معلومة

هل من الممكن استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل لاختبار مرض ماتشادو جوزيف؟


مرض ماتشادو جوزيف (MJD) هو مرض عصبي عضلي نادر وراثي ناجم عن طفرة في الجين ATXN3. يحتوي البروتين المشفر بواسطة هذا الجين على تكرار "CAG" في منطقة الترميز ، وتوسع هذه التكرارات من المستوى الطبيعي 12-44 إلى 52-86 هو السبب الأكثر شيوعًا للمرض.

من المعروف جيدًا أن تضخيم الحمض النووي المتكرر بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) عرضة للأخطاء ، الناتجة بشكل رئيسي عن اختلال المحاذاة / انزلاق البوليميراز أثناء مرحلة الاستطالة.

هل يعرف أي شخص ما إذا كان هناك بروتوكول PCR متخصص أو بوليميراز يمكنه تضخيم المنطقة المتكررة لـ ATXN3 بدقة بحيث يمكن للمرء استخدام الرحلان الكهربائي الهلامي أو تسلسل Sanger لتقريب عدد تكرار CAG؟


تصف هذه الورقة بروتوكول PCR الخاص بالأليل للكشف عن توسع تكرار CAG في مرضى MJD:

Maciel P، Costa MDC، Ferro A، وآخرون. تحسين التشخيص الجزيئي لمرض ماتشادو جوزيف. قوس نيورول. 2001;58(11):1821-1827.


هل من الممكن استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل لاختبار مرض ماتشادو جوزيف؟ - مادة الاحياء

  • يمكن استخدام تحليل الجينوم لتحديد الجراثيم
  • أو للكتابة فوق مستوى الأنواع
  • تتطلب استثمارات كبيرة في المعدات الرأسمالية وتدريب الفنيين
  • أصبح تسلسل الجينوم الكامل (WGS) سريعًا طريقة كتابة مجدية لمختبرات علم الأحياء الدقيقة

منذ أن تم عزل الكائنات الدقيقة لأول مرة ونمت في مزرعة نقية ، احتاجت مختبرات علم الأحياء الدقيقة إلى توصيف العزلات بحيث يمكن تمييزها عن بعضها البعض. تعد المخططات التي يمكن استخدامها لوصف خصائص العزلة الميكروبية ضرورية في كل فرع من فروع علم الأحياء الدقيقة وكان تطورها وصقلها ثابتًا. ساهم ظهور البيولوجيا الجزيئية في الثمانينيات في مجموعة من الأدوات الجديدة القوية التي ساعدت علماء الأحياء الدقيقة في اكتشاف أصغر الاختلافات داخل الأنواع الميكروبية وحتى داخل السلالات الفردية. لقد أضاف هذا بعدًا جديدًا تمامًا للعلم الذي كان في خطر أن يصبح مقيدًا باعتماده على تقنيات المختبرات التقليدية.

في الواقع ، تقدمت التكنولوجيا إلى ما هو أبعد من المستوى الذي تحتاجه معظم المختبرات الروتينية ، حيث من المحتمل أن يكون تحديد أنواع أي عزلة كافياً. من المرجح أن يكون التمييز بين السلالات المختلفة من نفس النوع - النوع - ذا قيمة في مختبر أبحاث أو في مجالات أكثر تخصصًا ، مثل علم الأوبئة. ومع ذلك ، فإن الأساليب والمعدات المصممة للمساعدة في تحديد كل من الأنواع والطباعة متاحة تجارياً لمجموعة من التطبيقات.

تحديد الأنواع إن تحديد العزلة الميكروبية على مستوى الأنواع لا يرقى إلا إلى التوصيف الجزئي للعزلة ، ولكنه لا يزال جزءًا مفيدًا جدًا من المعلومات. تتيح معرفة الأنواع للمختبر الوصول إلى مجموعة المعرفة الموجودة حول هذا النوع. على سبيل المثال ، هل هو أحد مسببات الأمراض البشرية أو الحيوانية ، أم أنه من المحتمل أن يتكاثر في منتج ما ويسبب التلف؟ قد يوفر تحديد الأنواع أيضًا دليلًا على مصدر الملوث.

يتزايد باستمرار عدد الأجناس والأنواع المعترف بها من الكائنات الحية الدقيقة وقد تسارعت هذه العملية منذ أن اكتسب علماء الأحياء الدقيقة القدرة على استكشاف العلاقات الجينية بين العزلات المختلفة. بحلول نهاية عام 2013 ، كان قائمة أسماء بدائية النواة مع الوقوف في التسمية (LPSN) احتوت على ما يقرب من 16000 نوع - في عام 1980 كان هناك ما يزيد قليلاً عن 2300. على الرغم من ذلك ، لا يزال من الممكن لمختبرات علم الأحياء الدقيقة الروتينية تحديد العديد من العزلات حسب الجنس ، وغالبًا على مستوى الأنواع باستخدام عدد صغير بشكل ملحوظ من الاختبارات الرئيسية. تم تطوير وتحسين مخططات تحديد الهوية باستخدام خصائص مثل المستعمرة ومورفولوجيا الخلية ، وتفاعل الجرام وخصائص تلطيخ أخرى ، والمتطلبات الغذائية والفيزيائية للنمو ، والخصائص الأيضية وعوامل الإمراضية على مدى عقود عديدة إلى نقطة حيث حتى المختبرات الصغيرة قادرة على تحديد العزلات إلى مستوى الأنواع باستخدام إجراءات اختبار تقليدية بسيطة إلى حد ما.

تم تجميع العديد من هذه الاختبارات ، خاصة تلك المتعلقة بخصائص التمثيل الغذائي ، في مجموعات سهلة الاستخدام وحتى أنظمة آلية ، مزودة بقواعد بيانات داخلية ، يمكن مقارنة العزلات مقابلها للحصول على تعريف دقيق. توفر هذه المجموعات والأنظمة في معظم الحالات ، نتيجة في نفس يوم العمل أو في اليوم التالي ، وتحقق توفيرًا كبيرًا في المواد ووقت الفني ، وتحل إلى حد كبير محل الحاجة إلى إجراء الاختبارات اليدوية على العزلات الفردية.

الخصائص المستخدمة في مخططات تحديد الميكروبات التقليدية كلها جوانب يمكن ملاحظتها من بنية الكائن الحي ووظيفته. وبعبارة أخرى ، فهي خصائص نمطية وهي نتاج التعبير الجيني. من خلال النظر مباشرة إلى الجينوم الميكروبي نفسه ، من الممكن تحديد نوع باستخدام خصائصه الوراثية. على سبيل المثال ، يمكن تحديد العديد من الأنواع البكتيرية عن طريق تسلسل أقسام معينة من الحمض النووي الريبوزومي - يُستخدم جين 16S rRNA بشكل شائع - بعد التضخيم بواسطة PCR ، ثم مقارنة النتائج بالتسلسلات المخزنة في قاعدة بيانات ذات صلة.

النظام المتاح تجارياً المعتمد على هذه التقنية هو أداة تكميلية قيمة لتقنيات التعريف الروتينية الأخرى. ومع ذلك ، فإن التحديد المستند إلى جين الرنا الريباسي 16S ليس معصومًا بأي حال من الأحوال. في الواقع ، نظرًا لأن امتداد التسلسل الذي تم تحليله هو قسم مختزل من الجينوم الكامل وتنوع هذه العلامة منخفض ، فإن العديد من الأنواع المختلفة تشترك في نفس تسلسل 16 ثانية. على سبيل المثال ، بعض عصية الأنواع التي يمكن تمييزها بسهولة بوسائل أخرى تشترك في نفس تسلسل الرنا الريباسي 16S بالضبط. علاوة على ذلك ، تعتمد دقة النظام على جودة قاعدة البيانات التي تتم مقارنة التسلسل عليها.

الكتابة

هناك عدد من الأسباب التي تجعل من الضروري توصيف عزلة جرثومية تتجاوز مستوى الأنواع وتحديد الأنواع الفرعية أو السلالة أو حتى السلالة الفرعية. على سبيل المثال:

  • لربط الحالات الفردية بتفشي الأمراض المعدية
  • لتأسيس علاقة بين تفشي التسمم الغذائي ومركبة غذائية معينة
  • لدراسة الاختلافات في الإمراضية والفوعة ومقاومة المضادات الحيوية من السلالات الفردية داخل الأنواع
  • لتتبع مصدر الملوثات في عملية التصنيع
  • لدراسة البيئة الميكروبية للمجتمعات المعقدة ، مثل الأغشية الحيوية
  • توصيف الكائنات الحية الدقيقة بالتطبيقات الصناعية المهمة

الكتابة ليست جديدة بأي حال من الأحوال وقد كان من الممكن كتابة بعض العزلات على أساس الاختبارات المصلية لعقود. المثال الواضح هو مخطط Kauffmann-White للسالمونيلا. لا يوجد سوى نوعين من السالمونيلا ، ولكن حوالي 2500 مصل ، وكلها يمكن تمييزها عن طريق التفاعل بين الأجسام المضادة المحددة والمستضدات على جدار الخلية والأسواط. كما تم استخدام نوع الملتهمة لسنوات عديدة لكتابة بعض مسببات الأمراض البكتيرية. تشمل أنظمة الكتابة التقليدية الأخرى التنميط الحيوي (استنادًا إلى الخصائص البيوكيميائية المفصلة) ، ونوع الجراثيم وكتابة البروتين.

هذه كلها تقنيات طباعة نمطية تعتمد على الخصائص المعبر عنها وبعضها تم تطويره إلى أنظمة متطورة مع مجموعة من التطبيقات. على سبيل المثال ، سريع وشبه آلي السالمونيلا تم تطوير أنظمة التنميط المصلي ويمكن إجراء كتابة بروتينات الخلية المستخرجة باستخدام تقنيات قياس الطيف الكتلي مثل MALDI-TOF (تأين امتصاص الليزر بمساعدة المصفوفة - وقت الرحلة). تم أيضًا استخدام تحليل إسترات ميثيل الأحماض الدهنية الخلوية (FAMEs) بواسطة كروماتوغرافيا الغاز لكتابة البكتيريا بنجاح. تم تطوير بعض هذه التقنيات إلى أنظمة طباعة تجارية تتضمن قواعد بيانات وبرامج للمساعدة في الطباعة الدقيقة.

التنميط الجيني أدى تطوير تقنيات الدراسة المباشرة للجينوم الميكروبي ، ولا سيما التضخيم بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ، إلى انفجار نسبي للطرق المنشورة للتنميط الجيني للكائنات الدقيقة على مدى السنوات الخمس والعشرين الماضية. في الوقت نفسه ، تم التعرف على قيمة التنميط الجيني على نطاق واسع ، ليس فقط في علم الأحياء الدقيقة السريرية ، ولكن أيضًا في قطاع الأدوية. سلطت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) الضوء على قيمة التنميط الجيني لأغراض التحقيق ، وبالتالي ، "تعتبر هذه الطرق ذات قيمة خاصة للتحقيقات في حالات الفشل (على سبيل المثال ، اختبار العقم: تلوث ملء الوسائط)." تم تطوير تقنيات متعددة لتحليل الحمض النووي المستخرج من الخلايا الميكروبية - غالبًا ما يطلق عليها "بصمة الحمض النووي" - للكتابة وبعض الطرق الأكثر استخدامًا موضحة أدناه.

1. الرحلان الكهربي للهلام النبضي (PFGE) - وهي تقنية تسمح بالفصل الكهربي لأعداد قليلة من شظايا كبيرة من الحمض النووي المقيدة لإنتاج بصمة جينية شديدة التمييز. تستخدم على نطاق واسع ولا تزال الطريقة المفضلة في تصنيف مسببات الأمراض البكتيرية البشرية والتحقيق في تفشي الأمراض. يعد PFGE مكلفًا نسبيًا ويتطلب ثلاثة أيام على الأقل للحصول على نتيجة. تعتمد درجة التمييز أيضًا على اختيار إنزيمات التقييد.

2. كتابة تسلسل متعدد البؤرة (MLST) - يسمح تسلسل 400-500 شظايا زوج أساسي من الحمض النووي في سبعة جينات محفوظة مختلفة باكتشاف اختلافات صغيرة داخل الأنواع. تستغرق وقتًا طويلاً ومكلفة ، ولكنها قد تكون شديدة التمييز إذا تم اختيار الجينات بشكل صحيح.

3. عدد متغير متعدد البؤرة لتحليل التكرارات الترادفية (MLVA) - تقنية مرتبطة بـ MLST تعتمد على تضخيم PCR وتسلسل تسلسل الحمض النووي المتكرر سريع التحور يسمى التكرارات الترادفية. والنتيجة هي سمة نمط MLVA للسلالة البكتيرية قيد التحقيق. يعد MLVA أسرع وأسهل في الأداء من MLST ، ولكن هناك مشكلات في التكاثر والتحقق من الصحة.

4. التنميط الريبي - تعتمد هذه التقنية على الاستقرار النسبي لترميز جينات الرنا الريباسي 16S و 23S للـ RNA الريبوزومي. يتم قطع الجينات باستخدام إنزيمات التقييد وشظايا الحمض النووي الناتجة مفصولة عن طريق الرحلان الكهربائي. يتم تصور البصمة الناتجة باستخدام مجسات الفلورسنت. تم تطوير Ribotyping إلى نظام آلي متاح تجاريًا مع قواعد بيانات مخصصة (Riboprinter®). إنه سريع (& lt24 ساعة حتى ينتج) ، قابل للتكاثر ويعمل مع مجموعة واسعة من الأنواع البكتيرية ، ولكنه مكلف نسبيًا من حيث المعدات.

5. PCR المتكرر المستند إلى التسلسل (rep-PCR) - تحتوي الجينومات البكتيرية والفطرية على العديد من تسلسلات الحمض النووي المتكررة غير المشفرة التي تفصل التسلسلات الأطول والنسخة المفردة ويتفاوت ترتيبها بين السلالات. تعتمد تقنية rep-PCR على تضخيم هذه التسلسلات المتكررة لإنتاج أمبليكونات ذات أطوال متفاوتة يمكن فصلها عن طريق الرحلان الكهربي مما يعطي بصمة تتكون من نطاقات تتألق بكثافة مختلفة بعد الارتباط بصبغة إقحام. تم تطوير Rep-PCR أيضًا إلى نظام طباعة تجاري (DiversiLab ™) يعطي نتائج سريعة ويستخدم برنامجًا مخصصًا للمساعدة في الكتابة. يستخدم النظام على نطاق واسع لكتابة مسببات الأمراض البشرية.

6. المصفوفات الدقيقة للحمض النووي - المصفوفة الدقيقة هي مجموعة من مجسات الحمض النووي المتصلة بنمط مرتب على سطح صلب. يمكن استخدام هذه المجسات للكشف عن وجود التسلسلات التكميلية في العزلات البكتيرية ، وبالتالي يمكنها اكتشاف الجينات الواسمة في سلالات بكتيرية معينة. طورت Alere ™ Technologies GmbH المصفوفات الدقيقة إلى نظام طباعة تجاري لعدد من مسببات الأمراض البكتيرية على شكل منصات Array Tube و Array Strip.

تسلسل الجينوم الكامل

جميع طرق التنميط الجيني المذكورة أعلاه لها حدودها ومن الأفضل أن يقوم المرء بتسلسل الجينوم الكامل لعزلة جرثومية لتوفير كتابة نهائية. حتى وقت قريب جدًا ، كان هذا مكلفًا للغاية وسيستغرق إكماله سنوات ، ولكن ظهور تقنية الجيل التالي من التسلسل (NGS) ، مثل منصة Ion Torrent ™ من Life Technologies ونظام تسلسل Illumina ، جعل تسلسل الجينوم بأكمله ( WGS) خيار عملي خلال أيام. الآن بعد أن أصبحت أدوات NGS عالية الإنتاجية مثل Ion PGM ™ من Life Technologies و Illumina NextSeq 500 متوفرة ، أصبح WGS في متناول مختبرات علم الأحياء الدقيقة السريرية والبحوث الأصغر. تتناقص تكاليف NGS ويمكن الآن تسلسل جينوم بكتيري كامل بنفس سعر كتابة MLST باستخدام تسلسل PCR / Sanger التقليدي.

المشكلة الرئيسية في WGS في الوقت الحاضر هي صعوبة تفسير الكمية الهائلة من البيانات التي تم إنشاؤها وتحديد واستخراج المعلومات الجينية المهمة من وجهة نظر الكتابة. يعد نظام المعلوماتية الحيوية سريع التطور بتوفير حل لهذه المشكلة من خلال تطوير برامج الكمبيوتر لتحليل بيانات التسلسل وبناء قواعد بيانات تفاعلية حيث يمكن تخزين البيانات والوصول إليها. بعض قواعد البيانات هذه متاحة على الإنترنت على أساس الوصول المفتوح للباحثين لاستخدامها. على سبيل المثال ، يحتوي موقع PubMLST على الويب الذي يستضيفه قسم علم الحيوان بجامعة أكسفورد على مجموعة متزايدة من أكثر من 50 قاعدة بيانات MLST للكتابة الجزيئية وتنوع الجينوم الميكروبي.

تم استخدام WGS بالفعل للتحقيق في الجينات من مسببات الأمراض البشرية المتورطة في تفشي المرض والوعود بإحداث ثورة في العملية في المستقبل القريب. على سبيل المثال ، أثناء تناول الطعام في اللغة الألمانية بكتريا قولونية O104: H4 في عام 2011 ، تم تسلسل الجينوم الكامل لسلالة الفاشية في غضون ثلاثة أيام ، مما يؤكد نتائج طرق الكتابة الأخرى وإضافة معلومات قيمة حول الأصل المحتمل للسلالة وعلاقتها بالعزلات الأخرى. تعني الفوائد المحتملة لـ WGS أنه من شبه المؤكد استبدال PFGE كمعيار ذهبي لكتابة العوامل الممرضة في المستقبل القريب.

الاستعانة بمصادر خارجية لتحديد الأنواع والطباعة
حتى مع تطوير أدوات التسلسل الأقل تكلفة ، ما لم يكن لدى المختبر متطلبات محددة لتحديد وطباعة أعداد كبيرة من العزلات على أساس منتظم ، فقد لا تكون التقنيات الجزيئية الحديثة مناسبة للعمليات الروتينية الأصغر. تكاليف رأس المال والتشغيل مرتفعة نسبيًا ما لم يتم تحقيق وفورات الحجم وقد يكون من الأكثر فعالية من حيث التكلفة الاستعانة بمصادر خارجية لتحديد الهوية والطباعة. لحسن الحظ ، يقدم عدد من المختبرات التجارية هذه الخدمات ، وخاصة تحديد الهوية والطباعة على أساس النمط الجيني ، والتي لا تزال خارج نطاق العديد من المختبرات الروتينية. الاستعانة بمصادر خارجية لها ميزة السماح للمختبرات بالاستفادة من أحدث طرق التحديد والطباعة لتوصيف العزلات بشكل كامل ، دون الحاجة إلى استثمار رأس المال وتدريب الموظفين. على سبيل المثال ، توفر خدمة المعرف الميكروبي المتوافقة مع Accugenix® المتوافقة مع cGMP من Charles River خدمة تحديد وكتابة العزلات البيئية البكتيرية والفطرية باستخدام مجموعة من التقنيات ، بما في ذلك تسلسل 16s rDNA و MALDI-TOF. تتضمن الخدمة أيضًا الوصول إلى بوابة الويب الخاصة بالعملاء Accugenix ، والتي توفر أداة إدارة بيانات آمنة لتتبع كائنات معينة وتوجيهها لأغراض المراقبة.


لدى وكالة الصحة العامة السويدية إشعار على موقع الويب الخاص بها يشرح كيف ولماذا لا تكون اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) مفيدة في تحديد ما إذا كان شخص ما مصابًا بـ COVID أو ما إذا كان شخص ما يمكن أن ينقله إلى الآخرين.

لماذا لم يتم طرح هذه القضية في المناقشة السائدة؟ لماذا يتم تقرير السياسة الصحية من خلال "الحالات" ، التي لا نعرف كم منها معدية ، باستخدام اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل؟

خذ لحظة وتنفس. ضع يدك على منطقة صدرك بالقرب من قلبك. تنفس ببطء في المنطقة لمدة دقيقة تقريبًا ، مع التركيز على الشعور بالسهولة في دخول عقلك وجسمك. انقر هنا لمعرفة سبب اقتراح هذا.

وفقًا لوكالة الصحة العامة السويدية ، لا تستطيع تقنية PCR التمييز بين الفيروسات القادرة على إصابة الخلايا والفيروسات التي تم تحييدها في جهاز المناعة. نتيجة لذلك ، لا يمكن استخدام هذه الاختبارات & # 8220 لتحديد ما إذا كان شخص ما معديًا أم لا.

& # 8220RNA من الفيروس يمكن غالبًا اكتشافه لأسابيع (أحيانًا أشهر) بعد المرض ولكن لا يعني ذلك أنك ما زلت معديًا. هناك أيضًا العديد من الدراسات العلمية التي تشير إلى أن عدوى COVID-19 تكون أكبر في فترة المرض. & # 8221

- & gt كن عضوًا في CE: الشيء الوحيد الذي يحافظ على استمرار عمل الصحافة هو أنت. يحصل أعضاء CE على مزايا حصرية ويدعمون مهمتنا المشتركة .. انقر هنا لمعرفة المزيد!

حتى إذا تم اكتشاف الحمض النووي الريبي في أي وقت ، فهذا لا يعني أنك معدي وقادر على إصابة الآخرين.

هذا صحيح ، يمكن أن تكون اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل إيجابية لمدة تصل إلى 100 يوم بعد التعرض للفيروس. لا تفعل اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل أكثر من تأكيد وجود أجزاء من الحمض النووي الريبي الفيروسي لفيروس سارس CO-V2 المستهدف في أنف شخص ما. في حين أن الشخص المصاب بـ COVID-19 معدي لمدة أسبوع إلى أسبوعين ، تظل شظايا سارس CO-V2 الفيروسية غير القابلة للحياة (غير المؤذية) في الأنف ويمكن اكتشافها عن طريق اختبار PCR لمدة تصل إلى 100 يوم بعد التعرض .

تشرح مقالة حديثة نُشرت في مجلة The Lancet الطبية أن اختبارات PCR يمكن أن تكون & # 8220 إيجابية & # 8221 لمدة تصل إلى خمس مرات أطول من الوقت الذي يكون فيه الشخص المصاب معديًا بالفعل. يوضحون أن ما يصل إلى 75٪ من & # 8220 إيجابي & # 8221 الأفراد هم على الأرجح بعد العدوى.

نتيجة لذلك ، توصي الحكومة السويدية بتقييم عدوى COVID والتحرر من العدوى ،

& # 8220 استنادًا إلى التحسن السريري المستقر مع التحرر من الحمى لمدة يومين على الأقل وانقضاء سبعة أيام على الأقل منذ ظهور الأعراض. بالنسبة لأولئك الذين ظهرت عليهم أعراض أكثر وضوحًا ، بعد 14 يومًا على الأقل من المرض وللتقييم الفردي الأكثر مرضًا من قبل الطبيب المعالج. & # 8221

حتى في حالة اكتشاف الحمض النووي الريبي من الفيروس ، وهو ما يؤديه اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل جيدًا ، يجب تأكيد ما إذا كانت العينة معدية بالفعل (تحتوي على فيروس قابل للحياة ، وقادر على التكاثر) عن طريق الثقافة المعملية. فقط 44٪ من العينات "الإيجابية" التي تستخدم 18 قيراطًا عادت إلى ثقافة مخبرية قابلة للحياة ، وفقًا للدكتور جاريد بولارد ، أخصائي الأمراض المعدية للأطفال والشاهد الحالي لحكومة مانيتوبا. تتم مقاضاة حكومة مانيتوبا بسبب الإجراءات التي اتخذتها & # 8217 لمكافحة COVID.

ما هو ط م؟ يشير إلى عتبة الدورة. اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل غير مصممة لاكتشاف وتحديد الأمراض المعدية النشطة. بدلاً من ذلك ، فإنه يحدد المادة الجينية ، سواء كانت جزئية أو حية أو حتى ميتة. يضخم PCR هذه المادة في العينات للعثور على آثار COVID-19. إذا كانت العينة المأخوذة من مسحة الأنف تحتوي على كمية كبيرة من فيروس COVID ، فستتفاعل بشكل إيجابي بعد بضع دورات فقط من التضخيم ، بينما تتطلب العينة الأصغر التي تحتوي على كميات صغيرة من المادة الوراثية دورات أكثر لتضخيم ما يكفي من المادة الجينية للحصول على نتيجة إيجابية. نظرًا لأن اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل يضخم آثار COVID-19 من خلال الدورات ، فإن العدد الأقل من الدورات اللازمة للحصول على نتيجة إيجابية يشير إلى وجود حمولة فيروسية أعلى للشخص الذي يتم اختباره وبالتالي احتمال انتقال العدوى أعلى.

وجد مقال نُشر في مجلة Clinical Infectious Diseases أنه من بين عينات PCR الإيجابية التي يزيد عدد دوراتها عن 35 ، أظهرت 3 بالمائة فقط من العينات تكاثراً فيروسيًا. يمكن تفسير ذلك على أنه إذا كان اختبار شخص ما إيجابيًا عبر تفاعل البوليميراز المتسلسل عند استخدام Ct من 35 أو أعلى ، فإن احتمال إصابة الشخص المذكور بالفعل أقل من 3٪ ، واحتمال أن تكون النتيجة المذكورة إيجابية كاذبة هي 97٪. في هذه الحالة ، تعني الإيجابية الخاطئة أن الشخص ليس معديًا أو قادرًا على نقل الفيروس للآخرين. (مصدر)

أخبر الدكتور أنتوني فوسي نفسه هذا الأسبوع في Virology في يوليو 2020 ، "إذا حصلت على عتبة دورة من 35 أو أكثر ... فإن فرص أن تكون مؤهلة للتكرار ستكون ضئيلة." لماذا إذن لم يعكس معيار الاختبار الوطني لدينا هذا مطلقًا؟ يجب أن يعمل مقدمو PCR مع مختبرات أخرى لإجراء ثقافة فيروسية عشوائية ، كما ذكر بولارد أعلاه ، على أولئك الذين حصلوا على نتائج إيجابية ، للتحقق من صحة اختباراتهم من حيث كونها مؤشرًا للعدوى.

هناك العديد من الأسئلة التي يجب طرحها هنا. لا توفر المعامل معلومات Ct المرتبطة بكل اختبار. في بعض الحالات ، هل يجب أن تحسب المعامل & # 8220positive & # 8221 النتائج كـ & # 8220cases & # 8221 عندما تأتي من رقم Ct مرتفع؟ لقد اكتشفنا للتو أن أرقام Ct المرتفعة حول 30+ غالبًا ما تكون غير معدية أو غير قادرة على نشر الفيروس ، وهذا الفارق الدقيق مهم بالنظر إلى أن سياسة الصحة العامة يتم تحديدها من الحالات وحدها.

ما هي النسبة المئوية للحالات التي كانت نتيجة لعتبة دورة أقل ، دعنا نقول & # 8217s أقل من 20؟ ستكون هذه هي الحالات ، على الأقل بعضها ، التي ستكون أكثر دقة في تحديد الشخص المصاب بالفعل. إذا كانت هذه الاختبارات ، كما تقول الحكومة السويدية ، لا يمكن استخدامها بشكل صحيح لتحديد الشخص المصاب بالعدوى ، حتى في درجة حرارة منخفضة Ct ، فلماذا نضع التدابير التي تنطبق على الأشخاص المصابين بأعراض؟

أكدت مانيتوبا أنها تستخدم Ct حتى 40 وحتى 45 في بعض الحالات. إنه سؤال مهم نظرًا لحقيقة أن السياسة الصحية قد استندت إلى عدد الحالات الموجودة في المنطقة.

هنا في أونتاريو ، كندا ، تم إغلاق المرافق الخارجية مثل ملاعب الجولف وملاعب كرة السلة وملاعب التنس والحدائق وغيرها بناءً على عدد الحالات ، على الرغم من أن انتشار فيروس كورونا في الهواء الطلق أمر مستبعد للغاية.

في الداخل ، الأفراد المصابون الذين لا تظهر عليهم أعراض هم أقل عرضة لانتشار المرض مقارنةً بالمرضى المصابين بفيروس كوفيد -19. وجد التحليل التلوي لـ 54 دراسة من جميع أنحاء العالم أنه داخل الأسرة - حيث لا يتم تطبيق أي من الضمانات التي يجب على المطاعم تطبيقها بشكل نموذجي - نقل المرضى الذين يعانون من أعراض المرض إلى أفراد الأسرة في 18 في المائة من الحالات ، بينما يمر المرضى بدون أعراض على المرض لأفراد الأسرة في 0.7 في المائة من الحالات.

هذا هو السبب في حث العديد من الأكاديميين السلطات على وقف اختبار الأفراد الذين لا تظهر عليهم أعراض. اجمع هذه الحقيقة مع حقيقة أن فرص الانتشار بدون أعراض منخفضة ، ومع حقيقة أن هناك نقصًا في الوضوح حول اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل ، ونرى لماذا يطرح الأطباء السؤال.

تم توجيه السياسة الصحية وإملائها من خلال عدد "الحالات". لهذا السبب تم وضع عمليات الإغلاق وتفويضات القناع بغض النظر عن الضرر الذي تسببوا فيه وسببوه. ماذا لو كانت غالبية الحالات "الإيجابية" خلال هذا الوباء من أشخاص غير قادرين على نشر المرض & # 8211 وليس حتى مرضى؟ قد يمثل خطأ فلكيًا من جانب العديد من الحكومات ومنظمة الصحة العالمية (WHO). ألا ينبغي أن نركز ربما على الحد من انتشار المرض عن طريق الأشخاص الذين تظهر عليهم الأعراض ، بدلاً من معاقبة وتقييد حقوق وحريات الأشخاص غير المرضى؟

كانت هذه مشكلة لبعض الوقت ، منذ عام 2007 ، نشرت جينا كولاتا مقالًا في صحيفة نيويورك تايمز حول كيف يمكن أن يؤدي الإعلان عن أوبئة فيروسية بناءً على اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل إلى كارثة. المقال كان بعنوان الإيمان بالاختبار السريع يؤدي إلى وباء لم يكن كذلك. يمكنك قراءة القصة الكاملة هنا إذا كان الرابط السابق لا يعمل.

الغوص بشكل أعمق

انقر أدناه لمشاهدة نظرة خاطفة على دورتنا التدريبية الجديدة!

تسمى دورتنا الجديدة "التغلب على التحيز وتحسين التفكير النقدي". هذه الدورة التي مدتها 5 أسابيع يشرف عليها د. مادهافا ستي وأمبير جو مارتينو


1 إجابة 1

عندما تستخدم بنية متعددة المراحل ، فإنك تقوم عادةً بإنشاء قطعة أثرية (تطبيق مترجم على سبيل المثال) أثناء المرحلة الأولى ، ونسخها إلى صورة أساسية أقل حجماً في المرحلة الثانية. يتم تجاهل كل شيء من المرحلة الأولى عند إنشاء الصورة النهائية.

من تعليقاتك ، أعتقد أنني أفهم أنك بحاجة إلى البدء من صورة بها كل من JDK8 وأحدث جبال الألب. لا يساعد البناء متعدد المراحل هنا. سينتهي بك الأمر بنسخ JDK إلى جبال الألب: آخر مرحلة نهائية.

أود بدلاً من ذلك نسخ Dockerfile jdk: 8-alpine الأصلي ، وتغيير السطر الأول إلى FROM alpine: 3.10 وإنشاء الصورة الأساسية الخاصة بك.

إذا كنت بحاجة إلى pyspark بناءً على هذه الصورة ، فقم بنسخ ملف dockerfile الأصلي واستبدال السطر الأول من openjdk: 8 بالصورة الأساسية التي تم إنشاؤها مسبقًا.


إرشادات مؤقتة لاختبار المستضد لـ SARS-CoV-2

تُستخدم اختبارات المستضد بشكل شائع في تشخيص مسببات الأمراض التنفسية ، بما في ذلك فيروسات الإنفلونزا والفيروس المخلوي التنفسي. منحت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) تصريح استخدام الطوارئ (EUA) لاختبارات المستضد التي يمكنها تحديد SARS-CoV-2. راجع قائمة FDA & rsquos للأيقونة الخارجية في التشخيص المختبري EUAs.

اختبارات المستضد هي اختبارات مناعية تكشف عن وجود مستضد فيروسي محدد ، مما يعني وجود عدوى فيروسية حالية. يُصرح حاليًا بإجراء اختبارات المستضد على عينات البلعوم الأنفي أو مسحة الأنف الموضوعة مباشرة في محلول أو كاشف للمقايسة و rsquos. تشمل اختبارات المستضد المصرح بها حاليًا الاختبارات الخاصة بنقاط الرعاية والمختبرات والاختبارات الذاتية ، وهي قابلة للتطبيق على الأشخاص في أي عمر. انظر الجدول 1 للحصول على معلومات إضافية حول اختبارات المستضد.

تعتبر اختبارات المستضد غير مكلفة نسبيًا ، ويمكن استخدام معظمها في نقطة الرعاية. معظم الاختبارات المصرح بها حاليًا تعود بالنتائج في حوالي 15 دقيقة و - 30 دقيقة. تعد اختبارات المستضد لـ SARS-CoV-2 أقل حساسية بشكل عام من تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي في الوقت الحقيقي (RT-PCR) واختبارات تضخيم الحمض النووي الأخرى (NAATs) للكشف عن وجود الحمض النووي الفيروسي. ومع ذلك ، يمكن أن تظل NAATs إيجابية لأسابيع إلى شهور بعد الإصابة الأولية ويمكنها اكتشاف مستويات الحمض النووي الفيروسي حتى عندما يتعذر استزراع الفيروس ، مما يشير إلى أن وجود الحمض النووي الفيروسي قد لا يشير دائمًا إلى العدوى.

يعد التفسير الصحيح لكل من نتائج اختبار المستضد و NAATs (عند الإشارة إليه) أمرًا مهمًا للإدارة السريرية الدقيقة للمرضى أو الأشخاص المشتبه في إصابتهم بـ COVID-19 ، أو لتحديد الأشخاص المصابين عند استخدامها للفحص.

يعتمد الأداء السريري للاختبارات التشخيصية إلى حد كبير على الظروف التي يتم استخدامها فيها. يعمل كل من اختبارات المستضد واختبارات NAAT بشكل أفضل إذا تم اختبار الشخص عندما يكون الحمل الفيروسي أعلى بشكل عام. نظرًا لأن اختبارات المستضد تعمل بشكل أفضل في الأشخاص الذين تظهر عليهم الأعراض وفي غضون عدد معين من الأيام منذ ظهور الأعراض ، يتم استخدام اختبارات المستضد بشكل متكرر على الأشخاص الذين تظهر عليهم الأعراض. قد تكون اختبارات المستضد مفيدة أيضًا في حالات الاختبار التشخيصي التي يكون فيها الشخص معرضًا معروفًا لشخص مصاب بـ COVID-19.

ساعد تراكم البيانات حول أداء اختبارات المستضد في المواقف المختلفة في توجيه استخدام هذه الاختبارات كاختبارات فحص في الأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض للكشف عن عدوى SARS-CoV-2 أو استبعادها. راجع توصيات FDA و rsquos لمقدمي الرعاية الصحية الذين يستخدمون اختبارات تشخيص SARS-CoV-2 لفحص الأفراد الذين لا يعانون من أعراض للأيقونة الخارجية لـ COVID-19. راجع أيضًا معلومات من مراكز الرعاية الطبية والخدمات الطبية (CMS) الموجودة على تم تحديث الرمز الخارجي لاختبار CLIA SARS-CoV-2 الجزيئي ومستضد نقطة الرعاية .

تم استخدام اختبارات المستضد لاختبار الفحص في أماكن السكن الجماعي عالية الخطورة, مثل دور رعاية المسنين ، حيث حددت الاختبارات المتكررة بسرعة الأشخاص المصابين بـ COVID-19 ، وإبلاغ تدابير الوقاية من العدوى ومكافحتها ، وبالتالي منع انتقال العدوى. في هذه الحالة ، وحيث يكون وقت الاختبار السريع أمرًا بالغ الأهمية ، هناك قيمة في توفير نتائج فورية مع اختبارات المستضد ، على الرغم من أنها قد تكون أقل حساسية من NAATs.

يجب أن يفهم مقدمو الرعاية الصحية وممارسو الصحة العامة خصائص أداء الاختبار للتعرف على نتائج الاختبار السلبية أو الإيجابية الخاطئة المحتملة وتوجيه الاختبار التأكيدي الإضافي وإدارة المريض أو الشخص. يجب على المتخصصين في المختبرات والاختبارات الذين يجرون اختبارات المستضد فهم العوامل التي تؤثر على دقة اختبار المستضد ، كما هو موضح في هذا الدليل. يجب على مقدمي الرعاية الصحية ومهنيي المختبرات والاختبارات وممارسي الصحة العامة فهم الاختلافات بين اختبارات التشخيص والفحص والمراقبة. انظر CDC & rsquos نظرة عامة على اختبار SARS-CoV-2 ، واستراتيجيات اختبار SARS-CoV-2. راجع أيضًا الأسئلة الشائعة حول FDA & rsquos حول اختبار الرمز الخارجي SARS-CoV-2.

المتطلبات التنظيمية لاستخدام اختبارات المستضد لـ SARS-CoV-2

تنظم إدارة الغذاء والدواء (FDA) أجهزة التشخيص في المختبر وقدمت توصيات ومعلومات بخصوص طلبات EUA لاختبارات تشخيص COVID-19 في سياسة اختبارات مرض فيروس كورونا 2019 أثناء طوارئ الصحة العامة (المنقحة) (& ldquoPolicy for COVID-19 Tests & rdquo) الرمز الخارجي والرمز الخارجي قوالب EUA المشار إليها في تلك السياسة. يجب أن تكون اختبارات COVID-19 وأنظمة الاختبار المستخدمة في اختبارات التشخيص أو الفحص ، بما في ذلك تلك الخاصة باختبار المستضد ، قد تلقت EUA من إدارة الأغذية والعقاقير (FDA) أو أن يتم تقديمها بموجب سياسات FDA & rsquos الخاصة بالرمز الخارجي لاختبارات COVID-19. يتم تضمين كل اختبار مستضد لـ SARS-CoV-2 المصرح باستخدامه من قِبل إدارة الأغذية والعقاقير (FDA) في قائمة FDA & rsquos للرمز الخارجي لـ In Vitro Diagnostics EUAs. يُحدد الاستخدام المقصود لكل اختبار ، والمتوفر في تعليمات الاستخدام وفي خطاب التفويض ، المجتمع الذي من المقرر استخدام الاختبار فيه ، وأنواع العينات المقبولة ، وكيفية استخدام النتائج.

يجب أن يمتثل أخصائيو المختبرات والاختبارات الذين يجرون اختبارات التشخيص أو الفحص للكشف عن SARS-CoV-2 مع اختبارات المستضد أيضًا للوائح تعديلات تحسين المختبرات السريرية (CLIA). يجب أن يحصل أي مختبر أو موقع اختبار ينوي إبلاغ نتائج الاختبارات الخاصة بالمريض إلى شخص أو مقدم رعاية صحية أولاً على شهادة CLIA وتلبية جميع المتطلبات لإجراء هذا الاختبار. لمزيد من المعلومات ، راجع CMS & rsquo كيفية الحصول على رمز خارجي لشهادة CLIA. قدمت CMS معلومات إضافية عن تقدير الإنفاذ لاستخدام اختبار نقاط الرعاية SARS-CoV-2 على أيقونة خارجية للأفراد بدون أعراض.

أداء اختبارات المستضد لـ SARS-CoV-2

من المهم لمقدمي الرعاية الصحية وموظفي الاختبار فهم خصائص الأداء ، بما في ذلك الحساسية والخصوصية والقيم التنبؤية الإيجابية والسلبية ، لاختبار المستضد المعين المستخدم ، واتباع تعليمات الشركة المصنعة و rsquos للاستخدام ، والتي تلخص خصائص الأداء. راجع FDA & rsquos In Vitro Diagnostics EUAs الرمز الخارجي للحصول على معلومات مفصلة حول الاختبارات المعتمدة المحددة.

لا يزال معيار & ldquogold للكشف التشخيصي السريري لـ SARS-CoV-2 قائمًا على المختبر (متوسط ​​وعالي التعقيد) NAATs. وبالتالي ، قد يكون من الضروري تأكيد نتيجة اختبار المستضد باستخدام NAAT المعتمد على المختبر ، خاصة إذا كانت نتيجة اختبار المستضد غير متوافقة مع السياق السريري. يلخص الجدول 1 الاختلافات بين NAATs واختبارات المستضد. Clinical performance of NAATs and antigen tests may differ from clinical utility when considering issues of test availability, quality of specimen collection and transport, and turnaround times of results. Based on their instructions for use, some point-of-care NAATs may not be used for confirmatory testing. NAATs that generate presumptive results are not appropriate for use in confirmatory testing.

The sensitivity of antigen tests varies but is generally lower than most laboratory-based NAATs. The antigen level in specimens collected either before symptom onset, or late in the course of infection, may be below the tests&rsquo limit of detection. This may result in a negative antigen test result, while a more sensitive test, such as most NAATs, may return a positive result. Studies external icon have shown that antigen tests have comparable sensitivity to laboratory-based NAATs when viral load in the specimen is high and the person is likely to be most contagious.

The specificity of antigen tests is generally as high as most NAATs, which means that false positive test results are unlikely when an antigen test is used according to the manufacturer&rsquos instructions. Despite the high specificity of antigen tests, false positive results will occur, especially when used in communities where the prevalence of infection is low &ndash a circumstance that is true for all in vitro diagnostic tests. In general, for all diagnostic tests, the lower the prevalence of infection in the community, the higher the proportion of false positive test results.

Positive and negative predictive values of all in vitro diagnostic tests (e.g., NAAT and antigen tests) vary depending upon the pretest probability. Pretest probability considers both the prevalence of the target infection in the population that is being tested as well as the clinical context of the individual being tested. If the prevalence of infection in the community is high, and the person being tested is symptomatic, then the pretest probability is generally considered high. If the prevalence of infection in the community is low, and the person being tested is asymptomatic and has not had any known contact to a person with COVID-19, then the pretest probability is generally considered low. See CDC&rsquos Interpreting Results of Diagnostic Tests for additional information on the relationship between pretest probability and the likelihood of positive and negative predictive values.

To help estimate pretest probability, CDC recommends that laboratory and testing professionals who perform antigen testing determine infection prevalence based on a rolling average of the positivity rate of their own SARS-CoV-2 testing over the previous 7&ndash10 days. Alternatively, state health departments generally publish COVID-19 data on testing positivity rates and case rates for their communities.

Processing of Antigen Tests for SARS-CoV-2

The Conditions of Authorization in the antigen EUAs specify that CLIA-certified laboratories and testing sites are to follow the manufacturer&rsquos instructions for use, typically found in the package insert, when performing the test and reading test results. The authorized instructions for use for each test can also be found at FDA&rsquos In Vitro Diagnostics EUAs external icon .

For example, the performance of antigen tests can be affected if the test components are not stored and handled properly. They should never be frozen and should always be allowed to reach room temperature (15-30°C) before use. The package insert for these tests includes instructions for handling of the test cartridge/card, such as ensuring it remains in its sealed pouch until immediately before use.

The package insert for antigen tests also includes instructions about how to read the test results, including the appropriate time to read the results and whether the results should be interpreted visually or with an instrument analyzer. Reading the test before or after the specified time could result in false positive or false negative test results.

Processing multiple specimens successively or in batch mode may increase the risk of contamination and may make it more challenging to ensure that each specimen is incubated for the correct amount of time before the result is read. Refer to the package insert for the correct incubation time for that test, and then monitor and ensure proper timing for each specimen during testing and when reading results.

All testing for SARS-CoV-2, including antigen testing, depends on the integrity of the specimen, which is affected by procedures for both specimen collection and handling. Improper specimen collection, such as swabbing the nostril too quickly, may cause insufficient specimen collection, resulting in limited amounts of viral genetic or antigenic material for detection. Time from specimen collection to testing should be minimized, and the temperature of the specimen during this time must be controlled. See CDC&rsquos Interim Guidelines for Collecting, Handling, and Testing Clinical Specimens for COVID-19.

Quality assurance procedures should be followed to prevent cross-contamination and inaccurate test results. For example, users should follow the manufacturer&rsquos instructions, as well as state and local guidance, for when and how often to perform testing on control specimens. If antigen testing returns multiple unexpected positive results, it may be appropriate to stop testing patient specimens, review all procedures, disinfect all surfaces, change gloves, and run control specimens before restarting the testing of patient specimens. In such circumstances, confirmatory testing should be considered for people who received unexpected results, regardless of pretest probabilities.

Decontaminate work surfaces and equipment with appropriate disinfectants by using an EPA-approved disinfectant for SARS-CoV-2, following the manufacturer&rsquos recommendations for use, such as dilution, contact time, and safe handling. See EPA&rsquos List of Disinfectants for COVID-19 external icon . Gloves should be changed before collecting, handling, and processing a new specimen in the antigen test system. Failing to change gloves can increase the risk of cross-contamination and false antigen test results. See CDC&rsquos guidance on Point-of-Care Testing, and Interim Laboratory Biosafety Guidelines for Handling and Processing Specimens Associated with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19).

Some antigen tests have explored the use of viral transport medium (VTM) during specimen collection, but the use of VTM may cause false test results from either cross-reactivity with the capture antibodies or dilution of the specimen that decreases the sensitivity of the test. Laboratories and testing sites should refer to the instructions for use and the package insert that are specific for the test that they are using regarding the use of VTM.

Also see FDA&rsquos Letter to Clinical Laboratory Staff and Health Care Providers external icon on the potential for false positive results with antigen tests, and CDC&rsquos guidance on Point-of-Care Testing.

Evaluating the Results of Antigen Testing for SARS-CoV-2

Evaluating the results of an antigen test for SARS-CoV-2 depends primarily on the clinical and epidemiological context of the person who has been tested (e.g., symptoms, exposure to others with COVID-19, vaccination status, previous infection status, or setting in which they live). For additional details on testing recommendations see guidance for fully vaccinated people. A particularly important aspect of epidemiological context is whether the person to be tested is a resident or an employee of a congregate living facility. In addition, evaluating the results of an antigen test for SARS-CoV-2 should consider the performance characteristics (e.g., sensitivity, specificity) and the instructions for use of the FDA-authorized test, and the prevalence of SARS-CoV-2 infection in that particular community (percent positivity rate over the previous 7&ndash10 days or the number of cases in the community relative to the population size).

The evaluation of an antigen test result should consider whether the person has experienced symptoms, and if so for how long. Generally, healthcare providers can rely upon a positive antigen test result for a symptomatic patient because the specificity of current FDA-authorized antigen tests is high.

The sensitivity of current FDA-authorized antigen tests varies, and thus negative diagnostic testing results should be handled depending on the circumstances. In most circumstances, the manufacturers&rsquo instructions for use of antigen tests indicate that negative test results should be considered &ldquopresumptive,&rdquo meaning that they are preliminary results. See FDA&rsquos In Vitro Diagnostics EUAs external icon .

It may be appropriate to confirm antigen test results with a laboratory-based NAAT. For confirmatory testing, CDC recommends using a laboratory-based NAAT that has been evaluated against the FDA reference panel for analytical sensitivity. See FDA&rsquos SARS-CoV-2 Reference Panel Comparative Data external icon . NAATs that generate presumptive results are not appropriate for use in confirmatory testing.

CDC has developed two general antigen testing algorithms to accommodate two broad categories of use for antigen tests. CDC recommends following one of these two antigen testing algorithms to determine when confirmatory testing is recommended.

The first algorithm is designed for those who live in congregate settings, such as long-term care facilities, correctional and detention facilities, homeless shelters, and other group shelters. In these settings, correct case identification is particularly important because of the need to group isolated people together or in close proximity, so false positive test results can have significant negative consequences. See Figure 1, also available as a PDF. This algorithm is not designed for employees of congregate living facilities, who can quarantine and isolate outside of the facility if necessary.

The second algorithm is designed for community testing among people who do not live in congregate settings. The primary objective of this testing is to reduce the transmission of SARS-CoV-2 in the community, where there are concerns for introduction and widespread transmission, by quickly identifying and isolating people who are infected. See Figure 2, also available as a PDF.


WHO (finally) admits PCR tests create false positives Warnings concerning high CT value of tests are months too late…so why are they appearing now? The potential explanation is shockingly cynical. Facebook Twitter Reddit Pinterest WhatsApp البريد الإلكتروني فكونتاكتي

على عكس صحيفة الغارديان ، لا يتم تمويلنا من قبل بيل أند أمبير ميليندا جيتس ، أو أي منظمة غير حكومية أو حكومة أخرى. لذلك ، يتم دائمًا تقدير عدد قليل من العملات المعدنية في مرطباننا لمساعدتنا على الاستمرار.

كود Bitcoin JTR الخاص بنا هو: 1JR1whUa3G24wXpDyqMKpieckMGGW2u2VX

How to receive email notifications:

I’ve posted my latest Texas Coronavirus chart of daily fatalities and hospitalizations. Texas has reached some important milestones.
https://californiaswansong.blogspot.com/2021/05/latest-post-on-texas-coronavirus-data.html

مثير للإعجاب. So now if you’re correct, what happens to the case fatality rate? So if the number of positive cases declines (just because we’ve turned down the dial), but yet people still continue to die, as that won’t change just because we turn down the sensitivity of the test, what happens to the CFR?

You still need a test to confirm the death WITH or WITHOUT Covid. How do you separate those dying FROM covid and those dying WITH it?

you don’t They are all COVID

People die every day. they are then counted as COVID deaths. The Case fatality rate is as bogus as the PCR test results

What it really means is even the people they figured into their equation as dying with covid and not from covid isn’t even accurate. This covid thing was overhyped hysteria that almost destroyed us. Intentionally in many ways I believe. Now onto the new debate on the mRNA injection that is still in trial phase that they are trying to encourage and make impossible to function in society without receiving. Don’t be fooled all is not as it seems.

Rojgar Samachar Search , Employment News

For those who are interested, I have an update to my charting of Texas Coronavirus Hospitalizations and deaths. Things are loojking better by the day. We’ll have to see if the trend continues. https://californiaswansong.blogspot.com/2021/02/texas-coronavirus-update-as-of-february.html

Real division is not in numeric requirements of obscure tests conducted beyond public oversight but rather between the people buying this garbage and those rejecting it. Globalists are out in the open now. It is clear there is no justice in this world as this world has been given to the devil. One world government is already here. Anyone who opposes it is silenced and shamed publicly. Government is no more a necessary evil it is purely evil. If everyone followed the ten commandments government would be ignored overnight. Instead the plandemic was used to destroy President Trump, who defunded the WHO and then the globalist minions launched the China virus fearmongering plandemic against him. But they did not destroy his millions of supporters or the people who will never accept serfdom or servitism to the devil’s agents. If I speak against the Creator let me be silent.

I’ve updated the Texas Coronavirus data as posted through 2021/01/23. There are several updates in previous days, but no updated chart https://californiaswansong.blogspot.com/2021/01/texas-coronavirus-update-as-of-2021123.html

مثير للإعجاب. So now if you’re correct, what happens to the case fatality rate? So if the number of positive cases declines (just because we’ve turned down the dial), but yet people still continue to die, as that won’t change just because we turn down the sensitivity of the test, what happens to the CFR?

Cycle thresholds with PCR testing should be used by the medical and healthcare professionals, not by journalists who are attempting to rile their base and spread conspiracy theories.

أهلا. The IFR for covid19 is the same as the annual flu: which is 0.1% or some calculate 0.2% The government have geen greatly exaggerating these figures in order to keep up the fear factor, to ensure compliance. The ‘covid fatalities’ are people who die of any and every cause, and who have at some time tested positive for covid – which as we know is around 93% false positives in any case. When a person is admitted to hospital for any reason – heart attack, broken leg etc: they are given a covid test – and if it returns positive – they are treated as a covid patient. If they die of the heart attack – it is a ‘covid death’. if they get run over by a bus- it is a ‘covid death’. if they commit suicide because of loosing their business – it would also be a ‘covid death’. Most deaths are elderly people in nursing homes, who have other ‘co-morbidities’. If they die of these illnesses, but test positive for ‘covid’: it is a ‘covid death’. if you are under 20 and healthy, your chances of surviving covid is 99,997% under 50 and healthy is 99.98%. Under 70 is 99.5% over 70 is 99.5%.
It has also become aparent, thet the fatalities from the experimental biological agents referred to as vaccines, is going to be higher than those real fatalities of the virus.

“greatly exaggerating” is putting it very kindly.
A more appropriate word would be “lying.”

I think the problem is far less to do with with the very few journalists ” attempting to rile their base and spread conspiracy theories” than with the far more numerous journalists of the mainstream media fear mongering the public with very questionable statistics & to use that fear to promote a narrative that is in the for profit interests of the industry from which MSM gets 85% of their advertising revenues – the Pharma Drug Industry…which is already cashing in on that MSM generated fear for billions for their covid vaccines..and for a precedent for such a scenario look no further than the last “pandemic” or as the Council of Europe called it “ScamDemic” in 2009 with H1N1…when Big Pharma & the WHO colluded to use apocalyptic statistical models to generate fear in the public that resulted in countries’ spending 3/4 trillion dollars on swine flu vax shots -98% were never needed when those WHO statistical forecasts of tens of millions dying were proved to be ridiculously wrong…the WHO endorsed both the PCR test for covid and the covid death classification procedure that absurdly makes …dying with covid = dying from covid…we could plug seasonal flu into that death methodology and so…dying w/flu = dying from flu – and we would have had a killer flu pandemic every single year for last 125 years! We have never used a death classification like that for any other virus but covid – and that should tell you something about the scientifically meaningless nature of covid death stats.

This is no different to any other year except they’ve added the words ‘deadly disease’ to the flu….the invisible enemy that isn’t to those awake.

There you go…. the old “conspiracy theory” accusation again. Is that the best you can do?
Anybody who reads real books occasionally can tell you that there are lots of scientists and doctors calling “bullshit” on the scamdemic.

Unsurprisingly the WHO has updated this document on 13 January 2021 to cover their backsides

AND, right now as I was about to send the links to my mayor and city doctor, right before my eyes the December report became a 404. As you note, the January 20th announcement is a simplified, much shortened, softer version of the one from December.

The chunks of RNA they have called ‘viruses’ aren’t technically living. That’s just another meme to support the ‘living’ fearporn angle.

I have a biology book (and my zoology book from high school too) said that virus are not alive, they dont eat breath move or have a nervous system to even have a program to do anything. but yet somehow a non living thing can penetrate a living cells membranes get through the cytoplasm then penetrate the nucleus membrane, then splice the dna to hijack it to reproduce itself, does this sound crazy to you as it does to me?

another interesting aspect of the “virus” thing is that dead cells and “exosomes” collapse into a protein shell with DNA in it. IOW, sometimes you can’t tell the viruses from the other garbage laying around in your solution.
To date, apparently NOBODY has purified the virus… all tests for lethality have been done with “virus” mixed with other material.

YOU and the rest of the media, indeed most of the world have known this for a whole year, if not more. Yet you colluded with corrupt governments to maintain the fear and to publish the fabricated data. May you go broke! You vile satanic charlatans

Why do you feel the satanists are the root cause of this fuckery in this world? Lol you Christian’s, catholics and whatever else are alot more “evil” than most anyone out there.

Because when evil goes over the top, you can’t help but name the one known for murder, theft and destruction.

Nothing more evil then a family that has created and profited from most wars since late 1800’s, this family is still in existence and is involved with this Plandemic via Pirbright Institute. Rothschild hold the Corona Virus Patent.
THIS IS WHAT YOU NEED TO FOCUS ON

Just because someone does something in God’s name doesn’t make them of God. No true follower of God can be characterized as evil.

in gods namehas always been used by tyrants and murderers. claiming to be lovers of god but at the same time hating other people is a contradiction and wanting to dominate or murder them is blasephemous.

Off Guardian isn’t one of the media that has been pushing the lies. They have been exposing them. Why do you think they published this article?

who exactly are you referring to here? Are you sure you haven’t confused OFF Guardian with the Guardian. They are two completely different things, you know….

This is a great article, but I disagree with the reasoning of the admittance. The WHO is an institution of record. The global controllers know that the masses of humanity have short memories and short attention spans. They are half way admitting this now, because in years to come when this misery ends, and the lie of it is being broken down, the WHO will have a file of record that they “warned” of the false positives. Just like early on, March-April, Dr. Fauci contributed to an article in the New England Journal of Medical Science, which is a hard and historical record of medical science that it appears that covid-19 is a virus akin to the flu with about the same severity. Again so years down the road when this is all exposed, he will be on medial record as saying that it wasn’t anymore dangerous than the flu. Just like also early on, any MSM article about covid-19 had the caveat at the end that a majority of people infected when only see mild or no symptoms at all. These institutions of Public record are creating their on plausible deniability in case in the future they are all brought to task in some form of a Nuremberg trial.

I think you are missing the point here, the data that these tests were being done wrong has been available for months, prior to their admission of the data. If it was simply a matter of record and covering their butts, they would have done so right away. You’re right about one thing for sure though, people have a very short memory and frankly, you can expose the lie completely this week on every mainstream media news channel and next month they will have completely forgotten that it was fake because they won’t remember the details and they’ll be too lazy to go back and research it and far too wrapped up in the “news of the day” to even care.

على الفور. I said the exact same thing as soon as I read this article.
It was the same when they went on record as saying “Lockdowns should not be used to control the virus” many months after they told governments to lockdown and laid heaps of pressure on countries like Belarus and Sweden for not locking down and maintaining the freedom of their citizens.

They know well and truly that if governments are already deeply entrenched in these errors, that regardless of what the WHO say, the governments will not change what they have already been doing because by that time the people have acquiesed to it and the mainstream media definitely will not report it.

At this point, the WHO could probably say that the virus doesn’t exist and never did and that the PCR tests weren’t even testing for a virus, there never was a pandemic and governments have probably committed crimes against humanity and it wouldn’t change a damn thing. Governments would still continue on with this tyranny and the masses wouldn’t even question it.

No, what will happen is this international group will proceed with their next plan. Claus Schwabe of the World Economic Forum has already said the the next event will be a cyber attack “exercise” on our communications and utilities networks. I think the Nashville event had several objectives, but this was one of them. A small taste of what this would be like, only on a much larger scale. Now that we know what his “exercises” look like, maybe we should take him seriously, and prepare extensively. Actually, the group of elites causing most of the mayhem isn’t that large. If the good people of this world, just dealt with them, we could make great progress in stopping enough of these false flag events to at least have a break from them.

I should add when I say that we should deal with the elites who cause most of the mayhem, I mean through peaceful and legal means.

Rachael,
I believe you are spot on. I subscribe to the NEJM and when Fauci likened it to a seasonal flu, I could not believe my eyes, having heard him say it was “Tens times more deadly than the flu” while testifying before Congress.
علامة

and that how the Pandemic began…

well said – your views on the matter are parallel with mine…When the WHO’s recent circulars on the Cycle Thresholds in the PCR test came out I was immediately reminded of how the WHO pre-empted the release of the damming investigative report of Council of Europe of the WHO’s collusion with Big Pharma in the 2009 H1N1 scam-demic by similar ass covering statements….The 2009 H1N1 scamdemic should have been conclusive proof that the WHO acts as business conduit for Big Pharma so I could not believe after 2009 there was the WHO again taking charge with the coronavirus outbreak and seemingly every government trusting the WHO in that position. When I saw that the WHO was being recognized as the lead authority I knew we were in trouble big time – thus.. those who do not learn from history and doomed to repeat it…and so we have.

I noticed a trend, they say one thing but write down something different, if you say it and get in trouble you can claim you did not recall or was misquoted but if you write it down it can and will be used against you in a court of law, if one ever is convened.

thats cos its not a test. it’s a reaction PCR the R stands for reaction

Why canI not complete the “subscribe” application

Please simeone show me the legit article or memo directly from the who saying this.

Click the link in the article buddy… Here it is, you seem to have missed it. Legit enough?
https://www.who.int/news/item/14-12-2020-who-information-notice-for-ivd-users

Nucleic acid testing (NAT) technologies that use real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection of SARS-CoV-214 December 2020 Medical product alert Geneva Reading time: 2 min (554 words)
نوع المنتج: Nucleic acid testing (NAT) technologies that use real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection of SARS-CoV-2
تاريخ: 7 December 2020
WHO-identifier: 2020/5, version 1
Purpose of this notice: To ensure users of certain nucleic acid testing (NAT) technologies are aware of certain aspects of the instructions for use (IFU) for all products.
Description of the problem: WHO has received user feedback on an elevated risk for false SARS-CoV-2 results when testing specimens using RT-PCR reagents on open systems.
As with any diagnostic procedure, the positive and negative predictive values for the product in a given testing population are important to note. As the positivity rate for SARS-CoV-2 decreases, the positive predictive value also decreases. This means that the probability that a person who has a positive result (SARS-CoV-2 detected) is truly infected with SARS-CoV-2 decreases as positivity rate decreases, irrespective of the assay specificity. Therefore, healthcare providers are encouraged to take into consideration testing results along with clinical signs and symptoms, confirmed status of any contacts, etc.
Users of RT-PCR reagents should read the IFU carefully to determine if manual adjustment of the PCR positivity threshold is necessary to account for any background noise which may lead to a specimen with a high cycle threshold (Ct) value result being interpreted as a positive result. The design principle of RT-PCR means that for patients with high levels of circulating virus (viral load), relatively few cycles will be needed to detect virus and so the Ct value will be low. Conversely, when specimens return a high Ct value, it means that many cycles were required to detect virus. In some circumstances, the distinction between background noise and actual presence of the target virus is difficult to ascertain. Thus, the IFU will state how to interpret specimens at or near the limit for PCR positivity. In some cases, the IFU will state that the cut-off should be manually adjusted to ensure that specimens with high Ct values are not incorrectly assigned SARS-CoV-2 detected due to background noise.
Manufacturers regularly review the design of their product, including labelling and IFU based on customer feedback. In the early phases of the COVID-19 pandemic, in vitro diagnostics (IVDs) were rapidly developed, validated and verified, and then rolled out. Therefore, it is not unexpected that IVDs may require refinement based on user feedback after their introduction at scale. Users should verify the version of the IFU with each consignment they receive to see if any changes have been made to the IFU.
Advice on action to be taken by users:

  1. Please read carefully the IFU in its entirety.
  2. Contact your local representative if there is any aspect of the IFU that is unclear to you.
  3. Check the IFU for each incoming consignment to detect any changes to the IFU.
  4. Consider any positive result (SARS-CoV-2 detected) or negative results (SARS-CoV-2 not detected) in combination with specimen type, clinical observations, patient history, and epidemiological information.
  5. Provide the Ct value in the report to the requesting healthcare provider.

Transmission of this WHO Information Notice for Users:
Please disseminate this notice to all those who need to be aware within your organization or to any organization where the potentially affected product has been deployed and used.


UNDER THE MICROSCOPE: WHAT IS PCR AND HOW IS IT USED TO DETECT SARS-COV-2?

Polymerase Chain Reactions (PCRs) are often used in research to amplify genetic material, and, as a scientist, you probably don’t give the process a second thought. However, the term PCR has now left the laboratory and worked its way into every household due to its use in the COVID-19 test.

So now perhaps we should give a thought to exactly how the PCR process works and how you could explain it to someone who doesn’t use it on a daily basis.

If we return to the book example from ‘Under the Microscope: What is DNA, RNA, and Proteins’, we can refer to PCR as a photocopier, which can copy pages from this book. But it’s not simply a photocopier.

To expand upon this point, let’s assume that it takes one second to make a photocopy. One billion copies would then take one billion seconds, which is a couple of days shy of 32 years!

However, in a PCR reaction, once the photocopier has made a photocopy, those photocopies can be used to make more photocopies. Therefore, after the first second you will have two copies of the page, after two seconds you will have four copies, and after ten seconds you’ll have 1,024 copies.

Therefore, at one second per cycle, it would take approximately 30 seconds to make one billion copies! This means that it’s about 33 million times faster than making single copies for 32 years.

That’s the power of exponential growth.

Fun Fact: Kary Mullis won the Nobel prize for PCR in 1993.

PCR and COVID-19

When you run a PCR in the lab, you specify the genetic material you want to copy. Using our book example, this is equivalent to telling the photocopier to only copy a billion copies of page 32 from a specific book. If the book isn’t in the room, or page 32 is missing from the book, then do nothing.

In the COVID-19 PCR test, the photocopier is told to copy a small piece of the virus that is unique to COVID-19. If that page in that book is there, then at the end of 2 hours we’ll have a billion copies of that small fragment. If it wasn’t there, we’ll have nothing.

To make sure the test is accurate, the COVID-19 PCR test often involves three different fragments (ie three different pages) that are unique to COVID-19 and only call it a ‘positive’ result when all three fragments are amplified.

Once the PCR has finished running, an assay is used to see if a billion copies have been made. If it is positive, and you didn’t contaminate the tube, then COVID-19 must have been in the sample.

SARS-CoV-2: the ‘RNA virus’

SARS-CoV-2 is not encoded by DNA, like a lot of viruses. It consists of RNA. That’s why it’s called an ‘RNA Virus’. RNA viruses aren’t rare, in fact a lot of plant viruses are RNA.

Fun Fact: There are interesting differences between why some viruses are RNA and some are DNA. For example, RNA viruses mutate much faster than DNA viruses. Although, before you tell this fact to your relatives, make sure to emphasize that, like in humans, most mutations are defects that are bad for the virus.

As PCR can only be used for DNA, there’s an extra step in the PCR test for COVID-19 to convert it from RNA into DNA. Not too hard, just kind of a pain because RNA is harder to work with. The RNA in the SARS-CoV-2 virus is surrounded by a protective membrane shell, but the RNA itself is easily destroyed by proteins on your hands.

Detecting SARS-CoV-2: the PCR and Antibody Tests

PCR test

Up to this point in the article, we have focused on the PCR test. However, your friends and relatives may ask you what the difference is between the PCR test and the antibody test for COVID-19.

The PCR test is to see if you have an active, on-going COVID-19 infection. However, if you are in the early stages of infection (ie the first day or two), you may have the disease and still test negative for the PCR test, but this situation is rare.

The virus seems to replicate really well in nasal tissues, which is why the preferred method for PCR testing is to use a long cotton swab as far back into your nose as is possible. The swab is then put into a tube that contains a solution that destroys the membrane shell, preserving the RNA until it can be converted into DNA for the PCR reaction.

If you have COVID-19, the PCR test will show a positive result once the virus has built up a presence in your system, for the couple of days that you are actually sick, and possibly for two or more weeks after you’ve recovered. After probably a month, the virus will have cleared your system and you will likely be back to being negative on the PCR test.

An advantage of the PCR test is that it is not expensive to perform, with the tube of materials to do the test costing around .19. And most of that cost is the tube. However, the PCR machines required for the test can cost anywhere from $5,000 to $50,000, but these are standard pieces of equipment in most labs.

Antibody test

The antibody test is to see if you have had COVID-19. It does this by measuring to see if your body has a history of fending off an active infection. This is called a surrogate assay: it’s not measuring the actual virus but instead measuring whether you fought the virus. Since some people are asymptomatic it is possible that you may have had COVID-19 and didn’t even know it.

The antibody test is looking for factors (antibodies) in your blood that recognize the virus. This is in contrast to the PCR test, which recognizes the virus itself. You probably become positive for the antibodies that recognise SARS-CoV-2 a few days into the illness and will remain positive for quite some time.

The cost for the antibody test is similar to the cost for a pregnancy test or some drug tests. It uses a lancet to initiate the collection of the blood sample. No machine is required. However, testing accuracy is currently not 100%, dependant on who has made the test and their quality control. It differs, of course, from test-to-test, but the errors on the antibody test are mostly false negative you had COVID-19 and the test didn’t pick it up.

So that’s how the PCR and antibody tests for COVID-19 work in a nutshell. Of course, although we are trying to make these posts as accurate as possible at the time of writing, COVID-19 is a rapidly evolving field of study. So please don’t treat these posts as medical advice or use them as a basis for making a medical, or even political, decisions.

That’s all for now but keep an eye out for the next Under the Microscope post!

About Dr Michael Weiner

Dr Michael Weiner is Abcam’s Vice President of Molecular Sciences. Throughout his career he has founded more than four biotech companies, including Affomix, GnuBio, and AxioMx.

Throughout his career, Dr Weiner has developed several tools widely used in molecular biology. These include the first commercial Next Generation DNA sequencing instrument, a bead-based genotyping method, and improved methods for the production of monoclonal antibodies.

Beyond his career as a scientist, Dr Weiner is a dedicated mentor to multiple bioscience professionals. He is also an inventive artist!


Ethical issues

There is potentially a huge amount of genetic information provided by modern genetic technologies.

  • What are some of the ethical considerations regarding the use of this information?
  • What sorts of choices become available to people due to having this information?
  • What ethical considerations might there be in using this information?
  • If you had your genome mapped, who do you think should be able to have access to your information?

These Were The Conclusions Of The Committee:

‘The corona crisis must be renamed the “Corona Scandal”

• The biggest tort case ever
• The greatest crime against humanity ever committed

Those responsible must be:

• Criminally prosecuted for crimes against humanity
• Sued for civil damages

• There is no excess mortality in any country
• Corona virus mortality equals seasonal flu
• 94% of deaths in Bergamo were caused by transferring sick patients to nursing homes where they infected old people with weak immune systems
• Doctors and hospitals worldwide were paid to declare deceased victims of Covid-19
• US states with and without lockdowns have comparable disease and mortality statistics

• Fatalities almost all caused by serious pre-existing conditions
• Almost all deaths were very old people
• Sweden (no lockdown) and Britain (strict lockdown) have comparable disease and mortality statistics

• Hospitals remain empty and some face bankruptcy
• Populations have T-cell immunity from previous influenza waves
• Herd immunity needs only 15-25% population infection and is already achieved
• Only when a person has symptoms can an infection be contagious

• Many scientists call this a PCR-test pandemic, not a corona pandemic
• Very healthy and non-infectious people may test positive
• Likelihood of false-positives is 89-94% or near certainty
• Prof. Drosten developed his PCR test from an old SARS virus without ever having seen the real Wuhan virus from China
• The PCR test is not based on scientific facts with respect to infections
• PCR tests are useless for the detection of infections
• A positive PCR test does not mean an infection is present or that an intact virus has been found
• Amplification of samples over 35 cycles is unreliable but WHO recommended 45 cycles

• The German government locked down, imposed social-distancing/ mask-wearing on the basis of a single opinion
• The lockdown was imposed when the virus was already retreating
• The lockdowns were based on non-existent infections
• Former president of the German federal constitutional court doubted the constitutionality of the corona measures
• Former UK supreme court judge Lord Sumption concluded there was no factual basis for panic and no legal basis for corona measures
• German RKI (CDC equivalent) recommended no autopsies be performed
• Corona measures have no sufficient factual or legal basis, are unconstitutional and must be repealed immediately
• No serious scientist gives any validity to the infamous Neil Ferguson’s false computer models warning of millions of deaths
• Mainstream media completely failed to report the true facts of the so-called pandemic
• Democracy is in danger of being replaced by fascist totalitarian models
• Drosten (of PCR test), Tedros of WHO, and others have committed crimes against humanity as defined in the International Criminal Code
• Politicians can avoid going down with the charlatans and criminals by starting the long overdue public scientific discussion

• Politicians and mainstream media deliberately drove populations to panic
• Children were calculatedly made to feel responsible “for the painful tortured death of their parents and grandparents if they do not follow Corona rules”
• The hopeless PCR test is used to create fear and not to diagnose
• There can be no talk of a second wave

• Evidence of gigantic health and economic damage to populations

• Killed innumerable people
• Destroyed countless companies and individuals worldwide
• Children are being taken away from their parents
• Children are traumatized en masse
• Bankruptcies are expected in small- and medium-sized businesses

• A class action lawsuit must be filed in the USA or Canada, with all affected parties worldwide having the opportunity to join
• Companies and self-employed people must be compensated for damages’


معلومات عنا

At the National Collaborating Centre for Infectious Diseases, we specialize in forging connections between those who generate and those who use infectious disease public health knowledge. Working across disciplines, sectors and jurisdictions, NCCID is uniquely situated to facilitate the creation and operation of networks and partnerships. From policy to practice, we’re able to build bridges between those with infectious disease questions, those with answers, and those in a position to act on the evidence.

Our host organization is the University of Manitoba.


شاهد الفيديو: qPCR. تفاعل البلمرة المتسلسل - بى سى آر- الـكمي (كانون الثاني 2022).