معلومة

البحث عن ترددات الطفرات حسب نوع السرطان


هل يوجد مكان به ترددات طفرات حسب نوع السرطان؟ لذلك إذا كنت أبحث عن CML أو AML أو حتى بشكل عام شيء مثل اللوكيميا. هل توجد قاعدة بيانات تحتوي على ترددات طفرات؟ حتى أستطيع أن أجد أنه في سرطان الدم ، احتوت 50٪ من السرطانات على طفرة T100G.

لقد بحثت في COSMIC ولكن لم يحالفني الحظ كثيرًا.


هناك ورقة واحدة تسمى "التغايرية الطفرية في السرطان والبحث عن جينات جديدة مرتبطة بالسرطان" من "أطلس جينوم السرطان" والتي يجب أن تكون ممتعة بالنسبة لك. يهدف هذا المشروع إلى رسم خريطة للطفرات التي تحدث في السرطانات المختلفة ، وإحدى النتائج هو هذا الرقم (من المرجع 1):

يحتوي المشروع نفسه على العديد من البيانات حول أنواع السرطان المختلفة المتاحة على موقع المشروع ، والتي يمكن العثور عليها في المرجع 2.

مراجع:

  1. التغايرية الطفرية في السرطان والبحث عن جينات جديدة مرتبطة بالسرطان
  2. موقع مشروع أطلس الجينوم السرطاني

CoMEt: نهج إحصائي لتحديد مجموعات من التعديلات المتنافية في السرطان

السرطان مرض غير متجانس مع توليفات مختلفة من التغيرات الجينية التي تقود تطوره لدى أفراد مختلفين. نقدم CoMEt ، وهي خوارزمية لتحديد مجموعات التعديلات التي تُظهر نمطًا من الحصرية المتبادلة بين الأفراد ، وغالبًا ما يتم ملاحظتها من أجل التعديلات في نفس المسار. يتضمن CoMEt اختبارًا إحصائيًا دقيقًا للحصرية المتبادلة وتقنيات لإجراء تحليل متزامن لمجموعات متعددة من التعديلات الخاصة بالنوع الفرعي والاستبعاد المتبادل. نبرهن على أن CoMEt يتفوق في الأداء على الأساليب الحالية في محاكاة البيانات الحقيقية. نطبق CoMEt على خمسة أنواع مختلفة من السرطان ، ونحدد كلاً من جينات ومسارات السرطان المعروفة ، وجينات السرطان المفترضة الجديدة.


مقدمة

مستقبلات عامل نمو الأرومة الليفية (FGFRs) محفوظة بشكل كبير ، ومستقبلات التيروزين كيناز عبر الغشاء موزعة على نطاق واسع. يشاركون في التنمية ، والتمايز ، وبقاء الخلية ، والهجرة ، وتكوين الأوعية الدموية ، والتسرطن (1). في البشر ، هناك أربعة FGFRs هي مستقبلات التيروزين كيناز النموذجية (FGFR1-4) ، وواحد يفتقر إلى مجال كيناز التيروزين داخل الخلايا (FGFRL1 أو FGFR5). هناك أيضًا 18 رابطًا بشريًا لـ FGFRs ، والتي تُعرف باسم عوامل نمو الخلايا الليفية (1). عندما ترتبط FGFs بمستقبلاتها المتشابهة ، تتناقص المستقبلات ، مما يؤدي إلى الفسفرة داخل الخلايا لنطاقات مستقبلات كيناز ، وسلسلة من الإشارات داخل الخلايا ، ونسخ الجينات (2). إشارة FGF / FGFRs من خلال العديد من المسارات داخل الخلايا ، بما في ذلك مسار Ras / Raf / MEK و phosphatidylinositol-4،5-bisphosphate 3-kinase (PI3K) –Akt pathway (1). تشترك جميع FGFRs الأربعة في التماثل الهيكلي مع مستقبلات عامل النمو البطاني الوعائي (VEGFR) ، ومستقبلات عامل النمو المشتق من الصفائح الدموية (PDGFR) ، ومستقبلات التيروزين كيناز الأخرى ، والتي لها آثار على العلاج الدوائي (2).

لوحظت انحرافات محددة في نسبة من سرطانات معينة [على سبيل المثال ، FGFR3 الطفرات في سرطان المثانة (3) و FGFR1 التضخيم في سرطان الخلايا الحرشفية الرئة (4)]. من المحتمل أن تكون بعض تشوهات FGFR هذه انحرافات "السائق". هناك أيضًا دليل على أن التغييرات في تعبير FGFR المحدد قد تكون مرتبطة بالتشخيص أو الحساسية لعلاجات السرطان (5-7).

نظرًا لأن غالبية انحرافات FGFR التي تم تحديدها حتى الآن تؤدي إلى اكتساب الوظيفة ، فمن المعقول افتراض أن استهداف هذه السرطانات بمثبطات FGFR سيكون مفيدًا علاجيًا (8). في المختبر تشير البيانات إلى أن هذا هو الحال بالفعل (9). تم تحديد العديد من مثبطات التيروزين كيناز (TKI) على أنها مثبطات FGFR ، بما في ذلك ponatinib (AP24534) و Regorafenib (BAY 73-4506) و lenvatinib (E7080) و dovitinib (TKI258) و lucitanib (E3810) و nintedanib (and BIBF 1120) الآخرين. تقوم بعض مثبطات FGFR أيضًا بقمع VEGFRs ومستقبلات عامل النمو الإضافية ، في حين أن البعض الآخر أكثر انتقائية لتثبيط FGFR (على سبيل المثال ، NVP-BGJ398 ، AZD4547 ، JNJ-42756493 ، إلخ). في هذا الوقت ، تمت الموافقة على أربعة من مثبطات FGFR لعلاج السرطان. أحدث دواء مثبط لـ FGFR معتمد من قبل إدارة الأغذية والعقاقير (FGFR) هو لينفاتينيب ، والذي تمت الموافقة عليه لسرطان الغدة الدرقية المقاوم لليود والمتباين جيدًا. تشمل الأدوية الأخرى المثبطة لـ FGFR المعتمدة من إدارة الأغذية والعقاقير (FGFR) ريجورافينيب ، المعتمد لسرطان القولون والمستقيم المتقدم وأورام انسجة الجهاز الهضمي المقاومة للأدوية (GIST) ، والبوناتينيب ، المعتمد لعلاج ابيضاض الدم النقوي المزمن المقاوم للأدوية (CML) وسرطان الدم الليمفاوي الحاد في فيلادلفيا (ALL ) ، وبازوبانيب ، المعتمد لسرطان الخلايا الكلوية والساركوما. لم يتم اعتماد أي من هؤلاء على أساس استهداف FGFR (أو أي نمط ظاهري جزيئي آخر). يتم اختبار الفرضية القائلة بأن اختيار انحراف FGF / FGFR قد يزيد معدلات الاستجابة أو الفوائد السريرية الأخرى في العديد من التجارب الجارية التي تتطلب انحرافات FGF / FGFR للأهلية. ستلقي هذه التجارب السريرية وغيرها من التجارب السريرية الضوء على مجموعات محددة من المرضى الذين قد يستفيدون من الأدوية المثبطة لـ FGFR وربما على الانحرافات الجزيئية المحددة التي تتنبأ بالاستجابة لهذه الأدوية.

في الواقع ، من المحتمل جدًا أن يعتمد تحسين المنفعة السريرية للعلاجات التي تستهدف FGFR على الاختيار المناسب لمجموعات المرضى. ولتحقيق هذه الغاية ، فإن تطوير فهم واضح لمشهد انحرافات FGFR في أنواع مختلفة من السرطان يعد أمرًا وثيق الصلة وضروريًا للاستخدام الأكثر فعالية لهذه العوامل الصيدلانية. تجعل تقنية التسلسل من الجيل التالي التحديد السريع والدقيق لهذه الانحرافات أمرًا ممكنًا. هنا ، نصف المناظر الطبيعية لتشوهات FGFR ، بما في ذلك الطفرات والتضخيم وإعادة الترتيب في 4853 عينة مريض من سرطانات متنوعة.


ترتبط طفرة RNF43 ببيولوجيا الورم العدوانية جنبًا إلى جنب مع طفرة BRAF V600E في سرطان القولون والمستقيم الأيمن

حقوق النشر: & نسخ ماتسوموتو وآخرون. هذا مقال مفتوح الوصول يتم توزيعه بموجب شروط ترخيص إسناد المشاع الإبداعي.

هذا المقال مذكور في:

الملخص

مقدمة

إن انحياز الورم الأولي له قيمة تنبؤية وتنبؤية في سرطان القولون والمستقيم النقيلي (CRC) ، وبالتالي ظهر كمؤشر حيوي جديد (1،2). كشفت العديد من التحليلات أن سرطان القولون والمستقيم في الجانب الأيمن (RCRC) أظهر تشخيصًا أسوأ بكثير من سرطان القولون والمستقيم في الجانب الأيسر (LCRC) (3-5) ، ومن الواضح أن العلاج المضاد لـ EGFR أفاد المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم ، في حين أن المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم (RCRC) أظهروا فائدة محدودة ( 6-10). ومع ذلك ، لم يتم توضيح آلية الاختلافات بين RCRC و LCRC بشكل كامل.

RCRC و LCRC لهما خصائص إكلينيكية وجزيئية مختلفة. يتميز RCRC عمومًا بأنه أكثر شيوعًا عند النساء ، ويرتبط بمتلازمة لينش ، ورم غدي مسنن / سليلة (SSA / P) ، وإشارات كيناز البروتين المنشط بالميتوجين ، وعدم استقرار الأقمار الصناعية الصغيرة (MSI-H) ، ونقص جينات إصلاح عدم التطابق ، مثيلة جزيرة CpG ، وطفرات KRAS و BRAF V600E (11-15). يعتبر LCRC أكثر شيوعًا عند الرجال ، ويرتبط بمتلازمة داء البوليبات الغدية العائلية ، والورم الحميد المسنن التقليدي (TSA) ، وعدم الاستقرار الكروموسومي ، وتضخيم ERBB1 و ERBB2 ، وطفرات APC ، p53 ، و NRAS (11-15). بناءً على هذه الاختلافات الإكلينيكية والجزيئية ، يُعتبر انحراف الورم الأولي مرتبطًا بالتشخيص وفعالية العلاج الموجه.

تم الإبلاغ عن حدوث طفرات في RNF43 في العديد من الأورام الصلبة ، مثل سرطان القولون والمستقيم (16-18) ، وسرطان المعدة (19) ، والبنكرياس (20) ، وسرطان المبيض (21) ، وسرطان بطانة الرحم (22). يشفر RNF43 نوع RING من نوع E3 ubiquitin ligase ، ومن المتوقع أن يحتوي البروتين على مجال عبر الغشاء ، ومجال مرتبط بالبروتياز ، ومجال ظاهري ، ومجال RING حشوي (23). ينتج عن التعبير عن RNF43 زيادة انتشار المستقبلات المتطايرة ، وتغيير في توزيعها تحت الخلوي ، مما يؤدي إلى انخفاض مستويات سطح هذه المستقبلات. يعتبر RNF43 أنه ينظم بشكل سلبي إشارات WNT ، ويعمل كمثبط للورم. ينتج عن فقدان RNF43 انخفاض أو نقص في تدهور المستقبلات المجعدة ، مع تعزيز إشارات WNT. في الخلايا السرطانية ، يعد تعطيل RNF43 من خلال طفرة RNF43 أحد أسباب التنشيط الدائم لمسار إشارات WNT (23).

الورم المسنن ، وهو آفة سابقة للتسرطن في CRC ، يرتبط بجوانب الورم الأولية: يرتبط SSA / P بـ RCRC ، بينما يرتبط TSA بـ LCRC (24). في الآونة الأخيرة ، كشفت العديد من الدراسات عن أهمية طفرة RNF43 في مسار الورم المسنن ، أي أن طفرة RNF43 كانت مرتبطة بمسار الورم المسنن مثل SSA / P (25) و TSA (26،27). علاوة على ذلك ، تم الإبلاغ عن أن طفرة RNF43 في الأورام المسننة مرتبطة بطفرة BRAF V600E (17) ، والتي يتم التعرف عليها كواحدة من خصائص RCRC وعامل تنبؤ سلبي مهم في CRC النقيلي (1،2). بشكل جماعي ، تم افتراض أن طفرة RNF43 قد تلعب أدوارًا مختلفة في RCRC و LCRC. في الآونة الأخيرة ، تم الإبلاغ عن أن طفرات RNF43 تساهم في تكوين الأورام في RCRC (18). ومع ذلك ، حتى الآن ، لم يتم التحقيق بشكل كامل في الأهمية السريرية لطفرة RNF43 وفقًا لجوانب الورم الأولية. تم الافتراض بأن الأهمية السريرية لطفرات RNF43 تختلف بين RCRC و LCRC. لاختبار هذه الفرضية ، تم التحقيق في الخصائص الإكلينيكية ونتائج البقاء على قيد الحياة للمرضى الذين يعانون من طفرة RNF43 في RCRC و LCRC.

المواد والأساليب

مرضى

تمت الموافقة على هذه الدراسة بأثر رجعي من قبل لجنة الأخلاقيات بكلية الطب بجامعة نيجاتا ، وتم إجراؤها وفقًا لإعلان هلسنكي (G2015-0816). تم تنفيذ جميع الطرق وفقًا للإرشادات واللوائح ذات الصلة ، وتم الحصول على موافقة مستنيرة مكتوبة من المرضى. إجمالي 201 مريض ياباني (117 من الذكور و 84 من الإناث متوسط ​​العمر 65 عامًا ، 30-94 عامًا) مع المرحلة الأولى إلى الرابعة من CRC وفقًا لـ AJCC ، الطبعة السابعة (28) الذين خضعوا لاستئصال الورم الأولي بين يناير 2009 و تم تضمين ديسمبر 2015 في مستشفى جامعة نيجاتا للطب والأسنان أو مستشفى مركز نيغاتا للسرطان في هذه الدراسة. كان متوسط ​​فترة المتابعة 34 شهرًا (المدى ، من 1 إلى 92 شهرًا). تم تضمين المرضى الذين تم تشخيص إصابتهم بالسرطان الغدي. تم استبعاد المرضى الذين تقل أعمارهم عن 18 عامًا. تم استبعاد المرضى الذين يعانون من CRC الأولي المزدوج المتزامن أو غيره من الأمراض الخبيثة المتزامنة النشطة أو مرض التهاب الأمعاء أو داء البوليبات الغدي العائلي. لم يتلق أي مريض العلاج الكيميائي المساعد الجديد. عادة ، تم إعطاء العلاج الكيميائي وفقًا لإرشادات الجمعية اليابانية لسرطان القولون والمستقيم (JSCCR) (29). تم إعطاء العلاج الكيميائي المساعد ، بما في ذلك الفلورويوراسيل أو مشتقاته ± أوكساليبلاتين ، عادة في مرضى المرحلة الثالثة لمدة ستة أشهر. بالنسبة للمرضى الذين يعانون من أمراض النقائل غير القابلة للاكتشاف ، تم إعطاء العلاج الموجه الجزيئي وفقًا لحالة طفرات RAS.

في التحليل الحالي ، تمت مقارنة انتشار الطفرات RNF43 والطيف والتردد بين مجموعاتنا وعينات TCGA. تم الحصول على معلومات الطفرة للعينات المتسلسلة TCGA CRC (ن = 489) من بوابة cBioPortal (https://www.cbioportal.org/) (30) لتقييم وتيرة الطفرة.

تحليل التسلسل الجيني الشامل للأورام الأولية

كما تم وصفه سابقًا (15،31-34) ، تم استخدام عينات مثبتة بالفورمالين ومدمجة بالبارافين (FFPE) لتسلسل الجيل التالي (NGS) ، وتم تقييم التعديلات الجينية ، بما في ذلك RNF. باختصار ، تم استخدام أقسام ملطخة بالهيماتوكسيلين والأيوزين لتقييم محتوى الورم ، للتأكد من وجود محتوى الورم بنسبة 50٪. حيثما أمكن ، تم تشريح الأقسام غير الملوثة بشكل كبير لإثراء محتوى الورم. تم استخراج الحمض النووي باستخدام BioStic FFPE Tissue DNA Isolation Kit (Mo Bio Laboratories ، Inc.). تم إجراء جميع تحاليل تحضير العينات و NGS والمعلوماتية الحيوية في مختبر معتمد من CLIA / CAP (KEW ، Inc.). تم إعداد مكتبات أجزاء الحمض النووي (50-150 نانوغرام) وإثرائها للوحة الجينات 415 باستخدام CANCERPLEX الإصدار 3.0 (KEW ، Inc.). تم تحقيق متوسط ​​عمق تسلسل 500X باستخدام منصات Illumina MiSeq أو NextSeq. تم استخدام منصة معلوماتية حيوية وقاعدة معارف خاصة لمعالجة البيانات الجينية وللتعرف على العديد من التشوهات الجينية ، بما في ذلك تعدد أشكال النيوكلوتايد ، و indels الصغيرة ، وتغير رقم النسخ ، والانتقالات. تم استخدام عتبة كسر أليلي بنسبة 10 ٪ في تعدد الأشكال و indels ، وتم استخدام عتبات & gt2.5 أضعاف للكسب و 0.5 ضعف للخسارة. تم تقييم الأورام لوجود MSI على أساس لوحة مواضع ممتدة. بالإضافة إلى لوحة Bethesda (35) ، تم استخدام مجموعة من 950 منطقة تتكون من تكرار ترادفي لواحد أو اثنين أو ثلاثة نيوكليوتيدات بحد أدنى 10 قواعد (31). تم حساب العبء الطفري للورم على أنه عدد الطفرات غير المترادفة لكل قاعدة ميجا للتسلسل في اللوحة (حجم اللوحة = 1.3 ميجا بايت).

حالة RNF43 والخصائص الإكلينيكية

تم تصنيف 201 مريضًا إلى RNF43 من النوع البري أو RNF43 من النوع المتحولة ، تم تقسيم RNF43 من النوع المتحور إلى الجانب الأيمن من النوع RNF43 المتحولة أو من النوع RNF43 على الجانب الأيسر وفقًا لجانب الورم الأساسي. تم تحديد موقع الورم الأساسي من خلال نتائج المنطوق. تم تصنيف السرطان في الأعور أو القولون الصاعد أو الثني الكبدي أو القولون المستعرض على أنه RCRC بينما تم تصنيف السرطان في الثني الطحال أو القولون النازل أو القولون السيني أو المستقيم السيني أو المستقيم على أنه LCRC (15).

تحليل احصائي

تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام IBM SPSS Statistics 22 (IBM Japan، Inc.). تم استخدام اختبار فيشر الدقيق لتقييم الارتباطات بين حالة RNF43 والخصائص الإكلينيكية. لتوضيح الخصائص الإكلينيكية المرضية التي ارتبطت بشكل مستقل بطفرة RNF43 ، تم إدخال العوامل ذات القيمة P & lt0.10 في التحليلات أحادية المتغير في تحليل متعدد المتغيرات. تم إجراء التحليل اللوجستي لتحديد العوامل التي ارتبطت بشكل مستقل بطفرة RNF43. تم تقدير معدلات البقاء على قيد الحياة لمدة خمس سنوات (OS) باستخدام طريقة كابلان ماير. تم استخدام اختبار تسجيل الترتيب لتقييم الفروق المهمة بين المجموعات الفرعية. تم اعتبار قيم P & lt0.05 للدلالة على فروق ذات دلالة إحصائية.

نتائج

تعديل RNF43 في اتفاقية حقوق الطفل اليابانية

حتى الآن ، لم تكن هناك دراسات تتعلق بالتغييرات الجينية لـ RNF43 بين مرضى CRC اليابانيين ، وبالتالي ، تم تقييم التعديلات الجينية لـ RNF43 ومقارنتها ببيانات أطلس جينوم السرطان (TCGA) (https://www.cbioportal.org/). لوحظ بشكل متكرر طفرة هراء / تغيير إطار RNF43 في RCRC مقارنةً بـ LCRC في كل من المجموعتين اليابانيتين (P & lt0.001 الشكلين 1A و 2 A) وعينات TCGA (P = 0.042 الشكلين 1B و 2B).

شكل 1.

موقع وتواتر طفرات RNF43 وفقًا لجوانب الورم الأولية. (أ) عينات يابانية (ب) عينات TCGA. TCGA ، أطلس جينوم السرطان.

الشكل 2.

Oncoprint من النوع المتحولة RNF43 الأيمن والجانب الأيسر من النوع RNF43 المتحولة. (أ) عينات يابانية (ب) عينات TCGA. TCGA ، أطلس جينوم السرطان.

الخصائص السريرية المرضية فيما يتعلق بحالة طفرة RNF43

نجح تقييم لوحة الجين المكون من 415 في اكتشاف التغيرات الجينية في جميع المرضى البالغ عددهم 201 مريض. كشف تقييم اللجنة المكونة من 415 جينًا أن 174 (87٪) مريضًا كانوا من النوع البري RNF43 و 27 (13٪) من المرضى من النوع RNF43 المتحولة. ارتبط RNF43 من النوع المتحور بشكل كبير بالعمر (65 P = 0.003) ، والإناث (P = 0.006) ، وغياب الغزو الوريدي (P = 0.003) ، وغياب ورم خبيث بعيد (P = 0.021) ، طفرة BRAF V600E (P & lt0. 001) ، و MSI-H (P & lt0.001) ، وكشف التحليل متعدد المتغيرات أن العمر (65) ، وغياب الغزو الوريدي ، وطفرة BRAF V600E كانت مرتبطة بشكل مستقل بطفرة RNF43 (الجدول الأول).

الجدول الأول.

حالة الجين RNF43 وغيرها من الخصائص الإكلينيكية في سرطان القولون والمستقيم.

الجدول الأول.

حالة الجين RNF43 وغيرها من الخصائص الإكلينيكية في سرطان القولون والمستقيم.

RNF43 حالة الجينات متعدد المتغيرات
المتغيرات وايلد ن (٪) متحولة N (٪) قيمة ف أحادية المتغير نسبة الأرجحية (95٪ CI) ف القيمة
العمر (بالسنوات)
& lt65 94 (46) 6 (3) 0.003 1
≥65 80 (40) 21 (10) 3.04 (1.03–8.90) 0.042
الجنس
ذكر 108 (53) 9 (4) 0.006
أنثى 66 (33) 18 (9)
موقع
الجانب الأيمن 44 (22) 12 (6) 0.062
الجهه اليسرى 130 (65) 15 (7)
حجم الورم (مم)
& lt50 75 (37) 13 (6) 0.679
≥50 99 (49) 14 (7)
فئة pT
T1 ، 2 20 (10) 4 (2) 0.539
T3 ، 4 154 (76) 23 (11)
الدرجات النسيجية المرضية
G1 ، 2 128 (63) 19 (9) 0.816
G3 46 (23) 8 (4)
الغزو اللمفاوي
غياب 65 (32) 14 (7) 0.203
حضور 109 (54) 13 (6)
الغزو الوريدي
غياب 35 (17) 13 (6) 0.003 1
حضور 139 (69) 14 (7) 0.18 (0.06–0.52) 0.002
فئة pN
N0 49 (24) 10 (5) 0.362
N1 ، 2 125 (62) 17 (8)
فئة سم
م 0 72 (36) 18 (9) 0.021
م 1 102 (51) 9 (4)
APC
النوع البري 29 (14) 9 (4) 0.061
متحولة 145 (72) 18 (9)
كراس
النوع البري 105 (52) 21 (10) 0.091
متحولة 69 (34) 6 (3)
BRAF V600E
النوع البري 171 (85) 17 (9) & lt0.001 1
متحولة 3 (1) 10 (5) 45.68 (9.76–213.81) & lt0.001
MSI
MSI-H 7 (3) 8 (4) & lt0.001
MSS 167 (84) 19 (9)

[i] اختبار فيشر الدقيق. CI ، فاصل الثقة MSI ، عدم استقرار الأقمار الصناعية الصغيرة MSI-H ، عدم استقرار الأقمار الصناعية الصغيرة. غامق يشير إلى P & lt0.05.

التعديلات الجينية لمسار MAPK بخلاف طفرة BRAF V600E في RNF43 من النوع المتحولة

سبعة عشر من 27 مريضًا مصابًا بالنوع الطافر RNF43 لم يكن لديهم طفرة BRAF V600E. تسعة من 17 مريضًا لديهم طفرات غير BRAF V600E في مسار MAPK: 6 مرضى لديهم طفرة KRAS ، 3 مرضى لديهم طفرة BRAF غير V600E ومع ذلك ، لم يكن لدى أي مريض طفرة NRAS.

RNF43 من النوع المتحور وفقًا لجوانب الورم الأولية

من بين 27 مريضًا مصابًا بطفرة RNF43 ، كان 12 مريضًا من النوع المتحور RNF43 على الجانب الأيمن و 15 من النوع المتحولة RNF43 من الجانب الأيسر. كما يتضح في الشكل 2 أ ، 11 من 12 نوعًا متحولة RNF43 على الجانب الأيمن بها طفرات هراء / تغيير الإطارات ، في حين أن 14 من 15 من النوع المتحولة RNF43 على الجانب الأيسر بها طفرات مغلوطة. ارتبط نوع متحولة RNF43 الأيمن بشكل كبير مع الدرجة المرضية النسيجية 3 (P = 0.008) ، الغزو اللمفاوي (P = 0.021) ، APC wild (P = 0.003) ، طفرة BRAF V600E (P & lt0.001) ، MSI-H (P = 0.008) ، وطفرة RNF43 اللامعنى / تغير الإطارات (P & lt0.001) مقارنة مع النوع المتحولة RNF43 الأيسر (الجدول 2 الشكل 2 أ).

الجدول الثاني.

الخصائص السريرية المرضية وفقًا لوقوع الورم الأولي في سرطان القولون والمستقيم الطافر RNF43.

الجدول الثاني.

الخصائص السريرية المرضية وفقًا لوقوع الورم الأولي في سرطان القولون والمستقيم الطافر RNF43.

انحياز الورم الأولي
المتغيرات الجانب الأيمن N (٪) الجانب الأيسر N (٪) ف القيمة
العمر (بالسنوات)
& lt65 1 (4) 5 (18) 0.182
≥65 11 (40) 10 (37)
الجنس
ذكر 3 (11) 6 (22) 0.683
أنثى 9 (33) 9 (33)
حجم الورم (مم)
& lt50 5 (18) 8 (29) 0.704
≥50 7 (26) 7 (26)
فئة pT
T1 ، 2 1 (4) 3 (11) 0.605
T3 ، 4 11 (40) 12 (44)
الدرجات النسيجية المرضية
G1 ، 2 5 (18) 14 (52) 0.008
G3 7 (26) 1 (4)
الغزو اللمفاوي
غياب 3 (11) 11 (40) 0.021
حضور 9 (33) 4 (15)
الغزو الوريدي
غياب 4 (15) 9 (33) 0.252
حضور 8 (30) 6 (22)
فئة pN
N0 3 (11) 7 (26) 0.424
N1 ، 2 9 (33) 8 (30)
فئة سم
م 0 8 (30) 10 (37) 0.999
م 1 4 (15) 5 (18)
APC
النوع البري 8 (30) 1 (4) 0.003
متحولة 4 (15) 14 (52)
كراس
النوع البري 11 (40) 10 (37) 0.182
متحولة 1 (4) 5 (18)
BRAF V600E
النوع البري 2 (7) 15 (55) & lt0.001
متحولة 10 (37) 0 (0)
MSI
MSI-H 7 (26) 1 (4) 0.008
MSS 5 (18) 14 (52)
المتغيرات من RNF43
هراء أو تغيير الإطار 11 (40) 1 (4) & lt0.001
Missense 1 (4) 14 (52)

[i] اختبار فيشر الدقيق. MSI ، عدم استقرار الأقمار الصناعية الصغيرة MSI-H ، عدم استقرار الأقمار الصناعية الصغيرة. غامق يشير إلى P & lt0.05.

البقاء على قيد الحياة بشكل عام فيما يتعلق بحالة RNF43 وجوانب الورم الأولية

في 90 مريضًا يعانون من المرحلة الأولى والثالثة من المرض ، لم تكن طفرة RNF43 عاملًا إنذاريًا مهمًا لنظام التشغيل 5 سنوات (الشكل 3 أ) ، ولم يكن جانب الورم الأولي مرتبطًا بالنوع الطافر RNF43.

الشكل 3.

البقاء على قيد الحياة بشكل عام وفقًا لحالة طفرة RNF43 وجوانب الورم الأولية. (أ) البقاء الكلي للنوع البري RNF43 و RNF43 من النوع المتحولة في المرحلة الأولى والثالثة من سرطان القولون والمستقيم. (ب) البقاء الكلي للنوع البري RNF43 و RNF43 من النوع المتحولة في المرحلة الرابعة من سرطان القولون والمستقيم. (C) البقاء على قيد الحياة بشكل عام لـ RNF43 من النوع البري والجانب الأيمن من النوع RNF43 المتحولة والجانب الأيسر من النوع RNF43 المتحولة في المرحلة الرابعة من سرطان القولون والمستقيم.

في 111 مريضًا مصابًا بمرض المرحلة الرابعة ، لم تكن طفرة RNF43 عاملًا إنذاريًا مهمًا لنظام التشغيل OS (الشكل 3 ب). ومع ذلك ، عندما تم تقسيم RNF43 من النوع المتحور إلى نوع متحولة RNF43 على الجانب الأيمن أو من النوع المتحور RNF43 على الجانب الأيسر وفقًا لجانب الورم الأساسي ، أظهر النوع المتحولة RNF43 على الجانب الأيمن بقاءًا عامًا أسوأ بكثير من RNF43 من النوع البري واليسار. على جانب RNF43 من نوع متحولة (P = 0.001 و P = 0.023 ، على التوالي الشكل 3C). فيما يتعلق بمتغيرات طفرات RNF43 ، فإن كل نوع متحولة RNF43 على الجانب الأيمن به طفرة هراء (R145X) أو طفرة تغيير الإطارات (P192fs ، S262fs ، G659fs) ، في حين أن كل نوع متحولة RNF43 على الجانب الأيسر به طفرات خطأ (T58S ، W200C ، R221W ، R519Q الجدول الثالث). كانت جميع أنواع RNF43 الأربعة ذات الجانب الأيمن أكبر سناً في العمر (≥65) ، والإناث ، و BRAF V600E من النوع المتحولة. على العكس من ذلك ، كان لدى ثلاثة من أربعة مرضى مصابين بطفرة RNF43 في الجانب الأيمن موقعان نقائل أو أكثر ، وكان لدى جميع المرضى الخمسة الذين يعانون من طفرة RNF43 اليسرى موقع نقلي واحد. في حين أن جميع المرضى الذين يعانون من نوع RNF43 متحولة الجانب الأيمن استسلموا لسرطانهم ، كان ثلاثة من خمسة مرضى من النوع المتحور RNF43 على الجانب الأيسر على قيد الحياة في المتابعة النهائية (الجدول الثالث).

الجدول الثالث.

الدورة السريرية لمرضى الطفرات من النوع RNF43 المصابين بمرض المرحلة الرابعة.

الجدول الثالث.

الدورة السريرية لمرضى الطفرات من النوع RNF43 المصابين بمرض المرحلة الرابعة.

التغيير الجيني سن الجنس موقع الورم الأساسي كراس الحالة BRAF الحالة حالة MSI عبء الورم الطفري مواقع النقائل الأولية علاج او معاملة حالة البقاء على قيد الحياة (بعد شهور من استئصال الورم الأولي)
S262fs 71 F حق بري V600E MSS 19 الكبد والرئة والطحال والصفاق استئصال R2 (الابتدائي) → FOLFOX + Bmab → FOLFIRI ميت (8 أشهر)
R145X 66 F حق بري 26_34del، V600E MSS 19 العقدة الليمفاوية شبه الأبهرية استئصال R0 (LN الابتدائي وشبه الأبهر) → الرئة ، وتكرار LN → FOLFOX + Bmab ميت (13 شهرًا)
P192fs 80 F حق بري V600E MSS 18 رئة استئصال R2 (الابتدائي) → XELOX + Bmab ميت (20 شهرا)
G659fs 78 F حق بري V600E MSI-H 48 الكبد والصفاق استئصال R2 (الابتدائي) → FOLFOX + Pmab ميت (8 أشهر)
R519Q 35 F اليسار بري بري MSS 10 كبد استئصال R2 (أولي) ← FOLFOX + Bmab ← استئصال R0 (الكبد) ← تكرار الكبد والرئة ← FOLFOX + Bmab ← FOLFIRI + Pmab على قيد الحياة (44 شهرًا)
R519Q 86 م اليسار بري بري MSS 11 رئة استئصال R2 (أولي) → Xeloda → XELOX + Bmab → IRIS + Pmab على قيد الحياة (45 شهرًا)
W200C 70 F اليسار بري D594G MSS 19 كبد استئصال R2 (أولي) → استئصال R0 (الكبد) → تكرار الكبد → استئصال R0 (الكبد) على قيد الحياة (40 شهرًا)
R221W 77 م اليسار بري بري MSS 12 كبد استئصال R2 (الابتدائي) → XELOX → IRIS → Pmab ميت (11 شهرا)
T58S 75 F اليسار بري بري MSS 11 كبد استئصال R2 (أولي) ← XELOX + Bmab ← استئصال R0 (الكبد) ← تكرار الرئة ميت (41 شهرًا)

[i] FOLFOX = 5FU + Leucovorin + Oxaliplatin FOLFIRI = 5FU + Leucovorin + Irinotecan XELOX = Xeloda + Oxaliplatin IRIS = Irinotecan + S-1. Bmab ، Bevacizumab Pmab ، Panitumumab MSS ، مستقر للأقمار الصناعية الصغيرة.

مناقشة

يحتوي هذا التحليل على ثلاث نتائج رئيسية فيما يتعلق بطفرات RNF43 في CRC. أولاً ، كانت معظم طفرات RNF43 في RCRC عبارة عن طفرات غير منطقية أو طفرات متغيرة الإطارات ، في حين أن تلك الموجودة في LCRC كانت طفرات خاطئة. ثانيًا ، ارتبط النوع المتحور RNF43 الأيمن بشكل كبير مع طفرة تشريح مرضي من الدرجة 3 وطفرة BRAF V600E. ثالثًا ، أظهر النوع المتحور RNF43 على الجانب الأيمن نظام تشغيل أسوأ بكثير من النوع المتحولة RNF43 على الجانب الأيسر. أشارت هذه النتائج إلى أن النوع المتحور RNF43 على الجانب الأيمن هو أحد الأنواع الفرعية المهمة سريريًا في CRC ، وقد تكون طفرات اللامبالاة / الانزياح الإطار RNF43 ، جنبًا إلى جنب مع طفرة BRAF V600E ، سببًا محتملاً للتشخيص الأسوأ لـ RCRC.

في هذا التحليل ، تم الكشف عن أن 13٪ من مرضى CRC اليابانيين في هذه الدراسة لديهم طفرات RNF43 ، بينما 9٪ من المرضى في مجموعة TCGA لديهم طفرات RNF43 (36،37). في الآونة الأخيرة ، كشفت العديد من الدراسات عن دور طفرات RNF43 في مسار الورم المسنن لـ CRC. أفاد هاشيموتو وآخرون أن الطفرات الجينية لمسار WNT ، بما في ذلك طفرة RNF43 ، كانت أكثر شيوعًا في SSA / P مع خلل التنسج منها في SSA / P بدون خلل التنسج ، واقترحوا أن الطفرات الجينية لمسار WNT متورطة في تطوير خلل التنسج في SSA / P ( 25). أبلغ تساي وآخرون عن حدوث طفرة RNF43 في SSA / P (10 ٪) و TSA (28 ٪) ، وذكروا أن طفرة RNF43 هي انحراف جزيئي مبكر ومحدد في مسار الورم المسنن (26). أبلغ يان وآخرون عن طفرة سلالة RNF43 وطفرة جسدية جنبًا إلى جنب مع طفرة BRAF V600E في مسار الورم المسنن (16). ومع ذلك ، لم يتم توضيح الأهمية السريرية لطفرة RNF43 بشكل كامل ، وبالتالي ، تم التحقيق في الخصائص الإكلينيكية لطفرة RNF43 ، مع التركيز على الارتباط بين طفرة RNF43 وجوانب الورم الأولية.

على حد علمنا ، هذه هي الدراسة الأولى التي بحثت في نتائج البقاء على قيد الحياة من نوع RNF43 المتحولة وفقًا لجانب الورم الأساسي في CRC. أفادت الدراسات السابقة أن طفرات النقاط الساخنة ، بشكل أساسي تغيير الإطارات (R117fs و G659fs) ، توجد في SSA / P و CRC غير المستقر للأقمار الصناعية الصغيرة. في هذا التحليل ، تم التحقيق مع 201 مريضًا يعانون من المرحلة الأولى إلى الرابعة من CRC ، وتم الكشف عن أن 11 من أصل 12 من النوع RNF43 من النوع المتحولة على الجانب الأيمن كان لديهم طفرات هراء / تغيير الإطارات ، في حين أن 14 من 15 على الجانب الأيسر من النوع RNF43 متحولة الطفرات المغلوطة. على الرغم من أنه لم يتم التحقيق في تعبير البروتين RNF43 ، فقد تكون طفرة هراء / انزياح الإطار RNF43 سببًا لفقدان وظيفة بروتين RNF43. من المتوقع أن تصبح طفرة هراء / تغيير الإطارات RNF43 سببًا لتحفيز مسار إشارات WNT ، وهي مرتبطة ببيولوجيا الورم العدوانية لـ RCRC.

ما يقرب من 5 إلى 9 ٪ من المرضى الذين يعانون من CRC لديهم طفرة BRAF V600E ، ويتم التعرف على طفرة BRAF V600E كنوع فرعي جزيئي متميز من CRC (1،2). كشفت دراسات متعددة أن طفرة BRAF V600E مرتبطة بسوء التشخيص في CRC النقيلي (38،39) ، فضلاً عن الاستجابة الضعيفة للعلاج بمضادات EGFR في خطوط العلاج اللاحقة (40،41). في الدراسة الحالية ، تم الكشف عن أن 10 من أصل 12 من النوع RNF43 الأيمن من النوع المتحولة كان لديهم طفرة BRAF V600E. يُعتقد أن كلاً من طفرات RNF43 و BRAF V600E مهمة لبيولوجيا الورم في الجانب الأيمن من النوع RNF43 المتحولة ، أي طفرة هراء / تغيير الإطارات RNF43 ، جنبًا إلى جنب مع طفرة BRAF V600E ، تحفز على تعزيز مسارات إشارات WNT و MAPK ، مما يؤدي إلى في تشخيص أسوأ في الجانب الأيمن من نوع RNF43 متحولة.

في مرض المرحلة الرابعة ، تم الكشف عن أن RNF43 من النوع المتحور على الجانب الأيمن أظهر نظام تشغيل أسوأ بكثير من النوع المتحولة RNF43 على الجانب الأيسر ، وأن جميع المرضى الذين يعانون من النوع المتحور RNF43 الأيمن استسلموا لسرطانهم. تشير هذه النتائج إلى أن النوع المتحور RNF43 الأيمن هو نوع فرعي متميز يحتمل أن يكون تشخيصه أسوأ. نحن نعتبر أن طفرة RNF43 يجب أن تعالج بشكل مختلف وفقًا لجانب الورم الأساسي ، نظرًا لأن الخصائص الإكلينيكية ونتائج البقاء على قيد الحياة تختلف بين RNF43 من النوع المتحولة والجانب الأيسر من النوع RNF43 المتحولة. وبالتالي ، كيف ينبغي معالجة هذا النوع الجزيئي الكئيب "نوع متحولة RNF43 الأيمن"؟ في الوقت الحاضر ، يمكن التعامل مع النوع المتحور RNF43 الأيمن بنفس طريقة BRAF V600E من النوع المتحولة (1،2) ، حيث تم الكشف عن أن معظم حالات الطفرة من النوع RNF43 الأيمن بها طفرة BRAF V600E في هذا التحليل. في المستقبل ، يمكن تطبيق إشارات WNT بالإضافة إلى مثبطات BRAF على الجانب الأيمن من النوع RNF43 المتحولة (ClinicalTrials.gov معرف: NCT02278133).

هذا التحليل له بعض القيود. أولاً ، تم إجراء هذا التحليل بأثر رجعي في مؤسستين. ثانيًا ، اشتملت الدراسة على عدد صغير من المرضى على وجه التحديد ، حيث تضمنت الدراسة 90 مريضًا فقط يعانون من المرحلة الأولى والثالثة من المرض. يجب أن يشمل التحليل المستقبلي عددًا أكبر من المرضى الذين يعانون من CRC من الدراسات واسعة النطاق متعددة المؤسسات أو سجل السرطان. من المتوقع أن يكون الميكروبيوم مرتبطًا بتسرطن الورم والنمط الظاهري ، وقد ترتبط بكتيريا معينة بالتغيرات الجينية في CRC. على سبيل المثال ، تم الإبلاغ عن أن نواة Fusobacterium يتم تخصيبها في أنسجة الورم لـ MSI-H CRC (42،43). على الرغم من عدم وجود بيانات تربط الميكروبيوم بنتائج دراستنا في الوقت الحالي ، إلا أننا نخطط لاستقصاء العلاقة بين التغيير الجيني لـ CRC الأيمن والميكروبيوم المريض. بشكل جماعي ، يعد هذا التحليل مهمًا لتوضيح الخصائص الإكلينيكية المرضية والتشخيص من نوع طفرة RNF43 وفقًا لوجهة الورم الأولية ، وتسهيل البحث عن استراتيجيات العلاج المستقبلية.

في الختام ، قد تختلف الخصائص الإكلينيكية ونتائج البقاء على قيد الحياة للمرضى الذين يعانون من طفرة RNF43 بين RCRC و LCRC. في RCRC ، قد تكون طفرة RNF43 نوعًا فرعيًا جزيئيًا صغيرًا ومميزًا يرتبط ببيولوجيا الورم العدوانية جنبًا إلى جنب مع طفرة BRAF V600E. قد يتعين على الدراسات قبل السريرية والسريرية المستقبلية التركيز على طفرة RNF43 لتحسين نتائج البقاء على قيد الحياة في CRC.

شكر وتقدير

التمويل

تم دعم الدراسة الحالية من قبل شركة Denka Co.، Ltd. طوكيو ، اليابان ، وجزئيًا من خلال منح JSPS KAKENHI. JP18K08612 و JP17K10624.

توافر البيانات والمواد

تتوفر مجموعات البيانات المستخدمة و / أو التي تم تحليلها أثناء الدراسة الحالية من المؤلف المقابل بناءً على طلب معقول.

مساهمات المؤلفين

قدمت YS و AM مساهمات كبيرة في تصميم وتفسير البيانات وصياغة المادة. قدمت MaeN و HO و YoT و MasN و HK و YH و HI و MNag و HN و SM و YaT و TW مساهمات كبيرة في الحصول على البيانات السريرية وتفسير البيانات. قدمت YL و SO مساهمات كبيرة في التحليل الإحصائي للبيانات وإنشاء الأرقام. قامت TW بمراجعة نقدية للعمل وقدمت الموافقة النهائية على المادة. كل الكتاب قراءة وافقت على المخطوط النهائي.

موافقة الأخلاق والموافقة على المشاركة

تمت الموافقة على هذه الدراسة بأثر رجعي من قبل لجنة الأخلاقيات بكلية الطب بجامعة نيجاتا ، وتم إجراؤها وفقًا لإعلان هلسنكي (G2015-0816). تم تنفيذ جميع الطرق وفقًا للإرشادات واللوائح ذات الصلة ، وتم الحصول على موافقة مستنيرة مكتوبة من المرضى.

موافقة المريض للنشر

تضارب المصالح

يبلغ المؤلفون عن عدم وجود ملكية أو مصلحة تجارية في أي منتج مذكور أو مفهوم تمت مناقشته في هذه المقالة.

مراجع

الشبكة الوطنية الشاملة للسرطان. إرشادات الممارسة السريرية لـ NCCN في الأورام وسرطان القولون (الإصدار 2 ، 2019). https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/pdf/colon.pdf

Van Cutsem E و Cervantes A و Adam R و Sobrero A و Van Krieken JH و Aderka D و Aranda Aguilar E و Bardelli A و Benson A و Bodoky G وآخرون: إرشادات إجماع ESMO لإدارة المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم النقيلي. آن أونكول. 27: 1386-1422. 2016. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Loupakis F و Yang D و Yau L و Feng S و Cremolini C و Zhang W و Maus MK و Antoniotti C و Langer C و Scherer SJ وآخرون: موقع الورم الأساسي كعامل تنبؤي في سرطان القولون والمستقيم النقيلي. معهد السرطان ناتل ي. 107: دجو 4272015. مشاهدة المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Weiss JM و Pfau PR و O'Connor ES و King J و LoConte N و Kennedy G و Smith MA: الوفيات حسب المرحلة لسرطان القولون الأيمن مقابل الجانب الأيسر: تحليل المراقبة وعلم الأوبئة والنتائج النهائية - بيانات الرعاية الطبية. ياء نوتر أونكول. 29: 4401-4409. 2011. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Ishihara S و Murono K و Sasaki K و Yasuda K و Otani K و Nishikawa T و Tanaka T و Kiyomatsu T و Kawai K و Hata K وآخرون: تأثير موقع الورم الأساسي على تكرار ما بعد الجراحة والتشخيص اللاحق في سرطانات القولون غير النقيلية: A دراسة بأثر رجعي متعددة المراكز باستخدام تحليل درجة الميل. آن سورج. 267: 917-921. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Holch JW و Ricard I و Stintzing S و Modest DP و Heinemann V: أهمية موقع الورم الأولي في المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم النقيلي: تحليل تلوي للتجارب السريرية الأولى. Eur J السرطان. 70: 87-98. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Petrelli F و Tomasello G و Borgonovo K و Ghidini M و Turati L و Dallera P و Passalacqua R و Sgroi G و Barni S: البقاء على قيد الحياة المرتبطة بسرطان القولون في الجانب الأيسر مقابل الجانب الأيمن: مراجعة منهجية وتحليل تلوي. جاما أونكول. 3: 211-219. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Tejpar S و Stintzing S و Ciardiello F و Tabernero J و Van Cutsem E و Beier F و Esser R و Lenz HJ و Heinemann V: الأهمية التنبؤية والتنبؤية لموقع الورم الأولي في المرضى الذين يعانون من سرطان القولون والمستقيم النقيلي من النوع RAS: تحليلات بأثر رجعي لـ تجارب CRYSTAL و FIRE-3. جاما أونكول. 3: 194 - 201. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Arnold D و Lueza B و Douillard JY و Peeters M و Lenz HJ و Venook A و Heinemann V و Van Cutsem E و Pignon JP و Tabernero J وآخرون: القيمة التنبؤية والتنبؤية لجانب الورم الأولي في المرضى الذين يعانون من نقائل من النوع البري RAS تم علاج سرطان القولون والمستقيم بالعلاج الكيميائي والأجسام المضادة الموجهة لـ EGFR في ست تجارب معشاة. آن أونكول. 28: 1713-1729. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Boeckx N و Koukakis R و Op de Beeck K و Rolfo C و Van Camp G و Siena S و Tabernero J و Douillard JY و André T و Peeters M: يؤثر انحياز الورم الأولي على التشخيص ونتائج العلاج في سرطان القولون والمستقيم النقيلي: النتائج من دراستين عشوائيتين من دراسات البانيتوماوماب للخط الأول. آن أونكول. 28: 1862-1868. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Breivik J و Lothe RA و Meling GI و Rognum TO و Børresen-Dale AL و Gaudernack G: مسارات وراثية مختلفة لسرطان القولون والمستقيم القريب والبعيد المتأثر بالعوامل المرتبطة بالجنس. Int ياء السرطان. 74: 664 - 669. 1997. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Iacopetta B: هل هناك جانبان لسرطان القولون والمستقيم؟ Int ياء السرطان. 101: 403-408. 2002. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Hutchins G و Southward K و Handley K و Magill L و Beaumont C و Stahlschmidt J و Richman S و Chambers P و Seymour M و Kerr D وآخرون: قيمة إصلاح عدم التطابق وطفرات KRAS و BRAF في التنبؤ بالتكرار والاستفادة من العلاج الكيميائي في سرطان القولون والمستقيم. ياء نوتر أونكول. 29: 1261-1270. 2011. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Shen H و Yang J و Huang Q و Jiang MJ و Tan YN و Fu JF و Zhu LZ و Fang XF و Yuan Y: استراتيجيات علاج مختلفة وخصائص جزيئية بين سرطانات القولون في الجانب الأيمن والجانب الأيسر. العالم ياء جاسترونتيرول. 21: 6470-6478. 2015. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Shimada Y و Kameyama H و Nagahashi M و Ichikawa H و Muneoka Y و Yagi R و Tajima Y و Okamura T و Nakano M و Sakata J وآخرون: يكتشف التسلسل الجيني الشامل الاختلافات الجينية المهمة بين سرطان القولون والمستقيم في الجانب الأيمن والأيسر . Oncotarget. 8: 93567-93579. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Yan HHN و Lai JCW و Ho SL و Leung WK ​​و Law WL و Lee JFY و Chan AKW و Tsui WY و Chan ASY و Lee BCH وآخرون: RNF43 الطفرة الجرثومية والجسدية في مسار الورم المسنن وارتباطه بطفرة BRAF. القناة الهضمية. 66: 1645–1656. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Eto T و Miyake K و Nosho K و Ohmuraya M و Imamura Y و Arima K و Kanno S و Fu L و Kiyozumi Y و Izumi D et al: تأثير طفرات فقدان الوظيفة في موضع RNF43 على تطور سرطان القولون والمستقيم و تقدم. ي باتول. 245: 445-455. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Lai C و Sun W و Wang X و Xu X و Li M و Huang D و Xu E و Lai M و Zhang H: RNF43 تساهم طفرات تغيير الإطارات في تكوين الأورام في سرطان القولون الأيمن. Pathol Res Pract. 215: 1524532019. مشاهدة المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Wang K ، Yuen ST ، Xu J ، Lee SP ، Yan HH ، Shi ST ، Siu HC ، Deng S ، Chu KM ، Law S ، وآخرون: تسلسل الجينوم الكامل والتنميط الجزيئي الشامل يحددان الطفرات المحركة الجديدة في سرطان المعدة. نات جينيه. 46: 573-582. 2014. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Jiang X و Hao HX و Growney JD و Woolfenden S و Bottiglio C و Ng N و Lu B و Hsieh MH و Bagdasarian L و Meyer R وآخرون: إن الطفرات المعطلة لـ RNF43 تمنح تبعية Wnt في سرطان الغدة البنكرياس القنوي. بروك ناتل أكاد علوم الولايات المتحدة الأمريكية. 110: 12649-12654. 2013. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Ryland GL و Hunter SM و Doyle MA و Rowley SM و Christie M و Allan PE و Bowtell DD مجموعة دراسة سرطان المبيض الأسترالية و Gorringe KL و Campbell IG: RNF43 هو جين مثبط للورم متحور في الأورام المخاطية في المبيض. ي باتول. 229: 469–476. 2013. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Giannakis M و Hodis E و Jasmine Mu X و Yamauchi M و Rosenbluh J و Cibulskis K و Saksena G و Lawrence MS و Qian ZR و Nishihara R et al: كثيرًا ما يتحول RNF43 إلى سرطان القولون والمستقيم وبطانة الرحم. نات جينيه. 46: 1264-1266. 2014. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

سيرا S و Chetty R: Rnf43. ياء نوتر باثول. 71: 1-6. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Bosman FT و Carneiro F و Hruban RH و Theise ND: تصنيف منظمة الصحة العالمية لأورام الجهاز الهضمي. الرابعة.IARC ليون: 2010

Hashimoto T و Yamashita S و Yoshida H و Taniguchi H و Ushijima T و Yamada T و Saito Y و Ochiai A و Sekine S و Hiraoka N: ترتبط الطفرات الجينية في مسار WNT بوجود خلل التنسج في الورم الحميد / الزوائد القولونية المسننة. آم J سورج باثول. 41: 1188-1197. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Tsai JH و Liau JY و Yuan CT و Lin YL و Tseng LH و Cheng ML و Jeng YM: RNF43 هو جين متحور مبكر ومحدد في المسار المسنن ، مع زيادة التردد في الورم الحميد المسنن التقليدي والأورام الخبيثة المرتبطة به. آم J سورج باثول. 40: 1352-1359. 2016. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Sekine S و Yamashita S و Tanabe T و Hashimoto T و Yoshida H و Taniguchi H و Kojima M و Shinmura K و Saito Y و Hiraoka N وآخرون: اندماج PTPRK-RSPO3 المتكرر وطفرات RNF43 في الورم الحميد المسنن التقليدي في القولون والمستقيم. ي باتول. 239: 133-138. 2016. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Edge SB و Byrd DR و Compton CC و Fritz AG و Greene FL و Trotti A: دليل مراحل السرطان AJCC. السابع. سبرينغر نيويورك: 2010

Watanabe T و Muro K و Ajioka Y و Hashiguchi Y و Ito Y و Saito Y و Hamaguchi T و Ishida H و Ishiguro M و Ishihara S وآخرون: إرشادات الجمعية اليابانية لسرطان القولون والمستقيم (JSCCR) لعام 2016 للعلاج لسرطان القولون والمستقيم. Int ياء نوتر أونكول. 23: 1–34. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Cerami E و Gao J و Dogrusoz U و Gross BE و Sumer SO و Aksoy BA و Jacobsen A و Byrne CJ و Heuer ML و Larsson E وآخرون: بوابة جينوم سرطان cBio: منصة مفتوحة لاستكشاف بيانات جينوميات السرطان متعددة الأبعاد. اكتشاف السرطان. 2: 401-404. 2012. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Nagahashi M و Wakai T و Shimada Y و Ichikawa H و Kameyama H و Kobayashi T و Sakata J و Yagi R و Sato N و Kitagawa Y وآخرون: المشهد الجيني لسرطان القولون والمستقيم في اليابان: الآثار السريرية للتسلسل الجيني الشامل للطب الدقيق . جينوم ميد. 8: 1362016. مشاهدة المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Shimada Y و Yagi R و Kameyama H و Nagahashi M و Ichikawa H و Tajima Y و Okamura T و Nakano M و Nakano M و Sato Y وآخرون: فائدة التسلسل الجيني الشامل للكشف عن سرطان القولون والمستقيم الإيجابي HER2. همهمة باتول. 66: 1-9. 2017. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Shimada Y و Tajima Y و Nagahashi M و Ichikawa H و Oyanagi H و Okuda S و Takabe K و Wakai T: الأهمية السريرية لطفرات BRAF Non-V600E في سرطان القولون والمستقيم: دراسة بأثر رجعي لمؤسستين. J سورج ريس. 232: 72-81. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Oyanagi H و Shimada Y و Nagahashi M و Ichikawa H و Tajima Y و Abe K و Nakano M و Kameyama H و Takii Y و Kawasaki T وآخرون: يرتبط تغيير SMAD4 بالعلامات المرضية الغازية الأمامية وسوء التشخيص في سرطان القولون والمستقيم. علم التشريح المرضي. 74: 873-882. 2019. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Boland CR و Thibodeau SN و Hamilton SR و Sidransky D و Eshleman JR و Burt RW و Meltzer SJ و Rodriguez-Bigas MA و Fodde R و Ranzani GN و Srivastava S: ورشة عمل للمعهد الوطني للسرطان حول عدم استقرار الأقمار الصناعية الدقيقة للكشف عن السرطان والاستعداد العائلي: تطوير معايير دولية لتحديد عدم استقرار السواتل الدقيقة في سرطان القولون والمستقيم. الدقة السرطان. 58: 5248-5257. 1998 PubMed / NCBI

شبكة أطلس جينوم السرطان. التوصيف الجزيئي الشامل لسرطان القولون والمستقيم البشري. طبيعة سجية. 487: 330 - 337. 2012. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Tol J و Nagtegaal ID و Punt CJ: طفرة BRAF في سرطان القولون والمستقيم النقيلي. إن إنجل جي ميد. 361: 98-99. 2009. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Douillard JY و Oliner KS و Siena S و Tabernero J و Burkes R و Barugel M و Humblet Y و Bodoky G و Cunningham D و Jassem J وآخرون: علاج Panitumumab-FOLFOX4 وطفرات RAS في سرطان القولون والمستقيم. إن إنجل جي ميد. 369: 1023-1034. 2013. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

بيترز إم ، أولينر كانساس ، باركر أ ، سيينا إس ، فان كوتسيم إي ، هوانغ جي ، هامبليت واي ، فان لايثيم جي إل ، أندريه تي ، ويزوريك جي ، وآخرون: تسلسل الورم متعدد الجينات المتوازي بشكل كبير لتقييم الاستجابة للبانيتوموماب في المرحلة العشوائية الثالثة دراسة سرطان القولون والمستقيم النقيلي. كلين كانسر ريس. 19: 1902-1912. 2013. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Seymour MT و Brown SR و Middleton G و Maughan T و Richman S و Gwyther S و Lowe C و Seligmann JF و Wadsley J و Maisey N وآخرون: Panitumumab و irinotecan مقابل irinotecan بمفرده للمرضى الذين يعانون من النوع البري KRAS ومقاومة الفلورويوراسيل سرطان القولون والمستقيم المتقدم (PICCOLO): تجربة عشوائية طبقية مستقبلية. لانسيت أونكول. 14: 749-759. 2013. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Lee DW و Han SW و Kang JK و Bae JM و Kim HP و Won JK و Jeong SY و Park KJ و Kang GH و Kim TY: رابطة بين النواة المغزلية، وطفرة المسار ، وتوقعات المريض في سرطان القولون والمستقيم. آن سورج أونكول. 25: 3389 - 3395. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI

Hamada T و Zhang X و Mima K و Bullman S و Sukawa Y و Nowak JA و Kosumi K و Masugi Y و Twombly TS و Cao Y وآخرون: نواة الفيوزوباكتيريوم في سرطان القولون والمستقيم يتعلق بالاستجابة المناعية بشكل تفاضلي عن طريق حالة عدم استقرار الساتل الميكروي للورم. السرطان المناعي الدقة. 6: 1327-1336. 2018. عرض المقال: الباحث العلمي من Google: PubMed / NCBI


أساليب

مصادر البيانات.

تم الحصول على بيانات الطفرات من المواد التكميلية عبر الإنترنت المقدمة مع المراجع. 1 و 3 (سرطان الثدي والقولون والمستقيم) ، المرجع. 5 (ورم أرومي دبقي متعدد الأشكال) ، المرجع. 4 (سرطان البنكرياس) ، والمرجع. 2 (كينازات البروتين). تم تنزيل تسلسل الجينات وشروح جزيرة CpG من قاعدة بيانات مستعرض الجينوم بجامعة كاليفورنيا ، سانتا كروز (UCSC) ، وإصدار hg18 ، باستثناء الشكل 3 ، الذي استخدم hg17 (34). عند الضرورة ، استخدمنا أداة رفع UCSC لتحويل إحداثيات الطفرات من بناء الجينوم البشري 35 إلى البناء 36. بالنسبة للتحليلات الخاصة بالنوع ، تم تصنيف الأورام حسب الأنسجة الأصلية. تم الحصول على بيانات التعبير الجيني المعياري من رقم الانضمام إلى سلسلة GEO (35) GSE5764 (31).

تصفية البيانات.

حصلنا على قائمة الجينات المتسلسلة في المرجع. 3 ومعرفاتهم RefSeq (28) من جدول بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل في المواد التكميلية عبر الإنترنت (3). لقد تجاهلنا الجينات التي لم تعد موجودة في RefSeq (الإصدار 35) و 68 جينًا تحتوي على ما مجموعه 112 طفرة غير مترادفة لا يمكن التوفيق بينها وبين التسلسلات التي تم الحصول عليها من قاعدة بيانات UCSC Genome Browser (34). بالنسبة لنماذج الجينات التي تتداخل (تشترك في جزء من exon للتشفير) ، تم اختيار نموذج الجين الذي تم الإبلاغ عن احتوائه على طفرة للتحليل ، أو إذا لم يتم العثور على طفرة ، تم اختيار نموذج الجين ذي أطول تسلسل تشفير. تحتوي مجموعة الجينات النهائية لدينا على 17،180 جينة غير متداخلة موجودة في إصدار RefSeq 35 (مارس 2009). تم تصحيح الإحداثيات الجينومية في بعض رؤوس FASTA لتعكس حقيقة أنه تم تضمين التسلسلات الجينية القصيرة. أزلنا جميع الطفرات من ورم الورم الأرومي الدبقي متعدد الأشكال BR27P ، والذي كان يحتوي على 17 ضعفًا من الطفرات الناتجة على ما يبدو عن العلاج الكيميائي (5). غالبية بيانات الطفرات لسرطان الثدي والقولون والمستقيم مأخوذة من المرجع. 1 ، التي لم تبلغ عن استبدالات مترادفة. من أجل التوافق عبر الدراسات ، تم استبعاد البدائل المترادفة من تحليلاتنا للبيانات من المراجع. 3-5 ، إلا عند تحليل ترددات الاستبدال المترادفة مقابل الترددات غير المرادفة. تحليلات البيانات من الحكام. 3-5 شمل فقط تلك الجينات التي تم تحليلها في المرجع. 3. استبعدنا أيضًا الطفرات في مواقع لصق intronic. تحليل بيانات الطفرات من المرجع. 1 للشكل 3 يستخدم الإصدار 1 من مجموعة الجينات المتوالية للتشفير الإجماعي (CCDS) (36) بدلاً من RefSeq.

تم الحصول على معرفات وتسلسلات RefSeq (28) من مستعرض جينوم UCSC (الإصدار hg18) لـ 498 من 518 جينًا تم تحليلها في المرجع. 2. تم الإبلاغ عن مواقف طفرة النقطة في المرجع. تم تنسيق 2 يدويًا لحل التناقضات بين تسلسلات RefSeq والتسلسلات التي تم تنزيلها من قاعدة بيانات مشروع جينوم السرطان (CGP) (http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/Studies/Kinases/). بالنسبة لخمسة جينات ، قمنا يدويًا بتصحيح أخطاء تغيير الإطارات الظاهرة في تسلسلات RefSeq. لم يتم تضمين الجينات التي تحتوي على طفرات غير متوافقة مع تسلسل CGP. تم النظر فقط في طفرات نقطة تسلسل الترميز التي تم تحديدها كجزء من الشاشة الرئيسية. استبعدنا البيانات من الأورام الدبقية وسرطان الدم الليمفاوي الحاد (لأنه تم تسلسل مجالات كيناز فقط في هذه العينات) ، ومن الأورام التي تعاني من نقص MMR ، ومن أنواع السرطان ذات الطفرات & lt20 نقطة بعد التصفية ، والتي تركت الثدي والقولون والمستقيم والمعدة والرئة وسرطان الجلد والمبيض وسرطان الكلى. لقد تجاهلنا أيضًا 47 طفرة لم تتطابق معها النوكليوتيدات الطافرة واثنان من النيوكليوتيدات المرافقة على كل جانب في تسلسل RefSeq و CGP أو التي لها مواقع كودون غير متسقة في التسلسلين. من إجمالي 1،007 طفرات تم الإبلاغ عنها للشاشة الرئيسية في المرجع. 2 ، 610 مرت هذه المرشحات.

التحليلات.

تمت كتابة برنامج مخصص لتحديد سياق النوكليوتيدات وعضوية جزيرة CpG للقواعد في الجينات المتسلسلة. تم إجراء التحليل الإحصائي باستخدام الحزمة الإحصائية R (37).

تم حساب الترددات غير المجهولة بقسمة عدد الطفرات في مواضع الكودون الثانية (حيث تكون البدائل دائمًا غير مترادفة) على عدد الكودونات المتسلسلة. تم حساب ترددات الطفرات المترادفة عن طريق قسمة عدد الطفرات في 4 أضعاف المواقع المتدهورة (حيث تكون البدائل دائمًا مترادفة) على عدد المواقع المتدهورة بأربعة أضعاف. نستبعد المواقع التي يمكن فيها الاستبدالات المرادفة وغير المرادفة لتجنب المشكلات المتعلقة باختلافات الأسعار بين أنواع الاستبدال. تم حساب الترددات غير المترادفة والمرادفة بشكل منفصل لكل نوع من أنواع السرطان وسياق ثنائي النوكليوتيد (CpG في الجزيرة ، CpG في شاطئ 2 كيلو بايت ، CpG ، TpC / GpA ، أو غيرها). تم حساب نسب التردد غير المرادفة / المترادفة بشكل عام عن طريق أخذ متوسط ​​مرجح لنسب التردد لكل سياق نيوكليوتيد ، باستخدام أوزان عكس التباين لكل نسبة تردد ، محسوبًا كما هو موضح في القسم 3.1 من المرجع. 38. ص تم حساب قيم نسب التردد الإجمالية باستخدام اختبار Z ثنائي الذيل.

ترددات التحول للبيانات من الحكام. تم حساب 1 و 3-5 عن طريق قسمة عدد الطفرات غير المرادفة المرصودة من نوع معين (على سبيل المثال CpG في الجزيرة) على عدد المواقع المتسلسلة غير المجهولة من هذا النوع باستخدام بيانات شاشة الاكتشاف. ترددات التحول للبيانات من المرجع. تم حساب 2 من خلال قسمة العدد المرصود للطفرات المترادفة وغير المرادفة لنوع معين على عدد المواقع المتسلسلة من هذا النوع باستخدام بيانات الشاشة الرئيسية. لمقارنات التردد ، تم إنشاء جداول طوارئ 2 × 2 بإدخالات مساوية لعدد القواعد المتسلسلة المتحولة وغير المحورة لكل من الترددين اللذين تتم مقارنتهما. ص تم حساب القيم باستخدام اختبار فيشر الدقيق. تم حساب فترات الثقة باستخدام التقريب العادي للحدين.

تمت معالجة بيانات التعبير الجيني باستخدام البرامج النصية المخصصة. تم حساب قيم التعبير الفردي لكل جين وحالة RefSeq من خلال أخذ متوسط ​​مجموعات المجسات التي يتم تعيينها لهذا الجين ، وفقًا للتعليق التوضيحي Affymetrix Build 28. ثم تم تصنيف الجينات حسب تعبيرها المتوسط ​​عبر جميع أنواع السرطان أو الأنسجة الطبيعية المكررة وقسمت إلى قسمين متساويين الفئات ذات الحجم (عالية ومنخفضة التعبير). البرنامج متاح من المؤلفين حسب الطلب.


استنتاج

لقد حدث تقدم كبير في فهم أنواع السرطان المختلفة على المستوى الجزيئي في العقود القليلة الماضية. أظهر الجيل الأول من مثبطات EGFR أن علاج سرطان الرئة القائم على العلامات الحيوية يمكن أن يؤدي إلى نتائج أفضل بشكل عام للمرضى. وبالتالي فإن معرفة العوامل التي تربط انكماش الورم و / أو استقرار الورم سيساعد في اتخاذ قرار بشأن العلاجات التي سيتم تبنيها في المستقبل. يجب أن يكون مستضد ورم الميلانوما PRAME و الجلوتاثيون- S- ترانسفيراز (GST)


عندما تحدث طفرة BRCA فرقًا

ال BRCA1 و BRCA2 تقدم الجينات تعليمات لصنع البروتينات التي تصلح الحمض النووي التالف. عندما يتم تحور هذه البروتينات ، تتراكم الخلايا أكثر من تلف الحمض النووي ، مما قد يؤدي إلى الإصابة بالسرطان. مثل كل الجينات ، BRCA1 و BRCA2 تأتي في أزواج تحتوي الخلايا على نسختين من كل جين.

عادةً ما يكون الشخص المصاب بطفرة BRCA مؤهلاً للعلاج بعقار يسمى مثبط PARP. يمنع هذا الشكل من العلاج الموجه الخلايا من إصلاح نوع آخر من تلف الحمض النووي. في الخلايا السرطانية التي تعاني بالفعل من نقص في إصلاح الحمض النووي بسبب جين BRCA المتحور ، تؤدي الإهانة الإضافية لمثبط PARP إلى موتها.

لكن هذا النهج العلاجي يفترض أن طفرة سرطان الثدي BRCA في الورم تحدث فرقًا دائمًا. تشير النتائج الجديدة إلى أن الأمر & rsquos ليس كذلك.

قام Philip Jonsson ، عالم الأحياء الحسابية في MSK والمؤلف الأول للورقة و rsquos ، بتحليل تسلسل الحمض النووي لـ 17152 مريضًا من MSK تم تشخيصهم بواحد من 55 نوعًا من السرطان. حدَّد تواتر السلالة الجرثومية والطفرات الجسدية في جينات BRCA بالإضافة إلى أنواع الأورام التي توجد فيها هذه الطفرات بشكل متكرر. (توجد طفرات السلالة الجرثومية في كل خلية في الجسم ، بينما الطفرات الجسدية موجودة فقط في الخلايا السرطانية.) بين الأورام التي تحتوي على جين BRCA متحور ، بحث بعد ذلك عن علامات طفرة في النسخة الثانية من جين BRCA ذي الصلة و نقص إصلاح الحمض النووي. عندما يتم تحور نسختين من جين BRCA في ورم ، فإن ذلك يعد علامة على أن نقص إصلاح الحمض النووي مهم لبيولوجيته.

كما هو متوقع ، كانت طفرات السلالة الجرثومية والجسمية أكثر شيوعًا في تلك السرطانات التي كان يُعتقد تاريخيًا أنها مدفوعة بـ BRCA: أورام الثدي والمبيض والبروستات والبنكرياس. هذه الأنواع من الأورام هي أيضًا تلك التي تم فيها تحور نسختين من جين BRCA وتم العثور على دليل على نقص إصلاح الحمض النووي.

في سرطانات أخرى منتشرة بشكل كبير و [مدش] سرطان الرئة وسرطان القولون والمستقيم ، على سبيل المثال و [مدش] حدث طفرات سلالة وراثية والجسمية BRCA ولكنها كانت أقل شيوعا. وعندما حدثت ، لم تكن مرتبطة تقريبًا بطفرة في نسخة الجين الأخرى. ولم تظهر هذه السرطانات دليلاً على نقص إصلاح الحمض النووي. بالنسبة للمحققين ، هذا يعني أن طفرات BRCA في هذه الأورام كانت عرضية إلى حد كبير.


القيادة ولكن ليس الترميز

ورقة أخرى نشرت في مجلة Nature, ركز بشكل أكبر على الطفرات الدافعة في مناطق الجينوم التي لا ترمز للبروتينات. فوجئ العلماء بالعثور على عدد قليل جدًا من هذه المحركات غير المشفرة ، نظرًا لأن 99 بالمائة من الجينوم غير مشفر. اكتشف الفريق أن 13 في المائة فقط من السائقين المحددين في هذا التحليل كانوا غير مشفرون.

"عندما بدأ الناس في تسلسل الجينوم الكامل ، كان هناك توقع بأننا سنجد محركات غير مشفرة بنفس ترتيب محركات ترميز البروتين. قالت إستر راينباي ، العضوة المشاركة في معهد برود والمؤلفة المشاركة الأولى لورقة برامج التشغيل غير المشفرة ، وهي أيضًا أستاذ مساعد الطب في HMS ومركز السرطان MGH. جيريمايا والا وعوفر شبيرا ، عضوان سابقان في مختبر بيروخيم ، هما أيضًا مؤلفان مشاركان أولًا ، وجتز وبروكيم من كبار المؤلفين المشاركين في هذه الدراسة.

في حين أن الدوافع غير المشفرة قد تلعب ببساطة دورًا أصغر في السرطان مما كان يُفترض سابقًا ، إلا أنها قد تكون أيضًا نادرة نسبيًا ويصعب العثور عليها ، مما يعني أن البحث عن هذه الدوافع لم ينته بعد.

قال Rheinbay: "إحدى القضايا التي تبرزها هذه الدراسات هي أننا ما زلنا لا نملك بيانات كافية عن جينوم السرطان". "نحن بحاجة إلى المزيد من سلاسل جينوم السرطان الكاملة - والتي ستأتي في المستقبل القريب بسبب انخفاض تكاليف تسلسل الحمض النووي."

وأضاف جيتز أن معرفة مكان تواجد هذه المحركات غير المشفرة في الجينوم - بشكل رئيسي في المناطق التنظيمية - يمكن أن يساعد في تركيز الدراسات المستقبلية على هذه المناطق. وقال: "إذا قمنا بتضييق نطاق البحث بدرجة كافية ، فقد نتمكن من إنشاء فحوصات فعالة من حيث التكلفة تسمح لنا بدراسة عدد أكبر من عينات الورم بتكلفة أقل".


كيف تؤدي طفرة سرطانية شائعة إلى الإصابة بالسرطان - وكيفية تصحيحه

الطفرات الجينية هي الشرارة والوقود للسرطان. تم ربط المئات من طفرات الحمض النووي بالسرطانات البشرية ، وأصبح العثور عليها وتصنيفها أسهل من أي وقت مضى ، وذلك بفضل التقنيات الجينية الجديدة.

ولكن لا يزال من الصعب معرفة ما تفعله هذه الطفرات لدفع نمو السرطان حتى يتمكن العلماء من تصميم علاجات جديدة للتدخل.

في بحث جديد نشر الأربعاء في المجلة طبيعة سجية، قامت مجموعة من المتعاونين من الساحل إلى الساحل بتطبيق طريقة جديدة قوية للقيام بذلك. أظهر الفريق كيف أن أحد الجينات المتحوّلة بشكل شائع يدفع فعليًا نمو السرطان وكيف يمكن مواجهته.

قال القائد المشارك للدراسة ، الدكتور روبرت برادلي من مركز فريد هاتشينسون لأبحاث السرطان في سياتل: "حتى بالنسبة للطفرات المدروسة جيدًا ، فعادةً ما يكون من غير الواضح ما هي العمليات الأساسية المحددة التي تعزز نمو السرطان". "عندما نفهم كيفية رسم خريطة لطفرة لتطور السرطان ، يمكننا أن نبدأ في التفكير في كيفية منع هذه العملية من العلاج."

تم تحور الجين برادلي والمتعاونين الذين تمت دراستهم ، والمسمى SF3B1 ، بـ 19 طريقة مختلفة في العديد من أنواع السرطان المختلفة التي نظروا إليها. هذا الجين مهم جدًا لعملية الخلية الأساسية ، عندما يتم تحورها ، تتعطل الأشياء في جميع أنحاء الخلية.

كانت أكبر مفاجأة للعلماء أنه ، من بين كل هذا التعقيد ، ظهرت إجابة بسيطة بأناقة. بغض النظر عن كيفية تحور SF3B1 ، وبغض النظر عن نوع السرطان الذي تم فحصه ، وبغض النظر عن أي شيء آخر خارج عن السيطرة في الخلايا ، فإن عملية رئيسية واحدة فقط كانت أساسية في دفع نمو السرطان.

(ما كانت هذه العملية؟ المزيد عن تطور الحبكة لاحقًا.)

بمجرد أن يعرفوا ما هي الآلية الإشكالية ، يمكن للعلماء التدخل. في الفئران ، بدأت الأورام البشرية المزروعة في الانكماش عند حقنها بأداة الإصلاح الجزيئي المصممة خصيصًا للباحثين.

يقول برادلي ومساعده ، الدكتور عمر عبد الوهاب من مركز ميموريال سلون كيترينج للسرطان في مدينة نيويورك ، إن "العلاج" التجريبي الذي صمموه يبعد سنوات عن المرضى من البشر.

في الوقت الحالي ، يأملون أن يدفع عملهم الباحثين الآخرين إلى دراسة هذه الآلية لإثبات حدوثها في العديد من السرطانات مع طفرات SF3B1 ، كما يقترح عمل برادلي وعبد الوهاب.ويأملون أن تضع نتائجهم الأساس للتصميم النهائي للعلاجات المستهدفة الجديدة التي تساعد مرضى بشريين حقيقيين مصابين بمجموعة متنوعة من السرطانات.

قال برادلي: "من منظور علمي ، أعتقد أنه من المثير حقًا أن تكون قادرًا على تحديد العلاقة المباشرة بين تغير جيني معين يحدث في العديد من السرطانات وخصائص النمط الظاهري للسرطان نفسها". "من منظور العلاج ، إنه أمر مثير لأننا كنا قادرين على إجراء التجارب الأساسية في هذه الورقة لإظهار أنه إذا قمنا بإعاقة تلك الآلية التي حددناها ، فيمكننا إبطاء نمو الورم أو حتى منعه ، حتى بعد أن يتم تكوين الأورام . "

كريسبر والبيانات الضخمة: "دع علم الأحياء يخبرنا بالإجابة"

الدراسة الجديدة بقيادة الدكتور روبرت برادلي من مركز فريد هاتشينسون لأبحاث السرطان (يسار) والدكتور عمر عبد الوهاب من مركز ميموريال سلون كيترينج للسرطان. صورة برادلي بواسطة روبرت هود / خدمة أخبار فريد هاتش. صورة لعبد الوهاب بإذن من ميموريال سلون كيترينج.

يقول برادلي وعبد الوهاب إن العمل ، الذي تموله الحكومة الفيدرالية ومنظمات غير ربحية ، يوفر أيضًا عرضًا مهمًا لقوة طريقة البحث التي استخدموها. لقد قاموا بدمج الجراحة الجينية الدقيقة لتقنية كريسبر ، والتي يتم إجراؤها على نطاق عالي الإنتاجية ، مع حساب الوزن الثقيل لفرز البيانات الجينية. ويتيح الجمع بين الإجابات الواضحة الظهور دون الحاجة إلى فرضية البداية ، كما يقولون.

قال برادلي: "لقد أدى ظهور علم البيانات و CRISPR / Cas9 إلى تحويل قدرتنا تمامًا على إجراء البحوث الطبية الحيوية". "أعتقد أن هذه القصة هي مثال على ذلك بعدة طرق مختلفة. ... يمكننا أن نجد هذه الجزيئات المختلفة التي لا ينبغي أن تكون موجودة - لم يكن بإمكاننا فعل ذلك قبل 10 سنوات. يمكنك محاكاة هذه التغييرات باستخدام تقنية CRISPRs - لم يكن بإمكاننا فعل ذلك قبل 10 سنوات ، وما إلى ذلك ، وما إلى ذلك. لم يكن من الممكن أن يحدث أي من هذه القصة في ذلك الوقت.

"الآن يمكننا اتباع نهج واسع حقًا ونقول فقط ،" سنسمح فقط للبيولوجيا بإخبارنا ما هي الإجابة. "

وجد هذا النهج إجابة بصوت عالٍ وواضح.

ما هو spliceosome ولماذا مهم في السرطان؟

SF3B1 هو مكون رئيسي لقطعة من الآلات الخلوية تسمى spliceosome. يعتبر الجسيم الوصلي ضروريًا لعملية بيولوجية أساسية: الترجمة الصوتية لشفرة الحمض النووي إلى البروتينات التي تقوم بمعظم المهام في كائن حي.

تجديد معلومات علم الأحياء 101: يتم نسخ كود الحمض النووي الخاص بك إلى لغة جزيئية ذات صلة ، RNA. ثم يتم ترجمة الحمض النووي الريبي إلى بروتين. (شاهد هذه الرسوم المتحركة للنسخ والترجمة من جينومك.)

قد يتجاهل صفك 101 مدى تعقيد جزء RNA من هذه العملية. في حمضنا النووي ، عادةً لا يكون رمز صنع بروتين معين موجودًا في مكان واحد من البداية إلى النهاية. أجزاء منه تتخللها تعليمات برمجية لا معنى لها يجب قطعها. هذه هي وظيفة spliceosome ، الذي يفصل جزيئات RNA المنسوخة حديثًا ، ويزيل المواد الإضافية ، ثم يتم إعادة تجميع الأجزاء المهمة من الكود معًا لترجمتها إلى بروتين.

معظم الجينات البشرية ليس لديها طريقة واحدة صحيحة للتقسيم. يمكن أن تؤثر العديد من العوامل على كيفية قيام الجسيم اللصق بالقطع واللصق ، مما يؤثر بدوره على بنية البروتين النهائي. هذه طريقة مهمة لتولد الحياة تعقيدها المذهل. (هل تريد رؤية العملية قيد التنفيذ؟ شاهد فيديو شرح تضفير الحمض النووي الريبي من YourekaScience.)

ولكن عندما يتم فك غشاء اللصق ، فإن الكثير من البروتينات المختلفة تتشابك أيضًا. هذا ما يجعل من الصعب للغاية معرفة كيف تؤدي طفرة في جين لصق مثل SF3B1 إلى نمو السرطان: مع إفساد العديد من البروتينات ، ما هي المسؤولة عن السرطان؟

مع البيانات "السحرية" ، "بالأبيض والأسود" ، تظهر إجابة

لقد عرف الباحثون أن SF3B1 يتحور في سرطانات تتراوح من سرطانات الدم مثل سرطان الدم إلى الأورام الصلبة مثل الأورام الميلانينية وسرطان البنكرياس. في بعض أنواع السرطان ، يعاني معظم المرضى من طفرة في SF3B1.

قال عبد الوهاب: "إن عامل التضفير RNA هذا شائع جدًا في العديد من أشكال السرطان". "لقد كان لغزا حقيقيا يتعلق فقط: لماذا هو منتشر جدا في السرطان ، ماذا يفعل؟"

وجد الفريق أنه على الرغم من ارتباط طفرات SF3B1 بعدة مئات من تغييرات التضفير في الحمض النووي الريبي المشفر للبروتين في الخلايا السرطانية البشرية ، إلا أن بضع عشرات فقط من هذه التغييرات شوهدت باستمرار في جميع السرطانات التي فحصوها.

ووجدوا أن العديد من تلك التغييرات في التضفير أدت إلى تدهور الحمض النووي الريبوزي الخاطئ بسرعة في الخلية. لذلك ، استخدم الباحثون تقنية كريسبر لإعادة إنشاء كل حمض نووي ريبوزي منقوص بشكل خاطئ ، واحدًا تلو الآخر ، لمعرفة ما يحدث في خلية بشرية عندما لا يتم أبدًا صنع البروتين الذي يشفره.

في مكتبه في فريد هاتش ، يقلب برادلي نسخة مطبوعة من ورقته بحثًا عن رسم بياني معين.

إنه صغير ، بضع خطوط سوداء ومجموعة من النقاط ، ليست ملفتة للنظر بشكل خاص ، إلا إذا كنت تعرف ما تبحث عنه: نقطة حمراء واحدة ، تطفو من تلقاء نفسها في بحر من الأبيض ، عالية فوق هريسة من النقاط الرمادية المسطحة على طول القاع. بالنسبة لبرادلي ، الرسم البياني يجسد اللحظة التي أدرك فيها أن الفريق لديه شيء مميز. إنه يوضح أنه من بين جميع البروتينات التي يثبطها SF3B1 عند حدوث طفرة ، تسبب واحد فقط - يسمى BRD9 - في حالة شبيهة بالسرطان في الخلايا في تجارب الباحثين.

(انقر على الصورة لعرضها على موقع المجلة.) قال برادلي إنه عندما رأى الباحثون هذه البيانات - الآن الشكل 2 د في ورقتهم الجديدة - أدركوا مدى خصوصية بياناتهم. أظهر هذا الرسم البياني أنه من بين جميع البروتينات المتأثرة بطفرة في SF3B1 ، تسبب BRD9 فقط في حدوث حالة شبيهة بالسرطان في الخلايا. إينوي وآخرون. (2019) اضطراب Spliceosomal لمجمع BAF غير الكنسي في السرطان. طبيعة سجية. 10.1038 / s41586-019-1646-9.

قال برادلي وهو يتطلع إلى الرسم البياني: "إذا نظرت إلى هذا الرقم ، فمن الواضح أنه يبدو سحريًا في الواقع". "كما تعلم ، ليس في كثير من الأحيان ، أشعر ، في العلم أن تقوم بتجربة وهذا واضح. كانت هناك نتيجة واحدة ، وهي تلك ".

دفعت بساطة الإجابة العلماء إلى العودة والتحقق من عملهم. بدت البيانات الخام جيدة. كرروا الاختبار عدة مرات.

قال برادلي: "لقد تكررت بشكل جيد حقًا". "في تلك المرحلة ، أود أن أقول إننا بدأنا نؤمن".

قال عبد الوهاب: "كان حقا أبيض وأسود". "لا يهم أي من هؤلاء الذين ننظر إليهم ، فإن BRD9 قد تم تقسيمه بشكل خاطئ عبر أي من أشكال السرطان هذه."

تطور الحبكة: "DNA غير المرغوب فيه" من فيروس قديم يتدخل

أكدت تجارب المتابعة أهمية هذا البروتين المفقود ، BRD9 ، في نمو عدة أنواع من الخلايا السرطانية ، ورسمت سلسلة الأحداث التي تربط SF3B1 بـ BRD9 لتطور السرطان والحفاظ عليه وتقدمه.

بعد ذلك ، تطور تطور آخر في الحبكة في البحث.

بغض النظر عن كيفية تحور SF3B1 ، وجد العلماء أنه دائمًا ما يفسد بروتين BRD9 بالطريقة نفسها تمامًا: عن طريق الخطأ في قص البصمة الأحفورية لفيروس ميت أصاب أسلافنا الرئيسيين منذ ملايين السنين من كود RNA الخاص به. تبين أن رموز RNA الخاصة بـ BRD9 كانت غريبة عندما كانت تحتوي على أحفورة الفيروس ، وسرعان ما قامت الخلايا بتفكيكها - مما يعني أن بروتين BRD9 لم يتم تصنيعه.

جينومنا مليء بمثل هذه الحفريات الفيروسية. في الواقع ، يمكن إرجاع حوالي 8٪ من الجينوم البشري إلى الفيروسات المنقرضة الآن والتي أصابت أسلافنا في وقت ما خلال المائة مليون سنة الماضية. نظرًا لأن بعض الفيروسات تتكاثر عن طريق إدخال حمضها النووي في جينومنا لاستقطاب عملياتنا الطبيعية لتكاثر الحمض النووي ، فقد انتهى الأمر ببعض هذه التسلسلات لتنتقل من الآباء إلى الأطفال ، ثم تنتقل عبر التاريخ التطوري. تُعد بقايا هذه التسلسلات جزءًا مما يوصف أحيانًا باسم "DNA غير المرغوب فيه" في الجينوم البشري - وليس دائمًا وصفًا دقيقًا ، حيث حدد العلماء أدوارًا مهمة لبعض ما يسمى غير المرغوب فيه في صحة الإنسان والمرض.

هنا ، اتضح ، شيء آخر.

قال برادلي: "إنها ملاحظة مثيرة للاهتمام وغريبة أن هناك قطعة من الحمض النووي المفترض أنها غير مهمة ظهرت مؤخرًا نسبيًا في جينوماتنا ويبدو أنها تعرضنا لهذا النوع من السرطان".

على الرغم من أنه قد يكون غريبًا ، إلا أن حقيقة أن آلية واحدة كانت مهمة جدًا لنمو السرطان وفرت للباحثين فرصة واضحة للتدخل. لقد صمموا جزيئات صغيرة تلتصق بجزء من أحفورة الفيروس ، مما يمنع الجسيم اللزج من لصقها في التعليمات الخاصة بصنع BRD9. بعد ذلك ، اختبروا الجزيئات في الفئران التي تزرع أورامًا ميلانية بشرية مزروعة. نجحت الاستراتيجية: بقيت أحفورة الفيروس المشكل خارج رمز BRD9 ، وتم تجميع BRD9 بشكل صحيح ، وفي كلا النوعين من سرطان الجلد الذي فحصوه ، نمت الأورام بشكل أبطأ وبدأت في الموت.

قال برادلي: "إنه لأمر مذهل بالنسبة لي أنه يمكننا تصحيح التضفير لجين واحد وإبطاء نمو الورم". "نظرًا لأن مئات الجينات بها أخطاء في التضفير في هذه السرطانات ، أعتقد أنه من المحتمل أيضًا أن تضطر إلى تصحيح التضفير لـ 50 منها حتى يكون لها أي تأثير على الورم.

"في الواقع ، يمكنك فقط ضرب واحدة."

يحذر عبد الوهاب من أنه في حين أن الآلية التي حددوها "تبدو بالتأكيد عنصرًا كبيرًا جدًا في عملية المرض التي لم يتم إدراكها للتو" ، فهو متأكد من أن العلماء سيحددون آليات مهمة أخرى لتحفيز الإصابة بالسرطان لدى المرضى الذين يعانون من طفرات SF3B1. السرطان معقد للغاية للحصول على إجابات.

هل يمكن أن يصبح هذا علاجًا للسرطان؟

مع تقدم تجاربهم ، اختار الباحثون التركيز على نوعين من الأورام الميلانينية التي تؤثر على أجزاء من العين والمستقيم. كان الاختيار مهمًا للفريق.

قال برادلي: "اعتقدنا أنه يمكن أن يكون لنا أكبر تأثير من خلال التركيز على سرطان غير مدروس". "إذا كان بإمكانك دراسة مرض لم يقم فيه الأشخاص الآخرون بالكثير من العمل السابق ، فمن المرجح أن تكوّن رؤى ستؤثر على المرضى."

تمت الموافقة على أول دواء على الإطلاق لتصحيح التضفير الشاذ للحمض النووي الريبي من قبل إدارة الغذاء والدواء الأمريكية في عام 2015 لعلاج الأشخاص الذين يعانون من مرض هزال العضلات الوراثي المميت الذي يسمى الضمور العضلي النخاعي. ينتمي هذا الدواء إلى نفس عائلة الجزيئات مثل المواد التصحيحية التي صممها برادلي وعبد الوهاب لفئرانهما ، ومثلما هو الحال بالنسبة لهما ، فإنه يغير كيفية تحضير الجسيم اللزج للتعليمات لصنع بروتين معين.

قال برادلي: "لديهم الآن العلاج الأول لهذا المرض الرهيب حقًا ، وقد نجح". "لقد ظهر بالفعل أنه يمكن ترجمة هذا النوع من الأشياء" إلى علاج للمرضى. وأضاف: "من الصعب القيام بذلك في السرطان ، على الأرجح. لكن هذا لا يعني أنه لا يمكن القيام بذلك ".

الآن ، يأمل هو وعبد الوهاب وزملاؤه في العثور على متعاونين لديهم الخبرة المناسبة لتطوير إستراتيجية العلاج التجريبية الناشئة إلى علاج حقيقي للأشخاص المصابين بسرطانات طفرة SF3B1.

"هذا هو الهدف بالتأكيد. قال برادلي: "نريد أن يؤثر ذلك على المرضى".

تم تمويل البحث من قبل المعاهد الوطنية للصحة ، وبرنامج أبحاث فشل نخاع العظام التابع لوزارة الدفاع ، وجمعية اللوكيميا وسرطان الغدد الليمفاوية ، ومؤسسة Evans MDS وغيرها من المنظمات غير الربحية.


المواد والأساليب

تقييم استخدام Cryptic 3′ss في عينات TCGA.

اعتمدنا نتائج دراسة شاملة ، والتي أجرت تحليلًا منهجيًا لمشهد الربط البديل عبر جميع مرضى سرطان TCGA (12). تم تنزيل قيم PSI لجميع الأحداث البديلة 3 المحددة في جميع عينات TCGA من موقع الويب https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/PanCanAtlas-Splicing-2018 ، مع اسم الملف كـ "merge_graphs_alt_3prime_C2.confirmed .txt.gz ". يحتوي هذا الملف على 181،915 حدثًا عبر 10،019 عينة TCGA. لاستخراج المفتاح الشاذ الحقيقي 3′ss الناجم عن متحولة SF3B1 ، استخدمنا قائمة من 47 هدفًا عالي الثقة (فرق PSI بين mutant مقابل WT & gt 0.2) من دراسة منشورة مؤخرًا (11) (Dataset S1). لكل حدث من هذه الأحداث الـ 47 ، حسبنا أولاً متوسط ​​قيمة PSI عبر جميع العينات البالغ عددها 10،019 عينة كمعدل الخطأ في الخلفية. ثم ، لكل عينة ، يتم إقران ملف ر تم تطبيق الاختبار (اختبار من جانب واحد نحو PSI أكبر في العينة المختبرة) بين PSI لـ 47 حدثًا مقابل معدل الخطأ في الخلفية (الشكل 1)أ). أخيرًا ، تم ترتيب جميع العينات بناءً على الترتيب التصاعدي لـ ص القيمة ، والتي تشير إلى مستوى أهمية الاستخدام الغزير لثلاث نسخ خاطئة.

ملف تعريف الطفرة الجسدية لعموم السرطان TCGA.

تم الحصول على ملامح طفرة جسدية لعينات TCGA من UCSC Xena و CBioportal. تم تنزيل ملف تقرير متغير Mutect2 "GDC-PANCAN.mutect2_snv.tsv" من مركز GDC Pan-Cancer لموقع مجموعات بيانات UCSC Xena. تمت إزالة الطفرات غير الوظيفية (على سبيل المثال: المتغير المرادف ، البديل intron ، المتغير بين الجينات) من الجدول.

تحديد الآفات الجينية المرتبطة بالربط البديل.

قمنا أولاً بتداخل عينات TCGA من جدول الطفرات وجدول الخطأ 3′ss. بعد ذلك ، تم ترتيب العينات المتطابقة بناءً على الترتيب التصاعدي للزوج السابق ر اختبار ص القيمة. بعد ذلك ، تم إجراء اختبار التخصيب الممزوج مسبقًا باستخدام الحزمة R "fgsea" (الدالة fgsea ، minSize = 50 ، nperm = 100.000). هنا ، القائمة المفبركة هي عينات TCGA الموصوفة على النحو الوارد أعلاه. لكل جين ، تم اختبار مجموعة العينات المتحولة للتخصيب مقابل هذه القائمة المزيفة. كل من درجة التخصيب الطبيعي و ص تم استخدام القيم من هذا الاختبار لقياس الارتباط بين استخدام 3s البديل والطفرات الجينية. تمت إزالة الأفراد الذين يعانون من فرط الحركة مع & gt500 طفرات جسدية من هذا التحليل.

تحليل مجتمع الشبكة المحلية.

تم استخدام تفاعلات STRING كخلفية للشبكة البيولوجية (https://string-db.org). تم الاحتفاظ فقط بأعلى 10٪ من التفاعلات عالية الثقة. سجل (−1) *10 ص قيمة من الاقتران ر تم استخدام الاختبار لوزن عقد الشبكة أعلاه. من تحليل التخصيب المقلد أعلاه ، تم الاحتفاظ فقط بالعقد (الجينات) التي تحتوي على 50 عينة متحولة من TCGA لهذا التحليل. تم استخدام حزمة R "igraph" لتجميع هذه الشبكة الموزونة للعقدة. على وجه التحديد ، استخدمنا الوظيفة "مخطط معلومات المجموعة" للكشف عن مجتمعات الشبكة المحلية مع مراعاة أوزان العقد (15). بعد التجميع ، تم تخصيص كل جين (عقدة) بشكل فريد لمجتمع واحد. ثم تم تصنيف المجتمعات حسب متوسط ​​أوزانها على جميع أعضاء العقدة.

خريطة التمثيل اللوني والتكتل الهرمي.

لاستكشاف التشابه النسبي للاستخدام الخفي 3′ss ، تم إجراء تجميع هرمي غير خاضع للإشراف باستخدام قيم PSI للأحداث الـ 47 المشفرة 3′ss بين SF3B1 متحولة (68 حالة في المرتبة الأولى) ، SUGP1 متحولة (13 حالة في المرتبة الأولى) ، وعينات WT (200 حالة تم اختيارها عشوائيًا). تم احتساب القيم المفقودة في المصفوفة كـ PSI بقيمة 0. تم اعتماد الأمر "heatmap.2" من حزمة R "gplots" لهذا التحليل باستخدام المسافة الإقليدية و (1 − ارتباط بيرسون) / 2 كمسافة ، على التوالي.

يبني التعبير بلازميد.

تم استنساخ WT و K700E الموسوم بـ HA و SF3B1 ، و WT الموسوم بـ HA و G574A-G582A المتحولة SUGP1 في p3xFLAG-CMV-14 (Sigma) في دراستنا السابقة (11). تم إنشاء بنيات SUGP1 متحولة R189Q و E240K و R317W و L515P و G519V و R625T و P636L و R642W عن طريق الطفرات الموجهة للموقع (27).

فحوصات Minigene.

Minigenes لـ TTI1, ORAI2, الخريطة، و ZNF91 تم استنساخها في pcDNA3 (Invitrogen) في دراستنا السابقة (11). تم نقل مزيج من هذه العناصر الأربعة (100 نانوغرام لكل منهما) والتعبير عن DNA البلازميد (2 ميكروغرام) إلى خلايا HEK293T في ستة ألواح باستخدام Lipofectamine 2000 (Thermo Fisher Scientific). في 48 ساعة بعد النقل ، تم استخراج الحمض النووي الريبي الكلي من الخلايا المنقولة باستخدام TRIzol (Thermo Fisher Scientific) ، متبوعًا بالعلاج باستخدام DNase I (New England Biolabs). تم إجراء RT-PCR كما هو موضح في دراستنا السابقة (11). باختصار ، تم نسخ 2 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي الكلي المعالج بـ DNase باستخدام Maxima Reverse Transcriptase (Thermo Scientific) مع 50 pmol oligo-dT التمهيدي و 0.2 pmol التمهيدي العكسي المخصص (5′-TAG AAG GCA CAG TCG AGG-3 ′) ، متبوعًا بتفاعلات PCR التي تحتوي على [α- 32 P] dCTP. تم حل منتجات PCR في صفحة غير قابلة للتشبع بنسبة 6٪ ، ثم تم تجفيف الجل وتعريضه لشاشة فوسفور. تم فحص الإشارات المشعة بواسطة مصور Typhoon FLA 7000 (GE Healthcare) وقياسها باستخدام ImageQuant (الديناميكيات الجزيئية). كانت الاشعال المستخدمة في تفاعلات PCR كما يلي: التمهيدي الأمامي الخاص بالمتجهات ، 5′-TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA G-3 ′ ORAI2 العكسي ، 5′-CTC TCC ATC CCA عكس TCT CCT TG-3 ′ TTI1 ، 5′-ACA TCT GGA CGG GTG TCA TT-3 ′ ZNF91 عكسي ، 5′-CTC TGC TCT GGC CAA AAG TC -3 ′ و MAP3K7 عكسي ، 5′-TCC CTG TGA ATT AGC GCT TT-3 ′.

النشاف الغربي.

تم إجراء النشاف الغربي كما هو موضح في دراستنا السابقة (11). باختصار ، تم حل البروتينات بواسطة SDS / PAGE وتم نقلها إلى أغشية النيتروسليلوز (Bio-Rad) ، متبوعة بالتكتل المناعي بالأجسام المضادة الأولية والثانوية. كانت الأجسام المضادة الأولية على النحو التالي: مضاد ACTIN (Sigma ، A2066) ، مضاد SF3B1 (Bethyl Laboratories ، A300-996A) ، anti-SUGP1 (Bethyl Laboratories ، A304-675A-M) ، مضاد لـ HA الأرنب (Abm ، G166) ، الماوس المضاد لـ HA (Sigma ، H3663). كانت الأجسام المضادة الثانوية على النحو التالي: Donkey anti-Rabbit IgG (LI-COR، 926-68073) و Goat anti-Mouse IgG (LI-COR، 926-32210). تم الكشف عن إشارات التألق المناعي باستخدام نظام التصوير ChemiDoc (Bio-Rad).

توافر البيانات.

تم تضمين جميع البيانات التي تم إنشاؤها في هذه الدراسة في النص الرئيسي ، الملحق SI، أو مجموعات البيانات S1 – S4.


شاهد الفيديو: أسباب الطفرات (كانون الثاني 2022).