معلومة

حاء الروابط والمراجع - علم الأحياء


  1. كاربلس ، محاضرة جائزة نوبل. تطوير نماذج متعددة النطاقات للأنظمة الكيميائية المعقدة من H + H2 إلى الجزيئات الحيوية. نوفمبر 2013.
  2. مايكل ليفيت ، ولادة علم الأحياء البنيوي الحسابي. علم الأحياء الهيكلية الطبيعة ، 8 ، 392 (مايو 2001)
  3. Pophristic، V. & Goodman، L. يؤدي الاقتران المفرط وليس التنافر الفراغي إلى البنية المتداخلة للإيثان. طبيعة سجية. الصفحة 411 ، 565-568 (2001). أيضا Weinhold ، F. الكيمياء: تطور جديد على الشكل الجزيئي. 411 ، 539-541 (2001) ؛
  4. الخريف وآخرون. القوى اللاصقة لشعر قدم الوزغة الواحدة. (تفاعلات VdW). 405 ، الصفحة 681 (2000)

مادة الاحياء

الديدان الخيطية (الدودة المستديرة) المعوية الدودية من المعروف على نطاق واسع باسم الدودة الدبوسية البشرية بسبب ذيل الأنثى الطويل المدبب. في بعض المناطق ، يتم استخدام الأسماء الشائعة & ldquoseatworm & rdquo و & ldquothreadworm & rdquo (يستخدم الأخير أحيانًا للإشارة إلى الأسطوانتين stercoralis). أنواع أخرى من الدودة الدبوسية المفترضة ، إنتروبيوس غريغوري، تم وصفه والإبلاغ عنه من البشر في أوروبا وإفريقيا وآسيا. ومع ذلك ، تشير المزيد من الأدلة المورفولوجية والجزيئية إي غريغوري من المحتمل أن يمثل شكلاً غير ناضج من E. الدودية. الدودة الدبوسية الفئران ، سيفاسيا أوبفيلاتا، ونادرًا ما تم الإبلاغ عن إصابة البشر.

دورة الحياة

أنثى بالغ جرافيد المعوية الدودية وضع البيض في طيات حول الشرج . تحدث العدوى عن طريق التلقيح الذاتي (نقل البيض إلى الفم بأيدي خدشت المنطقة حول الشرج) أو من خلال التعرض للبيض في البيئة (مثل الأسطح الملوثة والملابس وأغطية الأسرة وما إلى ذلك). . بعد تناول البيض المصاب ، تفقس اليرقات في الأمعاء الدقيقة ويستقر البالغون في القولون ، عادة في الأعور . الفترة الزمنية من ابتلاع البويضات المعدية إلى وضع البويضات من قبل الإناث البالغة حوالي شهر واحد. عند النضج الكامل يبلغ قياس الإناث البالغات من 8 إلى 13 ملم ، ويبلغ متوسط ​​عمر البالغين من 2 إلى 5 ملم حوالي شهرين. تهاجر الإناث الحاملة ليلا خارج فتحة الشرج ووضعية البيض أثناء الزحف على جلد المنطقة المحيطة بالشرج . تتطور اليرقات الموجودة داخل البيض (يصبح البيض معديًا) في غضون 4 إلى 6 ساعات في ظل الظروف المثلى .

في حالات نادرة ، قد ينتقل البيض في الهواء ويتم استنشاقه وابتلاعه. قد تحدث عدوى رجعية ، أو هجرة اليرقات حديثة الفقس من جلد الشرج إلى المستقيم ، لكن تواتر حدوث ذلك غير معروف.

المضيفون

تظهر الديدان الخيطية المؤكسدة (الدودة الدبوسية) بشكل عام خصوصية عالية للمضيف. يعتبر البشر المضيف الوحيد لـ E. الدودية ، على الرغم من الإبلاغ عن إصابات عرضية في أسر الشمبانزي.

التوزيع الجغرافي

E. الدودية يحدث في جميع أنحاء العالم ، مع حدوث العدوى بشكل متكرر في المدارس أو الأطفال في سن ما قبل المدرسة وفي الأماكن المزدحمة.

العرض السريري

غالبًا ما يكون داء المعوية بدون أعراض. أكثر الأعراض شيوعًا هي الحكة حول الشرج ، خاصةً في الليل ، والتي قد تؤدي إلى سحجات وعدوى بكتيرية. في بعض الأحيان ، يمكن أن يحدث غزو للجهاز التناسلي للأنثى مع التهاب الفرج والمهبل والأورام الحبيبية في الحوض أو الصفاق. تشمل الأعراض الأخرى صرير الأسنان وسلس البول والأرق وفقدان الشهية والتهيج وآلام البطن التي يمكن أن تحاكي التهاب الزائدة الدودية. E. الدودية غالبًا ما توجد اليرقات داخل التذييل الخاص باستئصال الزائدة الدودية ، لكن دور هذه الديدان الخيطية في التهاب الزائدة الدودية لا يزال مثيرًا للجدل. حالات نادرة جدا من التهاب القولون اليوزيني المصاحب لها E. الدودية تم الإبلاغ عن يرقات.


المرجعي

يتضمن ذلك التنقل بين المؤثرين الذين يحاولون بيع منتجاتهم وتعليمهم البحث عن المراجع عند تقديم المعلومات لهم.

يأتي أيضًا مع حامل حتى تتمكن من استخدام عارضة الأزياء الخاصة بك كمرجع لرسم الوضعيات في الهواء.

أنت لا تعرف أبدًا متى ستحتاجها للرجوع إليها أو لعرضها على شخص ما.

تقرأ أجهزة التسلسل من Illumina شفرة كل عينة وتقارن كل حرف بالتسلسل المرجعي ، بحثًا عن تغييرات مهمة.

هناك إشارات متكررة ، إذا كانت عامة ، إلى قوى أكبر من الذات.

في عام 2011 ، تولى منفذ وسائط LGBT ، Queerty ، مسؤولية التطبيق لحذف الحسابات المزعومة التي أشارت إلى كونها عابرة.

ثم يقدم نظرة ثاقبة لنفسيته - كاملة مع مرجع Animal House.

هناك إشارة بعد الإشارة إلى "المجتمع الأسود" و "أخلاقيات السود" والالتزام بـ "نظام القيمة السوداء".

في الواقع ، كثيرًا ما يشير المصممون إلى بعضهم البعض في عروضهم - والصحافة لا تفشل أبدًا في ملاحظة ذلك.

على حساب Instagram الخاص به (الذي تم حذفه منذ ذلك الحين) ، أشار Brinsley مرة واحدة إلى حرق العلم الأمريكي.

كان هؤلاء الأسكيمو مغرمين جدًا بطيران الطائرات الورقية ، من أجل حد ذاتها ، دون الإشارة إلى المنفعة!

لو لم يكن يقصد الأسطول الذي يجب دفعه في K. لا بد أنه أشار بعض الشيء إلى الفرقة الثانية ، بالتأكيد.

لتسهيل الرجوع ، أعطي الآن الشكل الأبجدي المجدول.

لم تشر ، على سبيل المثال ، إلى حقيقة أنهما قد يكونان في كثير من الأحيان بمفردهما معًا الآن.

خذ ذكريات أعضاء المهن المتعلمة - فهي عادة ذكريات مرجعية فقط.


شهادات الطلاب

& ldquo لقد استخدمت RedShelf لفصل دراسي واحد الآن وأعتقد حقًا أنه يوفر أحد أفضل المنصات عبر الإنترنت للكتب المدرسية. الميزات التي يتم منحها للطلاب مفيدة للغاية وكان لها تأثير إيجابي في أدائي الأكاديمي. أحب استخدام البطاقات التعليمية عبر الإنترنت وكذلك ميزات تعاون الطلاب. & rdquo

كريستين س ، طالبة

& ldquoRedShelf & aposs فريق دعم العملاء والمساءلة أمر رائع. كل تفاعل أجريه مع فريقهم يكون ودودًا وداعمًا وفعالًا. أعلم أنه إذا كان هناك أي شيء أحتاج إلى المساعدة بشأنه ، فيمكنني الذهاب إليهم للحصول على إجابة سريعة وصحيحة! Cann & apost الهذيان المزيد عنهم. & rdquo

مولي إي ، طالب

& ldquo أنا أحب RedShelf تمامًا! تعد ميزات التعليقات التوضيحية عبر الإنترنت مفيدة جدًا وأنا أستخدم خيار البطاقات التعليمية للدراسة في جميع اختباراتي تقريبًا. & rdquo

طالب

& ldquo أحب أن أتمكن من الوصول إلى كتبي المدرسية أثناء التنقل وأنها ميسورة التكلفة! استمروا في العمل الجيد RedShelf! & rdquo

أليسون جي ، طالبة

& ldquo أفضل سعر ، خدمة رائعة. يذهبون إلى الميل الإضافي. & rdquo

الكسيس ت ، طالب

دليل للمؤلفين

أجهزة الكمبيوتر في علم الأحياء والطب، لقب مصاحب ل تم فتح المعلوماتية في الطب، هي وسيلة اتصال دولية للتقدم الثوري الذي يتم إحرازه في تطبيق الكمبيوتر في مجالات العلوم الحيوية والطب. تشجع المجلة على تبادل البحوث الهامة والتعليمات والأفكار والمعلومات حول جميع جوانب مجال التوسع السريع لاستخدام الكمبيوتر في هذه المجالات. ستركز المجلة على مجالات مثل (1) تحليل الأنظمة الطبية الحيوية: حلول المعادلات (2) توليف الأنظمة الطبية الحيوية: المحاكاة (3) طرق معالجة البيانات الطبية الخاصة (4) أجهزة الكمبيوتر ذات الأغراض الخاصة ومعالجة البيانات السريرية في الوقت الفعلي ، الاستخدام السريري والتجريبي و (5) التشخيص الطبي ومعالجة السجلات الطبية. كما تم تضمين مجالات (6) الهندسة الطبية الحيوية و (7) المعلوماتية الطبية بالإضافة إلى المعلوماتية الحيوية. تتوسع المجلة لتشمل (8) التطبيقات الطبية للإنترنت وشبكة الويب العالمية (9) علم الجينوم البشري (10) علم البروتينات و (11) دراسات الدماغ الوظيفية.

تتمثل سياسة النشر في نشر (1) مقالات جديدة وأصلية تمت مراجعتها بشكل مناسب من قبل أشخاص علميين أكفاء ، (2) استطلاعات للتطورات في المجالات ، (3) أوراق تربوية تغطي مجالات اهتمام محددة ، و (4) مراجعات كتب ذات صلة بالمجال.

يتم عرض المقالات التي تدرس الموضوعات التالية ذات الأهمية الخاصة في أجهزة الكمبيوتر في علم الأحياء والطب: يساعد الكمبيوتر في تحليل الأنظمة الكيميائية الحيوية ، والمساعدات الحاسوبية لهندسة أنظمة التحكم الحيوي ، والمحاكاة العصبية بواسطة مكونات بوابات الكمبيوتر الرقمية ، والتحليل الآلي للصور ذات الأهمية البيولوجية والطبية بالكمبيوتر ، واستخدام أجهزة الكمبيوتر من قبل المنظمات الصيدلانية والكيميائية التجارية ، والإشعاع- أجهزة كمبيوتر الجرعات ، وتجميع واستدعاء السجلات الطبية الفردية ، واللغات في الوقت الفعلي ، وواجهات مراقبة المرضى ، ومعدات الكيمياء السريرية ، ومعالجة البيانات وعرضها في الطب والعلاج النوويين.

نحن نفرق الآن بين متطلبات عمليات الإرسال الجديدة والمعدلة. يمكنك اختيار إرسال مخطوطتك كملف Word أو PDF واحد لاستخدامه في عملية التحكيم. فقط عندما تكون ورقتك في مرحلة المراجعة ، سيُطلب منك وضع ورقتك في "التنسيق الصحيح" للقبول وتقديم العناصر المطلوبة لنشر مقالتك.
لمعرفة المزيد ، يرجى زيارة قسم الإعداد أدناه.

للأسئلة حول عملية التحرير (بما في ذلك حالة المخطوطات قيد المراجعة) ، يرجى الاتصال بنا على https://service.elsevier.com/. للدعم الفني على التقديمات يرجى التحقق هنا.

يمكنك استخدام هذه القائمة لإجراء فحص نهائي لتقديمك قبل إرسالها إلى المجلة للمراجعة. يرجى مراجعة القسم ذي الصلة في هذا الدليل للمؤلفين لمزيد من التفاصيل.

تأكد من وجود العناصر التالية:

تم تعيين مؤلف واحد كمؤلف مطابق مع تفاصيل الاتصال:
& bull عنوان البريد الإلكتروني
& bull العنوان البريدي الكامل

تم تحميل جميع الملفات الضرورية:
مخطوطة:
& الثور تضمين الكلمات الرئيسية
& bull جميع الأرقام (بما في ذلك التسميات التوضيحية ذات الصلة)
& bull جميع الجداول (بما في ذلك العناوين والوصف والحواشي السفلية)
& bull تأكد من تطابق جميع استشهادات الأشكال والجداول في النص مع الملفات المتوفرة
& bull أشر بوضوح إلى ما إذا كان يجب استخدام اللون لأية أشكال مطبوعة
الملخصات الرسومية / الملفات البارزة (عند الاقتضاء)
ملفات تكميلية (عند الاقتضاء)

اعتبارات أخرى
تم "التدقيق الإملائي" ومخطوطة الثور و "التدقيق النحوي"
& bull تم الاستشهاد بكافة المراجع المذكورة في قائمة المراجع في النص ، والعكس صحيح
& bull تم الحصول على إذن لاستخدام مواد محمية بحقوق الطبع والنشر من مصادر أخرى (بما في ذلك الإنترنت)
& bull يتم تقديم بيان المصالح المتنافسة ، حتى لو لم يكن لدى المؤلفين مصالح متنافسة للإعلان
& bull تم مراجعة سياسات مجلة الثور المفصلة في هذا الدليل
& bull اقتراحات الحكام وتفاصيل الاتصال المقدمة ، بناءً على متطلبات المجلة

لمزيد من المعلومات ، قم بزيارة مركز الدعم الخاص بنا.

يرجى الاطلاع على معلوماتنا حول الأخلاق في النشر.

دراسات على الإنسان والحيوان

إذا كان العمل ينطوي على استخدام أشخاص بشريين ، فيجب على المؤلف التأكد من أن العمل الموصوف قد تم تنفيذه وفقًا لمدونة أخلاقيات الجمعية الطبية العالمية (إعلان هلسنكي) للتجارب التي تشمل البشر. يجب أن تتماشى المخطوطة مع التوصيات الخاصة بالسلوك ، والإبلاغ ، والتحرير ، ونشر العمل العلمي في المجلات الطبية ، وتهدف إلى تضمين السكان البشريين التمثيليين (الجنس والعمر والعرق) وفقًا لتلك التوصيات. يجب استخدام مصطلحات الجنس والجنس بشكل صحيح.

يجب على المؤلفين تضمين بيان في المخطوطة بأنه تم الحصول على الموافقة المستنيرة لإجراء التجارب على البشر. يجب دائما مراعاة حقوق الخصوصية للأفراد.

يجب أن تتوافق جميع التجارب على الحيوانات مع إرشادات ARRIVE ويجب إجراؤها وفقًا لقانون الحيوانات (الإجراءات العلمية) في المملكة المتحدة لعام 1986 والإرشادات المرتبطة به ، أو توجيه الاتحاد الأوروبي 2010/63 / EU للتجارب على الحيوانات ، أو دليل المعاهد الوطنية للصحة لـ رعاية واستخدام حيوانات المختبر (منشورات المعاهد الوطنية للصحة رقم 8023 ، تمت مراجعتها عام 1978) ويجب على المؤلفين الإشارة بوضوح في المخطوطة إلى اتباع هذه الإرشادات. يجب الإشارة إلى جنس الحيوانات ، وعند الاقتضاء ، تأثير (أو ارتباط) الجنس على نتائج الدراسة.

الموافقة المستنيرة وتفاصيل المريض

تتطلب الدراسات على المرضى أو المتطوعين موافقة لجنة الأخلاقيات والموافقة المستنيرة ، والتي يجب توثيقها في الورقة. يجب الحصول على الموافقات والأذونات والإصدارات المناسبة حيث يرغب المؤلف في تضمين تفاصيل الحالة أو غيرها من المعلومات الشخصية أو صور المرضى وأي أفراد آخرين في منشور Elsevier. يجب أن يحتفظ المؤلف بالموافقات الكتابية ولكن لا ينبغي تقديم نسخ إلى المجلة. فقط إذا طلبت المجلة تحديدًا في ظروف استثنائية (على سبيل المثال إذا ظهرت مشكلة قانونية) ، يجب على المؤلف تقديم نسخ من الموافقات أو الأدلة على الحصول على هذه الموافقات. لمزيد من المعلومات ، يرجى مراجعة سياسة Elsevier بشأن استخدام الصور أو المعلومات الشخصية للمرضى أو غيرهم من الأفراد. ما لم يكن لديك إذن كتابي من المريض (أو ، عند الاقتضاء ، أقرب الأقارب) ، يجب إزالة التفاصيل الشخصية لأي مريض مدرج في أي جزء من المقالة وفي أي مواد تكميلية (بما في ذلك جميع الرسوم التوضيحية ومقاطع الفيديو) قبل التقديم .

في نهاية النص ، تحت عنوان فرعي "بيان تضارب المصالح" ، يجب على جميع المؤلفين الكشف عن أي علاقات مالية وشخصية مع أشخاص أو منظمات أخرى يمكن أن تؤثر بشكل غير لائق (تحيز) على عملهم. تشمل الأمثلة على تضارب المصالح المحتمل التوظيف ، والاستشارات ، وملكية الأسهم ، والأتعاب ، وشهادة الخبراء المدفوعة ، وطلبات / تسجيلات براءات الاختراع ، والمنح أو غيرها من أشكال التمويل. راجع أيضًا https://www.elsevier.com/conflictsofinterest. يمكن العثور على مزيد من المعلومات ومثال لنموذج تضارب المصالح على: https://service.elsevier.com/app/answers/detail/a_id/286/supporthub/publishing.

إقرار التقديم والتحقق منه

يشير تقديم مقال إلى أن العمل الموصوف لم يتم نشره مسبقًا (باستثناء في شكل ملخص أو محاضرة منشورة أو أطروحة أكاديمية ، راجع "النشر المتعدد أو الزائد أو المتزامن" لمزيد من المعلومات) ، وأنه ليس قيد الدراسة للنشر في مكان آخر ، أن يتم اعتماد نشره من قبل جميع المؤلفين وضمناً أو صراحةً من قبل السلطات المسؤولة حيث تم تنفيذ العمل ، وأنه ، في حالة قبوله ، لن يتم نشره في مكان آخر بنفس النموذج ، باللغة الإنجليزية أو بأي لغة أخرى اللغة ، بما في ذلك إلكترونيًا دون موافقة خطية من صاحب حقوق الطبع والنشر. للتحقق من الأصالة ، قد يتم التحقق من مقالتك من خلال خدمة الكشف عن الأصالة عبر التحقق من التشابه.

المطبوعات المسبقة
يرجى ملاحظة أنه يمكن مشاركة النسخ المسبقة في أي مكان وفي أي وقت ، بما يتماشى مع سياسة مشاركة Elsevier. مشاركة المطبوعات الخاصة بك على سبيل المثال على خادم ما قبل الطباعة ، لن يتم اعتباره منشورًا سابقًا (راجع "نشر متعدد أو متكرر أو متزامن" لمزيد من المعلومات).

استخدام لغة شاملة

تعترف اللغة الشاملة بالتنوع ، وتنقل الاحترام لجميع الناس ، وتراعي الاختلافات ، وتعزز تكافؤ الفرص. يجب ألا يتضمن المحتوى أي افتراضات حول معتقدات أو التزامات أي قارئ لا تحتوي على أي شيء قد يشير ضمنًا إلى أن فردًا ما متفوقًا على آخر على أساس العمر أو الجنس أو العرق أو العرق أو الثقافة أو التوجه الجنسي أو الإعاقة أو الحالة الصحية واستخدام لغة شاملة على مدار. يجب على المؤلفين التأكد من أن الكتابة خالية من التحيز والقوالب النمطية والعامية والإشارة إلى الثقافة السائدة و / أو الافتراضات الثقافية. ننصح بالسعي إلى الحياد بين الجنسين باستخدام أسماء الجمع ("الأطباء ، المرضى / العملاء") بشكل افتراضي / حيثما أمكن ذلك لتجنب استخدام "هو ، هي ،" أو "هو / هي". نوصي بتجنب استخدام الواصفات التي تشير إلى السمات الشخصية مثل العمر أو الجنس أو العرق أو العرق أو الثقافة أو التوجه الجنسي أو الإعاقة أو الحالة الصحية ما لم تكن ذات صلة وصالحة. يُقصد بهذه الإرشادات كنقطة مرجعية للمساعدة في تحديد اللغة المناسبة ولكنها ليست بأي حال من الأحوال شاملة أو نهائية.

يُطلب من كل مؤلف الإعلان عن مساهمته الفردية في المقالة: يجب أن يكون جميع المؤلفين قد شاركوا ماديًا في البحث و / أو إعداد المقالة ، لذلك يجب وصف أدوار جميع المؤلفين. يجب أن يكون البيان الذي يفيد بأن جميع المؤلفين قد وافقوا على المقالة النهائية صحيحًا ومُدرجًا في الكشف.

يجب أن يكون جميع المؤلفين قد قدموا مساهمات كبيرة في كل ما يلي: (1) مفهوم الدراسة وتصميمها ، أو الحصول على البيانات ، أو تحليل البيانات وتفسيرها ، (2) صياغة المقالة أو مراجعتها بشكل نقدي للمحتوى الفكري المهم ، (3) الموافقة النهائية على النسخة المطلوب تقديمها.

يجب إدراج جميع المساهمين الذين لا يستوفون معايير التأليف على النحو المحدد أعلاه في قسم إقرارات. تتضمن الأمثلة على الأشخاص الذين يمكن الاعتراف بهم شخصًا قدم مساعدة فنية بحتة أو مساعدة كتابية أو رئيس قسم قدم الدعم العام فقط. يجب على المؤلفين الكشف عما إذا كان لديهم أي مساعدة كتابية وتحديد الكيان الذي دفع مقابل هذه المساعدة.

يُتوقع من المؤلفين النظر بعناية في قائمة المؤلفين وترتيبهم قبل إرسال مخطوطاتهم وتقديم قائمة نهائية بالمؤلفين في وقت التقديم الأصلي. يجب إجراء أي إضافة أو حذف أو إعادة ترتيب لأسماء المؤلفين في قائمة المؤلفين فقط قبل قبول المخطوطة وفقط إذا وافق عليها محرر المجلة. لطلب مثل هذا التغيير ، يجب أن يتلقى المحرر ما يلي من المؤلف المقابل: (أ) سبب التغيير في قائمة المؤلفين و (ب) تأكيدًا كتابيًا (بريد إلكتروني ، خطاب) من جميع المؤلفين بأنهم يوافقون على الإضافة أو الإزالة أو إعادة الترتيب. في حالة إضافة المؤلفين أو إزالتهم ، يشمل ذلك تأكيدًا من المؤلف الذي تمت إضافته أو إزالته.
فقط في ظروف استثنائية سوف ينظر المحرر في إضافة المؤلفين أو حذفهم أو إعادة ترتيبهم بعد قبول المخطوطة. أثناء نظر المحرر في الطلب ، سيتم تعليق نشر المخطوطة. إذا تم نشر المخطوطة بالفعل في إصدار عبر الإنترنت ، فإن أي طلبات يوافق عليها المحرر ستؤدي إلى تصويب.

تماشياً مع موقف اللجنة الدولية لمحرري المجلات الطبية ، لن تأخذ المجلة في الاعتبار النتائج المنشورة في نفس سجل التجارب السريرية الذي يوجد فيه التسجيل الأولي ليتم نشرها مسبقًا إذا تم تقديم النتائج المنشورة في شكل موجز منظم ( أقل من 500 كلمة) ملخص أو جدول. ومع ذلك ، فإن الكشف عن النتائج في ظروف أخرى (على سبيل المثال ، اجتماعات المستثمرين) غير محبذ وقد يعرض للخطر النظر في المخطوطة. يجب على المؤلفين الكشف بشكل كامل عن كل ما يتم نشره في السجلات لنتائج نفس العمل أو العمل المرتبط به ارتباطًا وثيقًا.

الإبلاغ عن التجارب السريرية
يجب تقديم التجارب المعشاة ذات الشواهد وفقًا لإرشادات CONSORT. عند تقديم المخطوطات ، يجب على المؤلفين تقديم قائمة مراجعة CONSORT مصحوبة بمخطط تدفق يوضح تقدم المرضى خلال التجربة ، بما في ذلك التوظيف والتسجيل والعشوائية والانسحاب والإكمال ووصف تفصيلي لإجراء التوزيع العشوائي. قائمة التحقق CONSORT ومخطط تدفق القالب متاحان على الإنترنت.

تسجيل التجارب السريرية
يعد التسجيل في سجل التجارب العامة شرطًا لنشر التجارب السريرية في هذه المجلة وفقًا لتوصيات اللجنة الدولية لمحرري المجلات الطبية. يجب تسجيل التجارب في أو قبل بداية تسجيل المريض. يجب تضمين رقم تسجيل التجارب السريرية في نهاية ملخص المقال. تُعرَّف التجربة الإكلينيكية بأنها أي دراسة بحثية تعين مستقبليًا مشاركين بشريين أو مجموعات من البشر لواحد أو أكثر من التدخلات المتعلقة بالصحة لتقييم آثار النتائج الصحية. تشمل التدخلات المتعلقة بالصحة أي تدخل يستخدم لتعديل النتيجة الطبية الحيوية أو النتائج المتعلقة بالصحة (على سبيل المثال الأدوية ، والإجراءات الجراحية ، والأجهزة ، والعلاجات السلوكية ، والتدخلات الغذائية ، وتغييرات عملية الرعاية). تشمل النتائج الصحية أي تدابير طبية بيولوجية أو ذات صلة بالصحة يتم الحصول عليها في المرضى أو المشاركين ، بما في ذلك تدابير الحرائك الدوائية والأحداث الضائرة. الدراسات القائمة على الملاحظة البحتة (تلك التي لا يكون فيها تخصيص التدخل الطبي وفقًا لتقدير المحقق) لن تتطلب التسجيل.

خدمة نقل المادة
هذه المجلة جزء من خدمة نقل المقالات لدينا. هذا يعني أنه إذا شعر المحرر أن مقالتك أكثر ملاءمة في إحدى المجلات المشاركة الأخرى ، فقد يُطلب منك التفكير في نقل المقالة إلى واحدة من تلك المجلات. إذا وافقت ، فسيتم نقل مقالتك تلقائيًا نيابة عنك دون الحاجة إلى إعادة تنسيقها. يرجى ملاحظة أنه سيتم مراجعة مقالتك مرة أخرى في المجلة الجديدة. معلومات اكثر.

عند قبول مقال ، سيُطلب من المؤلفين إكمال "اتفاقية نشر المجلة" (انظر المزيد من المعلومات حول هذا). سيتم إرسال بريد إلكتروني إلى المؤلف المقابل لتأكيد استلام المخطوطة جنبًا إلى جنب مع نموذج "اتفاقية نشر دفتر اليومية" أو رابط إلى النسخة عبر الإنترنت من هذه الاتفاقية.

يمكن للمشتركين نسخ جداول المحتويات أو إعداد قوائم بالمقالات بما في ذلك الملخصات للتداول الداخلي داخل مؤسساتهم. إذن من الناشر مطلوب لإعادة البيع أو التوزيع خارج المؤسسة ولجميع الأعمال المشتقة الأخرى ، بما في ذلك التجميعات والترجمات. إذا تم تضمين مقتطفات من أعمال أخرى محمية بحقوق الطبع والنشر ، فيجب على المؤلف (المؤلفين) الحصول على إذن كتابي من مالكي حقوق الطبع والنشر والإشارة إلى المصدر (المصادر) في المقالة. لدى Elsevier نماذج مطبوعة مسبقًا ليستخدمها المؤلفون في هذه الحالات.

بالنسبة لمقالات الوصول المفتوح الذهبية: عند قبول مقال ، سيُطلب من المؤلفين إكمال "اتفاقية الترخيص" (مزيد من المعلومات). يتم تحديد إعادة استخدام الطرف الثالث المسموح به لمقالات الوصول المفتوح الذهبية من خلال اختيار المؤلف لترخيص المستخدم.

حقوق المؤلف
بصفتك مؤلفًا ، تتمتع (أو صاحب العمل أو المؤسسة) بحقوق معينة لإعادة استخدام عملك. معلومات اكثر.

تدعم Elsevier المشاركة المسؤولة
اكتشف كيف يمكنك مشاركة أبحاثك المنشورة في مجلات Elsevier.

دور مصدر التمويل

يُطلب منك تحديد من قدم الدعم المالي لإجراء البحث و / أو إعداد المقالة ووصف بإيجاز دور الراعي (الرعاة) ، إن وجد ، في تصميم الدراسة في جمع البيانات وتحليلها وتفسيرها. في كتابة التقرير وفي قرار عرض المقال للنشر. إذا لم يكن لمصدر (مصادر) التمويل مثل هذه المشاركة ، فيجب ذكر ذلك.

يرجى زيارة صفحة الوصول المفتوح لمزيد من المعلومات.

أكاديمية Elsevier Researcher
Researcher Academy هي عبارة عن منصة تعليمية إلكترونية مجانية مصممة لدعم الباحثين في المراحل المبكرة والمتوسطة من حياتهم المهنية طوال رحلتهم البحثية. توفر بيئة "التعلم" في Researcher Academy عدة وحدات تفاعلية وندوات عبر الإنترنت وأدلة وموارد قابلة للتنزيل لإرشادك خلال عملية الكتابة للبحث وتصفح الأقران. لا تتردد في استخدام هذه الموارد المجانية لتحسين إرسالك والتنقل في عملية النشر بسهولة.

اللغة (خدمات الاستخدام والتحرير)
يرجى كتابة النص الخاص بك باللغة الإنجليزية بشكل جيد (يُقبل الاستخدام الأمريكي أو البريطاني ، ولكن ليس مزيجًا من هذين النوعين). قد يحتاج المؤلفون الذين يشعرون بأن مخطوطاتهم باللغة الإنجليزية إلى التحرير لإزالة الأخطاء النحوية أو الإملائية المحتملة وللتوافق مع اللغة الإنجليزية العلمية الصحيحة ، قد يرغبون في استخدام خدمة تحرير اللغة الإنجليزية المتاحة من خدمات المؤلف في Elsevier.

يرشدك نظام الإرسال عبر الإنترنت الخاص بنا خطوة بخطوة خلال عملية إدخال تفاصيل مقالتك وتحميل ملفاتك. يقوم النظام بتحويل ملفات المقالات الخاصة بك إلى ملف PDF واحد يستخدم في عملية مراجعة الأقران. الملفات القابلة للتحرير (مثل Word و LaTeX) مطلوبة لتنضيد مقالتك للنشر النهائي. يتم إرسال جميع المراسلات ، بما في ذلك الإخطار بقرار المحرر وطلبات المراجعة ، عن طريق البريد الإلكتروني.

لضمان الإنصاف ، سيتم تقييم كل مخطوطة بشكل مجهول من قبل اثنين على الأقل من المراجعين المستقلين. سيتم إرسال النقد البناء الذي يقدمه المقيمون إلى المؤلف.

يتم التقديم إلى هذه المجلة عبر الإنترنت بالكامل وسيتم إرشادك خطوة بخطوة من خلال إنشاء ملفاتك وتحميلها. يقوم النظام تلقائيًا بتحويل ملفاتك إلى ملف PDF واحد ، والذي يتم استخدامه في عملية مراجعة الأقران.
كجزء من خدمة Your Paper Your Way ، يمكنك اختيار إرسال مخطوطتك كملف واحد لاستخدامها في عملية التحكيم. يمكن أن يكون هذا ملف PDF أو مستند Word ، بأي تنسيق أو تخطيط يمكن للحكام استخدامه لتقييم مخطوطتك. يجب أن يحتوي على أرقام عالية الجودة بما يكفي للتحكيم. إذا كنت تفضل القيام بذلك ، فلا يزال بإمكانك تقديم كل أو بعض ملفات المصدر عند الإرسال الأولي. يرجى ملاحظة أنه يجب تحميل ملفات الشكل الفردية التي يزيد حجمها عن 10 ميغا بايت بشكل منفصل.

مراجع
لا توجد متطلبات صارمة بشأن تنسيق المرجع عند الإرسال. يمكن أن تكون المراجع بأي نمط أو تنسيق طالما أن النمط متسق. حيثما ينطبق ذلك ، يجب أن يتوفر اسم (أسماء) المؤلف (المؤلفين) وعنوان المجلة / عنوان الكتاب وعنوان الفصل / عنوان المقالة وسنة النشر ورقم المجلد / فصل الكتاب ورقم المقالة أو ترقيم الصفحات. يتم تشجيع استخدام DOI بشدة. سيتم تطبيق أسلوب المرجع الذي تستخدمه المجلة على المقالة المقبولة من قبل Elsevier في مرحلة الإثبات. لاحظ أنه سيتم تمييز البيانات المفقودة في مرحلة الإثبات ليقوم المؤلف بتصحيحها.

متطلبات التنسيق
لا توجد متطلبات تنسيق صارمة ولكن يجب أن تحتوي جميع المخطوطات على العناصر الأساسية اللازمة لنقل مخطوطتك ، على سبيل المثال الملخص والكلمات الرئيسية والمقدمة والطرق والنتائج والمناقشة والقيود والاستنتاجات والجداول والأشكال مع وسائل الإيضاح.
إذا كانت مقالتك تتضمن أي مقاطع فيديو و / أو مواد تكميلية أخرى ، فيجب تضمين ذلك في إرسالك الأولي لأغراض مراجعة الأقران.
قسّم المقالة إلى أقسام محددة بوضوح.

تضمين الأشكال والجداول في النص
يرجى التأكد من وضع الأشكال والجداول المضمنة في الملف الفردي بجوار النص ذي الصلة في المخطوطة ، وليس في الجزء السفلي أو العلوي من الملف. يجب وضع التسمية التوضيحية المقابلة مباشرة أسفل الشكل أو الجدول.

هذه المجلة تدير عملية مراجعة واحدة مجهولة المصدر. سيتم تقييم جميع المساهمات مبدئيًا من قبل المحرر للتأكد من ملاءمتها للمجلة. ثم يتم إرسال الأوراق التي تعتبر مناسبة إلى مراجع خبير مستقل واحد على الأقل لتقييم الجودة العلمية للورقة. المحرر مسؤول عن القرار النهائي فيما يتعلق بقبول المقالات أو رفضها. قرار المحرر نهائي. لا يشارك المحررون في القرارات المتعلقة بالأوراق التي كتبوها بأنفسهم أو التي كتبها أفراد الأسرة أو الزملاء أو التي تتعلق بالمنتجات أو الخدمات التي يهتم بها المحرر. يخضع أي إرسال من هذا القبيل لجميع الإجراءات المعتادة للمجلة ، مع معالجة مراجعة الأقران بشكل مستقل عن المحرر المعني ومجموعات البحث الخاصة بهم. مزيد من المعلومات حول أنواع مراجعة الأقران.

لاتيكس
يوصى باستخدام أحدث فئة من مقالات Elsevier لإعداد مخطوطتك و BibTeX لإنشاء قائمة المراجع الخاصة بك.
تحتوي إرشاداتنا على التفاصيل الكاملة.

ملخص
يمكن أن يرفق ملخص في نهاية الورقة (لا يتجاوز 500 كلمة) بالمخطوطة على ورقة منفصلة ولكن يرجى ملاحظة أن هذا ليس إلزاميًا.

الملاحق
إذا كان هناك أكثر من ملحق واحد ، فيجب تحديدها على أنها A ، B ، إلخ. يجب إعطاء الصيغ والمعادلات في الملاحق ترقيمًا منفصلاً: Eq. (أ 1) ، مكافئ. (A.2) ، وما إلى ذلك في ملحق لاحق ، مكافئ. (ب 1) وهكذا. وبالمثل بالنسبة للجداول والأشكال: الجدول A.1 ، الشكل A.1 ، إلخ.

معلومات صفحة العنوان الأساسية

&ثور عنوان. موجزة وغنية بالمعلومات. غالبًا ما تستخدم العناوين في أنظمة استرجاع المعلومات. تجنب الاختصارات والصيغ قدر الإمكان.
&ثور أسماء المؤلفين والانتماءات. يرجى الإشارة بوضوح إلى الاسم (الأسماء) المحدد واسم (أسماء) العائلة لكل مؤلف والتأكد من كتابة جميع الأسماء بدقة. يمكنك إضافة اسمك بين قوسين في البرنامج النصي الخاص بك خلف الترجمة الصوتية للغة الإنجليزية. قدم عناوين انتساب المؤلفين (حيث تم العمل الفعلي) أسفل الأسماء. حدد جميع الانتماءات بحرف مرتفع صغير مباشرة بعد اسم المؤلف وأمام العنوان المناسب. أدخل العنوان البريدي الكامل لكل جهة انتساب ، بما في ذلك اسم الدولة وعنوان البريد الإلكتروني لكل مؤلف إن وجد.
&ثور المؤلف المراسل. حدد بوضوح من سيتعامل مع المراسلات في جميع مراحل التحكيم والنشر وأيضًا بعد النشر. تتضمن هذه المسؤولية الإجابة على أي استفسارات مستقبلية حول المنهجية والمواد. تأكد من تقديم عنوان البريد الإلكتروني وأن تفاصيل الاتصال يتم تحديثها من قبل المؤلف المقابل.
&ثور العنوان الحالي / الدائم. إذا انتقل أحد المؤلفين منذ أن تم الانتهاء من العمل الموصوف في المقالة ، أو كان في زيارة في ذلك الوقت ، فيمكن الإشارة إلى "العنوان الحالي" (أو "العنوان الدائم") كحاشية سفلية لاسم هذا المؤلف. يجب الاحتفاظ بالعنوان الذي قام فيه المؤلف بالعمل فعليًا كعنوان انتساب رئيسي. تُستخدم الأرقام العربية المرتفعة لمثل هذه الحواشي السفلية.

الشكل العام
يجب كتابة المخطوطة بأكملها بمسافات مزدوجة ، بما في ذلك الملخص والحواشي السفلية والمراجع ومفاتيح الرسم البياني والجداول ، بهوامش 3 سم. يجب إرفاق خطاب مرفق مع الإشارة إلى الاسم والعنوان ورقم الهاتف والفاكس للمؤلف المقابل. يجب إعطاء عنوان الورقة واسم المؤلف والعنوان ورقم الفاكس و / أو رقم الهاتف. لا يجوز أن تتجاوز المخطوطات 35 صفحة مزدوجة المسافات ، بما في ذلك الأشكال والمراجع وما إلى ذلك. يجب أن تظهر الأشكال والجداول في نهاية المخطوطة بعد النص بالكامل. لغة النشر هي الإنجليزية.

الملخص: ملخص في نهاية الورقة (لا يتجاوز 500 كلمة) يجب أن يرفق بالمخطوطة على ورقة منفصلة.

النقاط البارزة إلزامية لهذه المجلة لأنها تساعد في زيادة قابلية اكتشاف مقالتك عبر محركات البحث. وهي تتكون من مجموعة قصيرة من النقاط التي تلتقط النتائج الجديدة لبحثك بالإضافة إلى الأساليب الجديدة التي تم استخدامها أثناء الدراسة (إن وجدت). يرجى إلقاء نظرة على الأمثلة هنا: مثال على الملامح.

يجب تقديم النقاط البارزة في ملف منفصل قابل للتحرير في نظام التقديم عبر الإنترنت. الرجاء استخدام "Highlights" في اسم الملف وتضمين 3 إلى 5 نقاط تعداد نقطي (بحد أقصى 85 حرفًا ، بما في ذلك المسافات ، لكل نقطة تعداد نقطي).

يجب أن يسبق المقدمة مباشرة ملخص قصير باللغة الإنجليزية (لا يتجاوز 250 كلمة). يمكن استخدام العناوين المنظمة ، على النحو التالي: الخلفية ، والطريقة ، والنتائج ، والاستنتاجات. يجب أن يكون الملخص مستقلاً عن النص ، لذلك يجب عدم تضمين أي مراجع.

مجردة رسومية
على الرغم من أن الملخص الرسومي اختياري ، إلا أنه يتم تشجيع استخدامه لأنه يجذب المزيد من الانتباه إلى المقالة عبر الإنترنت. يجب أن يلخص الملخص الرسومي محتويات المقالة بشكل موجز وتصويري مصمم لجذب انتباه جمهور واسع من القراء. يجب تقديم الملخصات الرسومية كملف منفصل في نظام التقديم عبر الإنترنت. حجم الصورة: يرجى تقديم صورة بحد أدنى 531 × 1328 بكسل (h & w) أو أكثر نسبيًا. يجب أن تكون الصورة قابلة للقراءة بحجم 5 × 13 سم باستخدام دقة شاشة عادية تبلغ 96 نقطة في البوصة. أنواع الملفات المفضلة: ملفات TIFF أو EPS أو PDF أو MS Office. يمكنك عرض الملخصات الرسومية النموذجية على موقع المعلومات الخاص بنا.
يمكن للمؤلفين الاستفادة من خدمات التوضيح من Elsevier لضمان أفضل عرض لصورهم ووفقًا لجميع المتطلبات الفنية.

أرفق مع كل مخطوطة ، في نهاية الملخص ، من خمس إلى عشر كلمات رئيسية. يجب أن تكون هذه المصطلحات مستقلة نسبيًا (شروط فهرس الإحداثيات) ، وكمجموعة يجب أن تميز الورقة بالشكل الأمثل.

تنسيق مصادر التمويل
اذكر مصادر التمويل بهذه الطريقة القياسية لتسهيل الامتثال لمتطلبات الممول:

التمويل: تم دعم هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة [أرقام المنح xxxx ، yyyy] ومؤسسة Bill & amp Melinda Gates Foundation ، سياتل ، واشنطن [رقم المنحة zzzz] ومعاهد السلام الأمريكية [رقم المنحة aaaa].

ليس من الضروري تضمين أوصاف مفصلة عن البرنامج أو نوع المنح والجوائز. عندما يكون التمويل من منحة جماعية أو موارد أخرى متاحة لجامعة أو كلية أو مؤسسة بحثية أخرى ، أرسل اسم المعهد أو المنظمة التي قدمت التمويل.

إذا لم يتم توفير أي تمويل للبحث ، يرجى تضمين الجملة التالية:

لم يتلق هذا البحث أي منحة محددة من وكالات التمويل في القطاعات العامة أو التجارية أو غير الهادفة للربح.

الحواشي
يجب استخدام الهوامش باعتدال. قم بترقيمها على التوالي في جميع أنحاء المقال. تقوم العديد من معالجات النصوص ببناء الحواشي السفلية في النص ، ويمكن استخدام هذه الميزة. إذا لم يكن الأمر كذلك ، حدد موضع الحواشي في النص وقدم الحواشي السفلية نفسها بشكل منفصل في نهاية المقالة.

معالجة الصور
في حين أنه من المقبول أن المؤلفين يحتاجون أحيانًا إلى التلاعب بالصور من أجل الوضوح ، فإن التلاعب لأغراض الخداع أو الاحتيال سوف يُنظر إليه على أنه إساءة أخلاقية علمية وسيتم التعامل معها وفقًا لذلك. بالنسبة للصور الرسومية ، تطبق هذه المجلة السياسة التالية: لا يجوز تحسين أو حجب أو نقل أو إزالة أو تقديم أي ميزة معينة داخل الصورة. تعد تعديلات السطوع أو التباين أو توازن اللون مقبولة إذا وطالما أنها لا تحجب أو تلغي أي معلومات موجودة في الأصل. يجب الكشف عن التعديلات غير الخطية (مثل التغييرات في إعدادات جاما) في وسيلة إيضاح الشكل.

عمل فني الكتروني
نقاط عامة
& bull تأكد من استخدام حروف موحدة وحجم لعملك الفني الأصلي.
& bull الخطوط المفضلة: Arial (أو Helvetica) ، Times New Roman (أو Times) ، Symbol ، Courier.
ترقيم الرسوم التوضيحية وفقًا لتسلسلها في النص.
& bull استخدم اصطلاح تسمية منطقي لملفات عملك الفني.
& bull قم بالإشارة إلى كل رقم إذا كان يمثل صورة ملائمة ذات عمود واحد أو عمودان أو 1.5.
& bull بالنسبة لعمليات إرسال Word فقط ، لا يزال بإمكانك تقديم الأشكال والتعليقات التوضيحية الخاصة بها والجداول داخل ملف واحد في مرحلة المراجعة.
& bull يرجى ملاحظة أنه يجب توفير ملفات شخصية فردية أكبر من 10 ميغا بايت في ملفات مصدر منفصلة.

يتوفر دليل مفصل عن الأعمال الفنية الإلكترونية.
نحثك على زيارة هذا الموقع ، وترد هنا بعض المقتطفات من المعلومات التفصيلية.
التنسيقات
بغض النظر عن التطبيق المستخدم ، عند الانتهاء من عملك الفني الإلكتروني ، يرجى "الحفظ باسم" أو تحويل الصور إلى أحد التنسيقات التالية (لاحظ متطلبات الدقة للرسومات الخطية والألوان النصفية ومجموعات الخطوط / الألوان النصفية الواردة أدناه):
EPS (أو PDF): رسومات متجهة. قم بتضمين الخط أو حفظ النص باسم "رسومات".
TIFF (أو JPG): الصور الفوتوغرافية الملونة أو الرمادية (الألوان النصفية): استخدم دائمًا 300 نقطة في البوصة كحد أدنى.
TIFF (أو JPG): رسومات خطية نقطية: استخدم 1000 نقطة في البوصة كحد أدنى.
TIFF (أو JPG): تركيبات خط نقطي / نصف نغمة (ملون أو تدرج الرمادي): الحد الأدنى من 500 نقطة في البوصة مطلوب.
أرجوك لا:
& bull Supply التي تم تحسينها لاستخدام الشاشة (على سبيل المثال ، GIF ، BMP ، PICT ، WPG) الدقة منخفضة جدًا.
& bull توفير ملفات منخفضة الدقة للغاية.
& bull قم بإرسال رسومات كبيرة بشكل غير متناسب مع المحتوى.

عمل فني ملون
يرجى التأكد من أن ملفات العمل الفني بتنسيق مقبول (TIFF (أو JPEG) أو EPS (أو PDF) أو ملفات MS Office) وبدقة الوضوح الصحيحة. إذا قمت بإرسال أشكال ملونة قابلة للاستخدام مع مقالتك المقبولة ، فستضمن Elsevier ، بدون أي رسوم إضافية ، ظهور هذه الأرقام بالألوان على الإنترنت (على سبيل المثال ، ScienceDirect ومواقع أخرى) بالإضافة إلى إعادة إنتاج الألوان في الطباعة. مزيد من المعلومات حول إعداد الأعمال الفنية الإلكترونية.

الشكل التوضيحي
تأكد من أن كل رسم توضيحي يحتوي على تعليق. يجب أن يشتمل التعليق على عنوان موجز (وليس على الشكل نفسه) ووصفًا للرسم التوضيحي. احتفظ بالنص في الرسوم التوضيحية بحد أدنى ولكن اشرح جميع الرموز والاختصارات المستخدمة.

الاقتباس في النص
يرجى التأكد من أن كل مرجع مذكور في النص موجود أيضًا في قائمة المراجع (والعكس صحيح). يجب تقديم أي مراجع مذكورة في الملخص بالكامل. لا يُنصح بالنتائج غير المنشورة والاتصالات الشخصية في قائمة المراجع ، ولكن يمكن ذكرها في النص. إذا تم تضمين هذه المراجع في قائمة المراجع ، فيجب أن تتبع النمط المرجعي القياسي للمجلة ويجب أن تتضمن استبدال تاريخ النشر إما بـ "نتائج غير منشورة" أو "اتصال شخصي". يشير الاستشهاد بمرجع باسم "في الصحافة" إلى قبول العنصر للنشر.

روابط مرجعية
يتم ضمان زيادة قابلية اكتشاف البحث ومراجعة الأقران عالية الجودة من خلال روابط عبر الإنترنت إلى المصادر المذكورة. من أجل السماح لنا بإنشاء روابط إلى خدمات التجريد والفهرسة ، مثل Scopus و CrossRef و PubMed ، يرجى التأكد من صحة البيانات المقدمة في المراجع. يرجى ملاحظة أن الأسماء غير الصحيحة ، وعناوين المجلات / الكتب ، وسنة النشر ، وترقيم الصفحات قد تمنع إنشاء الرابط. عند نسخ المراجع ، يرجى توخي الحذر لأنها قد تحتوي بالفعل على أخطاء. يتم تشجيع استخدام DOI بشدة.

يتم ضمان عدم تغيير المعرّف الرقمي للموضوع على الإطلاق ، لذا يمكنك استخدامه كرابط دائم لأي مقالة إلكترونية. مثال على الاقتباس باستخدام DOI لمقال لم يتم طرحه بعد في العدد: VanDecar JC، Russo RM، James D.E.، Ambeh W.B.، Franke M. (2003). استمرار زلزالي لبلاطة جزر الأنتيل الصغرى أسفل شمال شرق فنزويلا. مجلة البحوث الجيوفيزيائية ، https://doi.org/10.1029/2001JB000884. يرجى ملاحظة أن تنسيق هذه الاستشهادات يجب أن يكون بنفس أسلوب جميع المراجع الأخرى في الورقة.

مراجع الويب
كحد أدنى ، يجب تقديم عنوان URL الكامل وتاريخ آخر وصول إلى المرجع. يجب أيضًا تقديم أي معلومات إضافية ، إذا كانت معروفة (DOI ، أسماء المؤلفين ، التواريخ ، الإشارة إلى منشور المصدر ، إلخ). يمكن إدراج مراجع الويب بشكل منفصل (على سبيل المثال ، بعد قائمة المراجع) تحت عنوان مختلف إذا رغبت في ذلك ، أو يمكن إدراجها في قائمة المراجع.

مراجع البيانات
تشجعك هذه المجلة على الاستشهاد بمجموعات البيانات الأساسية أو ذات الصلة في مخطوطتك من خلال الاستشهاد بها في النص الخاص بك وتضمين مرجع بيانات في قائمة المراجع الخاصة بك. يجب أن تتضمن مراجع البيانات العناصر التالية: اسم (أسماء) المؤلف ، وعنوان مجموعة البيانات ، ومستودع البيانات ، والإصدار (عند توفره) ، والسنة ، والمعرف الدائم العالمي. أضف [مجموعة بيانات] مباشرة قبل المرجع حتى نتمكن من تحديدها بشكل صحيح كمرجع بيانات. لن يظهر المعرّف [مجموعة البيانات] في مقالتك المنشورة.

مراجع في عدد خاص
يرجى التأكد من إضافة الكلمات "هذه المشكلة" إلى أي مراجع في القائمة (وأي استشهادات في النص) إلى مقالات أخرى في نفس العدد الخاص.

برنامج إدارة المراجع
يتوفر نموذج مرجعي لمعظم مجلات Elsevier في العديد من منتجات برامج إدارة المراجع الأكثر شيوعًا. يتضمن ذلك جميع المنتجات التي تدعم أنماط لغة أسلوب الاقتباس ، مثل Mendeley. باستخدام المكونات الإضافية للاقتباس من هذه المنتجات ، يحتاج المؤلفون فقط إلى تحديد قالب المجلة المناسب عند إعداد مقالتهم ، وبعد ذلك سيتم تنسيق الاستشهادات والببليوغرافيات تلقائيًا في نمط المجلة. إذا لم يتوفر نموذج لهذه المجلة حتى الآن ، يرجى اتباع تنسيق نماذج المراجع والاستشهادات كما هو موضح في هذا الدليل. إذا كنت تستخدم برنامج إدارة المراجع ، فالرجاء التأكد من إزالة جميع رموز الحقول قبل إرسال المخطوطة الإلكترونية. مزيد من المعلومات حول كيفية إزالة رموز الحقول من برامج إدارة المراجع المختلفة.

يمكن لمستخدمي Mendeley Desktop تثبيت النمط المرجعي لهذه المجلة بسهولة من خلال النقر على الرابط التالي:
http://open.mendeley.com/use-citation-style/computers-in-biology-and-medicine
عند إعداد مخطوطتك ، ستتمكن بعد ذلك من تحديد هذا النمط باستخدام مكونات Mendeley الإضافية لـ Microsoft Word أو LibreOffice.

تنسيق المرجع
لا توجد متطلبات صارمة بشأن تنسيق المرجع عند الإرسال. يمكن أن تكون المراجع بأي نمط أو تنسيق طالما أن النمط متسق. حيثما ينطبق ذلك ، يجب أن يتوفر اسم (أسماء) المؤلف (المؤلفين) وعنوان المجلة / عنوان الكتاب وعنوان الفصل / عنوان المقالة وسنة النشر ورقم المجلد / فصل الكتاب ورقم المقالة أو ترقيم الصفحات. يتم تشجيع استخدام DOI بشدة. سيتم تطبيق أسلوب المرجع الذي تستخدمه المجلة على المقالة المقبولة من قبل Elsevier في مرحلة الإثبات. لاحظ أنه سيتم تمييز البيانات المفقودة في مرحلة الإثبات ليقوم المؤلف بتصحيحها. إذا كنت ترغب في تنسيق المراجع بنفسك ، فيجب ترتيبها وفقًا للأمثلة التالية:

النمط المرجعي
نص: أشر إلى المراجع حسب الرقم (الأرقام) بين قوسين معقوفين بما يتماشى مع النص. يمكن الرجوع إلى المؤلفين الفعليين ، ولكن يجب دائمًا تقديم الرقم (الأرقام) المرجعية.
مثال: '. كما هو موضح [3،6]. حصل بارنابي وجونز [8] على نتيجة مختلفة. "
قائمة: قم بترقيم المراجع (الأرقام الموجودة بين قوسين معقوفين) في القائمة بالترتيب الذي تظهر به في النص.
أمثلة:
إشارة إلى منشور مجلة:
[1] J. van der Geer، J.A.J. Hanraads، R.A. لوبتون ، فن كتابة مقال علمي ، J. Sci. كومون. 163 (2010) 51 & ndash59. https://doi.org/10.1016/j.Sc.2010.00372.
الإشارة إلى منشور في مجلة برقم مقال:
[2] J. van der Geer، J.A.J. Hanraads، R.A. لوبتون ، 2018. فن كتابة مقال علمي. هيليون. 19 ، e00205. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2018.e00205.
إشارة إلى كتاب:
[3] دبليو سترنك جونيور ، إ. وايت ، عناصر الأسلوب ، الطبعة الرابعة ، لونجمان ، نيويورك ، 2000.
الإشارة إلى فصل في كتاب محرر:
[4] ج. ميتام ، ل. آدامز ، كيف تعد نسخة إلكترونية من مقالتك ، في: BS. جونز ، ر. سميث (محرران) ، مقدمة في العصر الإلكتروني ، E-Publishing Inc. ، New York ، 2009 ، ص 281 و ndash304.
إشارة إلى موقع ويب:
[5] مركز أبحاث السرطان في المملكة المتحدة ، تقارير إحصائيات السرطان في المملكة المتحدة. http://www.cancerresearchuk.org/aboutcancer/statistics/cancerstatsreport/، 2003 (تمت الزيارة في 13 مارس / آذار 2003).
إشارة إلى مجموعة بيانات:
[مجموعة بيانات] [6] إم أوجورو ، إس إيماهيرو ، إس سايتو ، ت. ناكاشيزوكا ، بيانات الوفيات لمرض ذبول البلوط الياباني وتراكيب الغابات المحيطة ، بيانات مينديلي ، الإصدار 1 ، 2015. https://doi.org/10.17632 /xwj98nb39r.1.
إشارة إلى البرنامج:
[7] E.Con ، M. Berndt ، A. Jan ، D. Svyatsky ، A. Atchley ، E.Kikinzon ، D. Harp ، G. Manzini ، E. Shelef ، K. Lipnikov ، R. Garimella ، C. Xu ، D. Moulton، S. Karra، S. Painter، E. Jafarov، S.Molins، Advanced Terrestrial Simulator (ATS) v0.88 (Version 0.88)، Zenodo، March 25، 2020. https://doi.org/ 10.5281 / zenodo.3727209.

مصدر مختصرات المجلة
يجب أن يتم اختصار أسماء المجلة وفقًا لقائمة اختصارات كلمات العنوان.

تقبل Elsevier مواد الفيديو وتسلسلات الرسوم المتحركة لدعم بحثك العلمي وتعزيزه. يتم تشجيع المؤلفين الذين لديهم ملفات فيديو أو رسوم متحركة يرغبون في إرسالها مع مقالتهم بشدة على تضمين روابط لها في نص المقالة. يمكن القيام بذلك بنفس طريقة رسم شكل أو جدول من خلال الإشارة إلى محتوى الفيديو أو الرسوم المتحركة والإشارة في النص الأساسي إلى المكان الذي يجب وضعه فيه. يجب تصنيف جميع الملفات المرسلة بشكل صحيح بحيث ترتبط مباشرة بمحتوى ملف الفيديو. للتأكد من أن مادة الفيديو أو الرسوم المتحركة الخاصة بك قابلة للاستخدام مباشرة ، يرجى تقديم الملف بأحد تنسيقات الملفات الموصى بها مع حجم أقصى مفضل يبلغ 150 ميجابايت لكل ملف ، أي 1 جيجابايت إجمالاً. سيتم نشر ملفات الفيديو والرسوم المتحركة المتوفرة عبر الإنترنت في النسخة الإلكترونية من مقالتك في منتجات Elsevier Web ، بما في ذلك ScienceDirect. يرجى تزويد "الصور الثابتة" بملفاتك: يمكنك اختيار أي إطار من الفيديو أو الرسوم المتحركة أو إنشاء صورة منفصلة. سيتم استخدام هذه الرموز بدلاً من الرموز القياسية وستعمل على تخصيص رابط بيانات الفيديو الخاصة بك. لمزيد من التعليمات التفصيلية ، يرجى زيارة صفحات تعليمات الفيديو الخاصة بنا. ملاحظة: نظرًا لأنه لا يمكن تضمين الفيديو والرسوم المتحركة في النسخة المطبوعة من المجلة ، يرجى تقديم نص لكل من النسخة الإلكترونية والمطبوعة لأجزاء المقالة التي تشير إلى هذا المحتوى.

قم بتضمين تصورات البيانات التفاعلية في المنشور الخاص بك واجعل القراء يتفاعلون ويتفاعلون بشكل أوثق مع بحثك. اتبع الإرشادات الموجودة هنا للتعرف على خيارات تصور البيانات المتاحة وكيفية تضمينها في مقالتك.

يمكن نشر المواد التكميلية مثل التطبيقات والصور ومقاطع الصوت مع مقالتك لتحسينها. يتم نشر العناصر التكميلية المقدمة تمامًا بمجرد استلامها (ستظهر ملفات Excel أو PowerPoint على هذا النحو عبر الإنترنت). يرجى تقديم المواد الخاصة بك مع المقالة وتقديم شرح وصفي موجز لكل ملف تكميلي. إذا كنت ترغب في إجراء تغييرات على المواد التكميلية خلال أي مرحلة من مراحل العملية ، فيرجى التأكد من تقديم ملف محدث. لا تعلق على أي تصحيحات على نسخة سابقة. الرجاء إيقاف تشغيل خيار "تعقب التغييرات" في ملفات Microsoft Office حيث ستظهر في الإصدار المنشور.

تشجعك هذه المجلة وتمكنك من مشاركة البيانات التي تدعم منشوراتك البحثية عند الاقتضاء ، وتمكنك من ربط البيانات بمقالاتك المنشورة. تشير بيانات البحث إلى نتائج الملاحظات أو التجارب التي تثبت صحة نتائج البحث. لتسهيل التكاثر وإعادة استخدام البيانات ، تشجعك هذه المجلة أيضًا على مشاركة البرامج والتعليمات البرمجية والنماذج والخوارزميات والبروتوكولات والأساليب والمواد المفيدة الأخرى المتعلقة بالمشروع.

فيما يلي عدد من الطرق التي يمكنك من خلالها ربط البيانات بمقالك أو الإدلاء ببيان حول توفر البيانات الخاصة بك عند إرسال مخطوطتك. إذا كنت تشارك البيانات بإحدى هذه الطرق ، فنحن نشجعك على الاستشهاد بالبيانات الموجودة في المخطوطة وقائمة المراجع. يرجى الرجوع إلى قسم "المراجع" للحصول على مزيد من المعلومات حول اقتباس البيانات. لمزيد من المعلومات حول إيداع ومشاركة واستخدام بيانات البحث والمواد البحثية الأخرى ذات الصلة ، قم بزيارة صفحة بيانات البحث.

ربط البيانات
إذا قمت بإتاحة بيانات البحث الخاصة بك في مستودع بيانات ، فيمكنك ربط مقالتك مباشرة بمجموعة البيانات. تتعاون Elsevier مع عدد من المستودعات لربط المقالات على ScienceDirect بالمستودعات ذات الصلة ، مما يمنح القراء الوصول إلى البيانات الأساسية التي تمنحهم فهمًا أفضل للبحث الموصوف.

هناك طرق مختلفة لربط مجموعات البيانات الخاصة بك بمقالك. عندما يكون ذلك متاحًا ، يمكنك ربط مجموعة البيانات الخاصة بك مباشرةً بمقالك من خلال توفير المعلومات ذات الصلة في نظام الإرسال. لمزيد من المعلومات ، قم بزيارة صفحة ربط قاعدة البيانات.

بالنسبة لمستودعات البيانات المدعومة ، سيظهر شعار المستودع تلقائيًا بجوار مقالتك المنشورة على ScienceDirect.

بالإضافة إلى ذلك ، يمكنك الارتباط بالبيانات أو الكيانات ذات الصلة من خلال المعرفات الموجودة في نص مخطوطتك ، باستخدام التنسيق التالي: قاعدة البيانات: xxxx (على سبيل المثال ، TAIR: AT1G01020 CCDC: 734053 PDB: 1XFN).

بيانات مينديلي
تدعم هذه المجلة بيانات Mendeley ، مما يتيح لك إيداع أي بيانات بحثية (بما في ذلك البيانات الخام والمعالجة ، والفيديو ، والرمز ، والبرامج ، والخوارزميات ، والبروتوكولات ، والطرق) المرتبطة بالمخطوطة الخاصة بك في مستودع مفتوح الوصول ومجاني للاستخدام. أثناء عملية التقديم ، بعد تحميل مخطوطتك ، ستتاح لك الفرصة لتحميل مجموعات البيانات ذات الصلة مباشرة إلى بيانات مينديلي. سيتم سرد مجموعات البيانات ويمكن الوصول إليها مباشرة للقراء بجوار مقالتك المنشورة على الإنترنت.

بيان البيانات
لتعزيز الشفافية ، نشجعك على ذكر مدى توفر بياناتك في إرسالك. قد يكون هذا أحد متطلبات هيئة أو مؤسستك الممولة. إذا كانت بياناتك غير متاحة للوصول إليها أو غير مناسبة للنشر ، فستتاح لك الفرصة لتوضيح السبب أثناء عملية الإرسال ، على سبيل المثال من خلال التأكيد على أن بيانات البحث سرية. سيظهر البيان مع مقالتك المنشورة على ScienceDirect. لمزيد من المعلومات ، قم بزيارة صفحة بيان البيانات.



كخدمة للمجتمع ، تتيح هذه المجلة عبر الإنترنت المخطوطات المقبولة في أقرب وقت ممكن بعد قبولها. في هذه المرحلة ، يتم إعطاء مخطوطة المؤلف المقبولة (في كل من النص الكامل و PDF) معرّف كائن رقمي (DOI) وهو قابل للاستشهاد به بالكامل ويمكن البحث فيه عن طريق العنوان واسم المؤلف (المؤلفين) والنص الكامل. تحتوي المقالة أيضًا على إخلاء مسؤولية يشير إلى أنها مخطوطة غير محررة لم يتم نسخها أو طباعتها أو تصحيحها بعد. عندما تكون النسخة المدققة بالكامل جاهزة للنشر ، فإنها تحل محل نسخة المخطوطة التي قبلها المؤلف.

لضمان عملية نشر سريعة للمقالة ، نطلب من المؤلفين التفضل بتزويدنا بتصحيحاتهم الإثباتية في غضون يومين. سيتلقى المؤلفون المراسلون بريدًا إلكترونيًا به رابط إلى نظام التدقيق عبر الإنترنت الخاص بنا ، مما يسمح بالتعليق التوضيحي وتصحيح البراهين عبر الإنترنت. تشبه البيئة برنامج MS Word: بالإضافة إلى تحرير النص ، يمكنك أيضًا التعليق على الأشكال / الجداول والإجابة على الأسئلة من محرر النسخ. يوفر التدقيق المستند إلى الويب عملية أسرع وأقل عرضة للخطأ من خلال السماح لك بكتابة تصحيحاتك مباشرةً ، مما يلغي إمكانية الإدخال المحتمل للأخطاء.
إذا كنت تفضل ذلك ، فلا يزال بإمكانك اختيار إضافة تعليق توضيحي وتحميل تعديلاتك على إصدار PDF. سيتم تقديم جميع تعليمات التدقيق في البريد الإلكتروني الذي نرسله إلى المؤلفين ، بما في ذلك الطرق البديلة للإصدار عبر الإنترنت و PDF.
سنفعل كل ما في وسعنا لنشر مقالتك بسرعة وبدقة. يرجى استخدام هذا الدليل فقط للتحقق من التنضيد والتحرير واكتمال وصحة النص والجداول والأشكال. لن يتم النظر في التغييرات المهمة على المقالة كما تم قبولها للنشر إلا في هذه المرحلة بإذن من المحرر. من المهم التأكد من إرسال جميع التصحيحات إلينا في رسالة واحدة. يرجى التحقق بعناية قبل الرد ، حيث لا يمكن ضمان إدراج أي تصحيحات لاحقة. وتصحيح التجارب المطبعية وحدك المسؤولية.

سيتلقى المؤلف المقابل ، مجانًا ، رابط مشاركة مخصصًا يوفر وصولاً مجانيًا لمدة 50 يومًا إلى النسخة النهائية المنشورة من المقالة على موقع ScienceDirect. يمكن استخدام رابط المشاركة لمشاركة المقالة عبر أي قناة تواصل ، بما في ذلك البريد الإلكتروني ووسائل التواصل الاجتماعي. مقابل رسوم إضافية ، يمكن طلب المطبوعات الورقية عبر استمارة طلب المطبوعات التي يتم إرسالها بمجرد قبول المقالة للنشر. يجوز لكل من المؤلفين المطابقين والمشاركين طلب النسخ في أي وقت عبر خدمات المؤلف في Elsevier. لا يتلقى المؤلفون المراسلون الذين نشروا مقالتهم الوصول المفتوح الذهبي رابط مشاركة لأن نسختهم النهائية المنشورة من المقالة متاحة الوصول المفتوح على موقع ScienceDirect ويمكن مشاركتها من خلال رابط المقال.

قم بزيارة مركز دعم Elsevier للعثور على الإجابات التي تحتاجها. ستجد هنا كل شيء من الأسئلة الشائعة إلى طرق التواصل.
يمكنك أيضًا التحقق من حالة مقالتك المقدمة أو معرفة موعد نشر مقالتك المقبولة.


أساليب

مجموعات البيانات وتسلسل معالجة البيانات

من أجل مقارنة تعيين القراءة بين vg و bwa aln ، قمنا بتجميع مجموعة بيانات لقراءات التسلسل من الأفراد القدامى المنشورين مسبقًا (الجدول 1). تم تقليم المحول باستخدام AdapterRemoval [39] للقراءات المزدوجة (دمج القراءات المتداخلة) والتكيف المقطوع [40] للقراءات ذات النهاية المفردة. تم بالفعل تزويد بيانات FASTQ غير المحاذاة من مجموعتي البيانات الأخريين [25 ، 27] بمحولات مشذبة. قمنا بمحاذاة القراءات المقطوعة إلى الجينوم المرجعي الخطي البشري (hs37d5) باستخدام bwa aln [29] مع المعلمات -l1024 (لتعطيل البذر) و -n 0.02 [13] أو -n 0.01 -o 2 ، مع أدنى جودة أساسية -q 15 قمنا ببناء ملف الفهرس لـ vg [17] مع hs37d5 والمتغيرات من مجموعة بيانات المرحلة الثالثة من مشروع 1000 جينوم [16] أعلى من 0.1٪ MAF. في المجموع ، احتوى الرسم البياني على 27،485،419 تعدد الأشكال و 2،662،263 إندل ، و 4،753 متغيرات معقدة صغيرة أخرى. تمت محاذاة القراءات المقتطعة مع الرسم البياني للتباين باستخدام خريطة vg (v1.16.0-137-ge544284) مع المعلمات "–جذع إلى بام -k 15 -w 1024". تمت إزالة القراءات المكررة باستخدام علامة sambamba markdup [41] باستخدام المعلمة "إزالة التكرارات". تم ترشيح ملفات BAM لاحقًا باستخدام طريقة عرض samtools [29] ، واختيار قراءات ذات حدود لصفات تعيين مختلفة (bwa aln و vg: mapQ & gt 0 25، ≥ 30 vg فقط: 50 60). والسبب في استخدام عتبات جودة مختلفة لرسم الخرائط هو أن bwa يستخدم عملية مختلفة لتقدير جودة الخرائط بحد أقصى حوالي 37 من vg بحد أقصى 60. وقد تم تقدير التغطية باستخدام أداة bamqc المؤهلة [42]. نقدم رقم القراءة ومحتوى الحمض النووي الداخلي وتغطية العينات المتوافقة مع vg و bwa aln في ملف إضافي 1: الجدول S5 والجدول S6.

المحاكاة

قمنا بمحاكاة جميع القراءات الممكنة المتداخلة في الكروموسوم 11 SNPs في مجموعة بيانات أصل الإنسان [20 ، 21]. في نصف قراءات المحاكاة ، تم إدخال الأليل البديل. ثم أضفنا مستويات مختلفة من نزع الأمين إلى القراءات المحاكاة باستخدام الجرقميل [23] ، استنادًا إلى الضرر المقدر تجريبيًا بعد الوفاة في مجموعة بيانات من 102 جينوم قديم [22]. قمنا بمحاذاة هذه القراءات المحاكاة مع الرسم البياني 1000GP مع مخطط vg أو إلى الجينوم المرجعي البشري الخطي (GRCh37) مع bwa aln ، مع المعلمات -n 0.02 أو -n 0.01 -o 2 [14] ، bwa mem و vg (المشار إليها هنا إلى "vg خطي"). استغرق قراءة التعيين باستخدام vg إلى الرسم البياني 1000GP أربع مرات تقريبًا (2.12-7.57) مرات أطول من bwa aln -n 0.02. تم فرز المحاذاة الناتجة باستخدام فرز السامبا ، وتحويلها إلى bam باستخدام طريقة عرض samtools ، وتصفيتها باستخدام عتبات خصائص تعيين مختلفة. لقد قدرنا دقة محاذاة القراءة من خلال مقارنة إحداثيات الجينوم من حيث تنشأ كل قراءة والإحداثيات التي تم الحصول عليها بعد التعيين ، مع مراعاة الإزاحات بين هذه التي تسببها softclips والحذف والإدخالات. تم تصور أخطاء تخطيط القراءة باستخدام حزمة R [43] بشكل دائري [44]. للتحقيق في تأثير أطوال القراءة المختلفة ونزع الأمين في معدلات المحاذاة الخاطئة لرسامين القراءة الثلاثة (vg و bwa aln و bwa mem) ، قمنا بمحاكاة 100000 قراءة بأحجام مختلفة (35-100 نقطة أساس) من مجموعة من الجينومات المرجعية الميكروبية التي تم تحديدها في بيانات تسلسل كلوفيس [45] باستخدام جارجميل [23]. بالإضافة إلى ذلك ، أدخلنا تغييرات ما بعد الوفاة في مجموعة فرعية من هذه البيانات (30 و 50 و 70 و 90 نقطة أساس) استنادًا إلى [22]. قمنا بمعالجة جميع بيانات القراءة الميكروبية المحاكاة كما هو موضح أعلاه.

تقديرات الأصالة والتلوث

تم إنشاء مؤامرات نزع الأمل بعد الوفاة باستخدام mapDamage v2 [28] ، وأخذ عينات من مليون قراءة لكل عينة. قدرنا تلوث كروموسوم X في جميع عينات الذكور باستخدام ANGSD [46] ، باستخدام المعلمات "-r X: 5000000-154900000 -doCounts 1 -iCounts 1 -minQ 20" وباستخدام مواقع متعددة الأشكال تم تحديدها في مشروع HapMap.

استدعاء المتغير وتحليلات الجينات السكانية

لتحليلات علم الوراثة السكانية ، استخدمنا مجموعة بيانات الأصول البشرية الموزعة مع Lazaridis et al. [47]. من أجل تقدير إحصائيات D وتحليلات المكونات الرئيسية ، أنشأنا pileups لكل فرد [48] عند 1233553 SNPs من مجموعة بيانات Human Origins باستخدام samtools mpileup ، مما أدى إلى تعطيل إعادة معايرة نقاط الجودة الأساسية وفرض حد أدنى من مرشح الجودة الأساسي q20. نلاحظ أنه تم إنشاء pileups من ملفات bam التي تمت تصفيتها مع حد أدنى لجودة التعيين يبلغ 30 لـ bwa aln أو 50 لـ vg. لقد أنشأنا أنماطًا وراثية زائفة أحادية الصيغة الصبغية عن طريق أخذ عينات عشوائية من أليل واحد في كل موقع من مواقع SNP وتحويل الأنماط الجينية الزائفة أحادية الصيغة الصبغية الناتجة إلى تنسيق PLINK باستخدام PLINK 1.9 [49]. تم دمج هذه لاحقًا مع عينات Chimp و Href (الجينوم المرجعي البشري) من مجموعة بيانات Human Origins وتم تحويلها إلى تنسيق eigenstrat باستخدام convertf. قدرنا إحصائيات D باستخدام qpDstat [20] ، لتمرير المعلمة "printd: YES" للحصول على تقديرات الانحراف المعياري.

بالنسبة لتحليل المكون الرئيسي المقدّر بمواقع SNP ، قمنا أولاً بتصفية مجموعة بيانات أصل الإنسان ، وإزالة المتغيرات ذات تردد أليل ثانوي أقل من 0.02 ونقص التنميط الجيني 0.05 ، واختيار أفراد غرب أوراسيا. قمنا بدمج مجموعة البيانات هذه مع الأنماط الجينية الزائفة أحادية الصيغة الصبغية التي تنتمي إلى العينات القديمة كما هو موضح أعلاه وقمنا بتشغيل smartpca [50 ، 51] ، وقصرنا التحليل على SNPs التحويلية ، باستخدام المعلمات "lsqproject: YES" لعرض العينات القديمة في إحداثيات PCA المقدرة بالسكان الحاليين ، "killr2: YES" لاستبعاد SNPs في اختلال توازن الارتباط العالي (r2thresh: 0.2) وإجراء تكراريْن للإزالة الخارجية (العدد: 2).

استخدمنا PLINK لتقدير PCA مع indels. لقد أعددنا مجموعات البيانات الخاصة بنا من خلال استدعاء indels أولاً في عينة Yamnaya التي تمت معالجتها باستخدام vg و bwa ، كما هو موضح أدناه ، مع الحفاظ على المتغيرات بجودة مساوية أو أكبر من 30 مع الاحتفاظ بـ indels biallelic فقط. استخدمنا vt [52] للتطبيع المتغير ، مع أخذ الجينوم المرجعي البشري كمدخل ، وإزالة المضاعفات. بعد ذلك ، أنشأنا مجموعتي بيانات ، استنادًا إلى 1000 جينوم كروموسوم 21 indels ، مقيدًا بالمتغيرات مع الأليلات البديلة المحددة في vg - أو في عينة Yamnaya المحاذاة bwa.

تجربة الاختزال

لقد اختزلنا محاذاة bwa aln و vg التي تنتمي إلى فرد Yamnaya عالي التغطية من 1 إلى 10x باستخدام samtools. قمنا بعد ذلك باستدعاء 1،054،447 biallelic SNPs الموجودة في 1000 جينوم chr21 VCF من جميع المحاذاة باستخدام bcftools v. 1.8 ، والتي تتطلب جودة أساسية لا تقل عن 20. أزلنا تعدد أشكال النوكليوتيدات النوكليوتيد (SNPs) المحتملة لإلغاء الأمين واستبعدنا مكالمات متباينة مع نقاط جودة أقل من 30. أخيرًا ، قدرنا نسبة المتغيرات التي تم استردادها بشكل صحيح من خلال مقارنة الأنماط الجينية التي تم الحصول عليها من المحاذاة المختزلة مع تلك التي تم الحصول عليها عند التغطية الكاملة. تم إجراء مقارنة مع طريقة تعديل القراءة عن طريق تعديل قراءات bwa المصغرة والتغطية الكاملة المحاذاة مع 1000 Genomes SNP alleles واستدعاء المتغيرات كما هو موضح أعلاه.

دعم الأليل البديل وتوازن الأليل

من أجل مقارنة دعم الأليل البديل بين محاذاة vg و bwa aln ، قمنا بتسمية الكروموسوم 1 SNPs من محاذاة Yamnaya مع bcftools. قمنا بعد ذلك بترشيحها بجودة متغيرة أكبر أو تساوي 30 ، مع عمق تغطية أعلى من 8 ، ومتغيرات متغايرة الزيجوت المختارة. من استدعاءات النمط الجيني هذه ، حصلنا على عمق مرجعي ومرجعي بديل وقارننا دعم الأليل البديل بين العينة المحاذاة vg و bwa. للتحقيق في التحيز المرجعي على مستوى indels ، استدعينا المتغيرات مع FreeBayes [53] من عينة Yamnaya التي تمت معالجتها باستخدام كل من vg و bwa aln باستخدام المعلمات الافتراضية ، والتي قمنا بترشيحها لاحقًا للمواقع الموجودة في الرسم البياني لتباين 1000 جينوم المستخدم للمحاذاة .

مقارنة مع طرق إضافية لتقليل التحيز المرجعي

قارنا vg بسير العمل الذي اقترحه [10] لتقليل التحيز المرجعي. تم تطبيق الطريقة التالية على كل من البيانات الحقيقية والمحاكاة. أولاً ، بالنسبة لكل عينة محاذاة لـ bwa ، اخترنا قراءات متداخلة مع تعدد الأشكال (SNPs) للأصول البشرية أو مع مجموعة بيانات 1000 جينوم. قمنا بعد ذلك بتعديل الأليل في هذه القراءات باستخدام البرنامج النصي "edit_read_alternative.py" ، الموزع مع [10] ، وأعدنا تعيينها باستخدام bwa aln إلى GRCh37 كما هو موضح أعلاه. ثم احتفظنا بالقراءات الأصلية التي تم تعيينها إلى نفس مكان القراءات المعدلة باستخدام "filter_sam_startpos_dict.py." قدرنا د- إحصائيات من المحاذاة المصفاة الناتجة كما هو موضح أعلاه.

قمنا أيضًا بمقارنة vg بسير عمل ثانٍ لإزالة التحيز المرجعي [15]. تمت محاذاة قراءات التسلسل المحاكاة مع bwa aln إلى نسختين من الجينوم المرجعي ، يحتوي أحدهما على أليلات مرجعية والآليل البديل الآخر. استخدمنا "bam-mergeRef" (https://github.com/StephanePeyregne/bam-mergeRef) لدمج المحاذاة الناتجة ، مع الاحتفاظ بإصدار واحد من القراءة إذا تم تعيينه إلى نفس المنطقة في كلتا المحاذاة ، وكذلك الاحتفاظ بالقراءات المعينة في محاذاة واحدة ولكن ليس في الآخر.


أساليب

وصف خوارزمية RaGOO ومقاييس التسجيل

يتوفر كود مصدر RaGOO الكامل ووثائقه على GitHub على https://github.com/malonge/RaGOO ويتم إصداره بموجب ترخيص MIT. تمت كتابة RaGOO بلغة Python3 وتستخدم حزم python interaltree و numpy. يعتمد أيضًا على Minimap2 المتوفر على GitHub على https://github.com/lh3/minimap2. يأتي RaGOO أيضًا مرفقًا بتطبيق Assemblytics لتحليل التباين الهيكلي.

نظرة عامة على خوارزمية السقالات

يستخدم RaGOO المحاذاة إلى الجينوم المرجعي لتجميع وترتيب وتوجيه contigs لتشكيل جزيئات زائفة. يستدعي RaGOO داخليًا Minimap2 ، مع ك- تم ضبط كل من الحجم وحجم النافذة على 19 نقطة أساس ، للحصول على التعيينات اللازمة للكونتيج لجينوم مرجعي. بشكل افتراضي ، تتم إزالة أي محاذاة يقل طولها عن 1 كيلو بايت. لتجميع contigs في مجموعات كروموسوم ، يتم تعيين كل contig للكروموسوم المرجعي الذي يغطي أكثر. يتم تعريف التغطية هنا على أنها العدد الإجمالي لأزواج قاعدة الكروموسوم المرجعي المغطاة في محاذاة واحدة على الأقل. بعد ذلك ، لكل مجموعة جزيء كاذب ، يتم ترتيب contigs في تلك المجموعة وتوجيهها بالنسبة إلى بعضها البعض. للقيام بذلك ، يتم فحص أطول محاذاة (أولية) لكل كونتيج للكروموسوم المرجعي المخصص لها. يتم الترتيب من خلال فرز هذه المحاذاة الأولية من خلال موضع محاذاة البداية ثم النهاية في المرجع. أخيرًا ، يتم تعيين اتجاه هذا contig إلى اتجاه محاذاة الأولية. لإنتاج جزيئات زائفة ، يتم توصيل contigs المرتبة والموجهة ، مع وضع حشوة من الأحرف "N" بين contigs.

درجات الثقة في السقالات

يتم تعيين درجة ثقة بين 0 و 1 لكل contig لكل مرحلة من المراحل الثلاث الموضحة أعلاه. ال تجميع نقاط الثقة هو عدد الأزواج الأساسية التي تغطيها كونتيج في الكروموسوم المرجعي المخصص لها مقسومًا على العدد الإجمالي للأزواج الأساسية المغطاة في الجينوم المرجعي بأكمله. لإنشاء مقياس مرتبط بثقة الطلب المستمر ، حددنا أ ثقة الموقع. أولاً ، تم العثور على أصغر وأكبر مواضع محاذاة ، فيما يتعلق بالمرجع ، بين كونتيج والكروموسوم المرجعي المخصص لها. ثم يتم حساب ثقة الموقع على أنها عدد الأزواج الأساسية المغطاة في هذا النطاق مقسومًا على العدد الإجمالي للأزواج الأساسية في النطاق. أخيرًا ، لحساب ثقة التوجه، كل زوج أساسي في كل محاذاة بين contig والكروموسوم المرجعي المخصص له يلقي تصويتًا على اتجاه محاذاة. ثقة التوجه هي عدد الأصوات للتوجه المعين للكونتيج مقسومًا على إجمالي عدد الأصوات.

التصحيح الوهمي

قبل التجميع والترتيب والتوجيه ، يوفر RaGOO خيار كسر contigs والتي قد تكون خيالية كما هو موضح من خلال المحاذاة المتعارضة مع المرجع. يمكن لـ RaGOO تحديد وتصحيح كل من contigs الوراثي بين الكروموسومات وداخل الكروموسومات. إن contigs الكيمري بين الكروموسومات عبارة عن contigs لها محاذاة كبيرة لاثنين من الكروموسومات المرجعية المتميزة. لتحديد هذه contigs وكسرها ، يتم النظر في جميع المحاذاة الخاصة بـ contig. تتم إزالة المحاذاة الأقل من 10 كيلو بايت ، ويتم ترشيح المحاذاة المتبقية كمرساة فريدة [25]. إذا كانت هناك حالات متعددة حيث تغطي 5٪ على الأقل من إجمالي أطوال المحاذاة 100 كيلو بايت على الأقل من كروموسوم مرجعي مميز ، فإن كونتيج يعتبر خيمريًا. لكسر contig ، يتم فرز المحاذاة فيما يتعلق ببداية contig ، ثم مواضع النهاية ، ويتم كسر contig حيث تنتقل المحاذاة المصنفة بين الكروموسومات المرجعية.

إن contigs الكيمري داخل الكروموسومات عبارة عن contigs لها محاذاة كبيرة للمواقع البعيدة على نفس الكروموسوم المرجعي. كما هو الحال مع contigs الكيمري بين الكروموسومات ، يبدأ تحديد وتكسير contigs الكيمري داخل الكروموسومات بإزالة المحاذاة القصيرة وغير الفريدة. يتم فرز المحاذاة المتبقية فيما يتعلق بموضع البداية ثم النهاية في الكروموسوم المرجعي. بعد ذلك ، يتم حساب المسافة الجينومية بين المحاذاة المتتالية ، فيما يتعلق بالمرجع والتواصل. إذا تجاوز أي من هذه المسافات العتبات المحددة من قبل المستخدم ، فسيتم قطع الاتصال بين المحاذاة التي تكون المسافة الكبيرة بينهما. يمكن أن يحدث كسر واحد فقط داخل الكروموسومات وواحد بين الكروموسومات لكل كونتيج لكل تنفيذ للبرنامج. الأهم من ذلك ، أن جميع المعايير المذكورة أعلاه لكسر contigs هي معلمات قابلة للضبط في برنامج RaGOO. يتيح ذلك للمستخدمين تحديد حجم الاختلاف الهيكلي بين التجميع والمرجع لاعتباره خطأ. يجب استخدام تصحيح الكونتج الكيمري فقط في الحالات التي يكون فيها المستخدم واثقًا من أن مثل هذه الاختلافات الهيكلية الكبيرة بين التجميع والمرجع من المرجح أن تكون عمليات تجميع خاطئة أكثر من المتغيرات الهيكلية الحقيقية واسعة النطاق. ننصح المستخدمين بالتحقق من صحة تصحيح سوء التجميع ببيانات مستقلة للمساعدة في ضمان عدم إخفاء التباين الحقيقي.

سقالات نبات الأرابيدوبسيس thaliana والجينوم البشري

من 103 لدينا A. thaliana التجميعات ، سلطنا الضوء على دقة وقت التشغيل والسقالات للتجميع الذي يمثل انضمام TFÄ 04 (SRR1945711). تم تجميع هذا التجميع باستخدام SPAdes (انظر أدناه) وكان به سقالة N50 تبلغ 120،255 نقطة أساس بإجمالي حجم 115،803،138 زوجًا قاعديًا [43]. بالإضافة إلى ذلك ، لإثبات السقالات لجينوم بحجم الثدييات ، استخدمنا RaGOO لترتيب وتوجيه مجموعة Canu البشرية المختلطة من النمط الفرداني المستمدة من Pacific Biosciences يقرأ CCS. كان لهذا التجمع البشري كونتيج N50 يبلغ 22،778،121 نقطة أساس وبإجمالي حجم 3،418،171،375 نقطة أساس. لكل من TFÄ 04 والتجمعات البشرية ، تم استخدام معلمات RaGOO الافتراضية وتم تشغيل البرنامج مع 8 خيوط ("-t 8"). تم استخدام الجينوم المرجعي TAIR 10 و hs37d5 لسقالة TFÄ 04 والتجمعات البشرية ، على التوالي. اكتمل RaGOO في 12.576 ثانية و 12 دقيقة و 33.090 ثانية لـ TFÄ 04 والإنسان ، على التوالي. تم إجراء dotplots لكلا التجميعين عن طريق محاذاة جزيئات RaGOO الزائفة مع الجينومات المرجعية ذات الصلة باستخدام nucmer (-l 200 -c 500). تم ترشيح المحاذاة باستخدام مرشح دلتا (-1-لتر 20000) ، وتم عمل المؤامرات باستخدام Mummerplot (-fat). تظهر فقط الكروموسوم النووي والمتواليات غير البديلة في dotplots.

سقالات مقلدة موجهة مرجعية

مقلد S. lycopersicum تم إنشاء مشروع تجميع الجينوم عن طريق تقسيم الجينوم المرجعي Heinz SL3.0 ، باستثناء الكروموسوم 0 ، إلى سقالات متغيرة الطول. تم تحديد الفواصل الزمنية على طول كل كروموسوم على التوالي ، مع كل طول فاصل يتم رسمه بشكل عشوائي من توزيع أطوال M82 Canu contig المرصودة. ثم تم استخدام Bedtools [47] لاسترداد التسلسل المرتبط بهذه الفواصل الزمنية. أخيرًا ، تمت إزالة السقالات المحاكاة بأكثر من 50٪ حرف "N" ، وتم استكمال نصف contigs المتبقية بشكل عشوائي. تم اشتقاق مجموعة محاكاة ثانية تحتوي على contigs ، بدلاً من سقالات ، من هذه السقالات المحاكاة. تم كسر السقالات عند أي امتداد من الأحرف "N" أطول من أو يساوي 20 نقطة أساس ، باستثناء تسلسل الفجوة. تم أيضًا استبعاد أي contigs ناتج يقل طوله عن 10 كيلو بايت. نطلق على هذا الزوج من التجميعات المحاكاة المجموعة "السهلة" من البيانات المحاكاة. لمحاكاة مجموعة "صلبة" من البيانات ، بدأنا بنفس السقالات "السهلة" وإضافة التباين. للقيام بذلك ، استخدمنا SURVIVOR لمحاكاة 10000 indels يتراوح حجمها من 20 نقطة أساس إلى 10 كيلو بايت في الثانية. أضفنا أيضًا SNPs بمعدل 1٪. مرة أخرى ، قمنا بتقسيم هذه السقالات إلى contigs مما أدى إلى زوج من التجميعات المحاكاة "الصلبة".

نظرًا لهذه السقالات المحاكاة "السهلة" و "الصلبة" و contigs ، فقد تم استخدام أداة RaGOO و Chromosomer و MUMmer الخاصة بـ "عرض البلاط" للسقالات الموجهة المرجعية. بالنسبة إلى RaGOO ، تم إيقاف تشغيل فصل الوهم ، وتم استخدام المعلمات الافتراضية باستثناء مقدار الحشو ، الذي تم تعيينه على صفر. استخدم الكروموسوم محاذاة Blast مع المعلمات الافتراضية. بالإضافة إلى ذلك ، تم تعيين "نسبة خريطة التجزئة" على 1.05 ، وتم تعيين مقدار المساحة المتروكة على صفر. إظهار التجانب استخدام المعلمات الافتراضية. نظرًا لأن RaGOO و Chromosomer يعتمدان على المحاذاة التي تسمح بتعدد مؤشرات الترابط ، تم تشغيل كلتا الأداتين بثمانية خيوط ، بينما تم تشغيل تبليط العرض بخيط واحد.

سجلنا قياسات مختلفة لتقييم نجاح هذه الأدوات في ترتيب وتوجيه التجميعات المحاكاة. أولاً ، لاحظنا وقت التشغيل والنسبة المئوية للكونتيج الموضعية والنسبة المئوية للتسلسل المحلي. لتقييم دقة التجميع والتوجيه ، نقيس النسبة المئوية للكونتيجات المحلية التي تم تخصيص الكتلة والتوجيه الصحيحين لها ، على التوالي. أخيرًا ، استخدمنا قياسين لتقييم دقة الترتيب لكل جزيء كاذب. الأول هو مسافة التعديل بين الترتيب الحقيقي والمتوقع لل contigs. تمت تسوية مسافة التحرير هذه بالقسمة على إجمالي عدد contigs بالترتيب الصحيح. كان قياس دقة الترتيب الثاني هو النسبة المئوية للأزواج المتجاورة الصحيحة.

بيانات تسلسل الطماطم

المواد النباتية وظروف النمو

بذور S. lycopersicum كان الصنف M82 (LA3475) من مخزوننا الخاص. بذور S. pimpinellifolium تم توفير الانضمام BGV006775 من قبل E. van der Knaap ، جامعة جورجيا. بذور S. lycopersicum خط التكاثر Fla.8924 كان من مخزون S. Hutton ، جامعة فلوريدا. زرعت البذور ونبتت مباشرة في التربة في مسطحات بلاستيكية مكونة من 96 خلية ونمت في ظل ظروف طويلة الأمد (16 ساعة فاتحة / 8 ساعات مظلمة) لمدة 21 يومًا في صوبة تحت الضوء الطبيعي مع ضوء اصطناعي من الضغط العالي لمبات الصوديوم (

250 ميكرولتر م 2 ثانية 1). كانت درجات الحرارة خلال النهار والليل 26-28 °ج و 18-20 °C على التوالي مع رطوبة نسبية 40-60٪.

تسلسل الجينوم والنسخة

تم تنزيل بيانات قراءة Genomic Illumina لـ BGV006775 من قاعدة بيانات أرشيف قراءة تسلسل NCBI (SRA) (الانضمام SRS3394566). قراءة Genomic Illumina البيانات عن Fla تم توفير 8924 (Lee et al. [33]) بواسطة S. Hutton ، جامعة فلوريدا. تم تنزيل بيانات قراءة Illumina لجميع النصوص من ftp://ftp.solgenomics.net/user_requests/LippmanZ/public_releases/by_experiment/Park_etal/ [SeSo1] ftp://ftp.solgenomics.net/transcript_sequences/by_species/Solanum_lycopers/ illumina / LippmanZ / [SeSo2] http://solgenomics.net/ [SeSo3]. [SeSo4] [ZBL5].

جمع الأنسجة واستخراج الحمض النووي عالي الوزن الجزيئي

لاستخراج الحمض النووي عالي الوزن الجزيئي ، تم جمع الأوراق الصغيرة من شتلات خفيفة يبلغ عمرها 21 يومًا. قبل جمع الأنسجة ، تم تحضين الشتلات في ظلام دامس لمدة 48 ساعة. تم طحن الأنسجة النباتية المجمدة باستخدام الهاون والمدقة واستخراجها في خمسة مجلدات من المخزن المؤقت لاستخراج الثلج البارد 1 (0.4 M سكروز ، 10 ملي تريس- حمض الهيدروكلوريك pH 8 ، 10 ملي MgCl2، و 5 ملي 2-مركابتويثانول). تم تحضين المستخلصات على شكل دوامة لفترة وجيزة ، وحضنتها على الجليد لمدة 15 دقيقة ، وترشيحها مرتين من خلال طبقة واحدة من Miracloth (Millipore Sigma). تم طرد الترشيح عند 4000 دورة في الدقيقة لمدة 20 دقيقة عند 4 °تم إعادة تعليق C ، والكريات بلطف في 1 مل من محلول الاستخراج المؤقت 2 (0.25 M سكروز ، 10 ملي مولار Tris-HCl pH 8 ، 10 ملي MgCl2، 1٪ Triton X-100 ، و 5 ملي 2-مركابتويتانول). تم جمع الكريات النووية الخام بالطرد المركزي عند 12000ز لمدة 10 دقائق في 4 °C وغسلها عن طريق إعادة التعليق في 1 مل من محلول الاستخلاص 2 متبوعًا بالطرد المركزي عند 12000ز لمدة 10 دقائق في 4 °تم إعادة تعليق الكريات النووية في 500 ميكرولتر من محلول الاستخلاص المؤقت 3 (1.7 مولار سكروز ، 10 ملي مولار تريس- حمض الهيدروكلوريك pH 8 ، 0.15٪ Triton X-100 ، 2 ملي مولار MgCl2، و 5 ملي 2-مركابتويثانول) ، ذو طبقات أكثر من 500 ميكرولتر من محلول استخلاص مؤقت 3 ، وطرد مركزيًا لمدة 30 دقيقة عند 16000ز في 4 °تم إعادة تعليق النوى في 2.5 مل من محلول تحلل النوى (0.2 مولار تريس pH 7.5 ، 2 مول كلوريد الصوديوم ، 50 ملي مولار EDTA ، و 55 ملي مولار CTAB) و 1 مل من محلول ساركوسيل 5٪ وحضنت عند 60 °C لمدة 30 دقيقة. لاستخراج الحمض النووي ، تم خلط المستخلصات النووية برفق مع 8.5 مل من محلول كلوروفورم / كحول أيزو أميل (24: 1) وتدويرها ببطء لمدة 15 دقيقة. بعد الطرد المركزي عند 4000 دورة في الدقيقة لمدة 20 دقيقة ،

تم نقل 3 مل من الطور المائي إلى أنابيب جديدة وخلطها مع 300 ميكرولتر من 3 مولار NaOAC و 6.6 مل من الإيثانول المثلج. تم نقل خيوط الحمض النووي المترسبة إلى أنابيب جديدة سعة 1.5 مل وغسلها مرتين باستخدام 80 ٪ من الإيثانول المثلج. تم إذابة خيوط الحمض النووي المجففة في 100 ميكرولتر من محلول الشطف (10 ملي مولار تريس- حمض الهيدروكلوريك ، الرقم الهيدروجيني 8.5) طوال الليل عند 4 °تم تقييم الجودة والكمية والحجم الجزيئي لعينات الحمض النووي باستخدام Nanodrop (Thermofisher) و Qbit (Thermofisher) والهلام الكهربائي للحقل النبضي (CHEF Mapper XA System ، Biorad) وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة.

إعداد مكتبة Nanopore وتسلسلها

تم قص الحمض النووي إلى 30 كيلو بايت باستخدام Megarupter أو 20 كيلو بايت باستخدام أنابيب Covaris g. تم إجراء إصلاح الحمض النووي والإعداد النهائي باستخدام مجموعات New England Biosciences NEBNext FFPE DNA Repair Kit ومجموعة Ultra II End-Prep. تمت تنقية الحمض النووي باستخدام حبة تنظيف 1 × AMPure XP. بعد ذلك ، تم إجراء ربط الحمض النووي باستخدام NEBNext Quick T4 DNA Ligase ، متبوعًا بتنظيف حبة AMPure XP آخر. تم إعادة تعليق الحمض النووي في محلول شطف وتسلسله وفقًا لبروتوكول MinION القياسي.

10 × إعداد وتسلسل مكتبة علم الجينوم

تم استخدام 1.12 نانوغرام من gDNA عالي الوزن الجزيئي كمدخل لمجموعة 10 × Genomics Chromium Genome kit v2 والمكتبات التي أعددناها وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة. كان متوسط ​​حجم المكتبات النهائية ، بعد ربط المحول والقص ، 626 نقطة أساس وتم تسلسلها على جهاز Illumina HiSeq ، 2500 2 × 250 نقطة أساس.

إعداد مكتبة Hi-C وتسلسلها

تم إجراء استخراج الحمض النووي وبناء المكتبة والتسلسل لتحليلات Hi-C بواسطة Phase Genomics (سياتل ، واشنطن) وتم إجراؤها وفقًا لبروتوكولات المورد. تم لف الأوراق الصغيرة من الشتلات التي يبلغ عمرها 21 يومًا والشتلات المحتضنة مظلمة لمدة 48 ساعة في ورق مناديل مبللة وشحنها على الجليد بين عشية وضحاها.

تجميع دي نوفو الأولي لجينومات الطماطم

تم تجميع بيانات تسلسل Oxford Nanopore لـ M82 و BGV و FLA باستخدام Canu. لجميع التجميعات الثلاثة ، تم استخدام المعلمات الافتراضية مع ضبط حجم الجينوم المتوقع على 950 ميجابت في الثانية. تم تقديم التجميعات إلى مجموعة UGE في مختبر Cold Spring Harbour للحوسبة المتوازية. بعد التجميع ، تم تحديد أن مجموعة M82 تحتوي على تلوث بكتيري. لإزالة الملوثات البكتيرية من التجميع ، تمت محاذاة contigs Canu لجميع الجينومات البكتيرية RefSeq (تم تنزيلها في 7 يونيو 2018) بالإضافة إلى الجينوم المرجعي Heinz SL3.0. إذا غطى كونتيج عددًا أكبر من أزواج قاعدة الجينوم البكتيري RefSeq أكثر من أزواج القاعدة SL3.0 ، فسيتم اعتباره ملوثًا وإزالته من التجميع.في هذا البحث ، يشير "M82 Canu contigs" إلى contigs كانو بعد إزالة الملوثات.

سقالات مرجعية وخالية من المراجع لجينومات الطماطم

تم طلب contigs M82 Canu وتوجيهه إلى جزيئات زائفة باستخدام RaGOO و Chromosomer و Nucmer's "show-tiling". تم استخدام مرجع Heinz SL3.0 ، مع إزالة الكروموسوم 0 ، لجميع الأدوات. استخدم RaGOO ثمانية خيوط مع تشغيل التصحيح الوهمي المتجاور وضبط حجم حشوة الفراغ على 200 نقطة أساس. كما أصدرنا تعليمات لـ RaGOO بتخطي ثلاثة contigs والتي كانت ذات درجات منخفضة في دقة التجميع. استخدم الكروموسوم ثمانية خيوط لمحاذاة بلاست. تم ضبط نسبة خريطة تجزئة الكروموسوم على 1.05 ، وتم ضبط حجم حشوة الفجوة على 200 نقطة أساس. تم استخدام المعلمات الافتراضية لتبليط العرض.

للحصول على سقالات خالية من المرجع لتجميع M82 ، 46،239،525،282 نقطة أساس (

تمت محاذاة تغطية 60 × لـ contigs M82 Canu) من 2 × 101 قراءات تسلسل Hi-C مع contigs M82 Canu مع ذاكرة BWA باستخدام العلم "-5" [48]. تمت تصفية القراءات المحاذاة بعد ذلك باستخدام "عرض samtools" لتشمل المحاذاة حيث يتم محاذاة كلا رفيقي الزوج كمحاذاة أولية غير تكميلية (-F 2316) [49]. ثم استخدم SALSA2 هذه المحاذاة جنبًا إلى جنب مع الرسم البياني للتجميع M82 Canu لبناء السقالات. تم تعيين علامة SALSA2 "-m" أيضًا على "نعم" من أجل تصحيح التجميعات الخاطئة في contigs M82 ، وتم ضبط حجم الجينوم المتوقع على 800 ميجابت في الثانية. أخيرًا ، قمنا بتعيين "-e GATC" لتتوافق مع استخدام Sau3AI في مكتبة Hi-C. تتألف سقالات SALSA2 من 2065 سقالة وكان N50 يبلغ 18،282،950 نقطة أساس وبإجمالي حجم 827،545،698 نقطة أساس.

تم تقييم الدقة الهيكلية للجزيئات الزائفة M82 RaGOO وسقالات SALSA2 باستخدام مخططات نقطية ومخططات كثافة Hi-C. بالنسبة إلى dotplots ، تمت محاذاة كلا التسلسلين مع مرجع Heinz SL3.0 (مع إزالة الكروموسوم 0) باستخدام Minimap2 باستخدام المعلمة "-ax asm5". تم استبعاد المحاذاة التي يقل طولها عن 12 كيلو بايت. بالنسبة إلى التصور المرئي Hi-C ، تمت محاذاة نفس بيانات Hi-C الموصوفة سابقًا لكلا التسلسل باستخدام نفس المعلمات التي تم استخدامها في SALSA2. ثم تم تصور هذه المحاذاة مع Juicebox [50]. تم استبعاد أصحاب Hi-C الذين تم تعيينهم لنفس جزء التقييد من التصور.

باستخدام نفس المعلمات مثل M82 ، تم استخدام RaGOO أيضًا لترتيب وتوجيه مجموعات FLA و BGV Canu. خضعت BGV لجولتين من التصحيح الوهمي. تمت مقارنة المتغيرات الهيكلية التجميعية لكل مجموعة مع "دمج SURVIVOR" ، مع تعيين "أقصى مسافة بين نقاط التوقف" على 1 كيلو بايت. تم استبعاد المتغيرات في الكروموسوم 0 لمرجع SL3.0 وكذلك المتغيرات التي امتدت أكثر من 10 ٪ من الفجوات من تحليل المتغير الهيكلي.

تصحيح الجينوم وتلميع الطماطم

تم تصحيح الجزيئات الزائفة M82 RaGOO يدويًا من أجل التجميع الخاطئ و / أو التحيز المرجعي. تم تحديد التصحيحات اليدوية من خلال تصور محاذاة Hi-C لجينوم M82 الموصوف في الأقسام السابقة. أولاً ، تمت إزالة ثلاثة contigs مع محاذاة زائفة من الجزيئات الزائفة. بعد ذلك ، باستخدام Juicebox Assembly Tools ، تم تصحيح خطأ انعكاس على الكروموسوم 3 وتم تصحيح خطأين في الترتيب ، أحدهما على الكروموسوم 7 والآخر على الكروموسوم 11. يمكن العثور على ملف ".assembly" المرتبط بهذه التعديلات اليدوية في الملف الإضافي 7 تم إجراء ملء الفجوة وتلميعها على جزيئات RaGOO الزائفة لمدخلات الطماطم M82 و FLA و BGV. لكل تجميع ، تم استخدام جميع بيانات تسلسل Oxford Nanopore المستخدمة للتجميع لملء الفجوة باستخدام PBJelly.

بعد سد الفجوة ، سعينا لإيجاد استراتيجية صقل الجينوم الأكثر فاعلية في ضوء بياناتنا. استخدمنا مجموعة M82 المليئة بالفجوات كنقطة انطلاق لاختباراتنا. لتلميع هذا الجينوم ، استخدمنا بيانات أكسفورد النانوية الخام المستخدمة للتجميع بالإضافة إلى 10 × Genomics Illumina لقراءة تسلسل بندقية الصيد. قمنا بقص المحولات والبادئات (23 نقطة أساس من بداية القراءة 1) والقواعد منخفضة الجودة (40 نقطة أساس من نهايات القراءة 1 وقراءة 2) من بيانات الجينوم 10 × هذه. باستخدام هذه البيانات ، قمنا بمقارنة استراتيجيات تلميع متعددة باستخدام أدوات محاذاة وتلميع متنوعة. أولاً ، قمنا بفحص التجميعات المصقولة مع أو بدون صناعة النانو [51]. بالنسبة إلى Nanopolish ، تمت محاذاة مجموعة قراءة أكسفورد نانوبور الخام M82 مع مجموعة M82 مع Minimap2 باستخدام معلمة "map-ont". بعد ذلك ، قمنا بمقارنة التجميعات المصقولة بجولة أو جولتين من تلميع Pilon. لكل جولة من عمليات التلميع ، تم تقسيم بيانات Illumina عشوائيًا إلى تغطية 40 × قبل المحاذاة. أخيرًا ، قمنا بمقارنة bwa mem و Bowtie2 و ngm لمحاذاة القراءة القصيرة قبل تلميع Pilon [52 ، 53]. استخدمنا bwa mem و ngm مع المعلمات الافتراضية ، بينما تم تشغيل Bowtie2 بالمعامل "--local".

استخدمنا الأداة المساعدة "dnadiff" من MUMmer لمقارنة فعالية خطوط أنابيب التلميع هذه (ملف إضافي 3). لتحليل dnadiff ، تم تقسيم التجميعات المصقولة ومرجع SL3.0 إلى contigs عن طريق كسر التسلسلات عند فجوات تبلغ 20 نقطة أساس أو أكثر. بعد ذلك ، تمت محاذاة التجميعات إلى contigs المرجعي باستخدام nucmer باستخدام المعلمات "-l 100 -c 500 -maxmatch". بعد تحديد أن جولتين من تلميع Pilon باستخدام Bowtie2 أسفرتا عن أفضل النتائج ، طبقنا نفس خط الأنابيب على تجميعات BGV و FLA باستخدام

تم استخدام تغطية 26 × لبيانات قراءة قصيرة من Illumina ذات النهاية المزدوجة لـ BGV و FLA ، على التوالي. تم استخدام BUSCO لتقييم اكتمال الجينوم لتجمعات M82 و BGV و FLA المصقولة. تم استخدام قاعدة بيانات Solanaceae odb10 مع تعيين معلمة "الأنواع" على "الطماطم".

أخيرًا ، بحثنا عن الازدواجية الزائفة التي تم إدخالها بعد ملء الفراغ باستخدام PBJelly ، حيث أبلغ آخرون عن مثل هذه الظواهر [54]. قمنا أولاً بفحص مجموعات M82 و BGV و FLA بعد ملء الفراغ ولكن قبل التلميع. باستخدام هذه التجميعات ، قمنا بتسمية المتغيرات الهيكلية فيما يتعلق بالجينوم المرجعي SL3.0 باستخدام Assemblytics (الحد الأدنى لطول المحاذاة الفريد الذي تم ضبطه على 10 كيلو بايت). ثم وجدنا كل "التوسعات الترادفية" (الازدواجية) التي تتقاطع مع الفجوات التي تم ملؤها بواسطة PBJelly. أخيرًا ، بالنسبة لأي توسعات ترادفية متقاطعة ، قمنا بحساب متوسط ​​تغطية قراءة ONT الأولية عبر المتغير. بالنسبة إلى FLA و BGV ، كان لجميع التوسعات الترادفية في الفجوات المملوءة دعم قراءة وافر (& gt 15 ×). بالنسبة إلى M82 ، كان هناك توسعتان مترادفتان لهما تغطية أقل من 1 ×. نظرًا لأن أحد المتغيرات كان يبلغ 7 نقاط أساس فقط فيما يتعلق بمجموعة M82 ، فقد حذفناها من هذا التحليل. امتد التمدد الترادفي الهامشي المتبقي 982 نقطة أساس وتم تعيينه بشكل مثالي لمجموعة M82 النهائية المصقولة باستخدام Minimap2 إلى M821.3ch09: 21470172-21471154.

شرح جينوم الطماطم

قمنا بتوضيح جينات ترميز البروتين في مجموعة M82 و FLA و BGV باستخدام خط أنابيب Maker v3.0 على Jetstream من خلال توفير تكرارات وتسلسلات cDNA كاملة الطول وبروتينات من مجموعة Heinz 1706 ITAG3.2 [55]. تم استبعاد التكرارات البسيطة ومنخفضة التعقيد وغير المصنفة من الإخفاء. بالإضافة إلى ذلك ، زودنا Maker بنسخة مرجعية M82 مشتقة من 50 مكتبة M82 RNA-seq. تمت محاذاة قراءات RNA-seq مع جينوم M82 باستخدام STAR ، وهي أداة محاذاة مدركة للالتصاق [56]. تم استخدام هذه المحاذاة لتجميع النصوص وإنشاء نسخة متفق عليها باستخدام StringTie و TACO ، على التوالي [57 ، 58]. قمنا بتشغيل Maker باستخدام معلمات est2genome مضبوطة على 1 ، وتعيين بروتين 2genome على 1 وتعيين keep_preds على 1 لإجراء شرح الجين. تمت تصفية نماذج الجينات منخفضة الإجماع مع درجة درهم إماراتي أعلى من 0.5 من النماذج الجينية التي تنبأ بها Maker. قمنا أيضًا بإزالة نماذج الجينات الأقصر من 62 نقطة أساس بعد عمليات القطع المستخدمة في شرح ITAG3.2. تم تعيين وظائف الجينات المفترضة لنماذج الجينات MAKER عبر تواقيع البروتين Interproscan والبحث عن تجانس البروتين blastp [18]. استفسر blastp عن قواعد بيانات البروتين UniProtKB / Swiss-Prot و Heinz 1706 ITAG3.2 ، مع تصفية المحاذاة مع ه قيمة أكبر من 1e − 05 [59]. قمنا أيضًا بتصفية الجينات التي لم يكن لها وظيفة جينية مرتبطة في Interproscan أو UniprotKB / Swiss-Prot أو ITAG3.2.

S. pennellii سقالات الجينوم

S. pennellii تم سقالة contigs مع كل من مرجع Heinz 1706 SL3.0 والمستقل S. pennellii الجينوم المرجعي باستخدام معلمات RaGOO الافتراضية واستبعاد الكروموسوم 0 من الكروموسومات المرجعية ("-e"). تمت محاذاة المجموعتين الناتجتين من الجزيئات الزائفة مع بعضهما البعض باستخدام Nucmer (-l 200 -c 500). تمت ترشيح المحاذاة الناتجة باستخدام مرشح دلتا (-l 50000 -1) وتم رسمها باستخدام mummerplot. تمت محاذاة الجينومين المرجعيين أيضًا مع بعضهما البعض باستخدام Nucmer (-l 50 -c 100) ، وتم ترشيح المحاذاة الناتجة باستخدام مرشح دلتا (-l 10000 -1) وتم رسمها باستخدام mummerplot.

تحليل المتغير الهيكلي أرابيدوبسيس

تم تعدين قاعدة بيانات الجينوم 1001 للمدخلات التي كان لها تغطية 50 × على الأقل لبيانات التسلسل المزدوج النهاية. لقد طلبنا أيضًا أن يكون طول القراءة 100 نقطة أساس على الأقل. لأسباب عملية ، استبعدنا المدخلات ذات التغطية المفرطة. لكل من المدخلات المتبقية ، تم تجميع ملفات fastq بشكل عشوائي من أجل تحقيق تغطية 50 × بالضبط. تم بعد ذلك تجميع القراءات الفرعية باستخدام مجمّع SPAdes ، باستخدام ك- تم ضبط الحجم الأصغر على 33 و 55 و 77 و 99 ، وإلا فإن المعلمات الافتراضية. تم بعد ذلك ترتيب مجموعات المسودات هذه وتوجيهها باستخدام RaGOO باستخدام المعلمات الافتراضية (بدون تصحيح كونتيج خيالي) والجينوم المرجعي TAIR 10 (GCA_000001735.1). قدم RaGOO أيضًا متغيرات هيكلية ، مع ضبط الحد الأدنى لحجم المتغير على 20 نقطة أساس. من التجمعات على نطاق الكروموسوم ، تمت إزالة عدد قليل من التجميعات بحجم جينوم أكبر من 150 ميجا بت في الثانية بسبب تلوث العينة المفترض. بعد هذا التصفية ، بقيت التجميعات والمكالمات المتغيرة الهيكلية لـ 103 مدخلات.

تم التخلص من المتغيرات التي تم استدعاؤها في الكروموسوم 0 أو كروموسومات البلاستيدات الخضراء / الميتوكوندريا. أيضًا ، تم استبعاد المتغيرات التي تحتوي على أكثر من 10٪ تداخل مع فجوة. للعثور على متغيرات فريدة عبر عينات متعددة ، تم استخدام دمج SURVIVOR بحيث يكون المتغير موجودًا فقط في عينة واحدة على الأقل حتى يتم الإبلاغ عنه. لذلك ، بالنظر إلى جميع العينات البالغ عددها 103 ، أدى ذلك إلى اتحاد جميع المتغيرات الموجودة في عموم الجينوم. للعثور على المتغيرات المشتركة عبر عينات متعددة ، تم استخدام دمج SURVIVOR بحيث يجب أن يكون المتغير موجودًا في جميع العينات ليتم الإبلاغ عنها. قدم هذا بشكل فعال تقاطع المتغيرات في عموم الجينوم. في جميع حالات استخدام دمج SURVIVOR ، تم ضبط "أقصى مسافة بين نقاط التوقف" على 1 كيلو بايت. أيضًا ، تم أخذ حبلا SV في الاعتبار ، بينما لم يتم تقدير المسافة بناءً على حجم المتغير. أخيرًا ، تم ضبط الحد الأدنى لحجم المتغير على 20 نقطة أساس ليكون متسقًا مع معلمات RaGOO. تم استخدام Bedtools لإيجاد تقاطعات متغيرة / جينية.


الزبائن الذين شاهدوا هذه السلعة شاهدوا أيضا


محتويات

تم افتراض وجود الكائنات الحية الدقيقة لعدة قرون قبل اكتشافها الفعلي. تم افتراض وجود حياة ميكروبيولوجية غير مرئية من قبل الجاينية التي تستند إلى تعاليم مهافيرا في وقت مبكر من القرن السادس قبل الميلاد. [7] يلاحظ بول دونداس أن مهافيرا أكدت وجود كائنات ميكروبيولوجية غير مرئية تعيش في الأرض والماء والهواء والنار. [8] تصف كتب جاين المقدسة nigodas وهي كائنات شبه مجهرية تعيش في مجموعات كبيرة ولديها حياة قصيرة جدًا ، يقال إنها تنتشر في كل جزء من الكون ، حتى في أنسجة النباتات ولحوم الحيوانات. [9] أشار الروماني ماركوس تيرينتيوس فارو إلى الميكروبات عندما حذر من وضع مسكن بالقرب من المستنقعات "لأن هناك كائنات دقيقة معينة لا يمكن رؤيتها بالعينين ، والتي تطفو في الهواء وتدخل الجسم من خلال والفم والأنف وبالتالي يسببان أمراضا خطيرة ". [10]

في العصر الذهبي للحضارة الإسلامية ، افترض العلماء الفارسيون وجود الكائنات الحية الدقيقة ، مثل ابن سينا ​​في كتابه قانون الطبوابن زهر (المعروف أيضًا باسم Avenzoar) الذي اكتشف عث الجرب ، والرازي الذي أعطى أقدم وصف معروف للجدري في كتابه. الحياة الفاضلة (الحاوي). [11]

في عام 1546 ، اقترح جيرولامو فراكاستورو أن الأمراض الوبائية ناتجة عن كيانات شبيهة بالبذور يمكن نقلها يمكن أن تنقل العدوى عن طريق الاتصال المباشر أو غير المباشر ، أو انتقال المركبات. [12]

في عام 1676 ، لاحظ أنتوني فان ليفينهوك ، الذي عاش معظم حياته في دلفت بهولندا ، البكتيريا والكائنات الحية الدقيقة الأخرى باستخدام مجهر أحادي العدسة من تصميمه. [17] [2] وهو يعتبر أبًا لعلم الأحياء الدقيقة حيث كان رائدًا في استخدام مجاهر بسيطة أحادية العدسة من تصميمه الخاص. [17] في حين أن فان ليوينهوك غالبًا ما يُستشهد به باعتباره أول من لاحظ الميكروبات ، قام روبرت هوك بأول ملاحظة مجهرية مسجلة له ، عن الأجسام المثمرة للقوالب ، في عام 1665. [20] ومع ذلك ، فقد اقترح أن كاهنًا يسوعيًا دعا كان أثناسيوس كيرشر أول من لاحظ الكائنات الحية الدقيقة. [21]

كان كيرشر من أوائل من صمموا الفوانيس السحرية لأغراض العرض ، لذلك لا بد أنه كان على دراية جيدة بخصائص العدسات. [21] كتب "فيما يتعلق بالبنية الرائعة للأشياء في الطبيعة ، تحقق بواسطة المجهر" في عام 1646 ، مشيرًا إلى "من يعتقد أن الخل والحليب يكثران مع عدد لا يحصى من الديدان". كما أشار إلى أن المادة المتعفنة تمتلئ بعدد لا يحصى من جزيئات الحيوانات الزاحفة. نشر له سكروتينيوم بيستيس (فحص الطاعون) في عام 1658 ، موضحًا بشكل صحيح أن المرض ناجم عن الميكروبات ، على الرغم من أن ما رآه كان على الأرجح خلايا الدم الحمراء أو البيضاء بدلاً من عامل الطاعون نفسه. [21]

تأسس مجال علم الجراثيم (فيما بعد فرع من علم الأحياء الدقيقة) في القرن التاسع عشر من قبل فرديناند كوهن ، عالم النبات الذي قادته دراساته على الطحالب والبكتيريا الضوئية إلى وصف العديد من البكتيريا بما في ذلك عصية و Beggiatoa. كان كوهن أيضًا أول من صاغ مخططًا للتصنيف التصنيفي للبكتيريا ، واكتشاف الأبواغ الداخلية. [22] لويس باستير وروبرت كوخ كانا معاصرين لكون ، وكثيرًا ما يعتبران آباء علم الأحياء الدقيقة الحديث [21] وعلم الأحياء الدقيقة الطبية ، على التوالي. [23] اشتهر باستير بسلسلة تجاربه المصممة لدحض نظرية التوليد التلقائي المنتشرة على نطاق واسع في ذلك الوقت ، وبالتالي ترسيخ هوية علم الأحياء الدقيقة كعلم بيولوجي. [24] يعتبر Adrien Certes ، أحد طلابه ، مؤسس علم الأحياء الدقيقة البحرية. [25] صمم باستير أيضًا طرقًا لحفظ الطعام (بسترة) ولقاحات ضد العديد من الأمراض مثل الجمرة الخبيثة وكوليرا الطيور وداء الكلب. [2] يشتهر كوخ بمساهماته في نظرية الجراثيم للأمراض ، مما يثبت أن أمراضًا معينة كانت ناجمة عن كائنات دقيقة مُمْرِضة محددة. طور سلسلة من المعايير التي أصبحت تعرف باسم افتراضات كوخ. كان كوخ من أوائل العلماء الذين ركزوا على عزل البكتيريا في الثقافة النقية مما أدى إلى وصفه للعديد من البكتيريا الجديدة بما في ذلك السل الفطري، العامل المسبب لمرض السل. [2]

بينما يُعتبر باستور وكوخ غالبًا مؤسسي علم الأحياء الدقيقة ، فإن عملهم لم يعكس بدقة التنوع الحقيقي لعالم الميكروبات بسبب تركيزهم الحصري على الكائنات الحية الدقيقة ذات الصلة الطبية المباشرة. لم يتم الكشف عن النطاق الحقيقي لعلم الأحياء الدقيقة إلا في أواخر القرن التاسع عشر وأعمال مارتينوس بيجيرينك وسيرجي وينوجرادسكي. [2] قدم Beijerinck مساهمتين رئيسيتين في علم الأحياء الدقيقة: اكتشاف الفيروسات وتطوير تقنيات الاستزراع المخصب. [26] بينما أسس عمله على فيروس موزاييك التبغ المبادئ الأساسية لعلم الفيروسات ، كان تطويره لزراعة التخصيب هو الذي كان له الأثر المباشر على علم الأحياء الدقيقة من خلال السماح بزراعة مجموعة واسعة من الميكروبات ذات فسيولوجيا مختلفة تمامًا. كان Winogradsky أول من طور مفهوم chemolithotrophy وبالتالي كشف الدور الأساسي الذي تلعبه الكائنات الحية الدقيقة في العمليات الجيوكيميائية. [27] كان مسئولاً عن أول عزل ووصف لكل من البكتيريا الآزوتية والمثبتة للنيتروجين. [2] شارك عالم الأحياء الدقيقة الفرنسي الكندي فيليكس ديهيريل في اكتشاف العاثيات عام 1917 وكان من أوائل علماء الأحياء الدقيقة التطبيقيين. [28]

كان جوزيف ليستر أول من استخدم مطهر الفينول على الجروح المفتوحة للمرضى. [29]


شرالية شاملة

على الرغم من وجود العديد من الكتب حول موضوع الكيمياء اللولبية ، إلا أنها تغطي لفترة وجيزة التركيب والتحليل المترابط كجزء صغير من عمل أكبر ، حتى الآن لا يوجد أي منها يجمع المعلومات الأساسية وأحدث التطورات في عمل مرجعي شامل واحد. يوفر Chirality الشامل نظرة عامة كاملة عن المجال ، ويتضمن بحثًا مراوانًا متعلقًا بالتوليف والكيمياء التحليلية والحفز والمستحضرات الصيدلانية. توفر الفصول الفردية في كل من المجلدات التسعة مراجعة متعمقة ومجموعة من المراجع حول التعريف والتكنولوجيا والتطبيقات ودليل / روابط إلى الأدبيات ذات الصلة. سواء في بيئة أكاديمية أو مؤسسية ، ستشكل هذه الفصول مصدرًا لا يقدر بثمن للطلاب / الباحثين المتقدمين الجدد في منطقة ما وأولئك الذين يحتاجون إلى مزيد من الخلفية أو إجابات لمشكلة معينة ، لا سيما في تطوير الأدوية.

على الرغم من وجود العديد من الكتب حول موضوع الكيمياء اللولبية ، إلا أنها لا تغطي إلا لفترة وجيزة التوليف والتحليل كجزء صغير من عمل أكبر ، حتى الآن لا يوجد أي منها يجمع المعلومات الأساسية وأحدث التطورات في عمل مرجعي شامل واحد. يوفر Chirality الشامل نظرة عامة كاملة عن المجال ، ويتضمن بحثًا مراوانًا ذا صلة بالتوليف والكيمياء التحليلية والحفز والمستحضرات الصيدلانية. توفر الفصول الفردية في كل من المجلدات التسعة مراجعة متعمقة ومجموعة من المراجع حول التعريف والتكنولوجيا والتطبيقات ودليل / روابط إلى الأدبيات ذات الصلة. سواء في بيئة أكاديمية أو مؤسسية ، ستشكل هذه الفصول مورداً لا يقدر بثمن للطلاب / الباحثين المتقدمين الجدد في منطقة ما وأولئك الذين يحتاجون إلى مزيد من الخلفية أو إجابات لمشكلة معينة ، لا سيما في تطوير الأدوية.


شاهد الفيديو: التحليل الجرثومي - منصة المستقبل العلمية - الدكتور مروان ميثم محمد. احياء مجهرية ومناعة سريرية (كانون الثاني 2022).