضج. لا تحمي الفاكهة البذور فحسب ، بل تساعد أيضًا في انتشارها.

13. Xylem يحتوي على ves & shysels.

14. يمتلك اللحاء أنابيب غربالية وخلايا مرافقة.

15. يحدث النمو الثانوي في جذع وجذر بعض كاسيات البذور ، وتوضع في مجموعة ثنائيات.

الزهرة هي في الأساس نبتة تم تعديلها في كاسيات البذور للقيام بعملية التكاثر الجنسي. تتميز الزهرة بنمو محدود مع وضع داخلي طويل في القاعدة (يظهر على شكل ساق أو ساق) والعقد المكثفة الموجودة على المهاد أو الطارة. هذا الأخير يحمل أربعة أنواع من الهياكل - الكؤوس ، البتلات ، الأسدية والكاربيل.

الأشواك والبتلات أوراق نباتية معقمة. الأحجار خضراء وتغطي الزهرة في حالة البرعم. هم وقائي في الطبيعة. البتلات مبهرجة ومخصصة لجذب طلائع الحيوانات ، وخاصة الحشرات. الأسدية هي ميكروسبوروفيل متخصصة & # 8217s. كل سداة لها ساق أو خيوط ضيقة وطرف أعرض يشبه المقبض.

يقوم Anther بتطوير أربعة microsporangia أو أكياس حبوب اللقاح. هذا الأخير ينتج microspores أو حبوب اللقاح. الكاربيل هي نباتات ضخمة متخصصة. قد تكون مجانية أو مدمجة. كل كربلة لها قاعدة منتفخة تسمى المبيض.

يحتوي الجزء الداخلي من المبيض على واحدة أو أكثر من المشيمة (المفرد- المشيمة) لتحمل البويضات. رأس الكاربل له طرف لزج يعرف باسم وصمة العار. وصمة العار مخصصة لتلقي حبوب اللقاح. ترتبط وصمة العار بالمبيض من خلال ساق تعرف باسم النمط.

يُطلق على نقل حبوب اللقاح أو المجهرية إلى المنطقة المستقبلة للميكروبروفيل أو وصمة العار التلقيح. يعتبر التلقيح المتقاطع شائعًا حيث تصل حبوب اللقاح من زهرة واحدة إلى وصمة العار لزهرة أخرى. في عاريات البذور ، يكون التلقيح المتقاطع محكمًا ومختفيًا بفعل الرياح.

نفس الشيء يعرف باسم anemophily. في كاسيات البذور ، يحدث التلقيح بالرياح أو فقر الدم في حالات قليلة. في معظم النباتات ، يتم التلقيح بواسطة حشرات الحيوانات والديدان والطيور والخفافيش وحتى البشر. تتفوق الحشرات على جميع الحيوانات الأخرى كملقحات.

بعد السقوط على الوصمات ، تنبت حبوب اللقاح وتطور أنابيب حبوب اللقاح. هذا الأخير ينزل من الأنماط تدخل المبيض ثم البويضات لأداء الإخصاب. بعد الإخصاب ، تنضج البويضات لتصبح بذورًا. المبيض الذي يحتوي على البذور ينضج في الفاكهة. يشتق اسم كاسيات البذور للنباتات المزهرة من خصائصها المتمثلة في تغطية البذور أو البذور داخل الثمار.

لا تحمي الفاكهة البذور أثناء نضجها فحسب ، بل تساعد أيضًا في تشتت البذور. بعض الثمار الجافة لها آلية تفجير لرمي البذور. تحتوي الفواكه الجافة الأخرى على أجهزة تلتصق بفراء الحيوانات أو تطفو في الهواء والماء. هناك ثمار أخرى يكون فيها جدار الفاكهة سمينًا.

تجذب الثمار الناضجة اللحم وتغري الحيوانات ، وخاصة الطيور ، لأكلها. ومع ذلك ، تظل بذور الثمار السمينة سليمة من خلال قطفها أو حتى بعد مرورها عبر قنواتها الهضمية. تقوم الحيوانات بتفريق البذور أثناء عملية التغذية على الفاكهة.

وهكذا استغلت النباتات المزهرة الحشرات والطيور والعديد من الحيوانات الأخرى كعوامل للتلقيح وانتشار الفاكهة والبذور. إنه أحد الأسباب الرئيسية لهيمنة النباتات المزهرة في الوقت الحاضر.


درع للمياه (براسينيا شريبري)

Watershield هو عشب مائي دائم ذو أوراق عائمة ينمو في البرك والبحيرات والجداول البطيئة الحركة. ينتشر على نطاق واسع في أمريكا الشمالية ، ويوجد في أمريكا الجنوبية والوسطى وجزر الهند الغربية وشرق آسيا وأفريقيا وشرق أستراليا. إنه عضو في عائلة Cabombaceae (حاجز المياه).

يمكن التعرف على درع الماء بسهولة من أوراقه. إنها بيضاوية الشكل ، بلتات (يلتصق جذع الورقة بالورقة في منتصف النصل ، مثل ساق الفطر) ، مع الجوانب السفلية مغطاة بطبقة سميكة تشبه الهلام. شفرات الأوراق صغيرة ، بعرض إلى بوصة وطول من 1 إلى 4 بوصات. الجزء العلوي من الأوراق أخضر ، في حين أن الجوانب السفلية وسيقان الأوراق أرجوانية حمراء. جميع الأجزاء الموجودة تحت الماء من هذا النبات مغطاة بالطين. يبدو أن هذا الغلاف السميك يحمي النباتات من الجفاف أثناء الجفاف وقد يمنع الثدييات أيضًا من أكله.

أزهار مستجمعات المياه صغيرة وغير واضحة ، وهي نموذجية للنباتات الملقحة بالرياح. الزهور لها ثلاث إلى أربع كؤوس يبلغ طولها حوالي بوصات والتي تكون خضراء أسفلها وأرجوانية مائلة إلى الحمرة إلى المارون في الأعلى. عادة ما تكون هناك أربع بتلات أطول قليلاً وأرق قليلاً من الكؤوس. هم أرجواني محمر إلى كستنائي اللون. عادة ما تحتوي الأزهار على 18-36 سداة و4-18 مدقة في كل زهرة.

على الرغم من أن أزهار المستجمعات المائية ليست مبهرجة ، إلا أنها تتمتع ببيولوجيا مثيرة للاهتمام. تنمو براعم الزهور تحت الماء ومغطاة بالطين. تتفتح الأزهار على مدار يومين. في اليوم الأول يظهر البرعم فوق الماء. تفتح الأحجار والبتلات وتنحني إلى أسفل. على الرغم من وجود الأسدية والمدقات في كل زهرة ، في اليوم الأول من التفتح ، تظهر فقط المدقات. تطول سيقان المدقات وتنتشر للخارج فوق البتلات. في الليل ، تنحني ساق الزهرة وتغرق الأزهار تحت الماء. في اليوم الثاني ، تخرج الأزهار من الماء مرة أخرى ، ولكن مع تراجع المدقات. يتم إطالة سيقان السداة وفتح الأنثرات. بهذه الطريقة يتم تلقيح الأزهار (أوزبورن وشنايدر). بعد الإزهار ، يتم طي الكأس والبتلات وتغطس. تنمو الفاكهة تحت الماء محاطة بالبتلات والسبالات. الثمار مصنوعة من الجلد وتتكون من بذرة واحدة أو بذرتين لكل منهما.

على الرغم من أن مستجمعات المياه موطنها الأصلي أمريكا الشمالية ، إلا أنها يمكن أن تصبح شديدة الأعشاب. يمكن لهذا النبات أن يستولي بسرعة على البرك والبحيرات الضحلة. في بعض الأحيان يصبح كثيفًا لدرجة أنه يبطئ من السفر بالقوارب. تفرز نباتات المستنقعات المائية عددًا من المواد الكيميائية التي تقتل أو تمنع نمو مجموعة واسعة من البكتيريا والطحالب والنباتات الأخرى (Elakovich و Wooten). من خلال هذه الآلية ، يقضي حاجز المياه على النباتات المتنافسة.

على الرغم من أن حاجز المياه يمكن أن يكون مصدر إزعاج ، إلا أنه يفيد الحياة البرية ويستخدمه البشر. الطيور المائية تأكل هذا النبات. توفر أوراقها العائمة مأوى للأسماك والكائنات المائية الأخرى. يقال إن الأمريكيين الأصليين أكلوا جذورها الدرنية. تؤكل الأوراق والسيقان الصغيرة التي لم يتم تغطيتها بعد في الوحل كخضر للسلطة في أجزاء من اليابان.

للمزيد من المعلومات

مراجع

إلكوفيتش وستيلا د. وجان دبليو ووتين. 1987. مجلة البيئة الكيميائية. فحص السمية النباتية للدرع المائي ، Brasenia schreberi. المجلد. 13 (9): 1935-1940.

Flora of North America Editor هيئة التحرير ، المحررين (FNA). 1997. المجلد 3 ، Magnoliophyta: Magnoliidae و Hamameliidae. مطبعة جامعة أكسفورد ، نيويورك ، نيويورك. يمكن الوصول إليها من خلال: Flora of North America Online.

جودفري وروبرت ك. وجيه دبليو ووتين. 1981. نباتات مائية ورطبة في جنوب شرق الولايات المتحدة ، ثنائية الفلقة. مطبعة جامعة جورجيا ، أثينا ، جورجيا.

أوزبورن ، جيفري م ، وإدوارد إل شنايدر. 1988. الدراسات المورفولوجية لـ Nymphaeaceae Sensu Lato. السادس عشر. بيولوجيا الأزهار في Brasenia Schreberi. حوليات حديقة ميسوري النباتية. المجلد. 75 (3): 778-794.

ياتسكييفيتش ، جورج. 2006. Steyermark’s Flora of Missouri Volume 2، Revised Edition. مطبعة حديقة ميسوري النباتية ، سانت لويس. ميسوري.


تغطية التسمية الطبيعية

تهدف قائمة النباتات إلى توفير جميع الأسماء العلمية للأنواع لهذه المجموعات النباتية. يتم توفير تفصيل لأعداد النباتات والأسماء المدرجة في كل مجموعة نباتية ، انظر الإحصائيات. تغطية الأصناف غير المحددة (الأنواع الفرعية ، الأصناف ، الأشكال ، إلخ) ليست شاملة يتم تضمينها ، في المقام الأول عندما تكون مرادفات أو أسماء مقبولة لأسماء الأنواع.

تتأثر التغطية وجودة البيانات بشكل أساسي بمجموعات البيانات المصدر المستخدمة لبناء قائمة النباتات. نحن على علم بمجموعات البيانات الإضافية التي ، لو تم تضمينها ، كانت ستثري وتحسن المنتج النهائي. نأمل في تضمين مجموعات البيانات هذه في الإصدارات اللاحقة.


البحث عن قاعدة بيانات لميزات النبات - علم الأحياء

قاعدة بيانات توفر معلومات حول بنية الجينومات المجمعة وأسماء التجميع والبيانات الوصفية الأخرى والتقارير الإحصائية وروابط لبيانات التسلسل الجيني.

مجموعة منسقة من البيانات الوصفية للمجموعات الثقافية والمتاحف والأعشاب ومجموعات التاريخ الطبيعي الأخرى. تعرض السجلات رموز التجميع ، ومعلومات حول المؤسسات الرئيسية للمجموعات ، وروابط إلى البيانات ذات الصلة في NCBI.

مجموعة من دراسات الجينوميات والجينوميات الوظيفية وعلم الوراثة وروابط لمجموعات البيانات الناتجة عنها. يصف هذا المورد نطاق المشروع والمواد والأهداف ويوفر آلية لاسترداد مجموعات البيانات التي يصعب العثور عليها غالبًا بسبب التعليقات التوضيحية غير المتسقة والتقديمات المستقلة المتعددة والطبيعة المتنوعة لأنواع البيانات المتنوعة التي يتم تخزينها غالبًا في قواعد بيانات مختلفة.

تحتوي قاعدة بيانات BioSample على أوصاف لمواد المصدر البيولوجية المستخدمة في المقايسات التجريبية.

قاعدة بيانات تجمع الأدبيات الطبية الحيوية والجزيئات الصغيرة وبيانات التسلسل من حيث العلاقات البيولوجية.

مجموعة من الكتب الطبية الحيوية التي يمكن البحث عنها مباشرة أو من البيانات المرتبطة في قواعد بيانات NCBI الأخرى. تتضمن المجموعة كتبًا دراسية في الطب الحيوي ، وعناوين علمية أخرى ، وموارد وراثية مثل المراجعات الجينية، وكتيبات المساعدة NCBI.

مورد لتوفير سجل عام ومتعقب للعلاقات المبلغ عنها بين التباين البشري والحالة الصحية المرصودة مع الأدلة الداعمة. يمكن الوصول إلى المعلومات ذات الصلة في NIH Genetic Testing Registry (GTR) و MedGen و Gene و OMIM و PubMed وغيرها من المصادر من خلال الارتباطات التشعبية الموجودة في السجلات.

سجل وقاعدة بيانات للنتائج للدراسات السريرية المدعومة من القطاعين العام والخاص للمشاركين من البشر والتي أجريت في جميع أنحاء العالم.

صفحة مركزية توفر الوصول والروابط إلى الموارد التي طورتها مجموعة الهيكل التابعة لفرع البيولوجيا الحاسوبية NCBI (CBB). تغطي هذه الموارد قواعد البيانات والأدوات للمساعدة في دراسة الهياكل الجزيئية ، والمجالات المحفوظة وتصنيف البروتين ، والجزيئات الصغيرة ونشاطها البيولوجي ، والمسارات والأنظمة البيولوجية.

جهد تعاوني لتحديد مجموعة أساسية من مناطق ترميز بروتين الإنسان والفأر التي يتم شرحها باستمرار وذات جودة عالية.

مجموعة من محاذاة التسلسل والملامح التي تمثل مجالات البروتين المحفوظة في التطور الجزيئي. يتضمن أيضًا محاذاة المجالات لهياكل البروتين ثلاثية الأبعاد المعروفة في قاعدة بيانات MMDB.

تم تطوير قاعدة بيانات dbVar لأرشفة المعلومات المرتبطة بالتنوع الجينومي على نطاق واسع ، بما في ذلك عمليات الإدراج الكبيرة والحذف وعمليات النقل والانعكاس. بالإضافة إلى أرشفة اكتشاف التباين ، يقوم dbVar أيضًا بتخزين ارتباطات المتغيرات المحددة بمعلومات النمط الظاهري.

مركز أرشفة وتوزيع لوصف ونتائج الدراسات التي تبحث في تفاعل التركيب الوراثي والنمط الظاهري. تشمل هذه الدراسات الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS) ، وإعادة التسلسل الطبي ، والمقايسات التشخيصية الجزيئية ، فضلاً عن الارتباط بين النمط الجيني والسمات غير السريرية.

يشمل اختلافات النوكليوتيدات المفردة ، والسواتل المكروية ، وعمليات الإدراج والحذف على نطاق صغير. يحتوي dbSNP على بيانات التردد والنمط الجيني الخاصة بالسكان ، والظروف التجريبية ، والسياق الجزيئي ، ومعلومات رسم الخرائط لكل من الاختلافات المحايدة والطفرات السريرية.

قاعدة بيانات التسلسل الجيني للمعاهد الوطنية للصحة ، وهي مجموعة مشروحة لجميع تسلسلات الحمض النووي المتاحة للجمهور. GenBank هو جزء من التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات ، والذي يضم بنك بيانات DNA في اليابان (DDBJ) ، ومختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL) ، وبنك GenBank في NCBI. تتبادل هذه المنظمات الثلاث البيانات على أساس يومي. يتكون GenBank من عدة أقسام ، يمكن الوصول إلى معظمها من خلال قاعدة بيانات Nucleotide. الاستثناءات هي أقسام EST و GSS ، والتي يتم الوصول إليها من خلال قواعد بيانات Nucleotide EST و Nucleotide GSS ، على التوالي.

قاعدة بيانات للجينات قابلة للبحث ، تركز على الجينومات التي تم تسلسلها بالكامل والتي لديها مجتمع بحثي نشط للمساهمة ببيانات خاصة بالجينات. تتضمن المعلومات التسميات ، وتوطين الكروموسومات ، ومنتجات الجينات وسماتها (على سبيل المثال ، تفاعلات البروتين) ، والعلامات المرتبطة ، والأنماط الظاهرية ، والتفاعلات ، والروابط إلى الاستشهادات ، والتسلسلات ، وتفاصيل الاختلاف ، والخرائط ، وتقارير التعبير ، والمتجانسات ، ومحتوى مجال البروتين ، وقواعد البيانات الخارجية .

مستودع بيانات جينوم وظيفي عام يدعم عمليات تقديم البيانات المتوافقة مع MIAME. يتم قبول البيانات المستندة إلى الصفيف والتسلسل ويتم توفير الأدوات لمساعدة المستخدمين في الاستعلام عن التجارب وتنزيلها وملفات تعريف التعبير الجيني المنسقة.

يخزن التعبير الجيني المنسق ومجموعات البيانات الوفرة الجزيئية المجمعة من مستودع Gene Expression Omnibus (GEO). تحتوي سجلات DataSet على موارد إضافية ، بما في ذلك أدوات الكتلة واستعلامات التعبيرات التفاضلية.

يخزن ملفات تعريف التعبير الجيني الفردي والوفرة الجزيئية المجمعة من مستودع Gene Expression Omnibus (GEO). ابحث عن ملفات تعريف محددة للاهتمام بناءً على التعليقات التوضيحية الجينية أو خصائص الملف الشخصي المحسوبة مسبقًا.

مجموعة من توصيفات الأمراض التي تم تأليفها من قبل الخبراء ومراجعتها من قبل الأقران على NCBI Bookshelf والتي تطبق الاختبارات الجينية للتشخيص والإدارة والاستشارة الوراثية للمرضى والعائلات الذين يعانون من حالات وراثية محددة.

ملخصات للمعلومات الخاصة باضطرابات وراثية مختارة مع مناقشات حول الطفرة (الطفرات) الأساسية والميزات السريرية ، بالإضافة إلى روابط لقواعد البيانات والمنظمات ذات الصلة.

سجل طوعي للاختبارات الجينية والمختبرات ، مع معلومات مفصلة عن الاختبارات مثل ما يتم قياسه والتحليلي والصلاحية السريرية. يعتبر GTR أيضًا رابطًا للمعلومات حول الظروف الجينية ويوفر روابط خاصة بالسياق لمجموعة متنوعة من الموارد ، بما في ذلك إرشادات الممارسة ، والأدبيات المنشورة ، والبيانات / المعلومات الجينية. يشمل النطاق الأولي لـ GTR اختبارات الجين الفردي لاضطرابات مندلية ، بالإضافة إلى المصفوفات والألواح واختبارات الجينات الدوائية.

يحتوي على بيانات التسلسل والخرائط من الجينوم الكامل لأكثر من 1000 كائن حي. تمثل الجينوم كلاً من الكائنات الحية المتسلسلة تمامًا وتلك التي يتم إجراء التسلسل لها. يتم تمثيل المجالات الرئيسية الثلاثة للحياة (البكتيريا ، والعتائق ، وحقيقيات النوى) ، بالإضافة إلى العديد من الفيروسات والعاثيات والفيروسات والبلازميدات والعضيات.

يحتفظ الاتحاد المرجعي للجينوم (GRC) بالمسؤولية عن الجينوم المرجعي للإنسان والفأر. Members consist of The Genome Center at Washington University, the Wellcome Trust Sanger Institute, the European Bioinformatics Institute (EBI) and the National Center for Biotechnology Information (NCBI). The GRC works to correct misrepresented loci and to close remaining assembly gaps. In addition, the GRC seeks to provide alternate assemblies for complex or structurally variant genomic loci. At the GRC website (http://www.genomereference.org), the public can view genomic regions currently under review, report genome-related problems and contact the GRC.

A centralized page providing access and links to glycoinformatics and glycobiology related resources.

A database of known interactions of HIV-1 proteins with proteins from human hosts. It provides annotated bibliographies of published reports of protein interactions, with links to the corresponding PubMed records and sequence data.

A collection of consolidated records describing proteins identified in annotated coding regions in GenBank and RefSeq, as well as SwissProt and PDB protein sequences. This resource allows investigators to obtain more targeted search results and quickly identify a protein of interest.

A compilation of data from the NIAID Influenza Genome Sequencing Project and GenBank. It provides tools for flu sequence analysis, annotation and submission to GenBank. This resource also has links to other flu sequence resources, and publications and general information about flu viruses.

Subset of the NLM Catalog database providing information on journals that are referenced in NCBI database records, including PubMed abstracts. This subset can be searched using the journal title, MEDLINE or ISO abbreviation, ISSN, or the NLM Catalog ID.

MeSH (Medical Subject Headings) is the U.S. National Library of Medicine's controlled vocabulary for indexing articles for MEDLINE/PubMed. MeSH terminology provides a consistent way to retrieve information that may use different terminology for the same concepts.

A portal to information about medical genetics. MedGen includes term lists from multiple sources and organizes them into concept groupings and hierarchies. Links are also provided to information related to those concepts in the NIH Genetic Testing Registry (GTR), ClinVar, Gene, OMIM, PubMed, and other sources.

A comprehensive manual on the NCBI C++ toolkit, including its design and development framework, a C++ library reference, software examples and demos, FAQs and release notes. The manual is searchable online and can be downloaded as a series of PDF documents.

Provides links to tutorials and training materials, including PowerPoint slides and print handouts.

Part of the NCBI Handbook, this glossary contains descriptions of NCBI tools and acronyms, bioinformatics terms and data representation formats.

An extensive collection of articles about NCBI databases and software. Designed for a novice user, each article presents a general overview of the resource and its design, along with tips for searching and using available analysis tools. All articles can be searched online and downloaded in PDF format the handbook can be accessed through the NCBI Bookshelf.

Accessed through the NCBI Bookshelf, the Help Manual contains documentation for many NCBI resources, including PubMed, PubMed Central, the Entrez system, Gene, SNP and LinkOut. All chapters can be downloaded in PDF format.

A project involving the collection and analysis of bacterial pathogen genomic sequences originating from food, environmental and patient isolates. Currently, an automated pipeline clusters and identifies sequences supplied primarily by public health laboratories to assist in the investigation of foodborne disease outbreaks and discover potential sources of food contamination.

Bibliographic data for all the journals, books, audiovisuals, computer software, electronic resources and other materials that are in the library's holdings.

A collection of nucleotide sequences from several sources, including GenBank, RefSeq, the Third Party Annotation (TPA) database, and PDB. Searching the Nucleotide Database will yield available results from each of its component databases.

A database of human genes and genetic disorders. NCBI maintains current content and continues to support its searching and integration with other NCBI databases. However, OMIM now has a new home at omim.org, and users are directed to this site for full record displays.

Database of related DNA sequences that originate from comparative studies: phylogenetic, population, environmental and, to a lesser degree, mutational. Each record in the database is a set of DNA sequences. For example, a population set provides information on genetic variation within an organism, while a phylogenetic set may contain sequences, and their alignment, of a single gene obtained from several related organisms.

A collection of related protein sequences (clusters), consisting of Reference Sequence proteins encoded by complete prokaryotic and organelle plasmids and genomes. The database provides easy access to annotation information, publications, domains, structures, external links, and analysis tools.

A database that includes protein sequence records from a variety of sources, including GenPept, RefSeq, Swiss-Prot, PIR, PRF, and PDB.

A database that includes a collection of models representing homologous proteins with a common function. It includes conserved domain architecture, hidden Markov models and BlastRules. A subset of these models are used by the Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) to assign names and other attributes to predicted proteins.

Consists of deposited bioactivity data and descriptions of bioactivity assays used to screen the chemical substances contained in the PubChem Substance database, including descriptions of the conditions and the readouts (bioactivity levels) specific to the screening procedure.

Contains unique, validated chemical structures (small molecules) that can be searched using names, synonyms or keywords. The compound records may link to more than one PubChem Substance record if different depositors supplied the same structure. These Compound records reflect validated chemical depiction information provided to describe substances in PubChem Substance. Structures stored within PubChem Compounds are pre-clustered and cross-referenced by identity and similarity groups. Additionally, calculated properties and descriptors are available for searching and filtering of chemical structures.

PubChem Substance records contain substance information electronically submitted to PubChem by depositors. This includes any chemical structure information submitted, as well as chemical names, comments, and links to the depositor's web site.

A database of citations and abstracts for biomedical literature from MEDLINE and additional life science journals. Links are provided when full text versions of the articles are available via PubMed Central (described below) or other websites.

A digital archive of full-text biomedical and life sciences journal literature, including clinical medicine and public health.

RefSeqGene A collection of human gene-specific reference genomic sequences. RefSeq gene is a subset of NCBI’s RefSeq database, and are defined based on review from curators of locus-specific databases and the genetic testing community. They form a stable foundation for reporting mutations, for establishing consistent intron and exon numbering conventions, and for defining the coordinates of other biologically significant variation. RefSeqGene is a part of the Locus Reference Genomic (LRG) Collaboration. Reference Sequence (RefSeq)

A collection of curated, non-redundant genomic DNA, transcript (RNA), and protein sequences produced by NCBI. RefSeqs provide a stable reference for genome annotation, gene identification and characterization, mutation and polymorphism analysis, expression studies, and comparative analyses. The RefSeq collection is accessed through the Nucleotide and Protein databases.

A collection of resources specifically designed to support the research of retroviruses, including a genotyping tool that uses the BLAST algorithm to identify the genotype of a query sequence an alignment tool for global alignment of multiple sequences an HIV-1 automatic sequence annotation tool and annotated maps of numerous retroviruses viewable in GenBank, FASTA, and graphic formats, with links to associated sequence records.

A summary of data for the SARS coronavirus (CoV), including links to the most recent sequence data and publications, links to other SARS related resources, and a pre-computed alignment of genome sequences from various isolates.

The Sequence Read Archive (SRA) stores sequencing data from the next generation of sequencing platforms including Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics®, and Pacific Biosciences SMRT®.

Contains macromolecular 3D structures derived from the Protein Data Bank, as well as tools for their visualization and comparative analysis.

Contains the names and phylogenetic lineages of more than 160,000 organisms that have molecular data in the NCBI databases. New taxa are added to the Taxonomy database as data are deposited for them.

A database that contains sequences built from the existing primary sequence data in GenBank. The sequences and corresponding annotations are experimentally supported and have been published in a peer-reviewed scientific journal. TPA records are retrieved through the Nucleotide Database.

A repository of DNA sequence chromatograms (traces), base calls, and quality estimates for single-pass reads from various large-scale sequencing projects.

A wide range of resources, including a brief summary of the biology of viruses, links to viral genome sequences in Entrez Genome, and information about viral Reference Sequences, a collection of reference sequences for thousands of viral genomes.

An extension of the Influenza Virus Resource to other organisms, providing an interface to download sequence sets of selected viruses, analysis tools, including virus-specific BLAST pages, and genome annotation pipelines.

التحميلات

BLAST executables for local use are provided for Solaris, LINUX, Windows, and MacOSX systems. See the README file in the ftp directory for more information. Pre-formatted databases for BLAST nucleotide, protein, and translated searches also are available for downloading under the db subdirectory.

Sequence databases for use with the stand-alone BLAST programs. The files in this directory are pre-formatted databases that are ready to use with BLAST.

This site provides full data records for CDD, along with individual Position Specific Scoring Matrices (PSSMs), mFASTA sequences and annotation data for each conserved domain. See the README file for full details.

This site provides full data extractions in XML and summary data in VCF format. It contains files with information about standard terms used in ClinVar, MedGen, and GTR.

Sequence databases in FASTA format for use with the stand-alone BLAST programs. These databases must be formatted using formatdb before they can be used with BLAST.

This site contains files for all sequence records in GenBank in the default flat file format. The files are organized by GenBank division, and the full contents are described in the README.genbank file.

The protein sequences corresponding to the translations of coding sequences (CDS) in GenBank are collected for each GenBank release..Please see the README file in the directory for more information.

This site contains three directories: DATA, GeneRIF and tools. The DATA directory contains files listing all data linked to GeneIDs along with subdirectories containing ASN.1 data for the Gene records. The GeneRIF (Gene References into Function) directory contains PubMed identifiers for articles describing the function of a single gene or interactions between products of two genes. Sample programs for manipulating gene data are provided in the tools directory. Please see the README file for details.

This site contains GEO data in two formats: SOFT (Simple Omnibus in Text Format) and MINiML (MIAME Notation in Markup Language). Summary text files and supplementary data are also available. Please see the README.TXT file for more information.

This site contains genome sequence and mapping data for organisms in Entrez Genome. The data are organized in directories for single species or groups of species. Mapping data are collected in the directory MapView and are organized by species. See the README file in the root directory and the README files in the species subdirectories for detailed information.

Contains directories for each genome that include available mapping data for current and previous builds of that genome.

This site contains the full taxonomy database along with files associating nucleotide and protein sequence records with their taxonomy IDs. See the taxdump_readme.txt and gi_taxid.readme files for more information.

This site provides data from the PubChem Substance, Compound and Bioassay databases for download via ftp. Full downloads of the databases are available along with daily, weekly and monthly updates for Substance and Compound. Substance and Compound data are provided in ASN.1, SDF and XML formats. See the README files for more information.

This site contains all nucleotide and protein sequence records in the Reference Sequence (RefSeq) collection. The ""release"" directory contains the most current release of the complete collection, while data for selected organisms (such as human, mouse and rat) are available in separate directories. Data are available in FASTA and flat file formats. See the README file for details.

This site contains SKY-CGH data in ASN.1, XML and EasySKYCGH formats. See the skycghreadme.txt file for more information.

Downloadable data for SNP.

This site contains next-generation sequencing data organized by the submitted sequencing project.

FTP download site for NCBI databases, tools, and utilities.

This site contains ASN.1 data for all records in MMDB along with VAST alignment data and the non-redundant PDB (nr-PDB) data sets. See the README file for more information.

This site contains the trace chromatogram data organized by species. Data include chromatogram, quality scores, FASTA sequences from automatic base calls, and other ancillary information in tab-delimited text as well as XML formats. See the README file for details.

This site contains the UniVec and UniVec_Core databases in FASTA format. See the README.uv file for details.

This site contains whole genome shotgun sequence data organized by the 4-digit project code. Data include GenBank and GenPept flat files, quality scores and summary statistics. See the README.genbank.wgs file for more information.

Open-access data generally include summaries of genotype/phenotype association studies, descriptions of the measured variables, and study documents, such as the protocol and questionnaires. Access to individual-level data, including phenotypic data tables and genotypes, requires varying levels of authorization.

NLM leases MEDLINE/PubMed to U.S. individuals or organizations.

Specifications for NCBI data in ASN.1 or DTD format are available on the Index of data_specs page. The "NCBI_data_conversion.html" links to the conversion tool.

A suite of tag sets for authoring and archiving journal articles as well as transferring journal articles from publishers to archives and between archives. There are four tag sets: Archiving and Interchange Tag Set - Created to enable an archive to capture as many of the structural and semantic components of existing printed and tagged journal material as conveniently as possible Journal Publishing Tag Set - Optimized for archives that wish to regularize and control their content, not to accept the sequence and arrangement presented to them by any particular publisher Article Authoring Tag Set - Designed for authoring new journal articles NCBI Book Tag Set - Written specifically to describe volumes for the NCBI online libraries.

This service allows users to download compound or substance records corresponding to a set of PubChem identifiers, which can be supplied manually or through a text file. Numerous download formats are available, including SDF, XML and SMILES.

The PMC Open-Access Subset is a relatively small part of the total collection of articles in PMC. Whereas the majority of articles in PMC are subject to traditional copyright restrictions, these articles are protected by copyright, but are made available under a Creative Commons or similar license that generally allows more liberal redistribution and reuse than a traditional copyright. Please refer to the license statement in each article for specific terms of use.

Subscribe to Web/RSS feeds for updates about NCBI resources.

Submissions

An online form that provides an interface for researchers, consortia and organizations to register their BioProjects. This serves as the starting point for the submission of genomic and genetic data for the study. The data does not need to be submitted at the time of BioProject registration.

Guidelines and instructions for submitting assertions about the pathogenicity of human genetic variants. These submissions can include summary data about a variant (variant level/aggregate data) support for variants per case (case-level) is in development.

Guidelines and requirements for submitting genotype and phenotype association data to dbGaP.

A web-based sequence submission tool for one or a few submissions to the GenBank database, designed to make the submission process quick and easy.

Tool for submission to the GenBank database of Barcode short nucleotide sequences from a standard genetic locus for use in species identification.

A stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to public sequence databases (GenBank, EMBL, or DDBJ). It is capable of handling simple submissions that contain a single short mRNA sequence, complex submissions containing long sequences, multiple annotations, segmented sets of DNA, as well as sequences from phylogenetic and population studies with alignments. For simple submission, use the online submission tool BankIt instead.

A command-line program that automates the creation of sequence records for submission to GenBank using many of the same functions as Sequin. It is used primarily for submission of complete genomes and large batches of sequences.

Submit expression data, such as microarray, SAGE or mass spectrometry datasets to the NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database.

GeneRIF provides a simple mechanism to allow scientists to add to the functional annotation of genes in the Gene database.

Guidelines and instructions for registering laboratories and submitting genetic test information including clinical and research tests for germline or somatic test targets. GTR welcomes registration of cytogenetic, biochemical, and molecular tests for Mendelian disorders, pharmacogenetic phenotypes and complex panels.

The NIH Manuscript Submission (NIHMS) System is used to submit manuscripts that arise from NIH funding to the PubMed Central digital archive, in accordance with the NIH Public Access Policy and the law it implements. The law and Public Access Policy are intended to ensure that the public has access to the published results of NIH-funded research.

This site enables users to submit data to the PubChem Substance and BioAssay databases, including chemical structures, experimental biological activity results, annotations, siRNA data and more. It can also be used to update previously submitted records.

The SNP database tools page provides links to the general submission guidelines and to the submission handle request. The page has also two specific links for single- or batch submissions of the human variation data using Human Genome Variation Society nomenclature.

This link describes how submitters of SRA data can obtain a secure NCBI FTP site for their data, and also describes the allowed data formats and directory structures.

A single entry point for submitters to link to and find information about all of the data submission processes at NCBI. Currently, this serves as an interface for the registration of BioProjects and BioSamples and submission of data for WGS and GTR. Future additions to this site are planned.

This link describes how submitters of trace data can obtain a secure NCBI FTP site for their data, and also describes the allowed data formats and directory structures.

أدوات

An interactive graphical viewer that allows users to explore variant calls, genotype calls and supporting evidence (such as aligned sequence reads) that have been produced by the 1000 Genomes Project.

This tool allows users to explore the characteristics of amino acids by comparing their structural and chemical properties, predicting protein sequence changes caused by mutations, viewing common substitutions, and browsing the functions of given residues in conserved domains.

Performs a BLAST search for similar sequences from selected complete eukaryotic and prokaryotic genomes.

Performs a BLAST search of the genomic sequences in the RefSeqGene/LRG set. The default display provides ready navigation to review alignments in the Graphics display.

This page links to a number of BLAST-related tutorials and guides, including a selection guide for BLAST algorithms, descriptions of BLAST output formats, explanations of the parameters for stand-alone BLAST, directions for setting up stand-alone BLAST on local machines and using the BLAST URL API.

Finds regions of local similarity between biological sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as to help identify members of gene families.

Allows you to retrieve records from many Entrez databases by uploading a file of GI or accession numbers from the Nucleotide or Protein databases, or a file of unique identifiers from other Entrez databases. Search results can be saved in various formats directly to a local file on your computer.

A stand-alone application for classifying protein sequences and investigating their evolutionary relationships. CDTree can import, analyze and update existing Conserved Domain (CDD) records and hierarchies, and also allows users to create their own. CDTree is tightly integrated with Entrez CDD and Cn3D, and allows users to create and update protein domain alignments.

COBALT is a protein multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database, protein motif database, and sequence similarity, using RPS-BLAST, BLASTP, and PHI-BLAST.

A stand-alone application for viewing 3-dimensional structures from NCBI's Entrez retrieval service. Cn3D runs on Windows, Macintosh, and UNIX and can be configured to receive data from most popular web browsers. Cn3D simultaneously displays structure, sequence, and alignment, and has powerful annotation and alignment editing features.

Part of the NCBI Bookshelf, Coffee Break combines reports on recent biomedical discoveries with use of NCBI tools. Each report incorporates interactive tutorials that show how NCBI bioinformatics tools are used as a part of the research process.

Displays the functional domains that make up a given protein sequence. It lists proteins with similar domain architectures and can retrieve proteins that contain particular combinations of domains.

Identifies the conserved domains present in a protein sequence. CD-Search uses RPS-BLAST (Reverse Position-Specific BLAST) to compare a query sequence against position-specific score matrices that have been prepared from conserved domain alignments present in the Conserved Domain Database (CDD).

Tools that provide access to data within NCBI's Entrez system outside of the regular web query interface. They provide a method of automating Entrez tasks within software applications. Each utility performs a specialized retrieval task, and can be used simply by writing a specially formatted URL.

A tool that allows users to construct an E-utility analysis pipeline using an online form, and then generates a Perl script to execute the pipeline.

Tool for aligning a query sequence (nucleotide or protein) to GenBank sequences included on microarray or SAGE platforms in the GEO database.

Displays the genetic codes for organisms in the Taxonomy database in tables and on a taxonomic tree.

This tool compares nucleotide or protein sequences to genomic sequence databases and calculates the statistical significance of matches using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) algorithm.

A genome browser for interactive navigation of eukaryotic RefSeq genome assemblies with comprehensive inspection of gene, expression, variation and other annotations. GDV offers easy-to-load analytical track pre-configurations, a menu of data tracks for easy display and customization, and supports upload and analysis of user data. This browser also enables the production of displays for publishing.

An online tool that assists in the production of journal quality figures of annotations on an ideogram or sequence representation of an assembly.

NCBI's Remap tool allows users to project annotation data and convert locations of features from one genomic assembly to another or to RefSeqGene sequences through a base by base analysis. Options are provided to adjust the stringency of remapping, and summary results are displayed on the web page. Full results can be downloaded for viewing in NCBI's Genome Workbench graphical viewer, and annotation data for the remapped features, as well as summary data, is also available for download.

An integrated application for viewing and analyzing sequence data. With Genome Workbench, you can view data in publically available sequence databases at NCBI, and mix these data with your own data.

A service that allows third parties to link directly from PubMed and other Entrez database records to relevant web-accessible resources beyond the Entrez system. Examples of LinkOut resources include full-text publications, biological databases, consumer health information and research tools.

Provides special browsing capabilities of maps and assembled sequences for a subset of organisms. You can view and search an organism's complete genome, display maps, and zoom into progressively greater levels of detail, down to the sequence data for a region of interest.

An interactive web application that enables users to visualize multiple alignments created by database search results or other software applications. The MSA Viewer allows users to upload an alignment and set a master sequence, and to explore the data using features such as zooming and changing of coloration.

Provides information on new and updated resources and NCBI research and development projects. The News site contains feature articles highlighting services, resource features and tools, as well as frequent postings describing important announcements regarding key datasets and services of interest to the user community. Links to NCBI's social media sites along and a list of available RSS feeds and Email listservs are provided.

A set of software and data exchange specifications used by NCBI to produce portable, modular software for molecular biology. The software in the Toolbox is primarily designed to read records in Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1) format, an International Standards Organization (ISO) data representation format.

A public domain quality assurance software package that facilitates the assessment of multiplex short tandem repeat (STR) DNA profiles based on laboratory-specific protocols. OSIRIS evaluates the raw electrophoresis data using an independently derived mathematically-based sizing algorithm. It offers two new peak quality measures - fit level and sizing residual. It can be customized to accommodate laboratory-specific signatures such as background noise settings, customized naming conventions and additional internal laboratory controls.

A graphical analysis tool that finds all open reading frames in a user's sequence or in a sequence already in the database. Sixteen different genetic codes can be used. The deduced amino acid sequence can be saved in various formats and searched against protein databases using BLAST.

Allows users to display, sort, subset and download position-specific score matrices (PSSMs) either from CDD records or from Position Specific Iterated (PSI)-BLAST protein searches. The tool also can align a query protein to the PSSM and highlight positions of high conservation.

Supports finding human phenotype/genotype relationships with queries by phenotype, chromosome location, gene, and SNP identifiers. Currently includes information from dbGaP, the NHGRI GWAS Catalog, and GTeX. Displays results on the genome, on sequence, or in tables for download.

The Primer-BLAST tool uses Primer3 to design PCR primers to a sequence template. The potential products are then automatically analyzed with a BLAST search against user specified databases, to check the specificity to the target intended.

A utility for computing alignment of proteins to genomic nucleotide sequence. It is based on a variation of the Needleman Wunsch global alignment algorithm and specifically accounts for introns and splice signals. Due to this algorithm, ProSplign is accurate in determining splice sites and tolerant to sequencing errors.

PUG provides access to PubChem services via a programmatic interface. PUG allows users to download data, initiate chemical structure searches, standardize chemical structures and interact with the E-utilities. PUG can be accessed using either standard URLs or via SOAP.

Standardization, in PubChem terminology, is the processing of chemical structures in the same way used to create PubChem Compound records from contributors' original structures. This service lets users see how PubChem would handle any structure they would like to submit.

PubChem Structure Search allows the PubChem Compound Database to be queried by chemical structure or chemical structure pattern. The PubChem Sketcher allows a query to be drawn manually. Users may also specify the structural query input by PubChem Compound Identifier (CID), SMILES, SMARTS, InChI, Molecular Formula, or by upload of a supported structure file format.

A specialized PubMed search form targeted to clinicians and health services researchers. The page simplifies searching by clinical study category, finding systematic reviews and searching the medical genetics literature.

A collection of web and flash tutorials on PubMed searching and linking, saving searches in MyNCBI, using MeSH and other PubMed services.

The Related Structures tool allows users to find 3D structures from the Molecular Modeling Database (MMDB) that are similar in sequence to a query protein. Although the query protein may not yet have a resolved structure, the 3D shape of a similar protein sequence can shed light on the putative shape and biological function of the query protein.

A variety of tools are available for searching the SNP database, allowing search by genotype, method, population, submitter, markers and sequence similarity using BLAST. These are linked under ""Search"" on the left side bar of the dbSNP main page.

Sequence Cytogenetic Conversion Service An online tool that converts sequence and cytogenetic coordinates for human, rat, mouse and fruit fly genomic assemblies. Sequence Viewer

Provides a configurable graphical display of a nucleotide or protein sequence and features that have been annotated on that sequence. In addition to use on NCBI sequence database pages, this viewer is available as an embeddable webpage component. Detailed documentation including an API Reference guide is available for developers wishing to embed the viewer in their own pages.

A utility for computing cDNA-to-Genomic sequence alignments. It is based on a variation of the Needleman-Wunsch global alignment algorithm and specifically accounts for introns and splice signals. Due to this algorithm, Splign is accurate in determining splice sites and tolerant to sequencing errors.

Supports searching the taxonomy tree using partial taxonomic names, common names, wild cards and phonetically similar names. For each taxonomic node, the tool provides links to all data in Entrez for that node, displays the lineage, and provides links to external sites related to the node.

Generates a taxonomic tree for a selected group of organisms. Users can upload a file of taxonomy IDs or names, or they can enter names or IDs directly.

Displays the number of taxonomic nodes in the database for a given rank and date of inclusion.

Displays the current status of a set of taxonomic nodes or IDs.

A tool for creating and displaying phylogenetic tree data. Tree Viewer enables analysis of your own sequence data, produces printable vector images as PDFs, and can be embedded in a webpage.

Variation Viewer A genomic browser to search and view genomic variations listed in dbSNP, dbVar, and ClinVar databases. Searches can be performed using chromosomal location, gene symbol, phenotype, or variant IDs from dbSNP and dbVar. The browser enables exploration of results in a dynamic graphical sequence viewer with annotated tables of variations. VecScreen

A system for quickly identifying segments of a nucleic acid sequence that may be of vector origin. VecScreen searches a query sequence for segments that match any sequence in a specialized non-redundant vector database (UniVec).

A computer algorithm that identifies similar protein 3-dimensional structures. Structure neighbors for every structure in MMDB are pre-computed and accessible via links on the MMDB Structure Summary pages. These neighbors can be used to identify distant homologs that cannot be recognized by sequence comparison alone.

This tool helps identify the genotype of a viral sequence. A window is slid along the query sequence and each window is compared by BLAST to each of the reference sequences for a particular virus.


The Plant List &mdash A working list for all plant species

Enter a Genus (eg Ocimum) or genus and species (eg Ocimum basilicum).

؟ will match a single character. * will match any number of characters. Use at least three letters in the genus name if you include a ? or * .

The Plant List (TPL) was a working list of all known plant species produced by the botanical community in response to Target 1 of the 2002-2010 Global Strategy for Plant Conservation (GSPC). TPL has been static since 2013, but was used as the starting point for the Taxonomic Backbone of the World Flora Online (WFO) , and updated information can be found at www.worldfloraonline.org.

WFO is being developed by a consortium of leading botanical institutions worldwide in response to the 2011-2020 GSPC’s updated Target 1: to achieve an online Flora of all known plants by 2020. WFO welcomes feedback from users for improvements to its Taxonomic Backbone which is curated by a growing community of WFO Taxonomic Expert Networks (TENs).

The Plant List is a working list of all known plant species. It aims to be comprehensive for species of Vascular plant (flowering plants, conifers, ferns and their allies) and of الطحالب (mosses and liverworts).

Collaboration between the Royal Botanic Gardens, Kew and Missouri Botanical Garden enabled the creation of The Plant List by combining multiple checklist data sets held by these institutions and other collaborators.

Version 1.1 (September 2013) replaces Version 1.0 which remains accessible here. Version 1.1 includes new data sets, updated versions of the original data sets and improved algorithms to resolve logical conflicts between those data sets. The differences between versions are summarised here.

The Plant List provides the Accepted Latin name for most species, with links to all Synonyms by which that species has been known. Around 20% of names are unresolved indicating that the data sources included provided no evidence or view as to whether the name should be treated as accepted or not, or there were conflicting opinions that could not be readily resolved.

The Plant List is not perfect and represents work in progress. Our aims remain to produce a ‘best effort’ list, to demonstrate progress and to stimulate further work. Important limitations are summarised here.

Summary Statistics

The Plant List includes 1,064,035 scientific plant names of species rank. Of these 350,699 are accepted species names.

The Plant List contains 642 plant families and 17,020 plant genera.

The status of the 1,064,035 species names, are as follows:

حالة المجموع
Accepted 350,699 33.0%
مرادف 470,624 44.2%
Unresolved 242,712 22.8%

تصفح

Click on the major plant group of interest to explore the taxonomic hierarchy embedded within The Plant List .

Work down the taxonomic hierarchy from Major Group (to find out which Families belong to each), to أسرة (to discover the Genera belonging to each) and finally جنس (to list the Species in each).


انت تستطيع فعل ذالك!

Plant Identification can have a steep learning curve but it gets easier the more you know. After you start to recognize what makes an oak an oak, or a maple a maple, then you only have to figure out which specific species it is you are halfway there! Then, you will find, many plants can be quickly identified by, single, easily observable traits. For example, the young ecologist above is checking the leafstalk on this maple leaf for a milky sap, a sure sign that it is a Norway Maple because no other maple has that milky sap. You will learn tips and tricks like this, from nurseries, other gardeners, or online, as you go about your search. For fun and practice try an online quiz or go for a hike or walk and collect some samples to spend some time at home with a field guide. Learning the names of plants is like being introduced to new friends and once you are familiar with them, and their “personalities” you can recognize them even in a crowd of other vegetation. And of course, feel free to email us at [email protected] with any plant ID questions.

Add a Plant ID to Your Map

Adding a Plant ID to your map starts with adding the plant object. First, choose the Third option in the Tool Shed. This will bring up a row of objects along the bottom of the map. Select the icon you like which best represents the plant you are adding. There are three options for trees, shrubs, or flowers and several more for other various types of plants. The image itself is for your personal design or organization.

After selecting the icon for your plant, simply click on the map where you would like to place it. A corner point of a box will appear with your plant icon. Move the mouse to drag open the box to the size you desire and click your mouse to place the opposite corner of the box.

Double click on the newly placed plant object. An info-window will pop-up where you can add details and characteristics. Select Basic Information from the left hand menu and give your plant a personal title, anything you like. You can then Set the Species using the common or scientific name in the lower menu. Just start typing and a drop down menu will give you possible selections. Choose the correct species and then Save your entry.