معلومة

6.4: التحليلات الجينية للتخليق الحيوي للميثيونين - علم الأحياء


بالنظر إلى مسار التخليق الحيوي Met لاحقًا في هذا الفصل ، قد تتساءل عن كيفية ارتباط أرقام الجينات بجينات معينة ، نظرًا لأن الأرقام لا تتوافق مع مواقف التفاعلات المشفرة بواسطة التقى منتجات الجينات في المسار. يعكس نظام الترقيم عملية الاكتشاف لـ التقى الجينات. الدراسات الأولى للتخليق الحيوي Met
في الخميرة بواسطة علماء الوراثة ، الذين استخدموا الفحص الجيني الكلاسيكي للعزل التقى المسوخ. معدل الطفرة العفوية في
الخميرة ~ 10-8 / قاعدة / جيل ، وهي منخفضة للغاية بالنسبة للفحص الجيني العملي. عادةً ما تأوي الخلايا التي تنجو من الطفرات عددًا كبيرًا من الطفرات ، وكثير منها ليس له أي تأثير على النمط الظاهري
التي يتم فحصها. على سبيل المثال ، يحتوي جينوم الخميرة على 6000 جين تقريبًا ، لذلك قد تتضمن الشاشة الجينية المفيدة 20000 خلية أو أكثر.

توفر الوسائط الانتقائية أدوات مهمة لتحديد الأنماط الظاهرية المتحولة في الشاشات الجينية. اعتمادًا على النمط الظاهري الذي تتم دراسته ، يمكن للباحثين اختيار المسوخ باستخدام إما مخطط اختيار إيجابي أو سلبي ، كما هو موضح في الصفحة المقابلة. تستخدم أسهل أنواع الشاشات تحديدًا إيجابيًا ، لأن الخلايا الطافرة فقط هي التي تنمو على وسائط انتقائية. إذا كان المحققون يحللون المسارات المهمة لنمو الخلايا ، مثل تركيب Met ، فمن المحتمل أن يستخدموا نظام اختيار سلبي. في مخطط سلبي ، يتم زراعة الخلايا أولاً

استراتيجيات الاختيار المستخدمة لعزل طفرات الخميرة.

بعد الطفرات الأولية ، تُزرع الخميرة على طبق يحتوي على وسائط غنية (أو تركيبية كاملة). في هذا الشكل ، نتج عن الطفرات ثلاثة طفرات مختلفة في الجين المعني. المستعمرات الطافرة
محاطة بدائرة فارغة. يتم نسخ النسخ المتماثلة للوحة الرئيسية إلى وسائط انتقائية. في مخطط التحديد السلبي ، تفتقر اللوحة الانتقائية إلى مكون موجود عادة في الوسائط الغنية. في مخطط الاختيار الإيجابي ، تحتوي الوسائط على عامل انتقائي ، وهو سام للخلايا الطبيعية ، لكن الخلايا الطافرة تتسامح معه. يكون العامل الانتقائي في بعض الأحيان نظيرًا سامًا لمستقلب خلوي طبيعي.

على الوسائط ، مثل YPD أو YC ، التي تسمح لجميع الخلايا بالنمو. ثم يتم عمل النسخ المتماثلة لهذه اللوحات الرئيسية على وسائط محددة تفتقر إلى Met. (تم توضيح طلاء النسخ المتماثلة في الفصل 12.) نظرًا لأن الخلايا البرية فقط تنمو على الوسائط الانتقائية التي تفتقر إلى Met ، يبحث الباحثون عن مستعمرات على الوسائط الغنية التي يفتقد نظرائها في الوسائط الانتقائية.

لا يمكن التنبؤ بعدد وطيف الطفرات التي تم الحصول عليها في الشاشة الجينية ، بسبب الطبيعة العشوائية للطفرة. كما قد تتوقع ، قد تنتج شاشة
طفرات متعددة في جين واحد ولا توجد طفرات في الجينات الأخرى المشاركة في النمط الظاهري.
بعد الانتهاء من الشاشة ، يجب على المحققين تحديد ما إذا كانت الطفرات موجودة في
نفس الجينات أو مختلفة. لهذا ، يعتمد علماء الوراثة على رسم الخرائط الجينية (الفصل 5) و / أو التكامل. التكميل هو اختبار وظيفي للنشاط الجيني. في تجربة تكميلية ، يؤدي إدخال جين وظيفي من مصدر آخر إلى إنقاذ النمط الظاهري المتحور الناجم عن الجين المعيب. يستفيد التكميل الجيني الكلاسيكي في الخميرة من
نوعان من تزاوج الخميرة وقدرة الخميرة على البقاء كسلالات أحادية الصيغة الصبغية وثنائية الصبغيات. في تجربة تكميلية مع التقى المسوخ ، يتزاوج الباحثون أحادي العدد التقى متحولة إما في a أو أ نوع التزاوج (حصيرةأ أو حصيرةأ) مع أحادي العدد التقى متحولة من نوع التزاوج المعاكس. إذا كان ثنائي الصبغة قادرًا على النمو في حالة عدم وجود Met ، فقد حدث التكامل ، و التقىيجب أن تكون الطفرات في السلالتين الفرديتين في جينات مختلفة. إذا لم يكن ثنائي الصيغة الصبغية قادرًا على البقاء على الصفيحة الانتقائية ، فإن السلالتين الأحاديتين الصبغيتين تحملان طفرات في نفس الجين (على الرغم من أنهما من المؤكد تقريبًا أن تكون أليلات طافرة مختلفة). يمكن أن ينتج عن الفحص الجيني أليلات طافرة متعددة لنفس الجين ، والتي تشكل معًا مجموعة تكميلية.

بحلول عام 1975 ، كانت مختبرات الخميرة تحتوي على مجموعات معزولة من التقى المسوخ وتعيين تسعة من التقىالطفرات في الكروموسومات. في دراسة تاريخية ، جمع Masselot و DeRobichon-Szulmajster (1975) 100 التقى سلالات من مختبرات في جميع أنحاء العالم وأجرت تجارب تكامل منهجية مع جميع المسوخ. تم تحديد إحدى وعشرين مجموعة تكميلية ، تمثل الجينات المحتملة ، وتم تعيين أسماء الجينات MET1 عبر MET25. كثير من الالتقى تقوم الجينات بترميز الإنزيمات في مسار Met biosynthetic ، الموضحة في الصفحة المقابلة. تشارك بعض منتجات الجينات في تخليق العوامل المساعدة والجهات المانحة للميثيل المستخدمة
في الطريق ، بينما أخرى التقى منتجات الجينات (غير معروضة) تشارك في تنظيم المسار (تمت مراجعته في Thomas & Surdin-Kerjan ، 1992). بالنسبة للجزء الأكبر ، لا تزال الأسماء المحددة في دراسة 1975 مستخدمة اليوم. تبين لاحقًا أن عددًا قليلاً من الجينات التي تم تحديدها في دراسة 1975 لم تشارك في التخليق الحيوي Met ، وغيرها (على سبيل المثال. MET15, MET17 و MET25) فيما بعد تم عرضهم لتمثيل أليلات مختلفة من نفس الجين (D'Andrea et al. ، 1987).

في وقت دراسة عام 1975 ، كانت التفاعلات الكيميائية الحيوية في المسار معروفة إلى حد كبير ، وواجه العلماء تحدي ربط الجينات بالأنشطة الأنزيمية. يمكنك أن ترى من المسار أن الطفرات في 11 مختلفة التقى ستنتج الجينات نمطًا ظاهريًا تنمو فيه السلالات في وجود الميثيونين ، ولكن ليس في غيابه. قام العلماء بتضييق العلاقات المحتملة بين الجينات من خلال تحليل قدرة التقى سلالات ل
استخدام مصادر كبريتية بديلة بدلاً من الميثيونين (Masselot & DeRobichon-Szulmajster ، 1975). الخميرة متعددة الاستخدامات للغاية في استخدامها لمصادر الكبريت العضوية وغير العضوية. يتم نقل الكبريتات بكفاءة إلى الخلايا بواسطة ناقلات Sul1p و Sul2p في الغشاء. يتم أيضًا نقل الكبريتيد والكبريتيد إلى الخلايا بكفاءة منخفضة. الخميرة قادرة أيضًا على نقل واستخدام Met و Cys و homocysteine ​​و S-adenosylmethionine (AdoMet أو SAM) كمصادر للكبريت (تمت مراجعتها في Thomas و Surdin-Kerjan ، 1992). في هذا المعمل ، ستستخدم وسائط انتقائية يحل فيها الكبريتيت أو السيستين محل المثيونين للتمييز بين 3 التقى المسوخ. ستستخدم أيضًا وسيطًا تفاضليًا ، BiGGY agar ، الذي يميز سلالات الخميرة من خلال إنتاجها لكبريتيد الهيدروجين. تسمح الوسائط التفاضلية لجميع المسوخ بالنمو ، لكن الطفرات تنتج مستعمرات يمكن تمييزها عن بعضها البعض من خلال لونها أو شكلها.

ملحوظة

ال التقى كانت المسوخ المستخدمة في هذه الدورة ليس الناتجة عن الطفرات التقليدية. بدلاً من ذلك ، تم بناء المسوخات من خلال نهج جزيئي أحدث يتطلب معرفة مفصلة بتسلسل جينوم الخميرة. بعد اكتمال مشروع جينوم الخميرة ، كان الباحثون مهتمين بالحصول على مجموعة واسعة من الجينوم من سلالات الحذف ، كل منها يختلف عن سلالة الوالدين BY4742 في موضع جين واحد. نهجهم الذي
بمزيد من التفصيل في الفصل 7 ، يستفيد من التردد العالي الذي S. cerevisiae يخضع لإعادة التركيب المتماثل. كل ORF في S. cerevisiae تم استبدال الجينوم بشكل منهجي بالبكتيريا كانر الجين (Winzeler et al. ، 1999). الميزة الرئيسية لهذه الاستراتيجية ، التي يشار إليها أحيانًا باسم "الوراثة العكسية" ، على النهج الجيني التقليدي هي أنه يمكن استخدام الاختيار الإيجابي لعزل المسوخ. سلالات فقط مع تمزق التقى الجينات قادرة على النمو على الوسائط التي تحتوي على نظائر الكاناميسين. سلالات مع كانرالجينات المعطلة لها مزايا أخرى على السلالات الطافرة الناتجة عن المطفرات الكيميائية أو العلاج الإشعاعي.

لا تحتوي السلالات على طفرات ثانوية ناتجة عن علاج الطفرات والعودة التلقائية إلى النمط الظاهري من النوع البري غير ممكن.

تخليق الميثيونين الحيوي في الخميرة.

يتم سرد البروتينات التي تحفز الخطوات الفردية في التخليق الحيوي Met و Cys بجوار كل خطوة في المسار. تظهر أسماء الجينات التي ترميز الأنشطة بأحرف كبيرة مائلة ، فيما يلي
S. cerevisiae الاتفاقيات. ال MET1 و MET8 تقوم الجينات بترميز البروتينات التي تشارك في تخليق siroheme ، وهو عامل مساعد أساسي في اختزال الكبريتيت. ال MET7 و MET13 تحفز المنتجات الجينية الخطوتين الأخيرتين في تخليق مانح الميثيل المستخدم بواسطة Met6p ، هوموسيستين ميثيل ترانسفيراز ، لتخليق ميثيونين. (مقتبس من توماس وآخرون.,1992)


إس أدينوسيل ميثيونين

ماكس أ.لازار ، روجر إس ماكنتاير ، في البيولوجيا العصبية للاكتئاب ، 2019

دورة الكربون الواحد والخلق الداخلي للأمينات الأحادية

دورة الكربون الواحد هي مسار استقلابي يشارك في التخليق الداخلي للناقلات العصبية أحادية الأمين ، حيث يتم نقل مجموعات الكربون الواحد بين عدة ركائز داخل الخلايا. نظرًا لأن إنتاج الدوبامين والسيروتونين والنورادرينالين يعتمد جميعها على دورة الكربون الواحد [105] ، فإن خلل المسار هذا & # x27s قد يساهم في التسبب في الإصابة بالاضطراب الاكتئابي الرئيسي. الجزيئات س- أدينوسيل ميثيونين (SAMe) ول-ميثيل-فولات ، وكلاهما مكونان في دورة الكربون الواحد ، هما من الأنواع التي تم ربط عدم كفايتها بالاكتئاب [105-107]. في التجارب السريرية ، أدت مكملات SAMe والفولات إلى تحسين أعراض الاكتئاب [105-110]. تتمثل آلية عمل هذين المركبين في توفير مجموعات الميثيل المانحة ، وبالتالي زيادة نشاط دورة الكربون الواحد وتخليق الناقل العصبي أحادي الأمين.

س-الأدينوسيل-ميثيونين ول-ميثيل-فولات (آلية عمل واسعة محتملة)

س-ادينوسيل ميثيونين هو مكمل متوفر بدون وصفة طبية في كل من أوروبا وأمريكا الشمالية. في حين أن الآلية الأساسية لعمل SAMe هي إنتاج أحادي الأمين عبر دورة الكربون الواحد ، فإن SAMe يشارك أيضًا في إنتاج الكرياتين وقد يمارس أيضًا تأثيرات مضادة للاكتئاب من خلال مسار الطاقة الحيوية [105]. تشير العديد من الدراسات إلى أن العلاج المساعد SAMe يعزز بشكل متوقع وبشكل ملحوظ التأثيرات المضادة للاكتئاب [105]. في تجربة معشاة ذات شواهد من أجل علاج SAMe المساعد (800 مجم / يوم) في مرضى TRD ، شوهدت استجابة كبيرة لمضادات الاكتئاب في مجموعة SAMe المساعدة ، مع عدد مطلوب للعلاج (NNT) من 7 [109]. وبالمثل ، لوحظ مرارًا وتكرارًا أن L -methyl-folate يحسن أعراض الاكتئاب [110-114]. أخيرًا ، تم اقتراح العديد من الآليات المحتملة الأخرى لـ SAMe و l -methyl-folate ، بما في ذلك تخفيف الإجهاد التأكسدي والالتهاب [97،112] ، مما يشير إلى أن كلا المركبين قد يكون لهما آليات عمل واسعة محتملة.


خلفية

تتشكل الأنسجة الخشبية لأشجار كاسيات البذور وألياف وأوعية نسيج الخشب من النسيج الإنشائي الجانبي للساق ، الكامبيوم الوعائي. على عكس عناصر الأوعية ، التي تتمايز بسرعة كبيرة بالقرب من الكامبيوم الوعائي ، فإن تمايز الألياف هو عملية بطيئة نسبيًا تتضمن التوسع الأولي للخلايا في كل من الأبعاد الشعاعية والطولية ، متبوعًا بتركيب واسع النطاق لجدران الخلايا الثانوية. المرحلة الأخيرة في نضج كل من عناصر الأوعية والألياف هي موت الخلايا والتحلل الذاتي لمحتويات الخلية.

ينطوي موت خلايا النسيج الخشبي على مجموعة من التغيرات المورفولوجية والنووية بأسلوب مبرمج ومُنسق مكانيًا وزمنيًا بشكل صارم [1 ، 2]. تم تحليل موت الخلية المبرمج (PCD) من نسيج الخشب بالتفصيل في ملف في المختبر نظام ال زينيا ايليجانس، والتي فيها خلايا ميسوفيل الزينية تحويل متمايز إلى أوعية نسيج الخشب تسمى عادة عناصر القصبة الهوائية بطريقة شبه متزامنة [3]. في الزينية الخلايا ، التمايز الذي لا رجعة فيه إلى عناصر القصبة الهوائية يتميز بتراكم الإنزيمات المتحللة بالماء في الفجوة وترسب جدران الخلايا الثانوية ، متبوعًا باضطراب البلاستيدات ، وإطلاق البروتياز والنوكليازات في السيتوبلازم ، وأخيراً فقدان التحلل الذاتي لمحتويات الخلية [2 ، 4]. تم اكتشاف عدة أنواع مختلفة من البروتياز في الزينية [5 ، 6] ، ونوكلياز من النوع S1 ، القادرة على التحلل المائي لكل من DNA و RNA ، يبدو أنها تتحكم في تدهور الحمض النووي في الزينية عناصر tracheary [7]. على الرغم من أن سلسلة الأحداث خلال PCD لعنصر القصبة الهوائية تتميز جيدًا في الزينية النظام ، لا يُعرف سوى القليل جدًا عن تنظيم هذه العملية في النباتات السليمة. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الزينية لم يسمح النظام بتحليل أنواع الخلايا المختلفة للخشب ، مثل الألياف.

يحدث موت الخلايا المبرمج أيضًا في النباتات استجابةً لعوامل خارجية ، مثل مسببات الأمراض عديمة الفوعة ، مما يؤدي إلى ظهور ما يسمى بالاستجابة شديدة الحساسية (HR) واستجابة لتقصير طول النهار - يتجلى في شيخوخة الأوراق. عادة ما يكون موت خلايا الموارد البشرية سريعًا ويشترك في ميزات معينة مع موت الخلايا المبرمج للخلايا الحيوانية ، مثل الانكماش النووي وتفتيت الحمض النووي إلى مضاعفات قليلة النواة من شظايا 180 نقطة أساس [8]. إن موت الخلايا الناجم عن الشيخوخة هو عملية أبطأ بكثير ، وتشمل التحلل النووي ، وتفتيت الحمض النووي ، والتحلل الشامل للبروتين للمحتويات الخلوية وإعادة تعبئة المغذيات الخاضعة للرقابة [9]. يختلف موت عناصر النسيج الخشبي عن HR و PCD المرتبط بالشيخوخة حيث يظل الهيكل العضوي سليمًا حتى الانهيار الفجوي ولا يسبق تفتيت الحمض النووي قليل النوى موت الخلية [1]. ما إذا كانت هذه العمليات مرتبطة على المستوى الجزيئي غير معروف ، ولكن الاختلافات في التنظيم الزماني والمكاني ، وفي التشكل الخلوي ، تشير إلى وجود اختلافات كبيرة ليس فقط في التنظيم المبكر ، ولكن أيضًا في تنفيذ عمليات PCD النباتية المختلفة .

الجنس حور لقد ظهر كنظام نموذج رئيسي للأشجار ، بسبب قابليته للتحليلات الجينومية والجزيئية [10]. حور مناسب أيضًا لتحليل تطوير نسيج الخشب [11 ، 12]. أ حور تم إنشاء قاعدة بيانات علامة التسلسل المعبر عنها (EST) (POPULUSDB) من 19 مكتبة cDNA مختلفة [13]. تتكون قاعدة البيانات من 102،019 EST ، مجمعة في مجموعة unigene من 11،885 مجموعة و 12،759 منفردة غير عنقودية تتوافق تمامًا مع 24،644 تسلسلًا أو نصًا فريدًا [14]. يتيح التنوع الكبير لأنواع الأنسجة التي تؤدي إلى ظهور مكتبات cDNA المختلفة إمكانية التحليل الرقمي للتعبير الجيني عن طريق مقارنة ترددات EST في المكتبات المختلفة. تم إنتاج إحدى المكتبات من حور الأنسجة الخشبية المكونة من ألياف نسيج الخشب التي تمر بموت الخلايا. في هذا العمل ، درسنا التعبير الجيني في عملية موت الألياف بواسطة في السيليكو تحليل "مكتبة موت الألياف" هذه وتحليل ميكروأري برواية حور 25 كيلو كدنا ميكروأري. بالإضافة إلى أهميتها الاقتصادية كواحدة من العمليات التي تنظم جودة الخشب ، فإن موت الخلايا الليفية هو عملية بيولوجية مثيرة للاهتمام لا تزال غير مفهومة جيدًا حتى الآن. حدد تحليلنا العديد من الجينات التنظيمية المرشحة الجديدة للنسج الخشبي PCD.


توافر البيانات

تم إيداع جميع البيانات الأولية والمعالجة الخاصة بالبروتيوميات المرتبطة بالورقة في PRIDE protomeXchange (http://www.proteomexchange.org/) باستخدام بيانات الاعتماد التالية: HMDP Protomics project accession = PXD010818 (اسم مستخدم المراجع / كلمة المرور = [email protected] .uk / hyEjKh9x). ACAD11 AP – MS project accession = PXD010788 (اسم المستخدم / كلمة المرور للمراجع = [email protected]/fg65Cfuf). بروتيوميات مشروع الانضمام إلى مشروع PSMD9 ASO PXD010759 (اسم المستخدم / كلمة المرور للمراجع = [email protected]/7bATnY6j). تتوفر جميع ملفات الاستحواذ الأولية للدهون HMDP والمستندات المرتبطة بها على https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7488854. تتوفر أي مجموعات بيانات متبقية في ملفات المعلومات التكميلية أو يمكن إتاحتها بناءً على طلب معقول للمؤلف (المؤلفين) المقابل. سيتم توفير جميع المواد البيولوجية بناءً على طلب معقول ، باستثناء ASOs ، والتي تخضع لاتفاقية نقل مواد دائمة بين المؤسسات الأكاديمية المدرجة و Ionis Therapeutics.


نتائج

خصائص مجموعة الدراسة

تتكون مجموعة الدراسة من 250 (51.1٪) ذكور و 239 (48.9٪) إناث. وسيط (النطاق) tHcy ، وحمض الفوليك ، و RCF ، وفيتامين ب12 يتم عرض التركيزات في الذكور والإناث في الجدول 1. على الرغم من فقر RCF وفيتامين B بشكل ملحوظ من الناحية الإحصائية12 الحالة (ص & lt .001 لكل متغير) ، كانت للإناث مستويات tHcy مماثلة لتلك الخاصة بالذكور. كما كانت مستويات حمض الفوليك في الدم متشابهة في كلا الجنسين. كانت مستويات المتوسط ​​الهندسي tHcy متشابهة لدى النساء اللواتي استخدمن موانع الحمل الهرمونية (أي حبوب منع الحمل ، حبوب منع الحمل الصغيرة ، وحقن منع الحمل) مقابل أولئك الذين استخدموا تدابير أخرى أو لم يستخدموا وسائل منع الحمل (tHcy ، 9.4 ميكرومتر مقابل 8.8 ميكرومتر. ص = .23). لم يكن لتناول الكحول أي تأثير كبير على مستويات tHcy (المتوسط ​​الهندسي ، 9.5 ميكرومتر في المستخدمين مقابل 8.8 ميكرومتر في غير المستخدمين ص = .11) ، ولا على مستويات حمض الفوليك (الوسط الهندسي ، 13.6 نانومتر في كلا المجموعتين ص = .96).

خصائص مجموعة الدراسة

. ذكور. إناث. ص .
tHcy ، ميكرومتر 9.2 [4.4-44.6] 8.6 [4.2-37.4] .22
(222) (185)
مصل الفولات ، نانومتر 12.6 [3.2-44.5] 13.2 [4.7-213.0] .24
(194) (164)
RCF ، ميكروغرام / لتر كرات الدم الحمراء 309 [79-1044] 247 [61-1055] & LT .001
(193) (177)
فيتامين ب12، مساء 287 [104-1230] 242 [19-491] & LT .001
(195) (164)
الكرياتينين ، ميكرومتر 73 [41-130] 55 [22-93] & LT .001
(220) (185)
استخدام موانع الحمل الهرمونية ،٪ لا ينطبق 47.4
تناول الكحول بانتظام ،٪ 84.2 74.6 .02 *
. ذكور. إناث. ص .
tHcy ، ميكرومتر 9.2 [4.4-44.6] 8.6 [4.2-37.4] .22
(222) (185)
مصل الفولات ، نانومتر 12.6 [3.2-44.5] 13.2 [4.7-213.0] .24
(194) (164)
RCF ، ميكروغرام / لتر كرات الدم الحمراء 309 [79-1044] 247 [61-1055] & LT .001
(193) (177)
فيتامين ب12، مساء 287 [104-1230] 242 [19-491] & LT .001
(195) (164)
الكرياتينين ، ميكرومتر 73 [41-130] 55 [22-93] & LT .001
(220) (185)
استخدام موانع الحمل الهرمونية ،٪ لا ينطبق 47.4
تناول الكحول بانتظام ،٪ 84.2 74.6 .02 *

يتم التعبير عن التركيزات كمتوسط ​​[الحد الأدنى - الحد الأقصى]. يشار إلى عدد الأفراد بين قوسين. تم تقييم الاختلافات في المتغيرات المستمرة بين المجموعات من قبلر اختبار على البيانات المحولة لوغاريتميًا. يشير tHcy إلى إجمالي الحمض الأميني في البلازما ، وحمض الفوليك في الخلايا الحمراء.

كانت مستويات الكرياتينين في البلازما ضعيفة فقط ، ولكن بشكل إيجابي ، مرتبطة بمستويات tHcy (ص = 0.134, ص & lt .01) في مجموعة الدراسة الشاملة ، وهو ارتباط يعتمد على الجنس (في الإناث ،ص = 0.155, ص = .04 في الذكور ،ص = 0.084, ص = .21).

التنميط الجيني

تم الحصول على الأنماط الجينية من 452 موضوع الدراسة. ترددات ال مثفر 677TT ، مثفر 1298CC ، MTR2756GG ، سي بي اس 844ins68 WI و MTRR كانت الأنماط الجينية 66GG ، على التوالي ، 13.5٪ ، 10.6٪ ، 2.0٪ ، 17.7٪ ، و 29.6٪ ، قابلة للمقارنة مع تلك المذكورة في الأدبيات لكل من هذه الأنماط الجينية في السكان البيض ، بما في ذلك سكان أيرلندا الشمالية. كانت توزيعات النمط الجيني متشابهة في الذكور والإناث ، وكانت متوافقة مع تنبؤات هاردي واينبرغ (البيانات غير معروضة).

قمنا بدمج ملفات مثفر 677C & gtT و 1298A & gtC لتوليد المركب مثفر الأنماط الجينية ، التي أثبتت أن 1298C نادرًا ما تحدث في بلدان رابطة الدول المستقلة مع 677T. في مجموعة دراستنا المكونة من 452 فردًا ، لوحظ 3 (0.7٪) فقط من الأنماط الجينية المؤتلفة: كان لدى شخصان النمط الجيني 677TT / 1298AC ، وكان أحدهما لديه النمط الجيني 677CT / 1298CC. بافتراض عدم وجود مؤتلفات مزدوجة بين أولئك الذين لديهم الأنماط الجينية 677CT / 1298AC ، كانت الترددات للأليلات 677C / 1298C ، 677C / 1298A ، 677T / 1298A ، والأليلات المؤتلفة 677T / 1298C 31.2٪ ، 33.2٪ ، 35.3٪ و 0.3٪ ، على التوالي ، تتطلب ترددات الأليل هذه ترددات النمط الجيني المركب المتوقعة المشابهة لتلك التي لوحظت (χ 2 = 2.025 df = 7ص = .96 بيانات غير معروضة).

الارتباط بين الطرز الجينية والمتغيرات البيوكيميائية

قمنا بتقييم الارتباطات بين MTHFR ، MTR ، MTRR ، و سي بي اس الأنماط الجينية و tHcy و RCF وحمض الفوليك وفيتامين B12 (الجدول 2). كانت هذه الارتباطات متشابهة في الذكور والإناث ، وبالتالي تم الجمع بين المجموعتين. المثفر تؤثر الأنماط الجينية 677C و gtT بشكل كبير على tHcy (ص & lt .0005 ، ANOVA) بونفيروني الزوجي رأظهرت الاختبارات أن الأفراد المصابين ب مثفر يحتوي التركيب الوراثي 677TT على tHcy أعلى بكثير من تلك التي تحتوي على الأنماط الجينية 677CT و 677CC (ص & lt .0005 لأي من المقارنة). كما ارتبطت مستويات حمض الفوليك بشكل كبير مع مثفرالأنماط الجينية 677C و GTT (ص = .010 ، ANOVA) 677TT متجانسة الزيجوت لديها مستويات أقل بكثير من حمض الفوليك في الدم مقارنة مع 677CC متجانسة الزيجوت (ص & lt .02) ، حيث تكون المستويات في 677 قيراط متغايرة الزيجوت متوسطة. ارتباط مماثل بين مثفر لوحظ 677C و gtT و RCF: كانت مستويات RCF أدنى في 677TT متجانسة الزيجوت ، وأعلى مستوياتها في 677CC متجانسة الزيجوت ، ومتوسطة في 677CT متغايرة الزيجوت (ص & lt. 03 لجميع المقارنات بين الجينات). علاوة على ذلك ، فيتامين ب12 كانت المستويات أقل بكثير في أولئك الذين لديهم مثفر 677TT من تلك الموجودة في مثفر التركيب الجيني 677 قيراط (ص = .02).

العلاقات بين الأنماط الجينية و tHcy ، وحمض الفوليك ، وحمض الفوليك ، وفيتامين ب12 في الشباب

. tHcy ، ميكرومتر. مصل الفولات ، نانومتر. RCF ، ميكروغرام / لتر كرات الدم الحمراء. فيتامين ب12، مساء .
مثفر677C و GTT
نسخة 8.8 [4.2-29.5] 14.0 [5.2-45.0] 306 [118-1055] 260 [59-664]
CT 8.7 [4.4-34.0] 12.1 [3.9-213.0] 269 [61-770] 276 [37-1230]
TT 10.3 [5.9-44.6] 11.0 [3.2-55.6] 223 [79-958] 226 [19-537]
أنوفا * ، ص& lt .0005 † .010 ‡ & LT .0005 2-153 .025 2-155
مثفر1298A و GTC
AA 9.2 [4.2-44.6] 11.6 [3.2-213.0] 271 [79-1055] 270 [19-1230]
تيار متردد 8.6 [4.4-29.6] 13.7 [4.9-42.2] 284 [61-1044] 266 [108-612]
نسخة 9.1 [4.7-29.5] 13.4 [5.6-44.7] 309 [118-848] 272 [79-486]
أنوفا * ،ص.19 .51 .26 .43
MTR2756A و GTG
AA 9.2 [4.4-44.6] 13.3 [3.9-213.0] 290 [83-1044] 267 [37-1230]
اي جي 8.6 [4.2-41.0] 12.3 [3.2-45.0] 272 [61-1055] 276 [19-624]
GG 8.1 [6.3-11.1] 12.6 [7.2-55.6] 328 [203-958] 255 [136-486]
أنوفا * ،ص.35 .72 .10 .75
MTRR66A و GTG
AA 8.5 [4.2-34.0] 13.4 [3.9-213] 311 [135-1055] 270 [19-1230]
اي جي 9.3 [4.4-41.0] 12.3 [3.2-55.6] 268 [61-1044] 267 [79-664]
GG 9.0 [4.4-44.6] 14.0 [5.1-34.9] 302 [135-770] 275 [59-624]
أنوفا * ،ص.07 .44 .03 .59
سي بي اس844ins68 2-155
WW 9.0 [4.2-44.6] 13.0 [3.2-53.2] 282 [61-1055] 270 [19-1230]
WI 9.0 [4.6-34.0] 12.1 [4.9-213.0] 298 [80-958] 236 [37-567]
ثانيًا 7.5 [6.0-12.0] 15.7 [7.9-44.5] 233 [154-306] 267 [164-664]
أنوفا * ،ص.50 .17 .45 .33
. tHcy ، ميكرومتر. مصل الفولات ، نانومتر. RCF ، ميكروغرام / لتر كرات الدم الحمراء. فيتامين ب12، مساء .
مثفر677C و GTT
نسخة 8.8 [4.2-29.5] 14.0 [5.2-45.0] 306 [118-1055] 260 [59-664]
CT 8.7 [4.4-34.0] 12.1 [3.9-213.0] 269 [61-770] 276 [37-1230]
TT 10.3 [5.9-44.6] 11.0 [3.2-55.6] 223 [79-958] 226 [19-537]
أنوفا * ، ص& lt .0005 † .010 ‡ & LT .0005 2-153 .025 2-155
مثفر1298A و GTC
AA 9.2 [4.2-44.6] 11.6 [3.2-213.0] 271 [79-1055] 270 [19-1230]
تيار متردد 8.6 [4.4-29.6] 13.7 [4.9-42.2] 284 [61-1044] 266 [108-612]
نسخة 9.1 [4.7-29.5] 13.4 [5.6-44.7] 309 [118-848] 272 [79-486]
أنوفا * ،ص.19 .51 .26 .43
MTR2756A و GTG
AA 9.2 [4.4-44.6] 13.3 [3.9-213.0] 290 [83-1044] 267 [37-1230]
اي جي 8.6 [4.2-41.0] 12.3 [3.2-45.0] 272 [61-1055] 276 [19-624]
GG 8.1 [6.3-11.1] 12.6 [7.2-55.6] 328 [203-958] 255 [136-486]
أنوفا * ،ص.35 .72 .10 .75
MTRR66A و GTG
AA 8.5 [4.2-34.0] 13.4 [3.9-213] 311 [135-1055] 270 [19-1230]
اي جي 9.3 [4.4-41.0] 12.3 [3.2-55.6] 268 [61-1044] 267 [79-664]
GG 9.0 [4.4-44.6] 14.0 [5.1-34.9] 302 [135-770] 275 [59-624]
أنوفا * ،ص.07 .44 .03 .59
سي بي اس844ins68 2-155
WW 9.0 [4.2-44.6] 13.0 [3.2-53.2] 282 [61-1055] 270 [19-1230]
WI 9.0 [4.6-34.0] 12.1 [4.9-213.0] 298 [80-958] 236 [37-567]
ثانيًا 7.5 [6.0-12.0] 15.7 [7.9-44.5] 233 [154-306] 267 [164-664]
أنوفا * ،ص.50 .17 .45 .33

tHcy ، وحمض الفوليك ، و RCF (حمض الفوليك) ، وفيتامين ب12 يتم التعبير عن التركيزات كقيم متوسطة [حد أدنى - أقصى]. يشير W إلى أليل من النوع البري I ، أليل الإدراج.

ص & lt .0005 لـ TT مقابل CC ، و TT مقابل CT (ر الاختبارات ، المصححة لمقارنات متعددة).

ص & lt .02 لـ TT مقابل CC (ر اختبار ، مصحح لمقارنات متعددة).

ص & الملازم .04 لكل مجموعة تركيب وراثي (رالاختبارات ، المصححة لمقارنات متعددة).

ص & lt .05 لـ CT مقابل TT (ر اختبار ، مصحح لمقارنات متعددة).

الخطر النسبي للتواجد في أعلى 5٪ ، و 10٪ ، و 20٪ ، و 50٪ من توزيع tHcy للأفراد الذين يعانون من مثفر 677TT مقابل أولئك الذين لديهم مثفر تم حساب التركيب الوراثي 677CC بشكل منفصل للذكور والإناث (الجدول 3). ال مثفر يمنح النمط الجيني 677TT خطرًا أعلى بكثير للإصابة بفرط الهوموسيستين في الدم عند الذكور مقارنة بالإناث في كل من القيم المختلفة لرتبة tHcy الخاصة بالجنس. بالنسبة للذكور ، هناك خطر كبير يبلغ 4.2 ضعفًا للوجود في أعلى 50 ٪ من توزيع tHcy (على سبيل المثال ، tHcy & gt 9.2 ميكرومتر) لـ 677TT متجانسة الزيجوت نسبة إلى 677CC متجانسة الزيجوت (ص & lt .005) ، وهو خطر يزيد إلى أكثر من 40 ضعفًا لكونه في أعلى 5٪ من التوزيع (أي ، tHcy & gt 20.8 ميكرومتر). في الإناث ، تزيد تقديرات المخاطر المقابلة من 2.4 (أعلى 50٪ tHcy & gt 8.6 ميكرومتر) إلى 7.1 (أعلى 5٪ tHcy & gt 17.9 ميكرومتر). الخطر الذي قد يتسبب فيهمثفر سوف يؤدي التركيب الوراثي 677TT إلى النمط الظاهري Hcy الممرض وبالتالي يكون أكثر تطرفًا في الذكور منه عند الإناث.

الخطر النسبي المقيد بالجنس لفرط الهوموسستئين الخفيف الذي يمنحه مثفر 677TT بالنسبة للنمط الجيني 677CC

رتبة tHcy. تركيز tHcy ، ميكرومتر. مثفر677TT بالنسبة إلى مثفر 677CC.
أو . 95٪ CI. ص .
أعلى 5٪ M & GT 20.8.0 تحديث 40.8 4.7-352.4 .0008
F & GT 17.9.0 تحديث 7.1 1.3-38.9 .02
أعلى 10٪ M & GT 14.5.0 تحديث 11.4 3.4-38.7 .0001
F & GT 14.3.2 تحديث 7.1 1.7-29.6 .007
أفضل 20٪ M & GT 11.4.2 تحديث 6.8 2.5-19.0 .0002
F & GT 11.6.1 تحديث 2.9 1.1-7.6 .03
أعلى 50٪ M & GT 9.2.2 تحديث 4.2 1.5-12.2 .008
F & GT 8.6.0 تحديث 2.4 1.0-5.6 .051
رتبة tHcy. تركيز tHcy ، ميكرومتر. مثفر677TT بالنسبة إلى مثفر 677CC.
أو . 95٪ CI. ص .
أعلى 5٪ M & GT 20.8.0 تحديث 40.8 4.7-352.4 .0008
F & GT 17.9.0 تحديث 7.1 1.3-38.9 .02
أعلى 10٪ M & GT 14.5.0 تحديث 11.4 3.4-38.7 .0001
F & GT 14.3.2 تحديث 7.1 1.7-29.6 .007
أفضل 20٪ M & GT 11.4.2 تحديث 6.8 2.5-19.0 .0002
F & GT 11.6.1 تحديث 2.9 1.1-7.6 .03
أعلى 50٪ M & GT 9.2.2 تحديث 4.2 1.5-12.2 .008
F & GT 8.6.0 تحديث 2.4 1.0-5.6 .051

يشير tHcy إلى الحمض الأميني الكلي في البلازما OR ، ونسبة الأرجحية 95٪ CI ، وفاصل الثقة 95٪ M ، والذكور و F ، والإناث.

قمنا أيضًا بتقييم تأثير المركب مثفر الأنماط الجينية على الأفراد tHcy مع التركيب الوراثي 677TT / 1298AA لديها أعلى تركيزات tHcy ، أعلى بكثير من تلك الموجودة في جميع الأنماط الجينية غير المؤلفة. على عكس تقرير سابق ، هناك 28 مستوى ثلاثي في مثفر 677CT / 1298AC متغاير الزيجوت المركب (متوسط ​​[النطاق] ، 8.7 ميكرومتر [4.4−29.7 ميكرومتر] ن = 86) كانت مماثلة لتلك الموجودة في الأشخاص الذين هم متغاير الزيجوت منفردين لتعدد الأشكال 677C و gtT ، أي أولئك الذين لديهممثفر 677CT / 1298AA التركيب الجيني (8.6 ميكرومتر [5.1 - 34.0 ميكرومتر] ن = 89). يتأثر RCF بشكل كبير بالمركبمثفر الطراز العرقى (ص = .001 ANOVA) الأفراد ذوو الامتداد مثفر 677TT / 1298AA كان للنمط الجيني RCF أقل من تلك التي لديها مثفر 677CC / 1298AA (ص = .06)، 677CC / 1298AC (ص = .001) و 677CC / 1298CC (ص = .03) الأنماط الجينية (تصحيح Bonferroni رالاختبارات). آثار المركب مثفر الأنماط الجينية على حمض الفوليك وفيتامين ب في الدم12 لم تكن المستويات ذات دلالة إحصائية (ANOVA ، ص = .15 وص = .17 على التوالي). كما لوحظ وجود ارتباط بين MTRR الأنماط الجينية 66A و gtG و RCF (ANOVA ،ص = .03) ومع ذلك ، لم يتم تصحيح أي من Bonferroni اللاحقة ر أظهرت الاختبارات علاقات كبيرة. لم يُظهر أي من الأنماط الجينية المحددة بواسطة الأشكال المتعددة الأخرى ارتباطات مهمة مع مستويات tHcy ، أو حمض الفوليك ، أو RCF ، أو فيتامين ب.12 (الجدول 2) ، على الرغم من وجود اتجاه واضح بين تركيزات tHcy و MTR 2756A و gtG ، بما يتفق مع ملاحظة سابقة 18

تحليل التفاعل

مصل الفولات وفيتامين ب12 كانت التركيزات على حد سواء مرتبطة عكسيًا بـ tHcy في مجتمع الدراسة هذا (ص = -0.481 و ص = −0.369 على التواليص & lt .01 لكلا الارتباطين) بالإضافة إلى أن مستوياتهما تعتمد على مثفر 677 ج و GTT. لذلك قمنا بتقييم التفاعل المحتمل بين حمض الفوليك وفيتامين ب في الدم12 الوضع و مثفر الأنماط الجينية. في كل ربع من توزيع الفولات ، قمنا برسم متوسط ​​تركيز tHcy لكل مثفر 677C و GTT. يوضح الشكل 2 أ أن تأثيرمثفر يقتصر التركيب الوراثي 677TT على مستويات tHcy على أدنى ربع من الفولات على عكس الأرباع الثلاثة الأولى لتوزيع حمض الفوليك ، مثفر 677TT متجانسة الزيجوت في الربع الأدنى (ن = 17) لديها أعلى بكثير من tHcy (متوسط ​​، 17.3 ميكرومتر) من 677 قيراط (ن = 42) و 677 سي سي (ن = 30) أقرانهم (متوسط ​​tHcy ، 10.7 و 10.9 ميكرومتر ، على التوالي ص & الملازم 01). التقسيم الفرعي حسب الجنس من 17 مثفر أكد أفراد 677TT في الربع الأدنى من حمض الفوليك تأثيرًا متباينًا لهذا النمط الوراثي على تركيز tHcy في الذكور والإناث ، أي 6 من 7 مثفر677TT من الذكور ، ولكن 2 فقط من أصل 10 مثفر الإناث 677TT (كلاهما يستخدمان موانع الحمل الهرمونية) في الربع الأدنى من حمض الفوليك لديهن tHcy 18.7 ميكرومتر أو أعلى (95 بالمائة من مجموعة الدراسة بأكملها χ 2 = 7.1 ، df = 1 ، ص & الملازم 01). كانت مستويات الكرياتينين ضمن المعدل الطبيعي عند هؤلاء الذكور والإناث. تحليل التباين مع مثفر 677TT ، حمض الفوليك ، الجنس ، والجنس-مثفر أظهر مصطلح التفاعل 677TT مساهمة كبيرة في تفاعل النوع الجيني (ص & lt. 02) على تباين tHcy. يوضح الشكل 2 ب العلاقة بين المركبمثفر الأنماط الجينية و tHcy في كل من أرباع الفولات. يقتصر تقوية النمط الظاهري المرتفع لـ tHy على أولئك الذين لديهم التركيب الوراثي المركب 677TT / 1298AA (n = 15 متوسط ​​tHcy ، 19.1 ميكرومتر) الموجودين في أدنى ربع حمض الفوليك. تحليلات التفاعل بين فيتامين ب12 و ال MTR 2756A و gtG وMTRR أظهرت الأنماط الجينية 66A و gtG أن أيا من MTRأو MTRR تعدل الأنماط الجينية مستويات tHcy في فيتامين ب12- بطريقة مستقلة (البيانات غير معروضة).

العلاقات بين حمض الفوليك في الدم و tHcy و

مثفر الأنماط الجينية. تم رسم متوسط ​​tHcy (ميكرومتر) بشكل منفصل لكل نمط وراثي داخل الأرباع الأربعة لتوزيع الفولات. (أ) العلاقة بين مثفر 677C و GTT ، وحمض الفوليك ، و tHcy. تزداد تركيزات الفولات من الربع 1 إلى الربع 4. الربع 1: 9.50 نانومتر أو أقل من الربع 2: 9.51 إلى 12.95 نانومتر في الربع 3: 12.96 إلى 18.83 نانومتر والربيع 4: 18.84 نانومتر أو أكثر. (ب) العلاقة بين المركب مثفر 677C & gtT و 1298 A & gtC ، وحمض الفوليك ، و tHcy. الفولات الرباعية متطابقة مع تلك الموصوفة في اللوحة A.

العلاقات بين حمض الفوليك في الدم و tHcy و

مثفر الأنماط الجينية. تم رسم متوسط ​​tHcy (ميكرومتر) بشكل منفصل لكل نمط وراثي داخل الأرباع الأربعة لتوزيع الفولات. (أ) العلاقة بين مثفر 677C و GTT ، وحمض الفوليك ، و tHcy. تزداد تركيزات الفولات من الربع 1 إلى الربع 4. الربع 1: 9.50 نانومتر أو أقل من الربع 2: 9.51 إلى 12.95 نانومتر في الربع 3: 12.96 إلى 18.83 نانومتر والربيع 4: 18.84 نانومتر أو أكثر. (ب) العلاقة بين المركب مثفر 677C & gtT و 1298 A & gtC ، وحمض الفوليك ، و tHcy. الفولات الرباعية متطابقة مع تلك الموصوفة في اللوحة A.

تم تقييم تأثيرات الأنماط الجينية الفردية ومجموعات التركيب الوراثي على التباين في مستويات البلازما tHcy باستخدام 2-way ANOVA ، حيث يمكن تقدير التأثيرات التفاعلية ، بالإضافة إلى التأثيرات الرئيسية في النموذج قيد الاختبار. كان التباين العام في مستويات tHcy الذي تفسره العوامل الوراثية قيد الدراسة 9 ٪. بعد إدراج حمض الفوليك وفيتامين ب12 التركيزات في النموذج ، يمكن تفسير ما يقرب من 42 ٪ من التباين في مستويات tHcy. تغير التقدير الأخير إلى 45٪ بعد إدراج الكرياتينين في النموذج.


الملخص

لعقود من الزمان ، تم تصنيف العتائق بشكل خاطئ على أنها بكتيريا بسبب مورفولوجيا بدائية النواة. كشفت السلالات الجزيئية في النهاية أن البدائيات ، مثل البكتيريا وحقيقيات النوى ، هي مجال متميز أساسي للحياة. أكدت تحليلات الجينوم أن العتائق تشترك في العديد من الميزات مع حقيقيات النوى ، لا سيما في معالجة المعلومات ، وبالتالي يمكن أن تكون بمثابة نماذج مبسطة لفهم بيولوجيا حقيقية النواة. تبنى علماء الكيمياء الحيوية وعلماء الأحياء التركيبية دراسة العتائق لكن علماء الوراثة كانوا أكثر حذرًا ، على الرغم من حقيقة أن التقنيات الجينية للعتيقات معقدة للغاية. حان الوقت لعلماء الوراثة ليبدأوا في طرح أسئلة أساسية حول أقاربنا البعيدين.


النتائج

لتقييم الاختلاف الظاهري في تكوين FAAس 2 السويداء ، قمنا بتحليل الحبات الناضجة لما يقرب من التماثل الطبيعي و س 2 سلالات الذرة ، W64A + /س 2 و Oh545A + /س 2. نمت هذه المواد في أوقات وأماكن مختلفة. على الرغم من وجود تباين في المستوى الإجمالي لل FAA ، اعتمادًا على الموسم والموقع الذي نمت فيه النباتات ، والتركيزات النسبية لل FAAs ونسبتها في النوع البري و س 2 كانت السلالات متسقة (الجدول الأول). (لم يتم قياس Asn في تحليل W64A + / الناضجس 2 السويداء ، ولكن تم تحديده لمدة 50 يومًا بعد التلقيح (DAP) لتطوير السويداء [الجدول الثاني] ، وهي في الأساس مرحلة ناضجة.) من الشائع أن س 2 تحتوي المسوخات على محتوى أعلى من FAAs مقارنة بنظيراتها من النوع البري (Sodek and Wilson ، 1971 Misra et al. ، 1975 Moro et al. ، 1996) ، ولكن هناك تباينًا مذهلاً بين هذين السلالة الفطرية. W64Aس 2 لديها ما يقرب من 3.5 مرات أكثر من FAA من W64A + و Oh545س 2 لديها ما يقرب من 12 مرة أكثر من FAA من Oh545 +. في W64A ، تم إنشاء ملف س 2 تؤدي الطفرة إلى زيادة عامة بمقدار 2 إلى 3 أضعاف في معظم الأحماض الأمينية ، مع إظهار Lys أكبر زيادة (ما يقرب من 12 ضعفًا). W64Aس 2 يحتوي أيضًا على زيادة كبيرة في الأحماض الأمينية المشتقة من Glu: Gln و His و Arg. تأثير س 2 طفرة على تكوين FAA واضح جدا في Oh545. بالمقارنة مع W64A ، في المتوسط ​​، هناك زيادة بمقدار 10 أضعاف في معظم FAAs ، وهناك زيادة كبيرة (18-24 ضعفًا) في الأحماض الأمينية المشتقة من مسار Asp (Lys و Thr و Met و iso-Leu) . الأحماض الأمينية الأخرى المرتفعة بشكل ملحوظ فوق المتوسط ​​هي Ser و Leu و Ala و Val ، والعديد منها مشتق من وسيطة حال السكر.

تكوين FAA من W64A + / o2 ، Oh545 + / o2 ، و Oh51Ao2 السويداء الناضجة

حمض أميني . W64A +. W64Aس 2 . Oh545 +. أوه 545س 2 . أوه 51 أس 2 1-أ. W64Aس 2/ W64A +. أوه 545س 2/ أوه 545 +. Oh545 + / W64A +. أوه 545س 2/ W64Aس 2 . أوه 545س 2/ أوه 51 أس 2 .
يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها.
آسيا والمحيط الهادئ 0.63 0.17 1.56 2.89 0.03 9.67 0.62 15.76 3.55 2.5 3.3 4.6 6.2 0.6
أسن 1.32 0.42 11.89 2.51 20.24 0.87 9.0 0.6
غلو 1.35 0.25 3.45 0.76 3.43 0.96 26.58 5.24 11.48 3.31 2.6 7.7 2.5 7.7 2.3
جلن 0.27 0.02 1.74 0.04 0.79 0.38 14.00 4.18 9.56 5.81 6.5 17.8 3.0 8.1 1.5
علاء 0.87 0.21 2.98 1.15 4.82 1.63 86.30 16.52 7.24 4.97 3.4 17.9 5.6 29.0 11.9
ليس 0.12 0.01 1.43 0.28 0.39 0.08 6.93 0.79 1.11 0.34 11.8 17.7 3.2 4.8 6.2
Thr 0.14 0.05 0.49 0.13 0.54 0.14 7.47 0.82 1.19 0.49 3.6 13.9 3.9 15.3 6.3
التقى 0.04 0.01 0.12 0.05 0.08 0.03 1.88 0.39 0.18 0.18 2.7 23.1 1.9 16.3 10.5
إيل 0.04 0.01 0.15 0.04 0.15 0.02 3.69 0.97 0.10 0.08 3.4 24.0 3.6 24.9 37.6
ليو 0.08 0.02 0.28 0.10 0.25 0.06 5.75 0.71 0.60 0.32 3.5 23.1 3.1 20.4 9.5
فال 0.12 0.02 0.66 0.20 0.40 0.11 7.13 0.87 1.11 0.45 5.6 17.8 3.4 10.9 6.4
سر 0.52 0.23 0.71 0.27 1.76 0.65 22.70 2.91 2.22 1.00 1.4 12.9 3.4 32.0 10.2
جلاي 0.28 0.03 0.72 0.22 0.93 0.30 7.66 0.95 0.85 0.40 2.6 8.2 3.4 10.7 9.0
صور 0.08 0.01 0.53 0.05 0.21 0.01 2.71 0.29 0.67 0.17 6.9 12.7 2.8 5.1 4.1
Phe 0.07 0.03 0.21 0.05 0.18 0.01 2.54 0.28 0.41 0.17 2.9 13.9 2.5 11.8 6.2
أرج 0.13 0.01 0.87 0.25 0.23 0.06 2.22 0.33 1.03 0.29 6.7 9.8 1.8 2.6 2.2
له 0.07 0.01 0.45 0.04 0.30 0.09 1.41 0.20 0.44 0.05 6.0 4.6 4.1 3.1 3.2
المجموع 4.81 1-ب 1.22 16.33 1-ب 4.45 18.68 4.52 220.53 24.39 74.20 19.64 3.4 11.8 3.9 1-ب 13.5 1-ب 3.0
حمض أميني . W64A +. W64Aس 2 . Oh545 +. أوه 545س 2 . أوه 51 أس 2 1-أ. W64Aس 2/ W64A +. أوه 545س 2/ أوه 545 +. Oh545 + / W64A +. أوه 545س 2/ W64Aس 2 . أوه 545س 2/ أوه 51 أس 2 .
يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها.
آسيا والمحيط الهادئ 0.63 0.17 1.56 2.89 0.03 9.67 0.62 15.76 3.55 2.5 3.3 4.6 6.2 0.6
أسن 1.32 0.42 11.89 2.51 20.24 0.87 9.0 0.6
غلو 1.35 0.25 3.45 0.76 3.43 0.96 26.58 5.24 11.48 3.31 2.6 7.7 2.5 7.7 2.3
جلن 0.27 0.02 1.74 0.04 0.79 0.38 14.00 4.18 9.56 5.81 6.5 17.8 3.0 8.1 1.5
علاء 0.87 0.21 2.98 1.15 4.82 1.63 86.30 16.52 7.24 4.97 3.4 17.9 5.6 29.0 11.9
ليس 0.12 0.01 1.43 0.28 0.39 0.08 6.93 0.79 1.11 0.34 11.8 17.7 3.2 4.8 6.2
Thr 0.14 0.05 0.49 0.13 0.54 0.14 7.47 0.82 1.19 0.49 3.6 13.9 3.9 15.3 6.3
التقى 0.04 0.01 0.12 0.05 0.08 0.03 1.88 0.39 0.18 0.18 2.7 23.1 1.9 16.3 10.5
إيل 0.04 0.01 0.15 0.04 0.15 0.02 3.69 0.97 0.10 0.08 3.4 24.0 3.6 24.9 37.6
ليو 0.08 0.02 0.28 0.10 0.25 0.06 5.75 0.71 0.60 0.32 3.5 23.1 3.1 20.4 9.5
فال 0.12 0.02 0.66 0.20 0.40 0.11 7.13 0.87 1.11 0.45 5.6 17.8 3.4 10.9 6.4
سر 0.52 0.23 0.71 0.27 1.76 0.65 22.70 2.91 2.22 1.00 1.4 12.9 3.4 32.0 10.2
جلاي 0.28 0.03 0.72 0.22 0.93 0.30 7.66 0.95 0.85 0.40 2.6 8.2 3.4 10.7 9.0
صور 0.08 0.01 0.53 0.05 0.21 0.01 2.71 0.29 0.67 0.17 6.9 12.7 2.8 5.1 4.1
Phe 0.07 0.03 0.21 0.05 0.18 0.01 2.54 0.28 0.41 0.17 2.9 13.9 2.5 11.8 6.2
أرج 0.13 0.01 0.87 0.25 0.23 0.06 2.22 0.33 1.03 0.29 6.7 9.8 1.8 2.6 2.2
له 0.07 0.01 0.45 0.04 0.30 0.09 1.41 0.20 0.44 0.05 6.0 4.6 4.1 3.1 3.2
المجموع 4.81 1-ب 1.22 16.33 1-ب 4.45 18.68 4.52 220.53 24.39 74.20 19.64 3.4 11.8 3.9 1-ب 13.5 1-ب 3.0

القيم هي نانومولات لكل ملليغرام السويداء الجاف. قياسات Oh545 + /س 2 و W64A + /س 2 هي وسيلة العينات المكررة من موقعين.

عينات لـ Oh51Aس 2 كانت من ثلاثة مواسم مختلفة.

لم يتم تحديد محتوى ASN.

تكوين FAA من W64A + / o2 ، Oh545 + / o2 ، و Oh51Ao2 السويداء الناضجة

حمض أميني . W64A +. W64Aس 2 . Oh545 +. أوه 545س 2 . أوه 51 أس 2 1-أ. W64Aس 2/ W64A +. أوه 545س 2/ أوه 545 +. Oh545 + / W64A +. أوه 545س 2/ W64Aس 2 . أوه 545س 2/ أوه 51 أس 2 .
يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها.
آسيا والمحيط الهادئ 0.63 0.17 1.56 2.89 0.03 9.67 0.62 15.76 3.55 2.5 3.3 4.6 6.2 0.6
أسن 1.32 0.42 11.89 2.51 20.24 0.87 9.0 0.6
غلو 1.35 0.25 3.45 0.76 3.43 0.96 26.58 5.24 11.48 3.31 2.6 7.7 2.5 7.7 2.3
جلن 0.27 0.02 1.74 0.04 0.79 0.38 14.00 4.18 9.56 5.81 6.5 17.8 3.0 8.1 1.5
علاء 0.87 0.21 2.98 1.15 4.82 1.63 86.30 16.52 7.24 4.97 3.4 17.9 5.6 29.0 11.9
ليس 0.12 0.01 1.43 0.28 0.39 0.08 6.93 0.79 1.11 0.34 11.8 17.7 3.2 4.8 6.2
Thr 0.14 0.05 0.49 0.13 0.54 0.14 7.47 0.82 1.19 0.49 3.6 13.9 3.9 15.3 6.3
التقى 0.04 0.01 0.12 0.05 0.08 0.03 1.88 0.39 0.18 0.18 2.7 23.1 1.9 16.3 10.5
إيل 0.04 0.01 0.15 0.04 0.15 0.02 3.69 0.97 0.10 0.08 3.4 24.0 3.6 24.9 37.6
ليو 0.08 0.02 0.28 0.10 0.25 0.06 5.75 0.71 0.60 0.32 3.5 23.1 3.1 20.4 9.5
فال 0.12 0.02 0.66 0.20 0.40 0.11 7.13 0.87 1.11 0.45 5.6 17.8 3.4 10.9 6.4
سر 0.52 0.23 0.71 0.27 1.76 0.65 22.70 2.91 2.22 1.00 1.4 12.9 3.4 32.0 10.2
جلاي 0.28 0.03 0.72 0.22 0.93 0.30 7.66 0.95 0.85 0.40 2.6 8.2 3.4 10.7 9.0
صور 0.08 0.01 0.53 0.05 0.21 0.01 2.71 0.29 0.67 0.17 6.9 12.7 2.8 5.1 4.1
Phe 0.07 0.03 0.21 0.05 0.18 0.01 2.54 0.28 0.41 0.17 2.9 13.9 2.5 11.8 6.2
أرج 0.13 0.01 0.87 0.25 0.23 0.06 2.22 0.33 1.03 0.29 6.7 9.8 1.8 2.6 2.2
له 0.07 0.01 0.45 0.04 0.30 0.09 1.41 0.20 0.44 0.05 6.0 4.6 4.1 3.1 3.2
المجموع 4.81 1-ب 1.22 16.33 1-ب 4.45 18.68 4.52 220.53 24.39 74.20 19.64 3.4 11.8 3.9 1-ب 13.5 1-ب 3.0
حمض أميني . W64A +. W64Aس 2 . Oh545 +. أوه 545س 2 . أوه 51 أس 2 1-أ. W64Aس 2/ W64A +. أوه 545س 2/ أوه 545 +. Oh545 + / W64A +. أوه 545س 2/ W64Aس 2 . أوه 545س 2/ أوه 51 أس 2 .
يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها. يقصد . حد ذاتها.
آسيا والمحيط الهادئ 0.63 0.17 1.56 2.89 0.03 9.67 0.62 15.76 3.55 2.5 3.3 4.6 6.2 0.6
أسن 1.32 0.42 11.89 2.51 20.24 0.87 9.0 0.6
غلو 1.35 0.25 3.45 0.76 3.43 0.96 26.58 5.24 11.48 3.31 2.6 7.7 2.5 7.7 2.3
جلن 0.27 0.02 1.74 0.04 0.79 0.38 14.00 4.18 9.56 5.81 6.5 17.8 3.0 8.1 1.5
علاء 0.87 0.21 2.98 1.15 4.82 1.63 86.30 16.52 7.24 4.97 3.4 17.9 5.6 29.0 11.9
ليس 0.12 0.01 1.43 0.28 0.39 0.08 6.93 0.79 1.11 0.34 11.8 17.7 3.2 4.8 6.2
Thr 0.14 0.05 0.49 0.13 0.54 0.14 7.47 0.82 1.19 0.49 3.6 13.9 3.9 15.3 6.3
التقى 0.04 0.01 0.12 0.05 0.08 0.03 1.88 0.39 0.18 0.18 2.7 23.1 1.9 16.3 10.5
إيل 0.04 0.01 0.15 0.04 0.15 0.02 3.69 0.97 0.10 0.08 3.4 24.0 3.6 24.9 37.6
ليو 0.08 0.02 0.28 0.10 0.25 0.06 5.75 0.71 0.60 0.32 3.5 23.1 3.1 20.4 9.5
فال 0.12 0.02 0.66 0.20 0.40 0.11 7.13 0.87 1.11 0.45 5.6 17.8 3.4 10.9 6.4
سر 0.52 0.23 0.71 0.27 1.76 0.65 22.70 2.91 2.22 1.00 1.4 12.9 3.4 32.0 10.2
جلاي 0.28 0.03 0.72 0.22 0.93 0.30 7.66 0.95 0.85 0.40 2.6 8.2 3.4 10.7 9.0
صور 0.08 0.01 0.53 0.05 0.21 0.01 2.71 0.29 0.67 0.17 6.9 12.7 2.8 5.1 4.1
Phe 0.07 0.03 0.21 0.05 0.18 0.01 2.54 0.28 0.41 0.17 2.9 13.9 2.5 11.8 6.2
أرج 0.13 0.01 0.87 0.25 0.23 0.06 2.22 0.33 1.03 0.29 6.7 9.8 1.8 2.6 2.2
له 0.07 0.01 0.45 0.04 0.30 0.09 1.41 0.20 0.44 0.05 6.0 4.6 4.1 3.1 3.2
المجموع 4.81 1-ب 1.22 16.33 1-ب 4.45 18.68 4.52 220.53 24.39 74.20 19.64 3.4 11.8 3.9 1-ب 13.5 1-ب 3.0

القيم هي نانومولات لكل ملليغرام السويداء الجاف. قياسات Oh545 + /س 2 و W64A + /س 2 هي وسيلة العينات المكررة من موقعين.

عينات لـ Oh51Aس 2 كانت من ثلاثة مواسم مختلفة.

لم يتم تحديد محتوى ASN.

تكوين FAA من W64A + / o2 و Oh545 + / o2 تطوير السويداء

حمض أميني . 20 DAP. 30 DAP. 40 DAP. 50 DAP.
W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 .
آسيا والمحيط الهادئ 5.39 11.59 3.97 8.29 3.51 13.94 5.00 12.90 2.31 17.22 2.19 16.36 1.33 14.72 2.89 14.56
أسن 3.24 12.34 4.93 11.10 1.87 12.06 2.82 7.72 1.53 14.86 1.53 9.64 0.53 11.32 1.27 9.91
غلو 10.55 27.27 24.30 24.22 7.41 21.17 11.24 26.28 5.05 24.76 3.73 31.91 0.56 10.35 4.30 22.21
جلن 10.04 78.85 4.30 59.13 4.00 50.07 3.81 53.64 1.89 26.00 0.88 22.34 0.06 1.53 0.99 14.66
علاء 12.72 40.42 25.29 59.36 7.91 24.41 17.42 53.76 5.74 26.08 6.22 64.51 0.21 2.07 9.42 37.70
ليس 0.97 1.62 1.63 1.22 0.52 2.06 0.93 3.31 0.30 2.72 0.24 3.81 0.08 1.70 0.27 4.95
Thr 1.45 4.63 2.25 6.16 0.80 3.25 1.35 6.29 0.48 3.34 0.47 5.66 0.04 1.01 0.56 4.12
التقى 0.62 1.91 1.05 1.41 0.39 1.90 0.48 1.85 0.25 1.49 0.18 1.21 0.02 0.28 0.25 1.35
إيل 0.26 0.70 0.42 1.46 0.12 0.41 0.28 1.17 0.05 0.55 0.07 1.39 0.02 0.26 0.08 1.14
ليو 0.50 2.87 0.68 2.35 0.20 1.73 0.50 2.76 0.11 2.08 0.10 3.46 0.03 0.67 0.18 2.55
فال 1.48 5.23 1.98 4.49 0.51 2.88 1.00 3.89 0.26 2.79 0.15 4.13 0.04 1.14 0.27 3.78
سر 2.86 7.50 6.17 10.41 1.21 5.09 3.08 9.32 0.70 6.07 0.98 8.78 0.09 1.25 1.41 10.27
جلاي 1.84 4.48 1.72 3.95 0.65 3.41 1.24 4.20 0.48 2.66 0.36 4.64 0.05 0.40 0.62 1.62
صور 0.33 0.81 0.60 0.54 0.20 0.59 0.36 1.19 0.14 1.18 0.08 1.85 0.05 1.30 0.13 2.06
Phe 0.34 0.80 0.69 1.34 0.25 0.65 0.40 1.15 0.12 0.99 0.10 1.75 0.02 0.64 0.10 1.35
أرج 0.35 0.85 0.50 0.59 0.20 0.44 0.30 0.92 0.06 0.57 0.05 1.16 0.03 0.76 0.09 1.45
له 0.39 0.67 0.59 0.34 0.13 0.40 0.29 0.64 0.06 0.49 0.01 0.75 0.02 0.58 0.06 1.09
طليعة 0.59 1.38 1.31 6.26 0.16 1.36 0.83 3.09 0.17 5.82 0.24 11.44 0.10 4.54 0.38 19.27
جابا 0.63 2.42 3.08 5.66 0.63 1.80 3.11 7.33 0.76 5.01 1.69 19.77 0.38 2.77 3.50 14.95
اليوريا 0.13 2.56 0.28 0.97 0.06 1.11 0.21 1.22 0.04 1.02 0.05 1.06 0.05 0.43 0.09 0.71
آحرون 1.84 9.63 3.01 6.50 0.78 7.68 1.63 7.85 0.54 6.23 0.36 9.23 0.33 1.52 0.93 7.37
المجموع 56.58 218.54 88.76 215.82 31.51 156.42 56.24 210.47 21.02 151.99 19.70 224.84 4.03 59.35 27.78 177.04
حمض أميني . 20 DAP. 30 DAP. 40 DAP. 50 DAP.
W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 .
آسيا والمحيط الهادئ 5.39 11.59 3.97 8.29 3.51 13.94 5.00 12.90 2.31 17.22 2.19 16.36 1.33 14.72 2.89 14.56
أسن 3.24 12.34 4.93 11.10 1.87 12.06 2.82 7.72 1.53 14.86 1.53 9.64 0.53 11.32 1.27 9.91
غلو 10.55 27.27 24.30 24.22 7.41 21.17 11.24 26.28 5.05 24.76 3.73 31.91 0.56 10.35 4.30 22.21
جلن 10.04 78.85 4.30 59.13 4.00 50.07 3.81 53.64 1.89 26.00 0.88 22.34 0.06 1.53 0.99 14.66
علاء 12.72 40.42 25.29 59.36 7.91 24.41 17.42 53.76 5.74 26.08 6.22 64.51 0.21 2.07 9.42 37.70
ليس 0.97 1.62 1.63 1.22 0.52 2.06 0.93 3.31 0.30 2.72 0.24 3.81 0.08 1.70 0.27 4.95
Thr 1.45 4.63 2.25 6.16 0.80 3.25 1.35 6.29 0.48 3.34 0.47 5.66 0.04 1.01 0.56 4.12
التقى 0.62 1.91 1.05 1.41 0.39 1.90 0.48 1.85 0.25 1.49 0.18 1.21 0.02 0.28 0.25 1.35
إيل 0.26 0.70 0.42 1.46 0.12 0.41 0.28 1.17 0.05 0.55 0.07 1.39 0.02 0.26 0.08 1.14
ليو 0.50 2.87 0.68 2.35 0.20 1.73 0.50 2.76 0.11 2.08 0.10 3.46 0.03 0.67 0.18 2.55
فال 1.48 5.23 1.98 4.49 0.51 2.88 1.00 3.89 0.26 2.79 0.15 4.13 0.04 1.14 0.27 3.78
سر 2.86 7.50 6.17 10.41 1.21 5.09 3.08 9.32 0.70 6.07 0.98 8.78 0.09 1.25 1.41 10.27
جلاي 1.84 4.48 1.72 3.95 0.65 3.41 1.24 4.20 0.48 2.66 0.36 4.64 0.05 0.40 0.62 1.62
صور 0.33 0.81 0.60 0.54 0.20 0.59 0.36 1.19 0.14 1.18 0.08 1.85 0.05 1.30 0.13 2.06
Phe 0.34 0.80 0.69 1.34 0.25 0.65 0.40 1.15 0.12 0.99 0.10 1.75 0.02 0.64 0.10 1.35
أرج 0.35 0.85 0.50 0.59 0.20 0.44 0.30 0.92 0.06 0.57 0.05 1.16 0.03 0.76 0.09 1.45
له 0.39 0.67 0.59 0.34 0.13 0.40 0.29 0.64 0.06 0.49 0.01 0.75 0.02 0.58 0.06 1.09
طليعة 0.59 1.38 1.31 6.26 0.16 1.36 0.83 3.09 0.17 5.82 0.24 11.44 0.10 4.54 0.38 19.27
جابا 0.63 2.42 3.08 5.66 0.63 1.80 3.11 7.33 0.76 5.01 1.69 19.77 0.38 2.77 3.50 14.95
اليوريا 0.13 2.56 0.28 0.97 0.06 1.11 0.21 1.22 0.04 1.02 0.05 1.06 0.05 0.43 0.09 0.71
آحرون 1.84 9.63 3.01 6.50 0.78 7.68 1.63 7.85 0.54 6.23 0.36 9.23 0.33 1.52 0.93 7.37
المجموع 56.58 218.54 88.76 215.82 31.51 156.42 56.24 210.47 21.02 151.99 19.70 224.84 4.03 59.35 27.78 177.04

القيم هي نانومولات لكل ملليجرام قياسات السويداء الجاف هي الوسيلة لثلاث عمليات استخلاص مستقلة.

تكوين FAA من W64A + / o2 و Oh545 + / o2 تطوير السويداء

حمض أميني . 20 DAP. 30 DAP. 40 DAP. 50 DAP.
W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 .
آسيا والمحيط الهادئ 5.39 11.59 3.97 8.29 3.51 13.94 5.00 12.90 2.31 17.22 2.19 16.36 1.33 14.72 2.89 14.56
أسن 3.24 12.34 4.93 11.10 1.87 12.06 2.82 7.72 1.53 14.86 1.53 9.64 0.53 11.32 1.27 9.91
غلو 10.55 27.27 24.30 24.22 7.41 21.17 11.24 26.28 5.05 24.76 3.73 31.91 0.56 10.35 4.30 22.21
جلن 10.04 78.85 4.30 59.13 4.00 50.07 3.81 53.64 1.89 26.00 0.88 22.34 0.06 1.53 0.99 14.66
علاء 12.72 40.42 25.29 59.36 7.91 24.41 17.42 53.76 5.74 26.08 6.22 64.51 0.21 2.07 9.42 37.70
ليس 0.97 1.62 1.63 1.22 0.52 2.06 0.93 3.31 0.30 2.72 0.24 3.81 0.08 1.70 0.27 4.95
Thr 1.45 4.63 2.25 6.16 0.80 3.25 1.35 6.29 0.48 3.34 0.47 5.66 0.04 1.01 0.56 4.12
التقى 0.62 1.91 1.05 1.41 0.39 1.90 0.48 1.85 0.25 1.49 0.18 1.21 0.02 0.28 0.25 1.35
إيل 0.26 0.70 0.42 1.46 0.12 0.41 0.28 1.17 0.05 0.55 0.07 1.39 0.02 0.26 0.08 1.14
ليو 0.50 2.87 0.68 2.35 0.20 1.73 0.50 2.76 0.11 2.08 0.10 3.46 0.03 0.67 0.18 2.55
فال 1.48 5.23 1.98 4.49 0.51 2.88 1.00 3.89 0.26 2.79 0.15 4.13 0.04 1.14 0.27 3.78
سر 2.86 7.50 6.17 10.41 1.21 5.09 3.08 9.32 0.70 6.07 0.98 8.78 0.09 1.25 1.41 10.27
جلاي 1.84 4.48 1.72 3.95 0.65 3.41 1.24 4.20 0.48 2.66 0.36 4.64 0.05 0.40 0.62 1.62
صور 0.33 0.81 0.60 0.54 0.20 0.59 0.36 1.19 0.14 1.18 0.08 1.85 0.05 1.30 0.13 2.06
Phe 0.34 0.80 0.69 1.34 0.25 0.65 0.40 1.15 0.12 0.99 0.10 1.75 0.02 0.64 0.10 1.35
أرج 0.35 0.85 0.50 0.59 0.20 0.44 0.30 0.92 0.06 0.57 0.05 1.16 0.03 0.76 0.09 1.45
له 0.39 0.67 0.59 0.34 0.13 0.40 0.29 0.64 0.06 0.49 0.01 0.75 0.02 0.58 0.06 1.09
طليعة 0.59 1.38 1.31 6.26 0.16 1.36 0.83 3.09 0.17 5.82 0.24 11.44 0.10 4.54 0.38 19.27
جابا 0.63 2.42 3.08 5.66 0.63 1.80 3.11 7.33 0.76 5.01 1.69 19.77 0.38 2.77 3.50 14.95
اليوريا 0.13 2.56 0.28 0.97 0.06 1.11 0.21 1.22 0.04 1.02 0.05 1.06 0.05 0.43 0.09 0.71
آحرون 1.84 9.63 3.01 6.50 0.78 7.68 1.63 7.85 0.54 6.23 0.36 9.23 0.33 1.52 0.93 7.37
المجموع 56.58 218.54 88.76 215.82 31.51 156.42 56.24 210.47 21.02 151.99 19.70 224.84 4.03 59.35 27.78 177.04
حمض أميني . 20 DAP. 30 DAP. 40 DAP. 50 DAP.
W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 . W64A +. W64Aس 2 . OH545 +. أوه 545س 2 .
آسيا والمحيط الهادئ 5.39 11.59 3.97 8.29 3.51 13.94 5.00 12.90 2.31 17.22 2.19 16.36 1.33 14.72 2.89 14.56
أسن 3.24 12.34 4.93 11.10 1.87 12.06 2.82 7.72 1.53 14.86 1.53 9.64 0.53 11.32 1.27 9.91
غلو 10.55 27.27 24.30 24.22 7.41 21.17 11.24 26.28 5.05 24.76 3.73 31.91 0.56 10.35 4.30 22.21
جلن 10.04 78.85 4.30 59.13 4.00 50.07 3.81 53.64 1.89 26.00 0.88 22.34 0.06 1.53 0.99 14.66
علاء 12.72 40.42 25.29 59.36 7.91 24.41 17.42 53.76 5.74 26.08 6.22 64.51 0.21 2.07 9.42 37.70
ليس 0.97 1.62 1.63 1.22 0.52 2.06 0.93 3.31 0.30 2.72 0.24 3.81 0.08 1.70 0.27 4.95
Thr 1.45 4.63 2.25 6.16 0.80 3.25 1.35 6.29 0.48 3.34 0.47 5.66 0.04 1.01 0.56 4.12
التقى 0.62 1.91 1.05 1.41 0.39 1.90 0.48 1.85 0.25 1.49 0.18 1.21 0.02 0.28 0.25 1.35
إيل 0.26 0.70 0.42 1.46 0.12 0.41 0.28 1.17 0.05 0.55 0.07 1.39 0.02 0.26 0.08 1.14
ليو 0.50 2.87 0.68 2.35 0.20 1.73 0.50 2.76 0.11 2.08 0.10 3.46 0.03 0.67 0.18 2.55
فال 1.48 5.23 1.98 4.49 0.51 2.88 1.00 3.89 0.26 2.79 0.15 4.13 0.04 1.14 0.27 3.78
سر 2.86 7.50 6.17 10.41 1.21 5.09 3.08 9.32 0.70 6.07 0.98 8.78 0.09 1.25 1.41 10.27
جلاي 1.84 4.48 1.72 3.95 0.65 3.41 1.24 4.20 0.48 2.66 0.36 4.64 0.05 0.40 0.62 1.62
صور 0.33 0.81 0.60 0.54 0.20 0.59 0.36 1.19 0.14 1.18 0.08 1.85 0.05 1.30 0.13 2.06
Phe 0.34 0.80 0.69 1.34 0.25 0.65 0.40 1.15 0.12 0.99 0.10 1.75 0.02 0.64 0.10 1.35
أرج 0.35 0.85 0.50 0.59 0.20 0.44 0.30 0.92 0.06 0.57 0.05 1.16 0.03 0.76 0.09 1.45
له 0.39 0.67 0.59 0.34 0.13 0.40 0.29 0.64 0.06 0.49 0.01 0.75 0.02 0.58 0.06 1.09
طليعة 0.59 1.38 1.31 6.26 0.16 1.36 0.83 3.09 0.17 5.82 0.24 11.44 0.10 4.54 0.38 19.27
جابا 0.63 2.42 3.08 5.66 0.63 1.80 3.11 7.33 0.76 5.01 1.69 19.77 0.38 2.77 3.50 14.95
اليوريا 0.13 2.56 0.28 0.97 0.06 1.11 0.21 1.22 0.04 1.02 0.05 1.06 0.05 0.43 0.09 0.71
آحرون 1.84 9.63 3.01 6.50 0.78 7.68 1.63 7.85 0.54 6.23 0.36 9.23 0.33 1.52 0.93 7.37
المجموع 56.58 218.54 88.76 215.82 31.51 156.42 56.24 210.47 21.02 151.99 19.70 224.84 4.03 59.35 27.78 177.04

القيم هي نانومولات لكل ملليجرام قياسات السويداء الجاف هي الوسيلة لثلاث عمليات استخلاص مستقلة.

جزء على الأقل من الاختلافات في FAAs المرتفعة في س 2ترتبط الفطريات بخلفيتها الجينية. مستوى FAA في السويداء الناضج من Oh545 + بشكل عام أكبر بثلاث إلى أربع مرات من W64A.عندما طرحنا الفرق (زيادة أضعاف) بين FAA في السلالات الطبيعية العالية والمنخفضة من تلك الموجودة فيس 2 الإصدارات ، كان من الواضح أن س 2 الطفرة في Oh545 لها تأثير أكثر وضوحًا على الأحماض الأمينية المشتقة من مسار Asp. محتوى Lys أكبر 1.6 مرة فقط في Oh545س 2 مقارنة بـ W64Aس 2 , في حين أن iso-Leu (21.5 مرة) و Met (14.4 مرة) و Thr (11.4 مرة) زادت بشكل كبير.

FAA في تطوير السويداء من Oh545 + /س 2 و W64A + /س 2. تم إجراء تحليل FAA باستخدام عينات نواة مجمعة كما هو موضح في "المواد والطرق". القيم هي وسيلة لثلاث عمليات استخراج وقياسات مستقلة.

FAA في تطوير السويداء من Oh545 + /س 2 و W64A + /س 2. تم إجراء تحليل FAA باستخدام عينات نواة مجمعة كما هو موضح في "المواد والطرق". القيم هي وسيلة لثلاث عمليات استخراج وقياسات مستقلة.

إلى حد كبير ، نتائج هذا التحليل مماثلة لتلك التي تم الحصول عليها مع السويداء ناضجة. هناك مستوى أعلى بكثير من FAAs في تطوير السويداء س 2 من السلالات البرية ، وهناك مستوى أعلى بكثير من FAA في Oh545 + /س 2 مقارنة بـ W64A + /س 2 طوال التطوير. ال س 2المسوخ لديها ما يقرب من أربع مرات أكثر من FAAs مقارنة بنظيراتها من النوع البري عند 20 DAP ، وبشكل عام تنخفض تركيزات FAA بشكل أبطأ بكثير من تركيزها في السويداء من النوع البري. على سبيل المثال ، في W64Aس 2 تركيز FAA عند 50 DAP هو نفسه تقريبًا كما هو الحال في النوع البري عند 20 DAP. من اللافت للنظر أن W64Aس 2و Oh545س 2 تركيزات مماثلة من القوات المسلحة الأنغولية في 20 DAP ، ولكن على الرغم من انخفاض مستوى FAA في W64Aس 2 السويداء مع نضوجها ، لا يوجد سوى انخفاض طفيف في تركيز FAA في Oh545س 2.

على الرغم من وجود بعض التقلبات في حجم تجمع الأحماض الأمينية المختلفة أثناء تطوير السويداء ، إلا أن التركيز عند النضج يعكس إلى حد كبير ذلك أثناء التطور (الجدول 2). تتواجد Glu و Gln و Asp و Asn و Ala بأعلى تركيزات في معظم مراحل تطور السويداء لكل من الطبيعي و س 2 الأنماط الجينية. هناك انخفاض كبير في تركيز Gln مع نضوج السويداء ، ولكن باستثناء Pro ، الذي يزيد التركيز في س 2 السويداء (خاصة في Oh545س 2) ، لا توجد زيادة كبيرة في تركيز أي حمض أميني معين. التركيزات الأعلى من Lys و Thr و Met و iso-Leu في س 2 يأتي السويداء عندما ينضج نتيجة لانخفاض تركيز الأحماض الأمينية الأكثر وفرة ، مثل Gln.

لقد بحثنا في الأساس الجيني للمستوى المحسن من FAAs في Oh545س 2 بعبوره مع Oh51Aس 2. محتوى FAA في السويداء الناضجة لـ Oh545س 2 ثلاث مرات أعلى من Oh51Aس 2، مع ارتفاع الأحماض الأمينية المشتقة من مسار AK أكثر من غيرها. مستوى FAA في Oh51Aس 2 أربع مرات أعلى من W64Aس 2(الجدول الأول) ، وباستثناء Lys و iso-Leu ، يكون تركيز كل حمض أميني أعلى في السويداء الناضج لـ Oh51Aس 2 مقارنة بـ W64Aس 2 (الجدول الأول). ومع ذلك ، مع هذا التقاطع المحدد ، تمكنا من تحليل الفصل في وقت واحد لمستويات عالية من البروتينات الحرة المحتوية على Lys و Lys ، والتحقيق في التفاعل بين هاتين السمتين (Wang et al. ، 2001).

التركيز النسبي لل FAA في السويداء الناضج لـ Oh545س 2، Oh51Aس 2، متبادلهم F1 الصلبان و F.2:3ذرية. تم تحضير الطحين من مجموعة مكونة من 20 حبة من وسط الأذنين المملوءتين جيدًا ومعايرته باستخدام مادة النينهيدرين لتحديد محتوى FAA. المحتوى النسبي FAA في Oh51Aس 2 (الوالد منخفض FAA) تم تعريفه على أنه "1." محتوى FAA النسبي لكل F2:3 الفرد هو متوسط ​​قياسين من عمليتي استخلاص مستقلتين. نمت النباتات في ربيع (أ) وخريف (ب) عام 1996.

التركيز النسبي لل FAA في السويداء الناضج لـ Oh545س 2، Oh51Aس 2، متبادلهم F1 الصلبان و F.2:3ذرية. تم تحضير الطحين من مجموعة مكونة من 20 حبة من وسط الأذنين المملوءتين جيدًا ومعايرته باستخدام مادة النينهيدرين لتحديد محتوى FAA. المحتوى النسبي FAA في Oh51Aس 2 (الوالد منخفض FAA) تم تعريفه على أنه "1." محتوى FAA النسبي لكل F2:3 الفرد هو متوسط ​​قياسين من عمليتي استخلاص مستقلتين. نمت النباتات في ربيع (أ) وخريف (ب) عام 1996.

خريطة ارتباط لـ Oh545س 2 × أوه 51 أس 2تم إنشاء الصليب باستخدام 83 علامة تكرار تسلسل بسيط متعدد الأشكال (SSR) (Wang et al. ، 2001). لتقليل عمل التنميط الجيني لهذه الفئة من السكان باستخدام علامات SSR مفيدة ، قمنا بتحليل 40 فهرنهايت2 ذرية ، بما في ذلك 20 فردًا لديهم أعلى و 20 فردًا لديهم أقل محتوى FAA. أجرينا تعيين الفاصل الزمني باستخدام نموذج انحدار بسيط لتحديد عدد قليل من QTLs المحتملة باستخدام برنامج Map Manager QXTb03 (http: // mcbio. med.buffalo.edu/mapmgr.html). تم بعد ذلك اختبار SSRs إضافية في هذه المناطق ، ثم تم استخدام العلامات الإعلامية لتحديد التركيب الجيني للسكان بالكامل. تم استخدام جميع العلامات المرافقة لـ QTLs المحتملة في التركيب الوراثي لـ F بأكمله2:3 تعداد السكان.

رسم الخرائط الفاصلة QTLs التي تؤثر على محتوى FAA في السويداء الذرة. يتم اشتقاق المؤامرات من تعيين الفاصل الزمني للمواقع المرتبطة بمحتوى FAA في F2عدد سكان أوه 51 أس 2 × أوه 545س 2. تم استخدام نموذج الانحدار الحر لإجراء تعيين الفاصل الزمني. يوضح المنحنى الصلب أن علامات LRS SSR DNA موضحة على اليسار. تم تقدير قيم العتبة المهمة لـ LRS لكل كروموسوم بـ 1000 تبديل باستخدام Map Manager QTXb03. تعتبر LRS قيمة عتبة مهمة (95 ٪) للكروموسومات 2 و 3 و 7 هي 12.2 و 11.5 و 12.1 على التوالي (كما هو موضح بخطوط متقطعة).

رسم الخرائط الفاصلة QTLs التي تؤثر على محتوى FAA في السويداء من الذرة. يتم اشتقاق المؤامرات من تعيين الفاصل الزمني للمواقع المرتبطة بمحتوى FAA في F2عدد سكان أوه 51 أس 2 × أوه 545س 2. تم استخدام نموذج الانحدار الحر لإجراء تعيين الفاصل الزمني. يوضح المنحنى الصلب أن علامات LRS SSR DNA موضحة على اليسار. تم تقدير قيم العتبة المهمة لـ LRS لكل كروموسوم بـ 1000 تبديل باستخدام Map Manager QTXb03. تعتبر LRS قيمة عتبة مهمة (95 ٪) للكروموسومات 2 و 3 و 7 هي 12.2 و 11.5 و 12.1 على التوالي (كما هو موضح بخطوط متقطعة).

خصائص QTLs التي تؤثر على محتوى الأحماض الأمينية الحرة

QTL. كروموسوم. علامات المرافقة. LRS. فرق . مادة مضافة. مهيمن .
%
1 2 لتر bmc1633 ، bmc1329 14.8 11 2.32 −1.35
2 2S bmc1537 ، bmc2248 12.8 10 2.59 −1.63
3 3S bmc1904 ، bmc2136 ، bmc1452 17.9 15 2.68 −3.40
4 7 لتر bmc2328b ، phi045 12.6 10 2.37 −0.93
QTL. كروموسوم. علامات المرافقة. LRS. فرق . مادة مضافة. مهيمن .
%
1 2 لتر bmc1633 ، bmc1329 14.8 11 2.32 −1.35
2 2S bmc1537 ، bmc2248 12.8 10 2.59 −1.63
3 3S bmc1904 ، bmc2136 ، bmc1452 17.9 15 2.68 −3.40
4 7 لتر bmc2328b ، phi045 12.6 10 2.37 −0.93

خصائص QTLs التي تؤثر على محتوى الأحماض الأمينية الحرة

QTL. كروموسوم. علامات المرافقة. LRS. فرق . مادة مضافة. مهيمن .
%
1 2 لتر bmc1633 ، bmc1329 14.8 11 2.32 −1.35
2 2S bmc1537 ، bmc2248 12.8 10 2.59 −1.63
3 3S bmc1904 ، bmc2136 ، bmc1452 17.9 15 2.68 −3.40
4 7 لتر bmc2328b ، phi045 12.6 10 2.37 −0.93
QTL. كروموسوم. علامات المرافقة. LRS. فرق . مادة مضافة. مهيمن .
%
1 2 لتر bmc1633 ، bmc1329 14.8 11 2.32 −1.35
2 2S bmc1537 ، bmc2248 12.8 10 2.59 −1.63
3 3S bmc1904 ، bmc2136 ، bmc1452 17.9 15 2.68 −3.40
4 7 لتر bmc2328b ، phi045 12.6 10 2.37 −0.93

لتقييم أهمية الارتباط بين SSRs المرافقة لـ QTLs ومحتوى FAA ، تم إجراء اختبار chi-square باستخدام 20 فردًا مع ارتفاع شديد و 20 فردًا لديهم محتوى FAA منخفض للغاية (الجدول الرابع). تُظهر العلامات المرافقة ، bmc1633 و bmc1329 ، التي تحدد QTL على الذراع الطويلة للكروموسوم 2 ، ارتباطًا كبيرًا بهذه السمة ، بناءً على حدوثها في الأفراد ذوي المستوى العالي والمنخفض من FAA. ترتبط العلامة المرافقة لـ QTL على الذراع القصيرة للكروموسوم 2 ، bmc1537 ، ارتباطًا كبيرًا بـ QTL ، مع قيمة مربع كاي 6.4 بين أفراد FAA المرتفعين ، لا يوجد ارتباط بين أفراد FAA المنخفضين. لا يوجد سوى علامة مرافقة واحدة مرتبطة بإحكام بـ QTL على الذراع الطويلة للكروموسوم 7 ، phi045. من المثير للدهشة أنه بناءً على اختبار مربع كاي ، لم نجد ارتباطًا مهمًا للعلامات التي تحيط بـ QTL على الكروموسوم 3 ، والذي له أكبر تأثير ظاهري وقيمة LRS. يمكن أن ينتج هذا عن الأفراد الخمسة الذين لديهم أعلى محتوى FAA لديهم نمط وراثي SSR مطابق لـ Oh545س 2 (البيانات غير معروضة) ، في حين يتم توزيع الأنماط الجينية للعلامة بشكل عشوائي في الأفراد الآخرين ذوي مستوى FAA العالي. يوضح هذا التحليل أنه بالنسبة لجميع QTLs الأربعة ، ساهمت الأليلات بـ Oh545س 2 هي المسؤولة عن ارتفاع مستوى القوات المسلحة الأنغولية.

الفصل بين علامات المرافقة بين F2 الأفراد الذين لديهم محتوى متطرف من القوات المسلحة الأنغولية

علامة . كروموسوم. الأفراد عالية FAA. الأفراد منخفضة FAA.
أ . ح. ب . X 2. ص . أ . ح. ب . X 2. ص .
بي ام سي 1537 2S 1 10 9 6.4 ** 3 12 5 1.2 NS
بي ام سي 2248 2S 1 12 7 5.4 * 5 11 4 0.3 NS
BMC1633 2 لتر 0 13 6 6.3 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1329 2 لتر 1 9 9 6.5 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1904 3S 6 8 6 0.8 NS 2 13 4 2.9 NS
بي ام سي 2136 3S 5 7 7 1.7 NS 2 13 5 2.7 NS
BMC1452 3S 5 6 8 3.4 NS 4 9 5 0.3 NS
phi045 7 لتر 2 8 10 7.2 ** 8 10 2 3.6 NS
علامة . كروموسوم. الأفراد عالية FAA. الأفراد منخفضة FAA.
أ . ح. ب . X 2. ص . أ . ح. ب . X 2. ص .
بي ام سي 1537 2S 1 10 9 6.4 ** 3 12 5 1.2 NS
بي ام سي 2248 2S 1 12 7 5.4 * 5 11 4 0.3 NS
BMC1633 2 لتر 0 13 6 6.3 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1329 2 لتر 1 9 9 6.5 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1904 3S 6 8 6 0.8 NS 2 13 4 2.9 NS
بي ام سي 2136 3S 5 7 7 1.7 NS 2 13 5 2.7 NS
BMC1452 3S 5 6 8 3.4 NS 4 9 5 0.3 NS
phi045 7 لتر 2 8 10 7.2 ** 8 10 2 3.6 NS

A ، عدد النباتات متماثلة اللواقح لـ Oh51Aس 2 أليل. H ، عدد النباتات متغايرة الزيجوت. B ، عدد النباتات متماثلة اللواقح لـ Oh545س 2 أليل. ص، مستوى الدلالة: 0.1 ، * 0.05 ، ** ولا أهمية ، NS.

الفصل بين علامات المرافقة بين F2 الأفراد الذين لديهم محتوى متطرف من القوات المسلحة الأنغولية

علامة . كروموسوم. الأفراد عالية FAA. الأفراد منخفضة FAA.
أ . ح. ب . X 2. ص . أ . ح. ب . X 2. ص .
بي ام سي 1537 2S 1 10 9 6.4 ** 3 12 5 1.2 NS
بي ام سي 2248 2S 1 12 7 5.4 * 5 11 4 0.3 NS
BMC1633 2 لتر 0 13 6 6.3 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1329 2 لتر 1 9 9 6.5 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1904 3S 6 8 6 0.8 NS 2 13 4 2.9 NS
بي ام سي 2136 3S 5 7 7 1.7 NS 2 13 5 2.7 NS
BMC1452 3S 5 6 8 3.4 NS 4 9 5 0.3 NS
phi045 7 لتر 2 8 10 7.2 ** 8 10 2 3.6 NS
علامة . كروموسوم. الأفراد عالية FAA. الأفراد منخفضة FAA.
أ . ح. ب . X 2. ص . أ . ح. ب . X 2. ص .
بي ام سي 1537 2S 1 10 9 6.4 ** 3 12 5 1.2 NS
بي ام سي 2248 2S 1 12 7 5.4 * 5 11 4 0.3 NS
BMC1633 2 لتر 0 13 6 6.3 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1329 2 لتر 1 9 9 6.5 ** 8 11 1 5.1 *
BMC1904 3S 6 8 6 0.8 NS 2 13 4 2.9 NS
بي ام سي 2136 3S 5 7 7 1.7 NS 2 13 5 2.7 NS
BMC1452 3S 5 6 8 3.4 NS 4 9 5 0.3 NS
phi045 7 لتر 2 8 10 7.2 ** 8 10 2 3.6 NS

A ، عدد النباتات متماثلة اللواقح لـ Oh51Aس 2 أليل. H ، عدد النباتات متغايرة الزيجوت. B ، عدد النباتات متماثلة اللواقح لـ Oh545س 2 أليل. ص، مستوى الدلالة: 0.1 ، * 0.05 ، ** ولا أهمية ، NS.


الملخص

برز التخليق الحيوي للهستيدين (His) في الكائنات الحية الدقيقة ، الذي تمت دراسته لفترة طويلة من خلال عزل وتوصيف المسوخات المساعدة ، كنموذج لتنظيم التمثيل الغذائي والتعبير الجيني. لا يُعرف الكثير عن تركيبه الحيوي في النباتات المزهرة. كان أحد العوامل المحددة عدم وجود مجموعات كبيرة من المساعدات المساعدة. نصف هنا نتائج شاشة منهجية لمساعداته من نبات الأرابيدوبسيس (نبات الأرابيدوبسيس thaliana). تم تعطيل عشرة طفرات إدخال في أربعة جينات تخليق حيوي مختلفة (HISN2, HISN3, HISN4, HISN6A) من خلال مجموعة من الوراثة الأمامية والعكسية وتبين أنها تظهر نمطًا ظاهريًا معيبًا في الجنين يمكن إنقاذه عن طريق ري النباتات غير المتجانسة باستخدام His. تم تقليل انتقال الأليل الطافر للذكور في عدة حالات. الضربات القاضية لاثنين من الجينات الزائدة عن الحاجة (HISN1B و HISN5A) لم يكن له نمط ظاهري مرئي. تم حظر طفرة أخرى في الخطوة الأخيرة من تركيبه الحيوي (هيسن 8) ومتحول مزدوج تم تغييره في الخطوة الأولى الزائدة عن الحاجة من المسار (hisn1a hisn1b) مزيجًا من الفتك المشيجي والجنيني في الزيجوت متغايرة الزيجوت. بدت الشتلات المتجانسة متجانسة الزيجوت وأنسجة الكالس المنتجة من البذور التي تم إنقاذها طبيعية عند نموها في حضوره ولكنها عادة ما تكون متشخخة بعد النمو المستمر في غياب هيس. توثق هذه المسوخات بالضربة القاضية أهمية التركيب الحيوي الخاص به لنمو النبات وتطوره ، وتوفر رؤى قيمة في نقل الأحماض الأمينية وعلاقات المصدر بالوعة أثناء تطوير البذور ، وتمثل إضافة مهمة إلى المجموعة المحدودة من الإضافات ذات الخصائص الجيدة في النباتات المزهرة.

لطالما لعبت المسوخات المساعدة دورًا محوريًا في التشريح الجيني لمسارات التخليق الحيوي في الكائنات الحية الدقيقة. تم استخدام الطفرات الفطرية والبكتيرية غير القادرة على إنتاج عنصر غذائي أساسي لمعالجة مجموعة واسعة من الأسئلة المهمة في علم الأحياء وأصبحت حجر الزاوية في علم الوراثة الحديث. لاقت المحاولات المتكررة على مدى العقود العديدة الماضية لتوليد مجموعة مكافئة من النباتات المساعدة نجاحًا محدودًا فقط. تم تقديم فرضيتين رئيسيتين لشرح ندرة النباتات المساعدة: التكرار الوظيفي والفتاك المبكر. التشريح الجيني لتكوينه الحيوي في نبات الأرابيدوبسيس (نبات الأرابيدوبسيس thaliana) الموصوف هنا يقدم دليلًا دامغًا لدعم كل من الفرضيتين ، ورؤى حول إنتاجه ونقله في النباتات ، ومنظورًا جديدًا للجهود المستقبلية لإنشاء مجموعة شاملة من المسوخات المساعدة للبحث في بيولوجيا النبات.

إنه حمض أميني أساسي يتم دمجه في البروتينات وهو ضروري لنمو الخلايا وتكاثرها. تم تحديد التركيب الحيوي له ، لأول مرة وراثيا في الإشريكية القولونية والخميرة (خميرة الخميرة) ، يتم حفظه بدرجة عالية بين الكائنات الحية الدقيقة (Alifano et al. ، 1996). ظهرت معلومات عن تركيبه الحيوي في النباتات على مدار الخمسة عشر عامًا الماضية (Stepansky and Leustek ، 2006). تم التعرف على العديد من الجينات لأول مرة من خلال التكميل الوظيفي للخميرة أو auxotrophs البكتيرية. تم الحصول على نباتات cDNAs المستخدمة في هذه التجارب من مجموعة متنوعة من المصادر ، بما في ذلك نبات الأرابيدوبسيس (Tada et al. ، 1994 Fujimori and Ohta ، 1998a ، 1998b Ohta et al. ، 2000) ، ثلاسبي (بيرسانز وآخرون ، 1999) ، نيكوتيانا (المالكي وآخرون ، 1998) ، الملفوف (براسيكا كابيتاتا Nagai وآخرون ، 1991) ، و اليسوم (إنجل وآخرون ، 2005). يشير وجود تسلسل الإشارات على هذه البروتينات إلى أن تركيبه الحيوي يحدث داخل البلاستيدات الخضراء.

تخليقه الحيوي (أسود) وتوليف ATP المرتبط به (الأزرق والأحمر) وإعادة التدوير (الأزرق) في مسارات نبات الأرابيدوبسيس. تشير الأرقام إلى محدد HISN المنتجات الجينية المدرجة في الجدول الأول. وسيطته الموضحة: PRPP ، Phosphoribosyl pyrophosphate PR-ATP ، phosphoribosyl ATP PR-AMP ، phosphoribosyl AMP 5′-ProFAR ، pro-phosphoribosyl formimino-5-aminoimidazole-4-carboxleosimide ribon 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide IGP، imidazoleglycerol phosphate IAP، imidazoleacetol phosphate Hol-P، l -histidinol phosphate Hol، histidinol His، l -His.

تخليقه الحيوي (أسود) وتوليف ATP المرتبط به (الأزرق والأحمر) وإعادة التدوير (الأزرق) في مسارات نبات الأرابيدوبسيس. تشير الأرقام إلى محدد HISN المنتجات الجينية المدرجة في الجدول الأول. وسيطته الموضحة: PRPP ، Phosphoribosyl pyrophosphate PR-ATP ، phosphoribosyl ATP PR-AMP ، phosphoribosyl AMP 5′-ProFAR ، pro-phosphoribosyl formimino-5-aminoimidazole-4-carboxleosimide ribon 5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide IGP ، imidazoleglycerol phosphate ، imidazoleacetol phosphate Hol-P ، l -histidinol phosphate Hol ، histidinol His ، l -His.

تم وصف العديد من المسوخات النباتية التي تم تعطيلها في تركيبه الحيوي حتى الآن. واحد هو خط خلية أحادي العدد من نيكوتيانا بلومباجينيفوليا مع طفرة مغلوطة تؤثر على ناقل الأمين (HISN6) الذي يحفز خطوة متأخرة في المسار (Negrutiu et al. ، 1985 El Malki and Jacobs ، 2001). المثال الثاني هو خلل في الجنين (ايمب) متحولة من نبات الأرابيدوبسيس (emb2196) التي تم تحديدها من خلال فحص جيني أمامي لطفرات إدخال T-DNA (Tzafrir et al. ، 2004). يتم تغيير هذا المسوخ في نفس الخطوة من المسار مثل نيكوتيانا auxotroph. أليل متحور ضعيف لهذا الموضع (hpa1) نموذجًا ظاهريًا قصير الجذر في نبات الأرابيدوبسيس يمكن إنقاذه بواسطة مكمل His (Mo et al. ، 2006). تم تعطيل متحولة في واحدة من المكررة HISN1 تُظهر الجينات المسؤولة عن الخطوة الأولى في المسار أيضًا النمط الظاهري للجذر (Wang et al. ، 2005). متحولة أخرى (apg10) ذات النمط الظاهري للشتلات معيب في إنزيم HISN3 الذي يحفز خطوة مبكرة في المسار (Noutoshi et al. ، 2005). الأليلات الضربة القاضية لهذا الجين هي أجنة قاتلة (DiFraia and Leustek ، 2004 Noutoshi et al. ، 2005). تتوافق كل هذه الدراسات المعزولة مع دور أساسي له طوال دورة حياته.

نصف في هذا التقرير نهجًا وراثيًا منهجيًا لتكوينه الحيوي في النباتات. نلخص المعلومات حول جينات نبات الأرابيدوبسيس التي تشفر سبعة إنزيمات معروفة متورطة في تركيبه الحيوي ، ووصف الأنماط الظاهرية لـ 13 طفرة إدخال تعطلت في تسعة إنزيمات مختلفة. HISN الجينات ، تثبت القدرة على الحفاظ على النباتات الطافرة متماثلة اللواقح وأنسجة الكالس في وجود تكميلي His ، ومناقشة أهمية هذه الملاحظات لفهمنا للتخليق الحيوي للأحماض الأمينية ونقلها أثناء نمو النبات وتطوره. تمثل المجموعة الواسعة من مساعدته الموصوفة هنا إضافة قيمة إلى المجموعة الموسعة من طفرات نبات الأرابيدوبسيس مع تعديلات محددة في استقلاب الأحماض الأمينية. السمة الفريدة لهذا العمل هي التوصيف المنهجي لأليلات الضربة القاضية لخطوات متعددة في مسار واحد. يجب أن يوفر التحليل الإضافي لهذه المسوخ رؤى قيمة في تنظيم التمثيل الغذائي في النباتات المزهرة.


المواد والأساليب

تسلسل قواعد البيانات والموارد

تم الحصول على قاعدة بيانات تسلسل بندقية الجينوم الكامل لبحر سارجاسو من خادم ftp للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) مع رقم انضمام المشروع AACY00000000 [39]. على عكس إدخالات التسلسل التقليدية ، تم إيداع المفردات غير المجمعة والأفراد الفرديين فقط من أجل عكس التنوع في العينة بدقة والسماح بالبحث عبر العينة بأكملها داخل قاعدة بيانات واحدة. تحتوي قاعدة بيانات بحر سارجاسو على 811372 تسلسلًا جينوميًا ، والتي تتوافق مع ما مجموعه 1.045 مليار نيوكليوتيد.

تم تنزيل قاعدة بيانات البروتين NR من خادم NCBI ftp [40]. تحتوي مجموعة البيانات هذه على 1،990،024 تسلسل بروتين (667،623،348 من الأحماض الأمينية). تم الحصول على برامج التفجير [41] أيضًا من خادم NCBI ftp [42]. استخدمنا الإصدار 2.2.9 من هذا البرنامج.

لتمكين عمليات البحث عن بروتين سيلين تلقائيًا ، قمنا بتطوير مجموعة من البرامج كما هو موضح أدناه. تم استخدام منصة UNIX / LINUX.تم إجراء عملية البحث بأكملها على كمبيوتر فائق من نوع Prairiefire 128-node و 256 معالجًا من Beowulf في منشأة الحوسبة البحثية بجامعة نبراسكا - لينكولن.

تحديد أزواج Cys / TGA في متواليات متماثلة

تم البحث في كل تسلسل يحتوي على Cys في قاعدة بيانات بروتين NR مقابل قاعدة بيانات Sargasso Sea لتسلسلات النيوكليوتيدات للحصول على نتائج محتملة تحتوي على TGA باستخدام TBLASTN. تم ضبط قطع القيمة الإلكترونية على 10.0. تم تحليل ناتج TBLASTN لكل تسلسل بروتين وتم تصفية أزواج Cys / TAA أو Cys / TAG. تم تحليل المحاذاة المحلية فقط ، حيث تمت محاذاة Cys في تسلسل استعلام مع TGA في تسلسل النيوكليوتيدات من قاعدة بيانات Sargasso Sea المستهدفة. نظرًا لأن Sec يقع عادةً في مواقع نشطة بالإنزيم ، تمت إضافة عوامل تصفية إضافية. على وجه التحديد ، تم تجاهل المحاذاة المحلية إذا كانت تحتوي على أكثر من رمزين توقف (بما في ذلك TGA و TAA و TAG) ، أو كودونان توقف أحدهما لم يكن TGA ، أو كودونان TGA مع واحد محاذي لبقايا غير Cys. تم تحديد ما مجموعه 38446 محاذاة محلية زائدة عن الحاجة (تم تحديدها أيضًا على أنها أزواج Cys / TGA) والتي تتوافق مع 19،410 بروتينًا في قاعدة بيانات بروتين NR.

تحليلات ORFs ، والحفاظ على المناطق المرافقة لـ TGA والتكرار

بالنسبة لكل تسلسل يحتوي على TGA في مجموعة المحاذاة المحلية ، تم تحليل المناطق الواقعة في أعلى المنبع والمصب من TGA لتحديد الحد الأدنى من ORFs مع افتراض أن تشفير TGA داخل الإطار لـ Sec يجب أن يكون داخل ORFs المتوقعة. إذا تمت مصادفة أكواد الإيقاف أقرب إلى أكواد TGA من أكواد البدء المرشحة (ATG أو GTG) ، تم تجاهل مثل هذه التسلسلات المحتوية على TGA. تم أيضًا تحليل الحفاظ على المناطق المحيطة بـ TGA في جميع إطارات القراءة الستة باستخدام BLASTX وتم فحصها مقابل قاعدة بيانات للمجالات المحفوظة باستخدام RPS-BLAST. تم استخدام هذه المعايير أيضًا لتصفية النتائج الإيجابية الخاطئة. أخيرًا ، تمت إزالة التسلسلات الزائدة عن الحاجة. قللت هذه المرشحات المجموعة إلى 2131 فريدة من نوعها تحتوي على TGA ORFs مرشح.

تجميع المتواليات المحتوية على TGA

لتجميع تسلسل البروتين في مجموعات أو مجموعات بروتينية مختلفة ، تم استخدام أداة المحاذاة الزوجية في حزمة برنامج BLAST ، BL2SEQ. تم الحصول على 1045 مجموعة مع 1 إلى 63 تسلسل في كل مجموعة.

حفظ السيستين وتصنيف بروتين سيلين

بالنظر إلى أنه لم يكن من المتوقع حفظ أزواج Cys / TGA في معظم الزيارات الإيجابية الخاطئة ، في حين كان من المتوقع الحفاظ على أزواج Cys / Sec الإيجابية الحقيقية ، تم البحث في جميع المجموعات تلقائيًا مقابل NCBI NR وقواعد البيانات الميكروبية باستخدام BLASTX و TBLASTX. تم النظر في كل ORF متنبأ به يحتوي على TGA داخل الإطار فقط إذا تم اكتشاف متماثلين على الأقل يحتويان على Cys وكانت نسبة أزواج TGA / Cys في مجموعة المتجانسات أكبر من 50٪. نتج عن هذا الإجراء 331 مجموعة تحتوي على 1،072 ORFs.

تم تحليل جميع المجموعات البالغ عددها 331 بحثًا عن وجود عناصر بكتيرية محتملة من SECIS مباشرةً في اتجاه مجرى ترميز TGA باستخدام برامج mfold [43] أو RNAfold [44]. بالإضافة إلى ذلك ، تم فحص هياكل SECIS المرشحة مقابل نموذج توافق SECIS البكتيري [45]. تم اختبار وجود العناصر البدائية أو حقيقية النواة SECIS باستخدام SECISearch [20 ، 22]. كان ظهور عناصر SECIS الخاصة بكل مجال من مجالات الحياة معيارًا واحدًا لتحديد أصل البروتين. كما تم استخدام تحليلات علم الوراثة وحدوث الإنترونات كمعايير لتحديد البروتينات على أنها بكتيرية أو بدائية أو حقيقية النواة.

تم تطوير مصنف بسيط لتقسيم المجموعات التي تحتوي على بنى بكتيرية شبيهة بـ SECIS إلى ثلاث مجموعات: بروتينات سيلينوبروتينات سيلينوبروتينات جديدة ومرشحات سيلينوبروتين. باستثناء بروتينات السيلينو المعروفة ، تم اعتبار المجموعات التي تحتوي على تسلسلين مختلفين على الأقل مع رموز TGA المحفوظة في الإطار على أنها بروتينات سيلين جديدة. تم اعتبار المجموعات التي تحتوي على تسلسل واحد فقط من بروتين سيلينوبروتين مرشحة بسبب احتمال حدوث خطأ في التسلسل يسبب TGA داخل الإطار. أخيرًا ، تم ضم المجموعات التي يمكن محاذاة مثل TGAs الخاصة بها أيضًا في مجموعات أكبر.


تحليل شامل للجينوم وبروتين النمو للتخليق الحيوي المضاد للببتيد الدهني باسيلوميسين Lb في عصية أميلوليكوفاسينس X030

الببتيدات الدهنية (مثل إيتورين وفينجيسين وسيرفاكتين) من عصية تمتلك أنشطة مضادة للبكتيريا والفطريات والفيروسات ولها تطبيقات مهمة في الزراعة والأدوية. على الرغم من الجهود المتواصلة التي تم تكريسها لتحسين إنتاج الببتيد الدهني عن طريق تصميم دوائر تنظيم الجينات أو تحسين عملية التخمير ، فقد تم إيلاء القليل من الاهتمام لاستخدام متعدد omics للتعدين المنتظم للجينات والبروتينات الأساسية خلال دورة نمو البكتيريا. هنا ، lipopeptide bacillomycin Lb من جديد عصية أميلوليكوفاسينس تم عزل X030 ووجد لأول مرة أن له نشاطًا مضادًا للسرطان في خلايا سرطانية مختلفة (مثل SMMC-7721 و MDA-MB-231). كشف التحليل الجيني الشامل والبروتيني للنمو لـ X030 عن مجموعة جينات التخليق الحيوي للبكتيريا Bacillomycin Lb والإنزيمات الرئيسية والبروتينات التنظيمية المحتملة (PerR و PhoP و CcpA و CsfB) ، وروابط جديدة بين التمثيل الغذائي الأولي وإنتاج bacillomycin Lb في X030. تم زيادة النشاط المضاد للورم من طاف التخمير المضاف إليه الأحماض الأمينية (مثل حمض الجلوتاميك) والسكروز بشكل كبير ، للتحقق من دور مفاتيح التمثيل الغذائي الرئيسية في شبكة تنظيم التمثيل الغذائي. أكد تحليل PCR الكمي في الوقت الحقيقي أن 7 جينات معبر عنها تفاضلية أظهرت ارتباطًا إيجابيًا بين التغييرات على مستويات النسخ والترجمة. لن تحفز الدراسة دراسة أعمق وأوسع نطاقًا لمضادات الأورام للببتيدات الدهنية فحسب ، بل ستوفر أيضًا قاعدة بيانات شاملة ، والتي تعزز التحليل المتعمق للمسارات والشبكات للأحداث المعقدة في التخليق الحيوي للدهون وتنظيمها ، وتوفر مساعدة كبيرة في تحسين إنتاج العصيات. Lb (تحسين الوسائط أو التعديل الوراثي أو هندسة المسارات).

هذه معاينة لمحتوى الاشتراك ، والوصول عبر مؤسستك.


شاهد الفيديو: ف4 1: الاحماض الامينية ج1 - محاضرات الكيمياء الحياتية (كانون الثاني 2022).