معلومة

ما هي المعلومات التي يمكن الحصول عليها من قائمة أسماء الجينات؟


دعنا نقول أن لدي فقط قائمة بأسماء الجينات. أعلم أنهم يخضعون للتنظيم وأعلم أنهم مرتبطون بالسرطان.

ما هي المعلومات التي يمكنني الحصول عليها من امتلاك أسماء الجينات فقط؟ على سبيل المثال ، هل هناك أي طريقة لإيجاد تفاعل جيني أو أي شيء آخر؟ هل من الممكن استرجاع أي معلومة بحيازة اسم الجينات فقط؟


أود أن أقترح البحث عن الاسم في أي قاعدة بيانات جينية موثوقة مثل GenBank الخاص بـ NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). يمكنك فقط البحث في Google ، ولكن قد يستغرق الأمر وقتًا أطول للعثور على معلومات مفيدة بهذه الطريقة.

آمل أن يكون هذا مفيدًا ونتمنى لك التوفيق في بحثك ،

CDB


كان الحصول على وقت طويل في التعليقات.

في ضوء تعليقاتك ، قد تكون مهتمًا بتحليل تخصيب مجموعة الجينات (GSEA). يمكنك عمل GSEA باستخدام مجموعتك ، والآخر يأتي من قواعد البيانات المرجعية مثل MSigDB (انظر هنا). يمكنك تصنيف قائمتك حسب عائلات الجينات باستخدام هذه التقنية على سبيل المثال.

يمكنك الحصول على فكرة عن العملية الخلوية الأكثر تأثراً بالجينات الموجودة في قائمتك ومن هناك حاول الوصول إلى بعض الاستنتاجات ولكن فقط كتحذير ، فإن ما تحاول القيام به ليس تافهاً على الإطلاق. سيكون من الصعب الوصول إلى استنتاجات صحيحة من قائمة بسيطة من الجينات لأن الارتباط لا يعني السببية (أي هل تم تنظيم الجين بسبب السرطان أم أنه يثير السرطان؟)

لتصور المسارات ، قد ترغب في إلقاء نظرة على هذا المنشور على Biostars. تتوفر العديد من البرامج لهذا الغرض.


هذا يعتمد؛ ما هي الأنواع التي تنتمي إليها الجينات؟ بعض الكائنات الحية لديها الجينومات المشروحة على نطاق واسع ، وقواعد البيانات الخاصة بالأنواع المنسقة بنشاط ، في حين أن الأنواع الأخرى قد لا يكون لديها حتى تسلسل الجينوم المرجعي المتاح. في حد ذاته ، بداهة ، إذا كنت محظوظًا ، فكل ما ستخبرك به هو كيفية تهجئة أسماء تلك الجينات - إذا كنت محظوظًا. ولكن بالنسبة إلى عالم المعلومات الحيوية الماهر ، يمكن أن تكون القائمة المذكورة بمثابة بوابة لاكتشاف ، أو براءة اختراع ، أو منشور ، أو منحة ، على الرغم من عدم ترجيح أيٍّ منها.


حاول أيضًا وضع القائمة من خلال Reactome أو String DB لمعرفة ما إذا كنت ترى تعيينًا لمسارات معينة. http://string-db.org/

يمكنك أيضًا وضع قوائم من خلال ConceptGen لإجراء تحليلات قائمة على علم الوجود http://portal.ncibi.org/gateway/conceptgen.html


بافتراض أن كل رمز جيني يمثل جينًا أو بروتينًا فريدًا (قد لا يكون هذا صحيحًا ؛ انظر للأسماء المستعارة لاسم الجين على سبيل المثال NCBI Entrez gene) ، يمكنك الحصول على الكثير من المعلومات برمجيًا. فيما يلي مثال على استخدام موارد R و Bioconductor.

حدد قائمة الجينات الخاصة بك:

# قائمة رموز الجينات ، وهنا نركز على واحد. > الجينات <- "KRAS"

قم بتحميل حزمة التعليقات التوضيحية org.Hs.eg.db واسترجع المعلومات الأساسية بما في ذلك معرفات Gene Ontology:

# حزمة التعليقات التوضيحية للجينات البشرية. > library (org.Hs.eg.db) # query Entrez gene id ، الوصف (GENENAME) و Gene Ontology id (GO)> info <- حدد (org.Hs.eg.db ، keys = genes ، keytype = "SYMBOL "، عمود = c (" ENTREZID "،" GENENAME "،" GO "))> head (info) SYMBOL ENTREZID GENENAME GO EVIDENCE 1 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog GO: 0000165 TAS 2 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog GO: 0000186 TAS 3 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma فيروسي متجانس الأورام GO: 0001934 IMP 4 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral Oncogene homolog GO: 0005515 IPI 5 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma الفيروسية الورمية المتجانسة GO: 0005525 IEA 6 KRAS متجانس الأورام الفيروسية GO: 0005737 IDA علم الأورام 1 BP 2 BP 3 BP 4 MF 5 MF 6 CC

قم بتحميل حزمة GO.db واسترجع المصطلح المرتبط بمعرفات GO (وهذا يعطي معلومات حول الوظيفة المفترضة):

> مكتبة (GO.db)> info $ Term <- Term (GOTERM [info $ GO])> head (info) SYMBOL ENTREZID GENENAME GO EVIDENCE 1 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog go: 0000165 TAS 2 KRAS 3845 Kirsten rat ساركوما متجانس الجين الورمي الفيروسي GO: 0000186 TAS 3 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral Oncogene homolog GO: 0001934 IMP 4 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog GO: 0005515 IPI 5 KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma GO 6: KRAS 3845 Kirsten rat sarcoma GO: KRAS 3845 ساركوما كيرستن الجرذ الفيروسي المتجانس GO: 0005737 IDA ONTOLOGY المصطلح 1 BP MAPK cascade 2 BP تنشيط MAPKK 3 BP التنظيم الإيجابي لفسفرة البروتين 4 ربط بروتين MF 5 MF GTP ملزم 6 CC

قم بتحميل حزمة RefNet واحصل على معلومات حول البروتينات المتفاعلة:

> مكتبة (RefNet)> refnet <- RefNet () # يتم تنزيل هذه الخطوة من AnnotationHub وقد تستغرق بعض الوقت. > int <- التفاعلات (refnet، types = "9606"، id = genes، Provider = "BioGrid") # إنشاء إطار بيانات مع معرف Entrez للبروتينات. > d <- int [، 1: 2]> d $ A <- sub (". * locuslink: (. *)  |. *"، " 1"، d $ A)> d $ B < - فرعي (". * locuslink: (. *)  |. *"، " 1"، d $ B)> head (d) AB 1 3065 3845 2 8841 3845 323411 3845 4 1994 3845 5 3845 9770 6 9770 3845

استخدم حزمة igraph لتصور البروتينات المتفاعلة.

> مكتبة (igraph)> g <- igraph :: أبسط (graph.data.frame (d ، موجه = FALSE)) # علق على العقد بالرمز. > V (g) $ label <- حدد (org.Hs.eg.db، keys = V (g) $ name، عمود = c ("SYMBOL")،) $ SYMBOL> مؤامرة (g)

ثم يمكنك تكرار الدورة مع الشركاء المتفاعلين. هناك العديد من الأشياء الأخرى التي يمكنك القيام بها ، بدءًا من قائمة الرموز ؛ هذا مجرد مثال موجز. يمكن العثور على المزيد من الأمثلة التفصيلية ومهام سير العمل هنا.


خذ أسماء الجينات وانسخها جميعًا ، ثم افتح أداة على الإنترنت تسمى هوس الجينات. الصق كل جيناتك على النافذة. سوف تحصل على تفاعلهم والجينات الأخرى ذات الصلة. اذهب الآن إلى قاعدة بيانات تسمى بطاقات الجينات واكتب كل الجينات التي حصلت عليها من هوس الجينات والصقها واحدة تلو الأخرى للحصول على معلومات مفيدة حول الجينات الفردية. بعضها عبارة عن معلومات موقع تقييد وعوامل النسخ وما إلى ذلك.


المعلومات الجينية ومكان العمل

جعلت التطورات الحديثة في البحث الجيني من الممكن تحديد الأساس الجيني للأمراض البشرية ، وفتح الباب لاستراتيجيات الوقاية الفردية والاكتشاف والعلاج المبكر. هذه التطورات تبشر بالكثير من أجل تحسين الصحة. ومع ذلك ، يمكن أيضًا استخدام المعلومات الجينية بشكل غير عادل للتمييز أو وصم الأفراد في العمل. على سبيل المثال ، قد يُحرم الأشخاص من الوظائف أو المزايا لأنهم يمتلكون سمات وراثية معينة - حتى لو لم يكن لهذه السمة تأثير على قدرتهم على أداء الوظيفة. بالإضافة إلى ذلك ، نظرًا لأن بعض السمات الجينية توجد بشكل متكرر في مجموعات عرقية أو إثنية محددة ، فقد يؤثر هذا التمييز بشكل غير متناسب على هذه المجموعات. يوضح هذا التقرير سبب استحقاق العمال الأمريكيين للتشريع الفيدرالي لحمايتهم من التمييز الجيني في مكان العمل.

الوعد بالمعلومات الجينية

إن التقدم غير المسبوق في تحديد وفهم ما بين 50000 إلى 100000 جينة أو نحو ذلك تشكل الجينوم البشري يوفر فرصة للعلماء لتطوير استراتيجيات لمنع أو تقليل آثار الأمراض الوراثية. أظهر العلماء أن الأخطاء الموروثة المباشرة في جيناتنا مسؤولة عن ما يقدر بـ 3000 إلى 4000 مرض ، بما في ذلك مرض هنتنغتون ، والتليف الكيسي ، والورم الليفي العصبي ، وضمور دوشين العضلي. يمكن أن تؤدي الوراثة الأكثر تعقيدًا للأخطاء الجينية المتعددة أيضًا إلى زيادة خطر إصابة الفرد باضطرابات شائعة مثل السرطان وأمراض القلب والسكري. أصبحت التقنيات الجينية ، مثل اختبارات الحمض النووي البسيطة ، متاحة بشكل متزايد لتحديد الأشخاص الذين قد يكون لديهم احتمالية متزايدة للإصابة باضطراب ما. ومع ذلك ، فإن غالبية الأمراض التي يواجهها الأمريكيون لا تنتج فقط عن الاستعداد الوراثي ولكن من تفاعل الجينات مع العوامل البيئية ، بما في ذلك المهنة والنظام الغذائي ونمط الحياة. وبالتالي ، لا يمكن للاختبارات الجينية وحدها أن تتنبأ على وجه اليقين بما إذا كان الشخص الذي يعاني من خطأ جيني معين سيصاب في الواقع بمرض.

باستخدام أدوات من مشروع الجينوم البشري ، يتم الإبلاغ عن اكتشاف جيني جديد كل أسبوع تقريبًا. على سبيل المثال ، أبلغ العلماء مؤخرًا عن اكتشاف تغيير جيني يبدو ، في الدراسات المبكرة ، أنه يضاعف من خطر إصابة الشخص بسرطان القولون. التغيير الجيني ، الذي يمكن تحديده بفحص دم بقيمة 200 دولار ، هو الأكثر انتشارًا بين اليهود المنحدرين من أصول أوروبية الشرقية. بمجرد تحديده ، يمكن للأشخاص الذين يحملون هذه الطفرة استخدام فحوصات القولون المنتظمة لاكتشاف نمو السرطان مبكرًا عندما يتم علاجه بسهولة أكبر.

عندما يتم إنشاء وسائل فعالة للكشف المبكر والعلاج ، يمكن أن تساعد المعرفة بالتغييرات الجينية الشخص على منع أو تقليل احتمالية الإصابة بالمرض ، وفي بعض الحالات تقلل فعليًا تكاليف الرعاية الصحية. على سبيل المثال ، يمكن للاختبارات الجينية للكشف عن داء ترسب الأصبغة الدموية والزرق وبعض أنواع السرطان أن تنبه الفرد لبدء الإجراءات الوقائية قبل أن يتسبب المرض في حدوث ضرر.

المعلومات الجينية والتمييز

هناك عدة طرق لجمع المعلومات الجينية. يمكن استنتاجه من التاريخ الطبي للعائلة أو أثناء الفحص البدني. قد تشير الاختبارات المعملية الروتينية التي تقيس إنتاج الجسم من مواد معينة أيضًا إلى التكوين الجيني للفرد. لكن الطريقة الأكثر مباشرة للحصول على المعلومات الجينية هي من خلال تحليل الحمض النووي ، المادة التي تتكون منها الجينات. تحدد مثل هذه الاختبارات الجينية سمات معينة للحمض النووي لدى الأشخاص الذين أصيبوا بالفعل بمرض ، أو لدى الأشخاص الأصحاء الذين قد يكونون معرضين لخطر الإصابة باضطراب وراثي في ​​وقت لاحق في الحياة ، أو في الأشخاص المعرضين لخطر إنجاب طفل مصاب باضطراب وراثي. وبالتالي ، تتضمن المعلومات الجينية معلومات حول الجينات والمنتجات الجينية والخصائص الموروثة التي قد تنبع من الأفراد أو أفراد أسرهم.

بينما تزيد التكنولوجيا الجينية من القدرة على اكتشاف الاضطرابات الصحية والوقاية منها ، يمكن أيضًا إساءة استخدامها للتمييز ضد الأفراد أو وصمهم. حدد استطلاع عام 1996 للأفراد المعرضين لخطر الإصابة بحالة وراثية وأولياء أمور الأطفال الذين يعانون من حالات وراثية محددة أكثر من 200 حالة من التمييز الجيني بين 917 شخصًا استجابوا. تضمنت القضايا التمييز من قبل شركات التأمين وأرباب العمل والمنظمات الأخرى التي تستخدم المعلومات الجينية. حدد مسح آخر حديث للمستشارين الوراثيين وأطباء الرعاية الأولية والمرضى ، 550 شخصًا حُرموا من العمل أو التأمين بناءً على استعدادهم الوراثي للإصابة بمرض. بالإضافة إلى ذلك ، نظرًا لأن المعلومات الجينية للفرد لها آثار على أفراد أسرته أو الأجيال القادمة ، فإن إساءة استخدام المعلومات الجينية يمكن أن يكون لها آثار بين الأجيال أوسع بكثير من أي حادث فردي لسوء الاستخدام.

يتردد العديد من الأمريكيين في الاستفادة من الاختراقات الجديدة في الاختبارات الجينية خوفًا من عدم استخدام النتائج لتحسين صحتهم ، بل لحرمانهم من الوظائف أو التأمين الصحي.

وجد استطلاع أجراه هاريس عام 1995 لعامة الناس أن أكثر من 85 في المائة ممن شملهم الاستطلاع أشاروا إلى أنهم قلقون للغاية أو قلقون إلى حد ما من أن شركات التأمين أو أرباب العمل قد يتمكنون من الوصول إلى المعلومات الجينية واستخدامها.

أفاد 63 في المائة من المشاركين في مسح هاتفي وطني أجري عام 1997 لأكثر من 1000 شخص أنهم لن يخضعوا لاختبارات جينية للأمراض إذا تمكنت شركات التأمين الصحي أو أرباب العمل من الوصول إلى النتائج. شعر خمسة وثمانون في المائة أنه يجب منع أصحاب العمل من الحصول على معلومات حول الظروف الجينية للفرد ، والمخاطر ، والميول.

أفاد الباحثون الذين أجروا دراسة في ولاية بنسلفانيا متعددة السنوات تهدف إلى فهم كيفية الحفاظ على صحة النساء المصابات بطفرات جينية لسرطان الثدي ، أن ما يقرب من ثلث النساء المعرضات لخطر كبير اللواتي تمت دعوتهن للمشاركة في الدراسة رفضن لأنهن يخشين التمييز أو فقدان الخصوصية.

وجدت دراسة أخرى أجريت على 332 شخصًا ينتمون إلى مجموعات دعم للعائلات التي تعاني من اضطرابات وراثية أن الخوف من التمييز الجيني أدى إلى عدم قيام 17 بالمائة من المشاركين بالكشف عن المعلومات الجينية لأصحاب العمل.

بالإضافة إلى ذلك ، قام الناس بإخفاء معلومات وراثية عن أنفسهم خوفًا من آثار الكشف عنها. على سبيل المثال ، يعتقد رجل يبلغ من العمر 18 عامًا ، معرض لخطر وراثة مرض هنتنغتون من أحد والديه ، الذي كان يرغب في التجنيد في مشاة البحرية للخدمة في حرب الخليج الفارسي ، أن المعرفة بحالة الخطر الخاصة به ستحرمه من الخدمة. ، على الرغم من أنه من غير المحتمل أن تظهر عليه أعراض أثناء فترة عمله. لذلك أجاب بـ "لا" على الأسئلة المتعلقة بالاضطرابات الوراثية في طلبه ولم يُدرج مرض هنتنغتون في التاريخ الطبي لعائلته. كما اختار شخص آخر توفي والداه بسبب مرض هنتنغتون إخفاء الحقيقة عن صاحب العمل. خوفًا من العواقب السلبية في العمل إذا كان سبب الوفاة هذا معروفًا ، رتب الفرد لتشخيص الاختناق للإبلاغ عنه كسبب للوفاة لتجنب ذكر المرض في النعي. تم الإبلاغ عن الخوف من التمييز الجيني وعواقب هذا الخوف في كل من الأدبيات العلمية والصحافة الشعبية.

المعلومات الجينية في مكان العمل

يمكن إجراء نوعين من الاختبارات الجينية في مكان العمل: الفحص الجيني والرصد الجيني. يفحص الفحص الجيني التركيب الجيني للموظفين أو المتقدمين للوظائف لخصائص موروثة محددة. يمكن استخدامه للكشف عن الظروف العامة القابلة للتوريث التي لا ترتبط بالتعرض في مكان العمل لدى الموظفين أو المتقدمين. على سبيل المثال ، استخدم أرباب العمل الفحص الجيني في أوائل السبعينيات لتحديد الأمريكيين الأفارقة الذين يحملون طفرة جينية لفقر الدم المنجلي. حُرم أولئك الذين يحملون الطفرة الجينية من الوظائف - على الرغم من أن العديد منهم كانوا يتمتعون بصحة جيدة ولن يصابوا بالمرض أبدًا. في هذه الحالات ، غالبًا ما يحدث الفحص الجيني لتحديد سمة الخلايا المنجلية دون موافقة الأفراد.

يمكن أيضًا استخدام الفحص الجيني للكشف عن وجود سمات محددة وراثيًا تجعل الموظف عرضة أو "مفرط الحساسية" لمرض معين إذا تعرض لعوامل بيئية معينة أو مواد قد تكون موجودة في مكان العمل. من الناحية النظرية ، يمكن استخدام الفحص الجيني للسمات المهنية ذات الصلة لتعيين الموظفين المعرضين وراثيًا للإصابة بأمراض مهنية معينة بعيدًا عن التعرض الضار. ومع ذلك ، لا يوجد إجماع حاليًا بشأن صحة الأدلة العلمية أو فائدة الاختبارات الجينية التي تم الإبلاغ عنها للتنبؤ بقابلية الفرد للتعرض.

المراقبة الجينية ، وهي نوع ثان من الاختبارات ، تتحقق مما إذا كانت المادة الجينية للفرد قد تغيرت بمرور الوقت بسبب التعرض في مكان العمل للمواد الخطرة. يمكن استخدام الأدلة على التغيرات الجينية في مجموعة من العمال لاستهداف مناطق العمل لزيادة احتياطات السلامة والصحة ولإشارة إلى الحاجة إلى خفض مستويات التعرض لمجموعة معرضة لخطر غير معروف من قبل. الهدف النهائي للمراقبة الجينية هو منع أو تقليل خطر الإصابة بأمراض ناجمة عن الضرر الجيني.

على الرغم من أن التغيرات الجينية مثل تلف الكروموسومات قد ارتبطت بالتعرض للإشعاع وبعض المواد الكيميائية المطفرة أو المواد المسرطنة ، لا يُعرف الكثير عن التغييرات التي تنبئ بمخاطر المرض اللاحقة. هناك حاجة إلى مزيد من البحث لتحديد العلاقة ، إن وجدت ، بين هذه التغييرات ومخاطر المرض اللاحقة على السكان والأفراد المتضررين. لهذا السبب ، نادرًا ما يكون استخدام نتائج المراقبة الجينية لاتخاذ قرارات التوظيف مبررًا.

بالإضافة إلى ذلك ، قد يسعى بعض أصحاب العمل إلى استخدام الاختبارات الجينية للتمييز ضد العمال - حتى أولئك الذين لم تظهر عليهم علامات المرض بعد أو الذين قد لا تظهر عليهم أبدًا علامات المرض - لأن أصحاب العمل يخشون عواقب التكلفة. استنادًا إلى المعلومات الجينية ، قد يحاول أصحاب العمل تجنب توظيف العمال الذين يعتقدون أنهم من المحتمل أن يأخذوا إجازة مرضية أو يستقيلوا أو يتقاعدون مبكرًا لأسباب صحية (خلق تكاليف إضافية في تعيين وتدريب موظفين جدد) ، أو تقديم تعويض العمال ، أو استخدام فوائد الرعاية الصحية بشكل مفرط. وجد استطلاع عام 1989 للشركات الكبيرة والمرافق الخاصة والنقابات العمالية أن 5 بالمائة من 330 منظمة استجابت أجرت فحصًا وراثيًا أو مراقبة لعمالها. وجدت دراسة استقصائية أخرى أجريت عام 1989 على 400 شركة ، أجرتها شركة Northwestern National Life Insurance ، أن 15 بالمائة من الشركات خططت بحلول عام 2000 للتحقق من الوضع الجيني للموظفين المحتملين وعائلاتهم قبل تقديم عروض العمل. وبالتالي ، هناك دليل على استمرار استخدام المعلومات الجينية للتمييز ضد العمال المؤهلين. من المرجح أن يزداد الحافز الاقتصادي للتمييز على أساس المعلومات الجينية مع تقدم البحوث الجينية وانخفاض تكاليف الاختبارات الجينية.

أناس حقيقيون - تمييز حقيقي

يمكن أن يؤدي الاستعداد أو الظروف الجينية إلى التمييز في مكان العمل ، حتى في الحالات التي يكون فيها العمال يتمتعون بصحة جيدة ومن غير المحتمل أن يصابوا بالمرض أو حيث لا تؤثر الحالة الوراثية على القدرة على أداء العمل. نتيجة لذلك ، يُحرم الأشخاص الحقيقيون من فرص العمل.

تم فحص فرد واحد وعلم أنه يحمل طفرة واحدة لمرض جوشر. تشير حالة الناقل الخاص به إلى أنه قد ينقل هذه الطفرة إلى أطفاله ، ولكن لا يشير إلى أنه سيصاب بمرض غوشيه بنفسه. كشف هذه المعلومات عند التقدم لوظيفة وحُرم من الوظيفة بسبب طفرة جينية ، رغم أنها لا تؤثر على قدرته الحالية أو المستقبلية على أداء وظيفة.

كشف رجل يبلغ من العمر 53 عامًا في مقابلة عمل مع شركة تأمين أنه مصاب بداء ترسب الأصبغة الدموية ولكن لم تظهر عليه أعراض. خلال المقابلة الثانية ، قيل له إن الشركة مهتمة بتوظيفه لكنها لن تتمكن من تقديم تأمين صحي له بسبب حالته الوراثية. وافق على هذا الترتيب. خلال مقابلته الثالثة ، أخبره ممثل الشركة أنهم يرغبون في تعيينه ، لكنهم لم يتمكنوا من ذلك بسبب حالته الوراثية.

أصيب أحد الوالدين بمرض هنتنغتون ، مما يشير إلى أن الموظفة لديها فرصة بنسبة 50 في المائة لوراثة الجين المتحور الذي قد يتسبب في إصابتها بالمرض. قررت أن تخضع للاختبار. نصحها مستشار وراثي بتأمين الحياة والتأمين الصحي قبل الاختبار ، لأن نتيجة الاختبار الإيجابية لا تعني فقط أنها ستصاب بالمرض ولكن من المحتمل أن تمنعها من الحصول على تأمين أيضًا. أبلغت زميلة في العمل سمعت أنها تتخذ الترتيبات للاختبار عن محادثات الموظف إلى رئيسهم. في البداية ، بدا المدير متعاطفًا وعرض المساعدة. عندما شاركت الموظفة أخيرًا الأخبار التي تفيد بأن نتائج الاختبار تشير إلى أنها تحمل الجين المتحور ، تم فصلها من وظيفتها. في فترة الثمانية أشهر التي سبقت إنهاء عملها ، تلقت ثلاث ترقيات ومراجعات أداء متميزة. خوفًا من تجربة أختهم ، لا يرغب أي من أشقائها في الخضوع للاختبار الجيني خوفًا من فقدان التأمين الصحي أو الوظائف. وبالتالي ، يجب أن يتعايشوا مع عدم اليقين من عدم معرفة ما إذا كانوا قد ورثوا الصفة الجينية التي تؤدي إلى مرض هنتنغتون.

الجهود المبذولة لتقييد استخدام المعلومات الجينية في مكان العمل

لا يوجد دليل علمي لإثبات وجود علاقة بين العوامل الوراثية غير المعلنة وقدرة الفرد على أداء وظيفته. وبالتالي ، توصي معظم مجموعات الخبراء بحظر أو تقييد استخدام الاختبارات الجينية والوصول إلى المعلومات الجينية في مكان العمل. خلص مجلس الشؤون الأخلاقية والقضائية التابع للجمعية الطبية الأمريكية (AMA) إلى أنه من غير المناسب استبعاد العمال الذين يعانون من مخاطر وراثية للأمراض من مكان العمل بسبب هذا الخطر. ومع ذلك ، يقر مجلس AMA في المستقبل أنه قد يكون هناك دور مناسب ولكنه محدود للاختبار الجيني في مواقف معينة لحماية العمال الذين لديهم قابلية وراثية للإصابة بالأمراض المهنية عندما يمكن التنبؤ بدقة بالمخاطر الصحية من خلال الاختبار.

كما قامت خطة العمل الوطنية بشأن سرطان الثدي (NAPBC) ومجموعة عمل المعاهد الوطنية للصحة التابعة لإدارة الطاقة والمعنية بالآثار الأخلاقية والقانونية والاجتماعية لأبحاث الجينوم البشري بصياغة توصيات لصانعي السياسات على مستوى الولاية والفيدرالية للحماية من التمييز الجيني في مكان العمل. بشكل عام ، تحد التوصيات من جمع المعلومات الجينية والكشف عنها واستخدامها وتدعم التطبيق القوي لهذه القيود من خلال الوكالات الحكومية أو الحق الخاص في العمل. يتم إجراء استثناءات للمواقف المحتملة في المستقبل التي قد تنشأ إذا ثبت أن الاختبار صالح علميًا للتنبؤ بالمخاطر المهنية والمواقف التي يكون فيها الفرد غير قادر على تلبية متطلبات أداء الوظيفة.

الحماية الحالية محدودة

لا توجد قوانين فيدرالية تحمي بشكل مباشر وشامل من الانتهاكات في جمع أو استخدام المعلومات الجينية في مكان العمل. توجد بعض أشكال الحماية بالمصادفة بموجب القوانين الفيدرالية التي تم سنها لمعالجة أنواع أخرى من التمييز في مكان العمل. الحماية الفيدرالية العرضية ضد التمييز في مكان العمل على أساس المعلومات الجينية الموجودة هي ضيقة النطاق ، وإلى حد كبير ، ليست راسخة بشكل جيد. فهي ليست كافية لتزويد الأمريكيين بالحماية الكافية ضد التمييز الجيني في مكان العمل. تواصل الدول سن تشريعات استجابة للقلق المتزايد بشأن شبح التمييز الجيني في مكان العمل. ومع ذلك ، تختلف قوانين الولاية الحالية في التغطية ، والحماية الممنوحة ، وخطط الإنفاذ. القيادة الفيدرالية ضرورية لضمان حماية جميع العمال من التمييز على أساس المعلومات الجينية.

القوانين الفدرالية

القانون الفيدرالي الوحيد الذي يعالج بشكل مباشر قضية التمييز الجيني هو قانون التأمين الصحي لعام 1996 لقابلية النقل والمساءلة (HIPAA). تحظر HIPAA الخطط الصحية الجماعية من استخدام أي عامل متعلق بالحالة الصحية ، بما في ذلك المعلومات الجينية ، كأساس لرفض أو تقييد الأهلية للتغطية أو لفرض رسوم إضافية على الفرد مقابل التغطية. بالإضافة إلى ذلك ، عملت الإدارة بشكل وثيق مع الكونجرس بشأن تشريع يمنع شركة تأمين أو صندوق المرضى من الكشف عن معلومات وراثية أو فرض رسوم على خطة كاملة أو مجموعة أخرى للتأمين الصحي على أساس المعلومات الجينية. ومع ذلك ، فإن هذه الجهود لا تعالج المشاكل الأكبر لجمع أو استخدام المعلومات الجينية في مكان العمل خارج سياق التأمين الصحي.

المصدر الحالي الأكثر احتمالا للحماية من التمييز الجيني في مكان العمل يتم توفيره من خلال القوانين التي تحظر التمييز على أساس الإعاقة. الباب الأول من قانون الأمريكيين ذوي الإعاقة (ADA) ، الذي تفرضه لجنة تكافؤ فرص العمل (EEOC) ، وقوانين مكافحة التمييز المماثلة القائمة على الإعاقة ، مثل قانون إعادة التأهيل لعام 1973 ، لا تتناول صراحة المعلومات الجينية ، لكنها توفر بعض الحماية ضد التمييز الجيني المرتبط بالإعاقة في مكان العمل. بموجب ADA ، يتمتع الأفراد الذين يعانون من إعاقات وراثية أعراضية بنفس الحماية ضد التمييز مثل الأفراد ذوي الإعاقات الأخرى. ومع ذلك ، بينما نحقق تطورات جديدة في علم الوراثة ، لن تكون هذه الحماية كافية. سيكون المزيد والمزيد من الناس عرضة للتمييز الجيني على أساس الحالات الوراثية غير المعلنة التي لا تقع ضمن حظر التمييز الواضح القائم على الإعاقة في قانون ADA.

الحماية من التمييز على أساس المعلومات الجينية لأولئك الذين لا يعانون حاليًا من إعاقة وراثية مصحوبة بأعراض غير مثبتة جيدًا. الأفراد الذين لا يعانون حاليًا من اضطراب وراثي مصحوب بأعراض ، وبالتالي ، قد لا يتمتعون بالحماية من التمييز لأن الأشخاص المعاقين حاليًا يشملون حاملي المرض غير المتأثرين الذين قد لا يصابون بالمرض أبدًا ، والأفراد الذين يعانون من اضطرابات وراثية متأخرة الظهور والذين يمكن تحديدهم من خلال الاختبارات الجينية على أنها معرضة لخطر كبير للإصابة بالمرض ، والآخرين الذين تم تحديدهم من خلال التاريخ العائلي على أنهم معرضون لخطر كبير للإصابة بالمرض.

حاولت EEOC توفير حماية ADA للأفراد الذين لا يعانون من إعاقات وراثية مصحوبة بأعراض ولكن قد يتعرضون للتمييز بناءً على المعلومات الجينية. في عام 1995 ، أصدرت لجنة تكافؤ فرص العمل (EEOC) إرشادات إنفاذ تنص على أن صاحب العمل الذي يتخذ إجراءً عكسيًا ضد فرد ما على أساس المعلومات الجينية المتعلقة بالمرض أو المرض أو الاضطرابات الأخرى يعتبر هذا الفرد يعاني من إعاقة بالمعنى المقصود في قانون ADA. يحظر قانون ADA التمييز ضد الشخص الذي يعتبر معاقًا. ومع ذلك ، فإن الإرشادات محدودة من حيث النطاق والأثر القانوني. إن توجيه السياسة ليس له نفس التأثير الملزم قانونًا على المحكمة كقانون أو لائحة ولم يتم اختباره في المحكمة. علاوة على ذلك ، فإن العديد من القضايا القائمة على الحجة القائلة بأن صاحب العمل قد مارس التمييز ضد العمال من خلال اعتبارهم معاقين لم تستقبل بشكل جيد من قبل المحاكم.

بالإضافة إلى ذلك ، لا تحمي ADA العمال من متطلبات أو طلبات توفير المعلومات الجينية لأصحاب العمل. بموجب قانون ADA ، لا يجوز لصاحب العمل عمومًا إجراء استفسارات طبية حول طالب وظيفة قبل تمديد عرض العمل المشروط. ومع ذلك ، بمجرد تمديد عرض العمل المشروط ، ولكن قبل أن يبدأ الفرد العمل ، قد يحصل صاحب العمل على معلومات طبية شاملة عن مقدم الطلب ، بما في ذلك المعلومات الجينية. خلال هذه الفترة ، يمكن لصاحب العمل ، على سبيل المثال ، الحصول على عينات وراثية من المتقدمين للوظيفة وتخزينها ، أو طلب الفحص الجيني كشرط للتوظيف ، أو شراء معلومات وراثية عن المتقدمين من بنك بيانات المعلومات الجينية. بالإضافة إلى ذلك ، بمجرد تعيين مقدم الطلب ، قد يطلب صاحب العمل معلومات طبية تتعلق بالوظيفة وتتوافق مع ضرورة العمل.

من الصعب التأكد من عدم استخدام المعلومات الطبية للتمييز. إن اكتشاف التمييز على أساس المعلومات الجينية ، والذي يشير إلى وجود خطر وليس مظهر من مظاهر المرض ، هو أمر صعب بشكل خاص. نتيجة لذلك ، يمكن استخدام المعلومات الجينية لحرمان العمال من العمل أو الفرص بغض النظر عن قدرتهم على القيام بالمهمة. هذا القلق مهم بشكل خاص بسبب التقدم السريع في البحث الجيني. على سبيل المثال ، قد يتم العثور في المستقبل على المعلومات الجينية التي تم الحصول عليها اليوم للإشارة إلى عامل خطر يمكن أن يكون أساس التمييز. علاوة على ذلك ، يمكن استخدام هذه المعلومات أيضًا للتنبؤ بالمخاطر الصحية لأفراد أسرة الفرد - مما يخلق إمكانية استخدام المعلومات الجينية للتمييز ضد الأجيال القادمة من العمال.

قانون اتحادي آخر قد يوفر بالمصادفة الحماية ضد بعض أشكال التمييز الجيني هو الباب السابع من قانون الحقوق المدنية لعام 1964. يمكن تقديم حجة مفادها أن التمييز الجيني القائم على الاضطرابات الجينية المرتبطة عرقيًا أو عرقيًا يشكل تمييزًا على أساس العرق أو العرق غير القانوني. ومع ذلك ، لا تتوفر الحماية بموجب الباب السابع إلا عندما ينخرط صاحب العمل في تمييز ضد مجموعة عرقية أو إثنية معينة بناءً على سمة وراثية مرتبطة بشكل كبير بجنس أو مجموعة عرقية. نظرًا لأن الصلة القوية بين العرق أو الأصل القومي قد تم تأسيسها لعدد قليل من الأمراض ، فلن يكون الباب السابع أداة فعالة لمكافحة معظم أشكال التمييز الجيني. وبالتالي ، من الواضح أن قوانين مكافحة التمييز الحالية لن تعالج بشكل كاف قضية التمييز الجيني في التوظيف.

قوانين الدولة

عالج عدد من الدول قضية التمييز الجيني في التوظيف من خلال تشريعات الدولة. اعتبارًا من أكتوبر 1997 ، سنت 14 ولاية قوانين لتوفير الحماية ضد الأشكال المختلفة للتمييز الجيني في مكان العمل. هناك اختلافات واسعة بين قوانين الولاية هذه.

حظرت بعض قوانين الولاية الأولى التي تم سنها لمعالجة هذه المشكلة التمييز ضد الأفراد الذين يعانون من سمات أو اضطرابات وراثية معينة ، مثل سمة الخلية المنجلية (فلوريدا ولويزيانا) أو سمة الهيموغلوبين (نورث كارولينا). تغطي القوانين اللاحقة فئات أوسع من السمات والاضطرابات الوراثية. على سبيل المثال ، يحظر قانون ولاية نيو جيرسي لعام 1981 (الذي تم توسيعه لاحقًا) التمييز في التوظيف على أساس "سمة خلوية أو دم وراثية غير نمطية" ، ويحظر قانون نيويورك على أرباب العمل إنكار فرص العمل المتساوية بناءً على "اضطرابات وراثية فريدة".

تنظم قوانين الولاية الأخرى كلاً من استخدام الاختبارات الجينية في قرارات التوظيف والكشف عن نتائج الاختبارات الجينية. تحظر قوانين الولاية هذه عمومًا على أصحاب العمل مطالبة العمال والمتقدمين بالخضوع للاختبارات الجينية كشرط للتوظيف.

على سبيل المثال ، يحظر قانون ولاية أوريغون على أصحاب العمل استخدام المعلومات الجينية للتمييز بين المتقدمين والموظفين أو التمييز ضدهم ، ويحظر على أصحاب العمل إخضاع المتقدمين والموظفين للاختبارات الجينية. يحظر قانون تكساس الذي تم سنه مؤخرًا أرباب العمل ومنظمات العمل ووكالات الترخيص ووكالات التوظيف من التمييز ضد أي فرد على أساس نتائج الاختبار الجيني أو بسبب رفض الفرد الخضوع للاختبار الجيني.

تسمح بعض الدول بإجراء الاختبارات الجينية عندما يطلبها العامل أو مقدم الطلب بغرض التحقيق في مطالبة تعويض العامل أو تحديد قابلية العمال للمواد الكيميائية السامة المحتملة في مكان العمل. غالبًا ما تتطلب هذه القوانين من العامل تقديم موافقة خطية مستنيرة لمثل هذا الاختبار وتحتوي على قيود محددة تحكم الإفصاح وتمنع صاحب العمل من اتخاذ إجراءات سلبية ضد الموظف.

نظرًا للثغرات الكبيرة في الحماية الفيدرالية والولاية ضد التمييز في العمل بناءً على المعلومات الجينية ، هناك حاجة إلى تشريع اتحادي شامل لضمان استخدام التطورات في التكنولوجيا الجينية والبحوث لتلبية الاحتياجات الصحية للأمة - وعدم حرمان الأفراد من فرص العمل و فوائد. سيضع التشريع الفيدرالي الحد الأدنى من الحماية التي يمكن أن تكملها قوانين الولاية.

لقد أقر الكونغرس بالحاجة إلى الحماية الفيدرالية مع تقديم العديد من مشاريع القوانين بدعم من الحزبين. تم تقديم ثلاثة مشاريع قوانين قائمة بذاتها لتعديل قوانين الحقوق المدنية أو قوانين العمل الحالية لحماية العمال من التمييز الوظيفي على أساس المعلومات الجينية (S. 1045، Sen. Daschle HR 2275، Rep. Lowey HR 2215، Rep. Kennedy). تم تقديم مشروعي قانونين إضافيين يشتملان على حماية العمال من التمييز على أساس المعلومات الجينية ، كجزء من مقترحات أوسع تتناول استخدام المعلومات الجينية (S. 422، Sen. Domenici H.R. 2198، Rep. Stearns).

Guiding Principles for Federal Action

Federal legislation is needed to ensure that knowledge gained from genetic research is fully utilized to improve the health of Americans and not to discriminate against workers. This legislation should provide a floor or minimum level of protection and allow existing state laws to provide greater protection. Workers should not be forced to avoid tests that can help prevent disease because of fear of discrimination. At the same time, we must preserve the ability of scientists to continue the research, including studies of occupational health and safety, that is so vital to expanding our knowledge of genetics and health.

The Administration proposes that Congress pass a law to ensure that discoveries made possible by the Human Genome Project are used to improve health and not to discriminate against workers or their families. Legislation generally should include the following basic protections against misuse of genetic information in the workplace.

Employers should not require or request that employees or potential employees take a genetic test or provide genetic information as a condition of employment or benefits. Employers should not use genetic information to discriminate against, limit, segregate, or classify employees in a way that would deprive them of employment opportunities.

Employers should not obtain or disclose genetic information about employees or potential employees under most circumstances.

Genetic testing and the use of genetic information by employers should be permitted in the following situations to ensure workplace safety and health and to preserve research opportunities. However, in all cases where genetic information about employees is obtained, the information should be maintained in medical files that are kept separate from personnel files, treated as confidential medical records, and protected by applicable state and federal laws.

An employer should be permitted to monitor employees for the effects of a particular substance found in the workplace to which continued exposure could cause genetic damage under certain circumstances. Informed consent and assurance of confidentiality should be required. In addition, employers may only use the results to identify and control adverse conditions in the workplace and to take action necessary to prevent significant risk of substantial harm to the employee or others.

The statutory authority of a federal agency or contractor to promulgate regulations, enforce workplace safety and health laws, or conduct occupational or other health research should not be limited.

An employer should be able to disclose genetic information for research and other purposes with the written, informed consent of the individual.

These recommendations should apply to public and private-sector employers, unions, and labor-management groups that conduct joint apprenticeship and other training programs. Employment agencies and licensing agencies that issue licenses, certificates, and other credentials required to engage in various professions and occupations also should be covered.

Individuals who believe they have been subjected to workplace discrimination based on genetic information should be able to file a charge with the Equal Employment Opportunity Commission, Department of Labor, or other appropriate federal agency for investigation and resolution. The designated agency should be authorized to bring lawsuits in the federal courts to resolve those issues that would not settle amicably. The courts should have the authority to halt the violations and order relief, such as hiring, promotion, back pay, and compensatory and punitive damages, to the individual. Alternatively, an individual should be able to elect to bring a private lawsuit in federal or state court to obtain the same type of relief plus reasonable costs and attorney's fees. In order to enforce these protections, the designated enforcement agency must be given sufficient additional resources to investigate and prosecute allegations of discrimination.


Which information can be obtained from a list of gene names? - مادة الاحياء

miRWalk is an improved version of the previous database (i.e. miRWalk). The new version of miRWalk stores predicted data obtained with a maschine learning algorithm including experimentally verified miRNA-target interactions. The focus lies on accuracy, simplicity, user-friendly design and mostly up to date informations. More information can be obtained under Frequently Asked Questions.

Search for a single gene or miRNA

miRNAs: miRNA names (e.g. hsa-miR-214-3p) or Accession numbers (e.g. MIMAT0000271) based on current miRBase. While searching single miRNAs, also short names or family miRNA(e.g. let-7) belongs to several miRNAs are also acceptible. A list of miRNAs will be shown. mRNAs: Official Genesymbols (e.g. GAS2), EntrezIDs (e.g. 10608), Ensembl-IDs (e.g. ENSG00000148935 or ENST00000454584) and RefseqIDs (e.g. NM_001143830) were accepted.

Target Mining

The Target Mining page provides an advanced search option for several miRNAs or gene targets. You may provide your own miRNA or gene list. Alternatively, you may choose the pre-compiled pathway gene list from the page [not implemented yet]. When searching for miRNA gene targets, full mature miRNA names are required. For the search of miRNA regulators, you may provide either NCBI gene IDs or official gene symbols.


Alleles for the straight thumb and the bent pinky are dominant, while those for the bent thumb and the straight pinky are recessive. Some people have hair on the mid-digit of their fingers. This trait is the result of a dominant allele. If your second toe is longer than your big toe it was passed along through a dominant allele.

Parents with a tendency toward allergies have a 25 percent chance that their children will also have allergies. If both parents have allergies the chance goes up to 50 percent. Some traits are sex linked and carried on the X and Y chromosomes. The color blindness trait is a recessive allele carried on the X chromosome, and since women have two X chromosomes they rarely have this condition.


Which information can be obtained from a list of gene names? - مادة الاحياء

Primary information of p53 gene

p53 was identified in 1979 by Arnold Levine,David Lane and William Old,working at Princeton University, Dundee University (UK) and Sloan-Kettering Memorial Hospital, respectively. It had been hypothesized to exist before as the target of the SV40 virus, a strain that induced development of tumors.Although it was initially presumed to be an oncogene, its character as a tumor suppressor gene was revealed in 1989.In 1993, p53 protein has been voted molecule of the year by the Science magazine

The p53 protein is a phosphoprotein made of 393 amino acids. It consists of four units (or domains):

A domain that activates transcription factors.

A domain that recognizes specific DNA sequences (core domain).

A domain that is responsible for the tetramerization of the protein.

A domain that recognized damaged DNA, such as misaligned base pairs or single-stranded DNA.


Wild-type p53 is a labile protein, comprising folded and unstructured regions which function in a synergistic

manner (Bell et al. 2002).p53 protein has been voted molecule of the year.

It plays an important role in cell cycle control and apoptosis. Defective p53 could allow abnormal cells to proliferate, resulting in cancer. As many as 50% of all human tumors contain p53 mutants.

In normal cells, the p53 protein level is low. DNA damage and other stress signals may trigger the increase of p53 proteins, which have three major functions: growth arrest, DNA repair و موت الخلايا المبرمج (cell death). The growth arrest stops the progression of cell cycle, preventing replication of damaged DNA. During the growth arrest, p53 may activate the transcription of proteins involved in DNA repair. Apoptosis is the "last resort" to avoid proliferation of cells containing abnormal DNA.

The cellular concentration of p53 must be tightly regulated. While it can suppress tumors, high level of p53 may accelerate the aging process by excessive apoptosis. The major regulator of p53 is Mdm2, which can trigger the degradation of p53 by the ubiquitin system.

p53 is a transcriptional activator, regulating the expression of Mdm2 (for its own regulation) and the genes involved in growth arrest, DNA repair and apoptosis. Some important examples are listed below.

    1. Growth arrest: p21, Gadd45, and 14-3-3 s.
    2. DNA repair: p53R2.
    3. Apoptosis: Bax, Apaf-1, PUMA and NoxA.

    As mentioned above, p53 is mainly regulated by Mdm2. The regulation mechanism is illustrated in the following figure.

    Figure 1.0. Regulation of p53.

    (أ) Expression of Mdm2 is activated by p53.

    (ب) Binding of p53 by Mdm2 can trigger the degradation of p53 via the ubiquitin system.

    (ج) Phosphorylation of p53 at Ser15, Thr18 or Ser20 will disrupt its binding with Mdm2. In normal cells, these three residues are not phosphorylated, and p53 is maintained at low level by Mdm2.

    The roles of p53 in growth arrest and apoptosis are illustrated in Figure 4-H-6. p53 is also directly involved in DNA repair. One of its transcriptional target gene, p53R2, encodes ribonucleotide reductase, which is important for both DNA replication and repair. p53 also interacts directly with AP endonuclease and DNA polymerase which are involved in base excision repair.

    Figure 2.0 . The roles of p53 in growth arrest and apoptosis.

    (أ) The cell cycle progression into the S phase requires the enzyme Cdk2, which can be inhibited by p21. The progression into the M phase requires Cdc2 which can be inhibited by p21, GADD45 or 14-3-3 s. p53 regulates the expression of these inhibitory proteins to induce growth arrest.

    (ب) Apoptosis can be induced by the binding of Caspase 9 to cytochrome c and Apaf1. p53 may activate the expression of Apaf1 and Bax. The latter can then stimulate the release of cytochrome c from mitochondria (see Mitochondria, Apoptosis and Aging).

    If the p53 gene is damaged, tumor suppression is severely reduced. People who inherit only one functional copy of p53 will most likely develop tumors in early adulthood, a disease known as Li-Fraumeni syndrome. p53 can also be damaged in cells by mutagens (chemicals, radiation or viruses), increasing the likelihood that the cell will begin uncontrolled division. More than 50 percent of human tumors contain a mutation or deletion of the p53 gene.

    In health p53 is continually produced and degraded in the cell. The degradation of p53 is, as mentioned, associated with MDM-2 binding. In a negative feedback loop MDM-2 is itself induced by p53. However mutant p53s often don't induce MDM-2, and are thus able to accumulate at very high concentrations. Worse, mutant p53 protein itself can inhibit normal p53 (Blagosklonny, 2002).

    7. POTENTIAL THERAPEUTIC USE

    In-vitro introduction of p53 in to p53-deficient cells has been shown to cause rapid death of cancer cells or prevention of further division. It is more these acute effects which hopes rest upon therapeutically (McCormick F, 2001). The rationale for developing therapeutics targeting p53 is that "the most effective way of destroying a network is to attack its most connected nodes". P53 is extremely well connected (in network terminology it is a hub) and knocking it out cripples the normal functioning of the cell. This can be seen as 50% of cancers have missense point mutations in the p53 gene, these mutations impair its anti-cancer gene inducing effects. Restoring its function would be a major step in curing many cancers (Vogelstein et al 2000).

    Various strategies have been proposed to restore p53 function in cancer cells (Blagosklonny,2002).A number of groups have found molecules which appear to restore proper tumour suppressor activity of p53 in vitro. These work by altering the conformation of mutant conformation of p53 back to an active form. So far, no molecules have shown to induce biological responses, but some may be lead compounds for more biologically active agents. A promising target for anti-cancer drugs is the molecular chaperone Hsp90, which interacts with p53 in vivo.

    Adenoviruses rely on their host cells to replicate, they do this by secreting proteins which compel the host to replicate the viral DNA. Adenoviruses have been implicated in cancer-causing diseases, but in a twist it is now modified viruses which are being used in cancer therapy. ONYX-015 (dl1520, CI-1042) is a modified adenovirus which selectively replicates in p53-deficient cancer cells but not normal cells (Bischoff, 1996). It is modified from a virus that expresses the early region protein, E1B, which binds to and inactivates p53. P53 suppression is necessary for the virus to replicate. In the modified version of the virus E1B has been deleted. It was hoped that the viruses would select tumour cells, replicate and spread to other surrounding malignant tissue thus increasing distribution and efficacy. The cells which the adenovirus replicates in are lysed and so the tumour dies.

    Preclinical trials using the ONYX-015 virus on mice were promising however clinical trials have been less so. No objective responses have been seen except when the virus was used in combination with chemotherapy (McCormick, 2001). This may be due to the discovery that E1B has been found to have other functions vital to the virus. Additionally its specificity has been undermined by findings showing that the virus is able replicate in some cells with wild-type p53. The failure of the virus to produce clinical benefits may in large part be due to extensive fibrotic tissue hindering virus distribution around the tumour (McCormick, 2001).

      Bates S, Phillips AC, Clark PA, Stott F, Peters G, Ludwig RL, Vousden KH. (1998) p14ARF links the tumour suppressors RB and p53. Nature 395:124-125

    Bell S, Klein C, Muller L, Hansen S, Buchner J. (2002). p53 contains large unstructured regions in its native state. J Mol Biol, 322:917-927

    Bischoff JR, Kirn DH, Williams A, Heise C, Horn S, Muna M, Ng L, Nye JA, Sampson-Johannes A, Fattaey A, McCormick F. (1996). An adenovirus mutant that replicates selectively in p53-deficient human tumor cells. Science, 274:373-376

    Blagosklonny, MV. (2002). P53: An ubiquitous target of anticancer drugs. International Journal of Cancer, 98:161-166

    McCormick F. (2001). Cancer gene therapy: fringe or cutting edge? Nat Rev Cancer, 1:130-141

    Strachan T, Read AP. (1999). Human Molecular Genetics 2. Ch. 18, Cancer Genetics

    Vogelstein B, Lane D, Levine AJ. (2000). Surfing the p53 network. Nature, 408:307-310


    Which information can be obtained from a list of gene names? - مادة الاحياء

    • All MGI Reports
    • Batch Query
    • Genes & Markers
    • Sequence Data
    • Vertebrate Homology
    • Gene Ontology Data
    • Strains & Polymorphisms
    • التعبير الجيني
    • Phenotypic Data
    • Recombinase (cre)
    • التسمية
    • مراجع
    • Clone Collections
    • DNA Mapping Panels
    • More Resources Index
    • Research Community E-mail Lists
    • Online Books
    • Nomenclature Home Page
    • MGI Glossary
    • Prototype Tools
    • Mouse Phenome Database (MPD)
    • Deltagen and Lexicon Knockout Mice
    • International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC)
    • Deciphering the Mechanisms of Developmental Disorders (DMDD)
    • Contributed Data Sets
    • Community Links

    ل موس العضلات Build GRCm39 patch information and statistics, see The Genome Reference Consortium web site. MGI now incorporates strain genome data of de novo sequenced mouse strains from the Wellcome Sanger Institute's Mouse Genomes Project (MGP) and the European Bioinformatics Institute (EBI). Genome feature annotations are provided by the GENCODE consortium, the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser Group and the Mouse Genomes Project. Browse strain genome features using the Multiple Genome Viewer (MGV).

    MGI contains information about mouse genes, DNA segments, cytogenetic markers and QTLs. Each record may include the marker symbol, name, other names or symbols and synonyms, nomenclature history, alleles, STSs, chromosomal assignment, centimorgan location, cytogenetic band, EC number (for enzymes), phenotypic classifications, human disease data, Gene Ontology (GO) terms, MGI accession IDs and supporting references. See Interpreting a Genes and Markers Summary and Interpreting Gene Details for more information about the content of the display of a marker record as it appears in the query results.

    MGI contains a variety of maps and mapping data. Users can create graphical displays of genome features on the mouse genome using the JBrowse Genome Browser. A variety of types of Genetic Mapping Data are available from marker detail pages, including data from genetic linkage crosses, cytogenetic localization, recombinant inbred and recombinant congenic strains, and radiation hybrid mapping.


    Regulation of the Cell Cycle at Internal Checkpoints

    The cell cycle is controlled by three internal checkpoints that evaluate the condition of the genetic information.

    أهداف التعلم

    Explain the effects of internal checkpoints on the regulation of the cell cycle

    الماخذ الرئيسية

    النقاط الرئيسية

    • A checkpoint is one of several points in the eukaryotic cell cycle at which the progression of a cell to the next stage in the cycle can be halted until conditions are favorable.
    • Damage to DNA and other external factors are evaluated at the G1 checkpoint if conditions are inadequate, the cell will not be allowed to continue to the S phase of interphase.
    • The G2 checkpoint ensures all of the chromosomes have been replicated and that the replicated DNA is not damaged before cell enters mitosis.
    • The M checkpoint determines whether all the sister chromatids are correctly attached to the spindle microtubules before the cell enters the irreversible anaphase stage.

    الشروط الاساسية

    • restriction point: (G1 checkpoint) a point in the animal cell cycle at which the cell becomes “committed” to the cell cycle, which is determined by external factors and signals
    • spindle checkpoint: (M checkpoint) prevents separation of the duplicated chromosomes until each chromosome is properly attached to the spindle apparatus
    • cyclin: any of a group of proteins that regulates the cell cycle by forming a complex with kinases
    • G2 checkpoint: ensures all of the chromosomes have been replicated and that the replicated DNA is not damaged

    Regulation at Internal Checkpoints

    It is essential that the daughter cells are exact duplicates of the parent cell. Mistakes in the duplication or distribution of the chromosomes lead to mutations that may be passed forward to every new cell produced from an abnormal cell. To prevent a compromised cell from continuing to divide, internal control mechanisms operate at three main cell cycle checkpoints. A checkpoint is one of several points in the eukaryotic cell cycle at which the progression of a cell to the next stage in the cycle can be halted until conditions are favorable (e.g. the DNA is repaired). نقاط التفتيش هذه تحدث بالقرب من نهاية G1، في G2/M transition, and during metaphase.

    Internal Checkpoints During the Cell Cycle: The cell cycle is controlled at three checkpoints. The integrity of the DNA is assessed at the G1 checkpoint. يتم تقييم الازدواجية الصحيحة للكروموسوم عند نقطة تفتيش G2. يتم تقييم ارتباط كل kinetochore بألياف المغزل عند نقطة التفتيش M.

    جي1 نقطة تفتيش

    جي1 checkpoint determines whether all conditions are favorable for cell division to proceed. جي1 checkpoint, also called the restriction point (in yeast), is a point at which the cell irreversibly commits to the cell division process. External influences, such as growth factors, play a large role in carrying the cell past the G1 نقطة تفتيش. The cell will only pass the checkpoint if it is an appropriate size and has adequate energy reserves. At this point, the cell also checks for DNA damage. A cell that does not meet all the requirements will not progress to the S phase. The cell can halt the cycle and attempt to remedy the problematic condition, or the cell can advance into G0 (inactive) phase and await further signals when conditions improve.

    If a cell meets the requirements for the G1 checkpoint, the cell will enter S phase and begin DNA replication. This transition, as with all of the major checkpoint transitions in the cell cycle, is signaled by cyclins and cyclin dependent kinases (CDKs). Cyclins are cell-signaling molecules that regulate the cell cycle.

    جي2 نقطة تفتيش

    جي2 checkpoint bars entry into the mitotic phase if certain conditions are not met. As with the G1 يتم تقييم نقطة التفتيش وحجم الخلية واحتياطيات البروتين. ومع ذلك ، فإن أهم دور لـ G2 checkpoint is to ensure that all of the chromosomes have been accurately replicated without mistakes or damage. If the checkpoint mechanisms detect problems with the DNA, the cell cycle is halted and the cell attempts to either complete DNA replication or repair the damaged DNA. If the DNA has been correctly replicated, cyclin dependent kinases (CDKs) signal the beginning of mitotic cell division.

    The M Checkpoint

    تحدث نقطة تفتيش M بالقرب من نهاية مرحلة الطور الرئيسي للانقسام الفتيلي. The M checkpoint is also known as the spindle checkpoint because it determines whether all the sister chromatids are correctly attached to the spindle microtubules. Because the separation of the sister chromatids during anaphase is an irreversible step, the cycle will not proceed until the kinetochores of each pair of sister chromatids are firmly anchored to at least two spindle fibers arising from opposite poles of the cell.


    Which information can be obtained from a list of gene names? - مادة الاحياء

    NC-IUPHAR (the International Union of Basic and Clinical Pharmacology Committee on Receptor Nomenclature and Drug Classification) issues guidelines for the nomenclature and classification of (human) biological targets, including the targets of current and future prescription medicines. NC-IUPHAR also works to facilitate the interface between the discovery of new sequences from the Human Genome Project and the designation of the derived entities as functional biological targets and potential drug targets.

    NC-IUPHAR has established close links with the HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC), which attributes human gene names the International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC), to standardise correct use of drug names and the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) to collaborate on receptor-related enzyme nomenclature.

    NC-IUPHAR publishes official nomenclature reports, reviews and other articles on various topics [list of publications] and maintains an online database (IUPHAR-DB, now available through the Guide to PHARMACOLOGY: http://www.guidetopharmacology.org) giving peer-reviewed pharmacological, chemical, genetic, functional and anatomical information on pharmacologically-important receptors, ion channels, enzymes, transporters and other proteins encoded by the human, rat and mouse genomes.

    A letter of guidance to journal editors can be downloaded here: IUPHARlettertoeditors.pdf

    The following are links to relevant NC-IUPHAR pages and publications describing receptor nomenclature.

    G Protein-Coupled Receptors

    IUPHAR GPCR nomenclature available from the GPCR list.

    Voltage-gated Ion Channels

    IUPHAR VGIC nomenclature available from the VGIC list.

    Click here to access articles in the IUPHAR VGIC compendium.

    Ligand-gated Ion Channels

    The nomenclature of ligand-gated ion channels and their subunits has recently been re-examined by NC-IUPHAR. Their revised recommendations for nomenclature are summarised here.

    IUPHAR LGIC nomenclature published in

    • Collingridge GL, Olsen RW, Peters J, Spedding M. (2009)
      A nomenclature for ligand-gated ion channels. علم الادوية العصبية.56 (1): 2-5 [Full Text]

    Nuclear Hormone Receptors

    IUPHAR NHR nomenclature published in

    • Germain P, Staels B, Dacquet C, Spedding M, Laudet V. (2006)
      Overview of Nomenclature of Nuclear Receptors. Pharmacol Rev.58 (4): 685-704 [PDF][Full Text]

    Click here to access articles in the IUPHAR NHR compendium.

    Guidelines for nomenclature of new receptor subtypes

    • Vanhoutte PM, Humphrey, PPA, Spedding, M. (1996)
      الاتحاد الدولي لعلم الأدوية. الحادي عشر. Recommendations for nomenclature of new receptor subtypes. Pharmacol Rev.48 (1): 1-2 [PDF]

    Recommendations on terms and symbols in quantitative pharmacology

    • Neubig RR, Spedding M, Kenakin T, Christopoulos A. (2003)
      International Union of Pharmacology Committee on Receptor Nomenclature and Drug Classification. XXXVIII. Update on terms and symbols in quantitative pharmacology. Pharmacol Rev.55 (4): 597-606 [PDF][Full Text]

    Further information and advice concerning the nomenclature of existing and newly discovered receptors and ion channels may be obtained by emailing us.

    />
    This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License


    Which information can be obtained from a list of gene names? - مادة الاحياء

    سلة مشترياتك فارغة حاليا. i & ltp> عند تصفح بروتينات UniProt المختلفة ، يمكنك استخدام "السلة" لحفظها ، بحيث يمكنك العودة للعثور عليها أو تحليلها لاحقًا. & ltp> & lta href = '/ help / basket' target = '_ top'> أكثر. </a></p>

    حدد عنصرًا (عناصر) وانقر فوق "إضافة إلى السلة" لإنشاء مجموعتك الخاصة هنا
    (بحد أقصى 400 إدخال)

    علم الوجود الجيني (GO)

    Last modified April 10, 2018

    The Gene Ontology (GO) project provides a set of hierarchical controlled vocabulary split into 3 categories:

    UniProtKB lists selected terms derived from the GO project. The GO terms derived from the 'Biological process' and Molecular function' categories are listed in the 'Function' section the GO terms derived from the 'Cellular component' category are listed in the 'Subcellular location' section.

    GO terms can be manually or electronically assigned to a UniProtKB entry:

    • Manually assigned GO terms found in UniProtKB/Swiss-Prot are associated with one of 15 GO evidence codes, as well as with a link to the relevant publication, when available. These GO annotations are tagged with a yellow source/evidence label.
    • Electronically assigned GO terms are found in UniProtKB/TrEMBL, but to some extent also in UniProtKB/Swiss-Prot, and are associated with the GO evidence code 'IEA', which means 'inferred from electronic annotation'. These GO annotations are tagged with a blue source/evidence label.

    Note that many UniProtKB keywords are manually mapped to GO terms (see document 'Controlled vocabulary of keywords'), but the resulting GO annotations in UniProtKB appear with a blue label as "inferred from electronic annotation".


    How to Find Information

    No matter how you do your background research, record your sources and take good notes as you go. Your teacher may be able to offer you some tips.

    Library Research

    One of the most valuable resources at the library is not a book, but a person. Public librarians, college librarians and certified school librarians are specially trained to teach information literacy. Librarians are excellent sources for organizing research, for teaching how to search, how to read and use citations, how to narrow down web searches, and how to winnow out the good from the bad. Many public libraries also have virtual reference services, where a client can online chat, email or talk on the phone with a reference librarian. So, be smart talk to your librarian.

    Often the best place to start your background research is by looking up your keywords in an encyclopedia, dictionary, or textbook. Your library may have specialized dictionaries for different topics like science, sports, music, and so on, which offer more complete information than a regular dictionary. Ask your reference librarian to help you.

    "Read the background information and note any useful sources (books, journals, magazines, etc.) listed in the bibliography at the end of the encyclopedia article or dictionary entry. The sources cited in the bibliography are good starting points for further research. By using this technique of routinely following up on sources cited in bibliographies, you can generate a surprisingly large number of books and articles on your topic in a relatively short time" (Engle 2003).

    You can also check the subject headings of books and articles as you look them up in the library catalog. Check to see if other books in the same subject area contain relevant information.

    Periodicals are printed material like magazines and newspapers. Depending on your topic, they may also contain useful information. You can look up your keywords in a printed index such as the Reader's Guide to Periodical Literature, which covers popular magazines. Your library may have a number of periodical indexes in both printed and online forms. Check with your reference librarian.

    One little-known fact about public libraries is that they often pay for online resources that are generally inaccessible to the public. Using computers at the library, or sometimes by logging on at home with your library card number, you can gain access to information unattainable in any other way.

    In addition, branch libraries are part of a larger library system. Although your neighborhood library may be physically tiny, it has access to all the resources of the whole city or county library system. Interlibrary loans of books and documents is also possible. Many libraries have loan agreements with other libraries out of county, out of state or out of country. Tell your librarian the book you want and he or she can probably obtain it for you.

    Internet Research

    There are two primary ways to search for information on the Internet. The first is to use a search engine such as Google or Bing. Search engines try to index everything on the Internet.

    The second way to search is using a subject portal. Subject portals list just a small portion of the information on the Internet, but the sites listed have been checked for relevance. There are science portals from several national governments including:

      (United States)
    • WorldWideScience.org (International)
    • Department of Industry, Science, Energy and Resources (Australia)
    • NRC National Science Library (Canada)
    • Science (Canada)
    • Denmark's Electronic Research Library (DEFF) (Denmark)
    • Center for Resources and Information on Multimedia for Higher Instruction (CERIMES) (France)
    • German National Library of Science and Technology (TIB) (Germany)
    • Japan Science and Technology Agency (JST) (Japan) (Korea)

    You can begin by entering your keywords one at a time to search for information in search engines and subject portals however, this will probably bring up too much irrelevant information. See "Finding Too Much or Too Little Information" below for how to improve your search results.

    If you want some advanced tips on using the Internet to find information, the Evaluating Resources guide from the Library at the University of California, Berkeley is an excellent resource.

    Before you begin Internet research, review internet safety with your parents.

    • Email addresses, user account names, and screen names should never include your name, birthday, name of your school, or any combination of personally identifiable information.
    • Don't assume your posts are private. It's possible for search engines to pick up the information you post. If you publish photos or links to private websites on your blog, you also reduce your level of protection. Check out your blog host's setting options to find out if you can turn off some of these features, and be cautious of what you post on your blog.
    • Never allow a stranger to join a buddy list, a chat, or an IM conversation.

    Finding Too Much or Too Little Information

    If you are finding too much information, for example pages and pages of irrelevant hits on Google or a periodical index, you need to narrow your search. You can narrow your search by borrowing some of the terms in your research questions. For example, let's imagine that searching on "milk" brings up too much irrelevant information about cows. Here are the research questions we listed having to do with milk:

    • What is the composition of milk, Pepsi, and water?
    • What are the properties and characteristics of milk, Pepsi, and water?

    This will narrow your search, and hopefully give your more relevant results.

    If you aren't finding enough information, you need to simplify your search. Let's imagine that searching on "measuring spiciness" isn't finding what you want. Try searching on:

    Most online search engines and periodical guides have instructions about how to narrow and broaden searches. Google also provides tips for using the Google search engine.

    Too Complicated or Too "Babyish" Information

    Sometimes the information you find will be relevant, but either too complicated given your science background or too babyish. This is a problem that we all experience. Just keep looking and ask for advice if you're really stuck.

    Your Goal

    Never forget, the goal of your searching is to find information to answer the research questions you asked about your topic. Don't stop looking until you have sources that will answer your questions! Be sure to ask for help from mentors, parents, and teachers if you're having trouble.